ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 437 by chuckv, Fri Mar 28 22:34:02 2003 UTC vs.
Revision 450 by mmeineke, Thu Apr 3 21:12:51 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8   #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9   #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 +
11 + namespace dWrite{
12 +  void nodeZeroError( void );
13 +  void anonymousNodeDie( void );
14 + }
15 +
16 + using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 66 | Line 72 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
72    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73    char writeLine[BUFFERSIZE];
74  
75 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
75 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
76    double q[4];
77    DirectionalAtom* dAtom;
78    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 121 | Line 127 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
127  
128   #else // is_mpi
129  
130 <  MPI::Status istatus;
130 >  // first thing first, suspend fatalities.
131 >  painCave.isEventLoop = 1;
132 >
133 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
134 >  int haveError;
135 >
136 >  MPI_Status istatus;
137    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
138    
139    // write out header and node 0's coordinates
# Line 141 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153        
154        if (which_node == 0 ) {
155          
156 +        haveError = 0;
157          which_atom = i;
158          local_index=-1;        
159          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
# Line 180 | Line 193 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
193              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
194          }
195          else {
196 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
196 >          sprintf(painCave.errMsg,
197 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
198 >                  i, worldRank );
199 >          haveError= 1;
200 >          simError();
201          }
202 <      }
202 >        
203 >        if(haveError) nodeZeroError();
204 >
205 >      }
206        else {
207 <        
208 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
209 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
210 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
211 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
212 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
213 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
207 >        myStatus = 1;
208 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
209 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
210 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
211 >                 MPI_COMM_WORLD);
212 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
216 >        
217 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
218 >
219        }
220        
221        outFile << writeLine;
# Line 198 | Line 223 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
223      }
224      
225      // kill everyone off:
226 <    game_over = -1;
226 >    myStatus = -1;
227      for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
228 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
230      }
231  
232    } else {
233      
234      done = 0;
235      while (!done) {
236 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
237 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
238 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
239 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
240 <      if (which_atom == -1) {
241 <        done=1;
242 <        continue;
243 <      } else {
244 <        local_index=-1;        
245 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
246 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
247 <        }
248 <        if (local_index != -1) {
249 <          //format the line
250 <          sprintf( tempBuffer,
251 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
252 <                   atoms[local_index]->getType(),
253 <                   atoms[local_index]->getX(),
254 <                   atoms[local_index]->getY(),
255 <                   atoms[local_index]->getZ(),
256 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
257 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
258 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
259 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
236 >      
237 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 >
240 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 >      
242 >      if(myStatus < 0) break;
243 >
244 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
245 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >      
247 >      myStatus = 1;
248 >      local_index=-1;        
249 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 >      }
252 >      if (local_index != -1) {
253 >        //format the line
254 >        sprintf( tempBuffer,
255 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 >                 atoms[local_index]->getType(),
257 >                 atoms[local_index]->getX(),
258 >                 atoms[local_index]->getY(),
259 >                 atoms[local_index]->getZ(),
260 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 >        
265 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266            
267 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
268 <            
269 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
270 <            dAtom->getQ( q );
271 <            
272 <            sprintf( tempBuffer,
273 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
274 <                     q[0],
275 <                     q[1],
276 <                     q[2],
277 <                     q[3],
278 <                     dAtom->getJx(),
279 <                     dAtom->getJy(),
280 <                     dAtom->getJz());
281 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
282 <          }
283 <          else
284 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
285 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
286 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
287 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
288 <        } else {
289 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
290 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
291 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
292 <        }
267 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 >          dAtom->getQ( q );
269 >          
270 >          sprintf( tempBuffer,
271 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 >                   q[0],
273 >                   q[1],
274 >                   q[2],
275 >                   q[3],
276 >                   dAtom->getJx(),
277 >                   dAtom->getJy(),
278 >                   dAtom->getJz());
279 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
280 >        }
281 >        else{
282 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 >        }
284 >      }
285 >      else {
286 >        sprintf(painCave.errMsg,
287 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 >                which_atom, worldRank );
289 >        myStatus = 0;
290 >        simError();
291 >
292 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293        }
294 +
295 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
296 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
297 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
299      }
300    }  
301    outFile.flush();
302    sprintf( checkPointMsg,
303             "Sucessfully took a dump.\n");
304    MPIcheckPoint();
305 +
306 + // last  thing last, enable  fatalities.
307 +  painCave.isEventLoop = 0;
308 +
309   #endif // is_mpi
310   }
311  
# Line 357 | Line 398 | void DumpWriter::writeFinal(){
398  
399   #else // is_mpi
400    
401 <  MPI::Status istatus;
401 >  // first thing first, suspend fatalities.
402 >  painCave.isEventLoop = 1;
403 >
404 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
405 >  int haveError;
406 >
407 >  MPI_Status istatus;
408    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
409  
410    // write out header and node 0's coordinates
411    
412 +  haveError = 0;
413    if( worldRank == 0 ){
414      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
415      
# Line 413 | Line 461 | void DumpWriter::writeFinal(){
461              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462          }
463          else {
464 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
464 >          sprintf(painCave.errMsg,
465 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
466 >                  i, worldRank );
467 >          haveError= 1;
468 >          simError();
469          }
470 +
471 +        if(haveError) nodeZeroError();
472      
473 <      } else {
473 >      }
474 >      else {
475          
476 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
477 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
478 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
476 >        myStatus = 1;
477 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
478 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
480 >                 MPI_COMM_WORLD);
481 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
484 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
485 >        
486 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
487        }
488        
489        finalOut << writeLine;
490      }
491      
492      // kill everyone off:
493 <    game_over = -1;
494 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
495 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
493 >    myStatus = -1;
494 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
495 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
496 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
497      }
498  
499    } else {
500      
501      done = 0;
502      while (!done) {
439 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
440 –                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
503  
504 <      if (which_atom == -1) {
505 <        done=1;
506 <        continue;
507 <      } else {
504 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
505 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
506 >      
507 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
508 >      
509 >      if(myStatus < 0) break;
510 >      
511 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
512 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
513 >      
514 >      myStatus = 1;
515 >      local_index=-1;        
516 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
517 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
518 >      }
519 >      if (local_index != -1) {
520  
521 <        local_index=-1;        
522 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
523 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
524 <        }
525 <        if (local_index != -1) {
526 <
527 <          //format the line
528 <          sprintf( tempBuffer,
529 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
530 <                   atoms[local_index]->getType(),
531 <                   atoms[local_index]->getX(),
532 <                   atoms[local_index]->getY(),
533 <                   atoms[local_index]->getZ(),
460 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
461 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
462 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
463 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
521 >        //format the line
522 >        sprintf( tempBuffer,
523 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
524 >                 atoms[local_index]->getType(),
525 >                 atoms[local_index]->getX(),
526 >                 atoms[local_index]->getY(),
527 >                 atoms[local_index]->getZ(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
529 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
530 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
531 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
532 >        
533 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534            
535 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
536 <            
537 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
538 <            dAtom->getQ( q );
539 <            
540 <            sprintf( tempBuffer,
541 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
542 <                     q[0],
543 <                     q[1],
544 <                     q[2],
545 <                     q[3],
546 <                     dAtom->getJx(),
547 <                     dAtom->getJy(),
548 <                     dAtom->getJz());
549 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
550 <          }
551 <          else
552 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
553 <          
554 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
555 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
556 <        } else {
557 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
558 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
559 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
560 <        }
535 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536 >          dAtom->getQ( q );
537 >          
538 >          sprintf( tempBuffer,
539 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540 >                   q[0],
541 >                   q[1],
542 >                   q[2],
543 >                   q[3],
544 >                   dAtom->getJx(),
545 >                   dAtom->getJy(),
546 >                   dAtom->getJz());
547 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
548 >        }
549 >        else{
550 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 >        }
552 >      }
553 >      else {
554 >        sprintf(painCave.errMsg,
555 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
556 >                which_atom, worldRank );
557 >        myStatus = 0;
558 >        simError();
559 >        
560 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
561        }
562 +
563 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
564 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
565 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
566 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
567      }
568    }
569    finalOut.flush();
570    sprintf( checkPointMsg,
571             "Sucessfully took a dump.\n");
572    MPIcheckPoint();
573 <
573 >  
574    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
575   #endif // is_mpi
576   }
577 +
578 +
579 +
580 + #ifdef IS_MPI
581 +
582 + // a couple of functions to let us escape the write loop
583 +
584 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
585 +  int j, myStatus;
586 +  
587 +  myStatus = 0;
588 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
589 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
590 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
591 +  }  
592 +  
593 +
594 +  MPI_Finalize();
595 +  exit (0);
596 +  
597 + }
598 +
599 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
600 +
601 +  MPI_Finalize();
602 +  exit (0);
603 + }
604 +
605 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines