ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC vs.
Revision 440 by mmeineke, Tue Apr 1 16:49:17 2003 UTC

# Line 6 | Line 6
6   #include <mpi.h>
7   #include <mpi++.h>
8   #include "mpiSimulation.hpp"
9 < #define TAKE_THIS_TAG 0
9 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
10 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
11 >
12 > namespace dWrite{
13 >  void nodeZeroError( void );
14 >  void anonymousNodeDie( void );
15 > }
16 >
17 > using namespace dWrite;
18   #endif //is_mpi
19  
20   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 120 | Line 128 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
128  
129   #else // is_mpi
130  
131 +  // first thing first, suspend fatalities.
132 +  painCave.isEventLoop = 1;
133 +
134 +  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
135 +  int haveError;
136 +
137    MPI::Status istatus;
138    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
139    
# Line 132 | Line 146 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
146              << entry_plug->box_x << "\t"
147              << entry_plug->box_y << "\t"
148              << entry_plug->box_z << "\n";
149 <    
149 >    outFile.flush();
150      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
151        // Get the Node number which has this atom;
152        
153        which_node = AtomToProcMap[i];    
154        
155 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
155 >      if (which_node == 0 ) {
156          
157 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
158 <          
159 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
160 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
188 <
189 <  } else {
190 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 <      
196 <      if (which_atom == -1) {
197 <        done=1;
198 <        continue;
199 <      } else {
200 <        local_index=-1;        
201 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
157 >        haveError = 0;
158 >        which_atom = i;
159 >        local_index=-1;        
160 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
161            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
162          }
163          if (local_index != -1) {
# Line 229 | Line 188 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
188                       dAtom->getJy(),
189                       dAtom->getJz());
190              strcat( writeLine, tempBuffer );
191 <          }
192 <          else
193 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
194 <          
195 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
196 <                               TAKE_THIS_TAG);
197 <        } else {
198 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
199 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
200 <                               TAKE_THIS_TAG);
201 <        }
191 >            
192 >          }
193 >          else
194 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
195 >        }
196 >        else {
197 >          sprintf(painCave.errMsg,
198 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
199 >                  i, worldRank );
200 >          haveError= 1;
201 >          simError();
202 >        }
203 >        
204 >        if(haveError) nodeZeroError();
205 >
206        }
207 +      else {
208 +        myStatus = 1;
209 +        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
210 +                             TAKE_THIS_TAG_INT);
211 +        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
212 +        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 +                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
214 +        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 +                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
216 +        
217 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
218 +
219 +      }
220 +      
221 +      outFile << writeLine;
222 +      outFile.flush();
223      }
224 +    
225 +    // kill everyone off:
226 +    myStatus = -1;
227 +    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 +      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 +                           TAKE_THIS_TAG_INT);
230 +    }
231 +
232 +  } else {
233 +    
234 +    done = 0;
235 +    while (!done) {
236 +      
237 +      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 +                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
239 +
240 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 +      
242 +      if(myStatus < 0) break;
243 +
244 +      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
245 +                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
246 +      
247 +      myStatus = 1;
248 +      local_index=-1;        
249 +      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 +        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 +      }
252 +      if (local_index != -1) {
253 +        //format the line
254 +        sprintf( tempBuffer,
255 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 +                 atoms[local_index]->getType(),
257 +                 atoms[local_index]->getX(),
258 +                 atoms[local_index]->getY(),
259 +                 atoms[local_index]->getZ(),
260 +                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 +                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 +                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 +        
265 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266 +          
267 +          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 +          dAtom->getQ( q );
269 +          
270 +          sprintf( tempBuffer,
271 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 +                   q[0],
273 +                   q[1],
274 +                   q[2],
275 +                   q[3],
276 +                   dAtom->getJx(),
277 +                   dAtom->getJy(),
278 +                   dAtom->getJz());
279 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
280 +        }
281 +        else{
282 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 +        }
284 +      }
285 +      else {
286 +        sprintf(painCave.errMsg,
287 +                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 +                which_atom, worldRank );
289 +        myStatus = 0;
290 +        simError();
291 +
292 +        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293 +      }
294 +
295 +      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
296 +                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
297 +      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 +                            TAKE_THIS_TAG_INT);
299 +    }
300    }  
301    outFile.flush();
302    sprintf( checkPointMsg,
303             "Sucessfully took a dump.\n");
304    MPIcheckPoint();
305 +
306 + // last  thing last, enable  fatalities.
307 +  painCave.isEventLoop = 0;
308 +
309   #endif // is_mpi
310   }
311  
# Line 339 | Line 398 | void DumpWriter::writeFinal(){
398  
399   #else // is_mpi
400    
401 +  // first thing first, suspend fatalities.
402 +  painCave.isEventLoop = 1;
403 +
404 +  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
405 +  int haveError;
406 +
407    MPI::Status istatus;
408    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
409  
410    // write out header and node 0's coordinates
411    
412 +  haveError = 0;
413    if( worldRank == 0 ){
414      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
415      
# Line 357 | Line 423 | void DumpWriter::writeFinal(){
423        which_node = AtomToProcMap[i];    
424        
425        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
426 <        
427 <        sprintf( tempBuffer,
428 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <                 atoms[i]->getType(),
430 <                 atoms[i]->getX(),
365 <                 atoms[i]->getY(),
366 <                 atoms[i]->getZ(),
367 <                 atoms[i]->get_vx(),
368 <                 atoms[i]->get_vy(),
369 <                 atoms[i]->get_vz());
370 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
371 <        
372 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
373 <          
374 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
375 <          dAtom->getQ( q );
376 <          
377 <          sprintf( tempBuffer,
378 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
379 <                   q[0],
380 <                   q[1],
381 <                   q[2],
382 <                   q[3],
383 <                   dAtom->getJx(),
384 <                   dAtom->getJy(),
385 <                   dAtom->getJz());
386 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
426 >
427 >        which_atom = i;
428 >        local_index=-1;        
429 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
430 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
431          }
432 <        else
433 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
432 >        if (local_index != -1) {        
433 >          sprintf( tempBuffer,
434 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
435 >                   atoms[local_index]->getType(),
436 >                   atoms[local_index]->getX(),
437 >                   atoms[local_index]->getY(),
438 >                   atoms[local_index]->getZ(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
440 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
441 >                   atoms[local_index]->get_vz());
442 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
443 >          
444 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
445 >            
446 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
447 >            dAtom->getQ( q );
448 >            
449 >            sprintf( tempBuffer,
450 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 >                     q[0],
452 >                     q[1],
453 >                     q[2],
454 >                     q[3],
455 >                     dAtom->getJx(),
456 >                     dAtom->getJy(),
457 >                     dAtom->getJz());
458 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
459 >          }
460 >          else
461 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462 >        }
463 >        else {
464 >          sprintf(painCave.errMsg,
465 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
466 >                  i, worldRank );
467 >          haveError= 1;
468 >          simError();
469 >        }
470 >
471 >        if(haveError) nodeZeroError();
472 >    
473 >      }
474 >      else {
475          
476 <      } else {
477 <        
478 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
476 >        myStatus = 1;
477 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
478 >                             TAKE_THIS_TAG_INT);
479 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
480          MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
481 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
481 >                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
482 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
483 >                             TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
484 >        
485 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
486        }
487        
488        finalOut << writeLine;
489      }
490      
491      // kill everyone off:
492 <    game_over = -1;
493 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
494 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
492 >    myStatus = -1;
493 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
494 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
495 >                           TAKE_THIS_TAG_INT);
496      }
497  
498    } else {
499      
500      done = 0;
501      while (!done) {
502 +
503 +      MPI::COMM_WORLD.Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
504 +                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
505 +      
506 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
507 +      
508 +      if(myStatus < 0) break;
509 +      
510        MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
511 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
511 >                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
512 >      
513 >      myStatus = 1;
514 >      local_index=-1;        
515 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
516 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
517 >      }
518 >      if (local_index != -1) {
519  
520 <      if (which_atom == -1) {
521 <        done=1;
522 <        continue;
523 <      } else {
524 <
525 <        local_index=-1;        
526 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
527 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
528 <        }
529 <        if (local_index != -1) {
530 <
531 <          //format the line
532 <          sprintf( tempBuffer,
427 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
428 <                   atoms[local_index]->getType(),
429 <                   atoms[local_index]->getX(),
430 <                   atoms[local_index]->getY(),
431 <                   atoms[local_index]->getZ(),
432 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
433 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
434 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
435 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
520 >        //format the line
521 >        sprintf( tempBuffer,
522 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
523 >                 atoms[local_index]->getType(),
524 >                 atoms[local_index]->getX(),
525 >                 atoms[local_index]->getY(),
526 >                 atoms[local_index]->getZ(),
527 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
529 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
530 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
531 >        
532 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
533            
534 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
535 <            
536 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
537 <            dAtom->getQ( q );
538 <            
539 <            sprintf( tempBuffer,
540 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
541 <                     q[0],
542 <                     q[1],
543 <                     q[2],
544 <                     q[3],
545 <                     dAtom->getJx(),
546 <                     dAtom->getJy(),
547 <                     dAtom->getJz());
548 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
549 <          }
550 <          else
551 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
552 <          
553 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
554 <                               TAKE_THIS_TAG);
555 <        } else {
556 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
557 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
558 <                               TAKE_THIS_TAG);
559 <        }
534 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
535 >          dAtom->getQ( q );
536 >          
537 >          sprintf( tempBuffer,
538 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
539 >                   q[0],
540 >                   q[1],
541 >                   q[2],
542 >                   q[3],
543 >                   dAtom->getJx(),
544 >                   dAtom->getJy(),
545 >                   dAtom->getJz());
546 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
547 >        }
548 >        else{
549 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
550 >        }
551 >      }
552 >      else {
553 >        sprintf(painCave.errMsg,
554 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
555 >                which_atom, worldRank );
556 >        myStatus = 0;
557 >        simError();
558 >        
559 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
560        }
561 +
562 +      MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
563 +                           TAKE_THIS_TAG_CHAR);
564 +      MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
565 +                            TAKE_THIS_TAG_INT);
566      }
567    }
568    finalOut.flush();
569    sprintf( checkPointMsg,
570             "Sucessfully took a dump.\n");
571    MPIcheckPoint();
572 <
572 >  
573    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
574   #endif // is_mpi
575   }
576 +
577 +
578 +
579 + #ifdef IS_MPI
580 +
581 + // a couple of functions to let us escape the write loop
582 +
583 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
584 +  int j, myStatus;
585 +  
586 +  myStatus = 0;
587 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
588 +    MPI::COMM_WORLD.Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
589 +                          TAKE_THIS_TAG_INT);
590 +  }  
591 +  
592 +
593 +  MPI_Finalize();
594 +  exit (0);
595 +  
596 + }
597 +
598 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
599 +
600 +  MPI_Finalize();
601 +  exit (0);
602 + }
603 +
604 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines