ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 437 by chuckv, Fri Mar 28 22:34:02 2003 UTC vs.
Revision 483 by gezelter, Wed Apr 9 04:06:43 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8   #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9   #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 +
11 + namespace dWrite{
12 +  void nodeZeroError( void );
13 +  void anonymousNodeDie( void );
14 + }
15 +
16 + using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 21 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27    if(worldRank == 0 ){
28   #endif // is_mpi
29      
24 –
25 –    
30      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31      
32      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
# Line 35 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
# Line 66 | Line 70 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
71    char writeLine[BUFFERSIZE];
72  
73 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
73 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74    double q[4];
75    DirectionalAtom* dAtom;
76    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 121 | Line 125 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
125  
126   #else // is_mpi
127  
128 <  MPI::Status istatus;
128 >  // first thing first, suspend fatalities.
129 >  painCave.isEventLoop = 1;
130 >
131 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
132 >  int haveError;
133 >
134 >  MPI_Status istatus;
135    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
136    
137    // write out header and node 0's coordinates
# Line 141 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151        
152        if (which_node == 0 ) {
153          
154 +        haveError = 0;
155          which_atom = i;
156          local_index=-1;        
157          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
# Line 180 | Line 191 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
191              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
192          }
193          else {
194 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
194 >          sprintf(painCave.errMsg,
195 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
196 >                  i, worldRank );
197 >          haveError= 1;
198 >          simError();
199          }
200 <      }
200 >        
201 >        if(haveError) nodeZeroError();
202 >
203 >      }
204        else {
205 <        
206 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
207 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
208 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
209 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
210 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
211 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
205 >        myStatus = 1;
206 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
207 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
208 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
209 >                 MPI_COMM_WORLD);
210 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
211 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
212 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        
215 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
216 >
217        }
218        
219        outFile << writeLine;
# Line 198 | Line 221 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
221      }
222      
223      // kill everyone off:
224 <    game_over = -1;
224 >    myStatus = -1;
225      for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
226 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
226 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
227 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
228      }
229  
230    } else {
231      
232      done = 0;
233      while (!done) {
234 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
235 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
236 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
237 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
238 <      if (which_atom == -1) {
239 <        done=1;
240 <        continue;
241 <      } else {
242 <        local_index=-1;        
243 <        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
244 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
245 <        }
246 <        if (local_index != -1) {
247 <          //format the line
248 <          sprintf( tempBuffer,
249 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
250 <                   atoms[local_index]->getType(),
251 <                   atoms[local_index]->getX(),
252 <                   atoms[local_index]->getY(),
253 <                   atoms[local_index]->getZ(),
254 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
255 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
256 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
257 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
234 >      
235 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
236 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
237 >
238 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
239 >      
240 >      if(myStatus < 0) break;
241 >
242 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
243 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
244 >      
245 >      myStatus = 1;
246 >      local_index=-1;        
247 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
248 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
249 >      }
250 >      if (local_index != -1) {
251 >        //format the line
252 >        sprintf( tempBuffer,
253 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
254 >                 atoms[local_index]->getType(),
255 >                 atoms[local_index]->getX(),
256 >                 atoms[local_index]->getY(),
257 >                 atoms[local_index]->getZ(),
258 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
259 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
260 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
261 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
262 >        
263 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
264            
265 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266 <            
267 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 <            dAtom->getQ( q );
269 <            
270 <            sprintf( tempBuffer,
271 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 <                     q[0],
273 <                     q[1],
274 <                     q[2],
275 <                     q[3],
276 <                     dAtom->getJx(),
277 <                     dAtom->getJy(),
278 <                     dAtom->getJz());
279 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
280 <          }
281 <          else
282 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
284 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
285 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
286 <        } else {
287 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
288 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
289 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
290 <        }
265 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
266 >          dAtom->getQ( q );
267 >          
268 >          sprintf( tempBuffer,
269 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270 >                   q[0],
271 >                   q[1],
272 >                   q[2],
273 >                   q[3],
274 >                   dAtom->getJx(),
275 >                   dAtom->getJy(),
276 >                   dAtom->getJz());
277 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
278 >        }
279 >        else{
280 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
281 >        }
282 >      }
283 >      else {
284 >        sprintf(painCave.errMsg,
285 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
286 >                which_atom, worldRank );
287 >        myStatus = 0;
288 >        simError();
289 >
290 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
291        }
292 +
293 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
294 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
295 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
296 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
297      }
298    }  
299    outFile.flush();
300    sprintf( checkPointMsg,
301             "Sucessfully took a dump.\n");
302    MPIcheckPoint();
303 +
304 + // last  thing last, enable  fatalities.
305 +  painCave.isEventLoop = 0;
306 +
307   #endif // is_mpi
308   }
309  
# Line 357 | Line 396 | void DumpWriter::writeFinal(){
396  
397   #else // is_mpi
398    
399 <  MPI::Status istatus;
399 >  // first thing first, suspend fatalities.
400 >  painCave.isEventLoop = 1;
401 >
402 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
403 >  int haveError;
404 >
405 >  MPI_Status istatus;
406    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
407  
408    // write out header and node 0's coordinates
409    
410 +  haveError = 0;
411    if( worldRank == 0 ){
412      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
413      
# Line 413 | Line 459 | void DumpWriter::writeFinal(){
459              strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
460          }
461          else {
462 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
462 >          sprintf(painCave.errMsg,
463 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
464 >                  i, worldRank );
465 >          haveError= 1;
466 >          simError();
467          }
468 +
469 +        if(haveError) nodeZeroError();
470      
471 <      } else {
471 >      }
472 >      else {
473          
474 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
475 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
476 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
474 >        myStatus = 1;
475 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
476 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
477 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
478 >                 MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
481 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        
484 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
485        }
486        
487        finalOut << writeLine;
488      }
489      
490      // kill everyone off:
491 <    game_over = -1;
492 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
493 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
491 >    myStatus = -1;
492 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
493 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
494 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
495      }
496  
497    } else {
498      
499      done = 0;
500      while (!done) {
439 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
440 –                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
501  
502 <      if (which_atom == -1) {
503 <        done=1;
504 <        continue;
505 <      } else {
502 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
503 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
504 >      
505 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
506 >      
507 >      if(myStatus < 0) break;
508 >      
509 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
510 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
511 >      
512 >      myStatus = 1;
513 >      local_index=-1;        
514 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
515 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
516 >      }
517 >      if (local_index != -1) {
518  
519 <        local_index=-1;        
520 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 <        }
523 <        if (local_index != -1) {
524 <
525 <          //format the line
526 <          sprintf( tempBuffer,
527 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 <                   atoms[local_index]->getType(),
529 <                   atoms[local_index]->getX(),
530 <                   atoms[local_index]->getY(),
531 <                   atoms[local_index]->getZ(),
460 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
461 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
462 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
463 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
519 >        //format the line
520 >        sprintf( tempBuffer,
521 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
522 >                 atoms[local_index]->getType(),
523 >                 atoms[local_index]->getX(),
524 >                 atoms[local_index]->getY(),
525 >                 atoms[local_index]->getZ(),
526 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
527 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
529 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
530 >        
531 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
532            
533 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534 <            
535 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536 <            dAtom->getQ( q );
537 <            
538 <            sprintf( tempBuffer,
539 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540 <                     q[0],
541 <                     q[1],
542 <                     q[2],
543 <                     q[3],
544 <                     dAtom->getJx(),
545 <                     dAtom->getJy(),
546 <                     dAtom->getJz());
547 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
548 <          }
549 <          else
550 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 <          
552 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
553 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
554 <        } else {
555 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
556 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
557 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
558 <        }
533 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
534 >          dAtom->getQ( q );
535 >          
536 >          sprintf( tempBuffer,
537 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
538 >                   q[0],
539 >                   q[1],
540 >                   q[2],
541 >                   q[3],
542 >                   dAtom->getJx(),
543 >                   dAtom->getJy(),
544 >                   dAtom->getJz());
545 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
546 >        }
547 >        else{
548 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
549 >        }
550 >      }
551 >      else {
552 >        sprintf(painCave.errMsg,
553 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
554 >                which_atom, worldRank );
555 >        myStatus = 0;
556 >        simError();
557 >        
558 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
559        }
560 +
561 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
562 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
563 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
564 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
565      }
566    }
567    finalOut.flush();
568    sprintf( checkPointMsg,
569             "Sucessfully took a dump.\n");
570    MPIcheckPoint();
571 <
571 >  
572    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
573   #endif // is_mpi
574   }
575 +
576 +
577 +
578 + #ifdef IS_MPI
579 +
580 + // a couple of functions to let us escape the write loop
581 +
582 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
583 +  int j, myStatus;
584 +  
585 +  myStatus = 0;
586 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
587 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
588 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
589 +  }  
590 +  
591 +
592 +  MPI_Finalize();
593 +  exit (0);
594 +  
595 + }
596 +
597 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
598 +
599 +  MPI_Finalize();
600 +  exit (0);
601 + }
602 +
603 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines