ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC

# Line 11 | Line 11
11   #include "ReadWrite.hpp"
12   #include "simError.h"
13  
14 + #define GAME_OVER -1
15  
15 –
16 –
17 –
16   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
17  
18    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 122 | Line 120 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
120    outFile.flush();
121  
122   #else // is_mpi
123 <
126 <  int masterIndex;
127 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
123 >  
124    MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
125 <
135 <    
125 >  
126    // write out header and node 0's coordinates
127 <
127 >  
128    if( worldRank == 0 ){
129      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <      
130 >    
131      outFile << currentTime << "\t"
132              << entry_plug->box_x << "\t"
133              << entry_plug->box_y << "\t"
134              << entry_plug->box_z << "\n";
135 <
136 <    masterIndex = 0;
137 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
135 >    
136 >    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
137 >      // Get the Node number which has this molecule:
138        
139 <      sprintf( tempBuffer,
140 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
141 <               atoms[i]->getType(),
142 <               atoms[i]->getX(),
143 <               atoms[i]->getY(),
144 <               atoms[i]->getZ(),
145 <               atoms[i]->get_vx(),
146 <               atoms[i]->get_vy(),
147 <               atoms[i]->get_vz());
148 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
139 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 >      
141 >      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
142 >        
143 >        sprintf( tempBuffer,
144 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 >                 atoms[i]->getType(),
146 >                 atoms[i]->getX(),
147 >                 atoms[i]->getY(),
148 >                 atoms[i]->getZ(),
149 >                 atoms[i]->get_vx(),
150 >                 atoms[i]->get_vy(),
151 >                 atoms[i]->get_vz());
152 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153          
154 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
154 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155            
156 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <        dAtom->getQ( q );
156 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 >          dAtom->getQ( q );
158            
159 <        sprintf( tempBuffer,
160 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                 q[0],
162 <                 q[1],
163 <                 q[2],
164 <                 q[3],
165 <                 dAtom->getJx(),
166 <                 dAtom->getJy(),
167 <                 dAtom->getJz());
168 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
159 >          sprintf( tempBuffer,
160 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 >                   q[0],
162 >                   q[1],
163 >                   q[2],
164 >                   q[3],
165 >                   dAtom->getJx(),
166 >                   dAtom->getJy(),
167 >                   dAtom->getJz());
168 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 >        }
170 >        else
171 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 >        
173 >      } else {
174 >        
175 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 >        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178        }
179 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 >      
180        outFile << writeLine;
180 –      masterIndex++;
181      }
182 –    outFile.flush();
183 –  }
184 –
185 –  sprintf( checkPointMsg,
186 –           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 –  MPIcheckPoint();
182      
183 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
184 <       procIndex++){
185 <
192 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
183 >    // kill everyone off:
184 >    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
185 >      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
186      }
187  
188 <    else if( worldRank == procIndex ){
188 >  } else {
189 >    
190 >    done = 0;
191 >    while (!done) {
192 >      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
193 >                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
194  
195 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
196 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
195 >      if (which_atom == GAME_OVER) {
196 >        done=1;
197 >        continue;
198 >      } else {
199  
200 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
200 >        //format the line
201          sprintf( tempBuffer,
202                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
203 <                 atoms[i]->getType(),
204 <                 atoms[i]->getX(),
205 <                 atoms[i]->getY(),
206 <                 atoms[i]->getZ(),
207 <                 atoms[i]->get_vx(),
208 <                 atoms[i]->get_vy(),
209 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
203 >                 atoms[which_atom]->getType(),
204 >                 atoms[which_atom]->getX(),
205 >                 atoms[which_atom]->getY(),
206 >                 atoms[which_atom]->getZ(),
207 >                 atoms[which_atom]->get_vx(),
208 >                 atoms[which_atom]->get_vy(),
209 >                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
210          strcpy( writeLine, tempBuffer );
211            
212 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
212 >        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
213              
214 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
214 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
215            dAtom->getQ( q );
216              
217            sprintf( tempBuffer,
# Line 277 | Line 227 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
227          }
228          else
229            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
230 <          
231 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
232 <                          MPI_COMM_WORLD);
230 >        
231 >        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
232 >                             TAKE_THIS_TAG);
233        }
234      }
235 <      
236 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
237 <            procIndex);
238 <    MPIcheckPoint();
239 <  }
290 <    
235 >  }  
236 >  outFile.flush();
237 >  sprintf( checkPointMsg,
238 >           "Sucessfully took a dump.\n");
239 >  MPIcheckPoint();
240   #endif // is_mpi
241   }
242  
294 –
295 –
243   void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
299 –  const int BUFFERSIZE = 2000;
300 –  char tempBuffer[500];
301 –  char writeLine[BUFFERSIZE];
244    
245    char finalName[500];
304 –
305 –  int i;
306 –  double q[4];
307 –  DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
309 –  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
310 –  
246    ofstream finalOut;
247    
248   #ifdef IS_MPI
# Line 335 | Line 270 | void DumpWriter::writeFinal(){
270    
271   #endif //is_mpi
272  
273 <    
339 <
273 >  
274   #ifndef IS_MPI
275      
276    finalOut << nAtoms << "\n";
# Line 380 | Line 314 | void DumpWriter::writeFinal(){
314      finalOut << writeLine;
315    }
316    finalOut.flush();
317 +  finalOut.close();
318  
319   #else // is_mpi
320 <
386 <  int masterIndex;
387 <  int nodeAtomsStart;
388 <  int nodeAtomsEnd;
389 <  int mpiErr;
390 <  int sendError;
391 <  int procIndex;
392 <    
320 >  
321    MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
322 <
395 <    
322 >  
323    // write out header and node 0's coordinates
324 <
324 >  
325    if( worldRank == 0 ){
326      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
327 <      
327 >    
328      finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
329 <             << entry_plug->box_y << "\t"
330 <             << entry_plug->box_z << "\n";
329 >            << entry_plug->box_y << "\t"
330 >            << entry_plug->box_z << "\n";
331      
332 <    masterIndex = 0;
333 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
332 >    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
333 >      // Get the Node number which has this molecule:
334        
335 <      sprintf( tempBuffer,
336 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
337 <               atoms[i]->getType(),
338 <               atoms[i]->getX(),
339 <               atoms[i]->getY(),
340 <               atoms[i]->getZ(),
341 <               atoms[i]->get_vx(),
342 <               atoms[i]->get_vy(),
343 <               atoms[i]->get_vz());
344 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
335 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
336 >      
337 >      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
338 >        
339 >        sprintf( tempBuffer,
340 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
341 >                 atoms[i]->getType(),
342 >                 atoms[i]->getX(),
343 >                 atoms[i]->getY(),
344 >                 atoms[i]->getZ(),
345 >                 atoms[i]->get_vx(),
346 >                 atoms[i]->get_vy(),
347 >                 atoms[i]->get_vz());
348 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
349          
350 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
350 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
351            
352 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 <        dAtom->getQ( q );
352 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 >          dAtom->getQ( q );
354            
355 <        sprintf( tempBuffer,
356 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 <                 q[0],
358 <                 q[1],
359 <                 q[2],
360 <                 q[3],
361 <                 dAtom->getJx(),
362 <                 dAtom->getJy(),
363 <                 dAtom->getJz());
364 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
355 >          sprintf( tempBuffer,
356 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 >                   q[0],
358 >                   q[1],
359 >                   q[2],
360 >                   q[3],
361 >                   dAtom->getJx(),
362 >                   dAtom->getJy(),
363 >                   dAtom->getJz());
364 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
365 >        }
366 >        else
367 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
368 >        
369 >      } else {
370 >        
371 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
372 >        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
373 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
374        }
375 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
375 >      
376        finalOut << writeLine;
440 –      masterIndex++;
377      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
378      
379 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
380 <       procIndex++){
381 <
448 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
452 <
453 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
454 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
455 <        
456 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
474 <
475 <      // recieve the nodes writeLines
476 <
477 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
481 <
482 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
485 <
486 <      finalOut.flush();
379 >    // kill everyone off:
380 >    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
381 >      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
382      }
383  
384 <    else if( worldRank == procIndex ){
384 >  } else {
385 >    
386 >    done = 0;
387 >    while (!done) {
388 >      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
389 >                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
390  
391 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
392 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
393 <        
394 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
391 >      if (which_atom == GAME_OVER) {
392 >        done=1;
393 >        continue;
394 >      } else {
395  
396 <      // send current node's configuration line by line.
504 <
505 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
506 <          
396 >        //format the line
397          sprintf( tempBuffer,
398                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
399 <                 atoms[i]->getType(),
400 <                 atoms[i]->getX(),
401 <                 atoms[i]->getY(),
402 <                 atoms[i]->getZ(),
403 <                 atoms[i]->get_vx(),
404 <                 atoms[i]->get_vy(),
405 <                 atoms[i]->get_vz());
399 >                 atoms[which_atom]->getType(),
400 >                 atoms[which_atom]->getX(),
401 >                 atoms[which_atom]->getY(),
402 >                 atoms[which_atom]->getZ(),
403 >                 atoms[which_atom]->get_vx(),
404 >                 atoms[which_atom]->get_vy(),
405 >                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
406          strcpy( writeLine, tempBuffer );
407            
408 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
408 >        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
409              
410 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
410 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
411            dAtom->getQ( q );
412              
413            sprintf( tempBuffer,
# Line 533 | Line 423 | void DumpWriter::writeFinal(){
423          }
424          else
425            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
426 <          
427 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
428 <                          MPI_COMM_WORLD);
426 >        
427 >        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
428 >                             TAKE_THIS_TAG);
429        }
430      }
431 <      
432 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
433 <            procIndex);
434 <    MPIcheckPoint();
435 <  }
431 >  }  
432 >  finalOut.flush();
433 >  sprintf( checkPointMsg,
434 >           "Sucessfully took a dump.\n");
435 >  MPIcheckPoint();
436  
437 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
548 <
549 <    
437 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
438   #endif // is_mpi
439   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines