ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 + #include <mpi++.h>
8   #include "mpiSimulation.hpp"
9   #define TAKE_THIS_TAG 0
10   #endif //is_mpi
# Line 11 | Line 12
12   #include "ReadWrite.hpp"
13   #include "simError.h"
14  
14 –
15 –
16 –
17 –
15   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
16  
17    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 68 | Line 65 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
65    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
66    char writeLine[BUFFERSIZE];
67  
68 <  int i;
68 >  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
69    double q[4];
70    DirectionalAtom* dAtom;
71    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 123 | Line 120 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
120  
121   #else // is_mpi
122  
123 <  int masterIndex;
124 <  int nodeAtomsStart;
125 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
134 <
135 <    
123 >  MPI::Status istatus;
124 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
125 >  
126    // write out header and node 0's coordinates
127 <
127 >  
128    if( worldRank == 0 ){
129      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
130 <      
130 >    
131      outFile << currentTime << "\t"
132              << entry_plug->box_x << "\t"
133              << entry_plug->box_y << "\t"
134              << entry_plug->box_z << "\n";
135 <
136 <    masterIndex = 0;
137 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
135 >    
136 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 >      // Get the Node number which has this molecule:
138        
139 <      sprintf( tempBuffer,
140 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
141 <               atoms[i]->getType(),
142 <               atoms[i]->getX(),
143 <               atoms[i]->getY(),
144 <               atoms[i]->getZ(),
145 <               atoms[i]->get_vx(),
146 <               atoms[i]->get_vy(),
147 <               atoms[i]->get_vz());
148 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
139 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
140 >      
141 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 >        
143 >        sprintf( tempBuffer,
144 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 >                 atoms[i]->getType(),
146 >                 atoms[i]->getX(),
147 >                 atoms[i]->getY(),
148 >                 atoms[i]->getZ(),
149 >                 atoms[i]->get_vx(),
150 >                 atoms[i]->get_vy(),
151 >                 atoms[i]->get_vz());
152 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
153          
154 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
154 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155            
156 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <        dAtom->getQ( q );
156 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 >          dAtom->getQ( q );
158            
159 <        sprintf( tempBuffer,
160 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                 q[0],
162 <                 q[1],
163 <                 q[2],
164 <                 q[3],
165 <                 dAtom->getJx(),
166 <                 dAtom->getJy(),
167 <                 dAtom->getJz());
168 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
159 >          sprintf( tempBuffer,
160 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 >                   q[0],
162 >                   q[1],
163 >                   q[2],
164 >                   q[3],
165 >                   dAtom->getJx(),
166 >                   dAtom->getJy(),
167 >                   dAtom->getJz());
168 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 >        }
170 >        else
171 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 >        
173 >      } else {
174 >        
175 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178        }
179 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 >      
180        outFile << writeLine;
180 –      masterIndex++;
181      }
182 –    outFile.flush();
183 –  }
184 –
185 –  sprintf( checkPointMsg,
186 –           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
187 –  MPIcheckPoint();
182      
183 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
184 <       procIndex++){
185 <
186 <    if( worldRank == 0 ){
193 <      
194 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
183 >    // kill everyone off:
184 >    game_over = -1;
185 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187      }
188  
189 <    else if( worldRank == procIndex ){
189 >  } else {
190 >    
191 >    done = 0;
192 >    while (!done) {
193 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 >                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
195  
196 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
197 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
196 >      if (which_atom == -1) {
197 >        done=1;
198 >        continue;
199 >      } else {
200  
201 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
237 <                        MPI_COMM_WORLD);
238 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
239 <                        MPI_COMM_WORLD);
240 <        
241 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
244 <
245 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
246 <
247 <      // send current node's configuration line by line.
248 <
249 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
250 <
201 >        //format the line
202          sprintf( tempBuffer,
203                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
204 <                 atoms[i]->getType(),
205 <                 atoms[i]->getX(),
206 <                 atoms[i]->getY(),
207 <                 atoms[i]->getZ(),
208 <                 atoms[i]->get_vx(),
209 <                 atoms[i]->get_vy(),
210 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
204 >                 atoms[which_atom]->getType(),
205 >                 atoms[which_atom]->getX(),
206 >                 atoms[which_atom]->getY(),
207 >                 atoms[which_atom]->getZ(),
208 >                 atoms[which_atom]->get_vx(),
209 >                 atoms[which_atom]->get_vy(),
210 >                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
211          strcpy( writeLine, tempBuffer );
212            
213 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
213 >        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
214              
215 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
215 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
216            dAtom->getQ( q );
217              
218            sprintf( tempBuffer,
# Line 277 | Line 228 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
228          }
229          else
230            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
231 <          
232 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
233 <                          MPI_COMM_WORLD);
231 >        
232 >        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
233 >                             TAKE_THIS_TAG);
234        }
235      }
236 <      
237 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
238 <            procIndex);
239 <    MPIcheckPoint();
240 <  }
290 <    
236 >  }  
237 >  outFile.flush();
238 >  sprintf( checkPointMsg,
239 >           "Sucessfully took a dump.\n");
240 >  MPIcheckPoint();
241   #endif // is_mpi
242   }
243  
294 –
295 –
244   void DumpWriter::writeFinal(){
245  
246 +  char finalName[500];
247 +  ofstream finalOut;
248  
249    const int BUFFERSIZE = 2000;
250 <  char tempBuffer[500];
251 <  char writeLine[BUFFERSIZE];
302 <  
303 <  char finalName[500];
250 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
251 >  char writeLine[BUFFERSIZE];  
252  
305 –  int i;
253    double q[4];
254    DirectionalAtom* dAtom;
255    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
256    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
257 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
258    
311 –  ofstream finalOut;
259    
260   #ifdef IS_MPI
261    if(worldRank == 0 ){
# Line 335 | Line 282 | void DumpWriter::writeFinal(){
282    
283   #endif //is_mpi
284  
285 <    
339 <
285 >  
286   #ifndef IS_MPI
287      
288    finalOut << nAtoms << "\n";
# Line 344 | Line 290 | void DumpWriter::writeFinal(){
290    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
291             << entry_plug->box_y << "\t"
292             << entry_plug->box_z << "\n";
293 <    
293 >  
294    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
295        
296      sprintf( tempBuffer,
# Line 380 | Line 326 | void DumpWriter::writeFinal(){
326      finalOut << writeLine;
327    }
328    finalOut.flush();
329 +  finalOut.close();
330  
331   #else // is_mpi
332 +  
333 +  MPI::Status istatus;
334 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
335  
386 –  int masterIndex;
387 –  int nodeAtomsStart;
388 –  int nodeAtomsEnd;
389 –  int mpiErr;
390 –  int sendError;
391 –  int procIndex;
392 –    
393 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
394 –
395 –    
336    // write out header and node 0's coordinates
337 <
337 >  
338    if( worldRank == 0 ){
339      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
340 <      
340 >    
341      finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
342 <             << entry_plug->box_y << "\t"
343 <             << entry_plug->box_z << "\n";
342 >            << entry_plug->box_y << "\t"
343 >            << entry_plug->box_z << "\n";
344      
345 <    masterIndex = 0;
346 <    
407 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
345 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
346 >      // Get the Node number which has this molecule:
347        
348 <      sprintf( tempBuffer,
349 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
350 <               atoms[i]->getType(),
351 <               atoms[i]->getX(),
352 <               atoms[i]->getY(),
353 <               atoms[i]->getZ(),
354 <               atoms[i]->get_vx(),
355 <               atoms[i]->get_vy(),
356 <               atoms[i]->get_vz());
357 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
348 >      which_node = AtomToProcMap[i];    
349 >      
350 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
351 >        
352 >        sprintf( tempBuffer,
353 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
354 >                 atoms[i]->getType(),
355 >                 atoms[i]->getX(),
356 >                 atoms[i]->getY(),
357 >                 atoms[i]->getZ(),
358 >                 atoms[i]->get_vx(),
359 >                 atoms[i]->get_vy(),
360 >                 atoms[i]->get_vz());
361 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
362          
363 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
363 >        if( atoms[i]->isDirectional() ){
364            
365 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
366 <        dAtom->getQ( q );
365 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
366 >          dAtom->getQ( q );
367            
368 <        sprintf( tempBuffer,
369 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
370 <                 q[0],
371 <                 q[1],
372 <                 q[2],
373 <                 q[3],
374 <                 dAtom->getJx(),
375 <                 dAtom->getJy(),
376 <                 dAtom->getJz());
377 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
368 >          sprintf( tempBuffer,
369 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
370 >                   q[0],
371 >                   q[1],
372 >                   q[2],
373 >                   q[3],
374 >                   dAtom->getJx(),
375 >                   dAtom->getJy(),
376 >                   dAtom->getJz());
377 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
378 >        }
379 >        else
380 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
381 >        
382 >      } else {
383 >        
384 >        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
385 >        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
386 >                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
387        }
388 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
388 >      
389        finalOut << writeLine;
440 –      masterIndex++;
390      }
442 –    finalOut.flush();
443 –  }
391      
392 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
393 <       procIndex++){
394 <
395 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
452 <
453 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
454 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
455 <        
456 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
457 <      // receiving node expects it to be.
458 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
474 <
475 <      // recieve the nodes writeLines
476 <
477 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
478 <          
479 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
480 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
481 <
482 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
485 <
486 <      finalOut.flush();
392 >    // kill everyone off:
393 >    game_over = -1;
394 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
395 >      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
396      }
397  
398 <    else if( worldRank == procIndex ){
398 >  } else {
399 >    
400 >    done = 0;
401 >    while (!done) {
402 >      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 >                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
404  
405 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
406 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
407 <        
408 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
495 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
405 >      if (which_atom == -1) {
406 >        done=1;
407 >        continue;
408 >      } else {
409  
410 <      // send current node's configuration line by line.
504 <
505 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
506 <          
410 >        //format the line
411          sprintf( tempBuffer,
412                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
413 <                 atoms[i]->getType(),
414 <                 atoms[i]->getX(),
415 <                 atoms[i]->getY(),
416 <                 atoms[i]->getZ(),
417 <                 atoms[i]->get_vx(),
418 <                 atoms[i]->get_vy(),
419 <                 atoms[i]->get_vz());
413 >                 atoms[which_atom]->getType(),
414 >                 atoms[which_atom]->getX(),
415 >                 atoms[which_atom]->getY(),
416 >                 atoms[which_atom]->getZ(),
417 >                 atoms[which_atom]->get_vx(),
418 >                 atoms[which_atom]->get_vy(),
419 >                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
420          strcpy( writeLine, tempBuffer );
421            
422 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
422 >        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
423              
424 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
424 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
425            dAtom->getQ( q );
426              
427            sprintf( tempBuffer,
# Line 533 | Line 437 | void DumpWriter::writeFinal(){
437          }
438          else
439            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
440 <          
441 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
442 <                          MPI_COMM_WORLD);
440 >        
441 >        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                             TAKE_THIS_TAG);
443        }
444      }
445 <      
446 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
447 <            procIndex);
448 <    MPIcheckPoint();
449 <  }
445 >  }  
446 >  finalOut.flush();
447 >  sprintf( checkPointMsg,
448 >           "Sucessfully took a dump.\n");
449 >  MPIcheckPoint();
450  
451 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
548 <
549 <    
451 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
452   #endif // is_mpi
453   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines