ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 378 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
Revision 469 by mmeineke, Mon Apr 7 20:06:31 2003 UTC

# Line 5 | Line 5
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
20   #include "simError.h"
21  
14 –
15 –
16 –
17 –
22   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
23  
24    entry_plug = the_entry_plug;
25  
26 +  std::cerr << "Look at me I'm a freebird!\n";
27 +
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
# Line 37 | Line 43 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
43        painCave.isFatal = 1;
44        simError();
45      }
46 <  
46 >
47 >    std::cerr << "me TOO!\n";
48 >
49      //outFile.setf( ios::scientific );
50  
51   #ifdef IS_MPI
# Line 68 | Line 76 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
76    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
77    char writeLine[BUFFERSIZE];
78  
79 <  int i;
79 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
80    double q[4];
81    DirectionalAtom* dAtom;
82    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 123 | Line 131 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
131  
132   #else // is_mpi
133  
134 <  int masterIndex;
135 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
134 >  // first thing first, suspend fatalities.
135 >  painCave.isEventLoop = 1;
136  
137 <    
138 <  // write out header and node 0's coordinates
137 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
138 >  int haveError;
139  
140 +  MPI_Status istatus;
141 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
142 +  
143 +  // write out header and node 0's coordinates
144 +  
145    if( worldRank == 0 ){
146      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
147 <      
147 >    
148      outFile << currentTime << "\t"
149              << entry_plug->box_x << "\t"
150              << entry_plug->box_y << "\t"
151              << entry_plug->box_z << "\n";
152 <
153 <    masterIndex = 0;
154 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
152 >    outFile.flush();
153 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
154 >      // Get the Node number which has this atom;
155        
156 <      sprintf( tempBuffer,
157 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
158 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
156 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
157 >      
158 >      if (which_node == 0 ) {
159          
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
160 >        haveError = 0;
161 >        which_atom = i;
162 >        local_index=-1;        
163 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
164 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
165 >        }
166 >        if (local_index != -1) {
167 >          //format the line
168 >          sprintf( tempBuffer,
169 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
170 >                   atoms[local_index]->getType(),
171 >                   atoms[local_index]->getX(),
172 >                   atoms[local_index]->getY(),
173 >                   atoms[local_index]->getZ(),
174 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
175 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
176 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
177 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
178            
179 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
180 <        dAtom->getQ( q );
181 <          
182 <        sprintf( tempBuffer,
183 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
184 <                 q[0],
185 <                 q[1],
186 <                 q[2],
187 <                 q[3],
188 <                 dAtom->getJx(),
189 <                 dAtom->getJy(),
190 <                 dAtom->getJz());
191 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
179 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
180 >            
181 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
182 >            dAtom->getQ( q );
183 >            
184 >            sprintf( tempBuffer,
185 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
186 >                     q[0],
187 >                     q[1],
188 >                     q[2],
189 >                     q[3],
190 >                     dAtom->getJx(),
191 >                     dAtom->getJy(),
192 >                     dAtom->getJz());
193 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
194 >            
195 >          }
196 >          else
197 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
198 >        }
199 >        else {
200 >          sprintf(painCave.errMsg,
201 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
202 >                  i, worldRank );
203 >          haveError= 1;
204 >          simError();
205 >        }
206 >        
207 >        if(haveError) nodeZeroError();
208 >
209        }
210 <      else
211 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
210 >      else {
211 >        myStatus = 1;
212 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
214 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
215 >                 MPI_COMM_WORLD);
216 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
217 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
219 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
220          
221 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
222 +
223 +      }
224 +      
225        outFile << writeLine;
226 <      masterIndex++;
226 >      outFile.flush();
227      }
228 <    outFile.flush();
229 <  }
228 >    
229 >    // kill everyone off:
230 >    myStatus = -1;
231 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
232 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
233 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
234 >    }
235  
236 <  sprintf( checkPointMsg,
186 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 <  MPIcheckPoint();
236 >  } else {
237      
238 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
239 <       procIndex++){
238 >    done = 0;
239 >    while (!done) {
240 >      
241 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
242 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243  
244 <    if( worldRank == 0 ){
244 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
245        
246 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
247 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
246 >      if(myStatus < 0) break;
247 >
248 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
249 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
250        
251 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
252 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
253 <      
254 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
251 >      myStatus = 1;
252 >      local_index=-1;        
253 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
254 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
255        }
256 <      
257 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
230 <
231 <    else if( worldRank == procIndex ){
232 <
233 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
234 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
235 <
236 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
256 >      if (local_index != -1) {
257 >        //format the line
258          sprintf( tempBuffer,
259                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
260 <                 atoms[i]->getType(),
261 <                 atoms[i]->getX(),
262 <                 atoms[i]->getY(),
263 <                 atoms[i]->getZ(),
264 <                 atoms[i]->get_vx(),
265 <                 atoms[i]->get_vy(),
266 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
260 >                 atoms[local_index]->getType(),
261 >                 atoms[local_index]->getX(),
262 >                 atoms[local_index]->getY(),
263 >                 atoms[local_index]->getZ(),
264 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
265 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
266 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
267          strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 +        
269 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
270            
271 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
263 <            
264 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
271 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
272            dAtom->getQ( q );
273 <            
273 >          
274            sprintf( tempBuffer,
275                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
276                     q[0],
# Line 275 | Line 282 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
282                     dAtom->getJz());
283            strcat( writeLine, tempBuffer );
284          }
285 <        else
285 >        else{
286            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 <          
288 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
289 <                          MPI_COMM_WORLD);
287 >        }
288 >      }
289 >      else {
290 >        sprintf(painCave.errMsg,
291 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
292 >                which_atom, worldRank );
293 >        myStatus = 0;
294 >        simError();
295 >
296 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
297        }
298 +
299 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
300 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
301 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
302 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303      }
304 <      
305 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
306 <            procIndex);
307 <    MPIcheckPoint();
308 <  }
309 <    
304 >  }  
305 >  outFile.flush();
306 >  sprintf( checkPointMsg,
307 >           "Sucessfully took a dump.\n");
308 >  MPIcheckPoint();
309 >
310 > // last  thing last, enable  fatalities.
311 >  painCave.isEventLoop = 0;
312 >
313   #endif // is_mpi
314   }
315  
294 –
295 –
316   void DumpWriter::writeFinal(){
317  
318 +  char finalName[500];
319 +  ofstream finalOut;
320  
321    const int BUFFERSIZE = 2000;
322 <  char tempBuffer[500];
323 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
302 <  
303 <  char finalName[500];
322 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
323 >  char writeLine[BUFFERSIZE];  
324  
305 –  int i;
325    double q[4];
326    DirectionalAtom* dAtom;
327    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
328    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
329 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
330    
311 –  ofstream finalOut;
331    
332   #ifdef IS_MPI
333    if(worldRank == 0 ){
# Line 335 | Line 354 | void DumpWriter::writeFinal(){
354    
355   #endif //is_mpi
356  
357 <    
339 <
357 >  
358   #ifndef IS_MPI
359      
360    finalOut << nAtoms << "\n";
# Line 344 | Line 362 | void DumpWriter::writeFinal(){
362    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
363             << entry_plug->box_y << "\t"
364             << entry_plug->box_z << "\n";
365 <    
365 >  
366    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
367        
368      sprintf( tempBuffer,
# Line 380 | Line 398 | void DumpWriter::writeFinal(){
398      finalOut << writeLine;
399    }
400    finalOut.flush();
401 +  finalOut.close();
402  
403   #else // is_mpi
404 +  
405 +  // first thing first, suspend fatalities.
406 +  painCave.isEventLoop = 1;
407  
408 <  int masterIndex;
409 <  int nodeAtomsStart;
388 <  int nodeAtomsEnd;
389 <  int mpiErr;
390 <  int sendError;
391 <  int procIndex;
392 <    
393 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
394 <
395 <    
396 <  // write out header and node 0's coordinates
408 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
409 >  int haveError;
410  
411 +  MPI_Status istatus;
412 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
413 +
414 +  // write out header and node 0's coordinates
415 +  
416 +  haveError = 0;
417    if( worldRank == 0 ){
418      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
419 <      
419 >    
420      finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
421 <             << entry_plug->box_y << "\t"
422 <             << entry_plug->box_z << "\n";
421 >            << entry_plug->box_y << "\t"
422 >            << entry_plug->box_z << "\n";
423      
424 <    masterIndex = 0;
425 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
424 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
425 >      // Get the Node number which has this molecule:
426        
427 <      sprintf( tempBuffer,
428 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <               atoms[i]->getType(),
430 <               atoms[i]->getX(),
431 <               atoms[i]->getY(),
432 <               atoms[i]->getZ(),
433 <               atoms[i]->get_vx(),
434 <               atoms[i]->get_vy(),
435 <               atoms[i]->get_vz());
436 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
437 <        
438 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
427 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
428 >      
429 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
430 >
431 >        which_atom = i;
432 >        local_index=-1;        
433 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
434 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
435 >        }
436 >        if (local_index != -1) {        
437 >          sprintf( tempBuffer,
438 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
439 >                   atoms[local_index]->getType(),
440 >                   atoms[local_index]->getX(),
441 >                   atoms[local_index]->getY(),
442 >                   atoms[local_index]->getZ(),
443 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
444 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
445 >                   atoms[local_index]->get_vz());
446 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
447            
448 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
449 <        dAtom->getQ( q );
450 <          
451 <        sprintf( tempBuffer,
452 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
453 <                 q[0],
454 <                 q[1],
455 <                 q[2],
456 <                 q[3],
457 <                 dAtom->getJx(),
458 <                 dAtom->getJy(),
459 <                 dAtom->getJz());
460 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
461 <      }
462 <      else
463 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
448 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
449 >            
450 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
451 >            dAtom->getQ( q );
452 >            
453 >            sprintf( tempBuffer,
454 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
455 >                     q[0],
456 >                     q[1],
457 >                     q[2],
458 >                     q[3],
459 >                     dAtom->getJx(),
460 >                     dAtom->getJy(),
461 >                     dAtom->getJz());
462 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
463 >          }
464 >          else
465 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
466 >        }
467 >        else {
468 >          sprintf(painCave.errMsg,
469 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
470 >                  i, worldRank );
471 >          haveError= 1;
472 >          simError();
473 >        }
474 >
475 >        if(haveError) nodeZeroError();
476 >    
477 >      }
478 >      else {
479 >        
480 >        myStatus = 1;
481 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
483 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
484 >                 MPI_COMM_WORLD);
485 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
486 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
487 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
488 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
489          
490 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
491 +      }
492 +      
493        finalOut << writeLine;
440 –      masterIndex++;
494      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
495      
496 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
497 <       procIndex++){
496 >    // kill everyone off:
497 >    myStatus = -1;
498 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
499 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
500 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
501 >    }
502  
503 <    if( worldRank == 0 ){
504 <        
505 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
506 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
503 >  } else {
504 >    
505 >    done = 0;
506 >    while (!done) {
507  
508 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
509 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
510 <        
511 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
512 <      // receiving node expects it to be.
513 <        
514 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
515 <        sendError = 1;
516 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
517 <                          MPI_COMM_WORLD);
518 <        sprintf(painCave.errMsg,
519 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
520 <                "node %d not equal to master index (%d)",
521 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
508 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
509 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
510 >      
511 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
512 >      
513 >      if(myStatus < 0) break;
514 >      
515 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
516 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
517 >      
518 >      myStatus = 1;
519 >      local_index=-1;        
520 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522        }
523 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
523 >      if (local_index != -1) {
524  
525 <      // recieve the nodes writeLines
476 <
477 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
481 <
482 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
485 <
486 <      finalOut.flush();
487 <    }
488 <
489 <    else if( worldRank == procIndex ){
490 <
491 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
492 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
493 <        
494 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
502 <
503 <      // send current node's configuration line by line.
504 <
505 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
506 <          
525 >        //format the line
526          sprintf( tempBuffer,
527                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 <                 atoms[i]->getType(),
529 <                 atoms[i]->getX(),
530 <                 atoms[i]->getY(),
531 <                 atoms[i]->getZ(),
532 <                 atoms[i]->get_vx(),
533 <                 atoms[i]->get_vy(),
534 <                 atoms[i]->get_vz());
528 >                 atoms[local_index]->getType(),
529 >                 atoms[local_index]->getX(),
530 >                 atoms[local_index]->getY(),
531 >                 atoms[local_index]->getZ(),
532 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
533 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
534 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
535          strcpy( writeLine, tempBuffer );
536 +        
537 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
538            
539 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
519 <            
520 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
539 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
540            dAtom->getQ( q );
541 <            
541 >          
542            sprintf( tempBuffer,
543                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
544                     q[0],
# Line 531 | Line 550 | void DumpWriter::writeFinal(){
550                     dAtom->getJz());
551            strcat( writeLine, tempBuffer );
552          }
553 <        else
553 >        else{
554            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
555 <          
556 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
557 <                          MPI_COMM_WORLD);
555 >        }
556 >      }
557 >      else {
558 >        sprintf(painCave.errMsg,
559 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
560 >                which_atom, worldRank );
561 >        myStatus = 0;
562 >        simError();
563 >        
564 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
565        }
566 +
567 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
568 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
569 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
570 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
571      }
541 –      
542 –    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
543 –            procIndex);
544 –    MPIcheckPoint();
572    }
573 +  finalOut.flush();
574 +  sprintf( checkPointMsg,
575 +           "Sucessfully took a dump.\n");
576 +  MPIcheckPoint();
577 +  
578 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
579 + #endif // is_mpi
580 + }
581  
547 –  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
582  
583 <    
584 < #endif // is_mpi
583 >
584 > #ifdef IS_MPI
585 >
586 > // a couple of functions to let us escape the write loop
587 >
588 > void dWrite::nodeZeroError( void ){
589 >  int j, myStatus;
590 >  
591 >  myStatus = 0;
592 >  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
593 >    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
594 >              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
595 >  }  
596 >  
597 >
598 >  MPI_Finalize();
599 >  exit (0);
600 >  
601   }
602 +
603 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
604 +
605 +  MPI_Finalize();
606 +  exit (0);
607 + }
608 +
609 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines