ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 434 by chuckv, Fri Mar 28 19:30:59 2003 UTC vs.
Revision 469 by mmeineke, Mon Apr 7 20:06:31 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 1
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 16 | Line 23 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
23  
24    entry_plug = the_entry_plug;
25  
26 +  std::cerr << "Look at me I'm a freebird!\n";
27 +
28   #ifdef IS_MPI
29    if(worldRank == 0 ){
30   #endif // is_mpi
# Line 34 | Line 43 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
43        painCave.isFatal = 1;
44        simError();
45      }
46 <  
46 >
47 >    std::cerr << "me TOO!\n";
48 >
49      //outFile.setf( ios::scientific );
50  
51   #ifdef IS_MPI
# Line 65 | Line 76 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
76    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
77    char writeLine[BUFFERSIZE];
78  
79 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
79 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
80    double q[4];
81    DirectionalAtom* dAtom;
82    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 131 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
131  
132   #else // is_mpi
133  
134 <  MPI::Status istatus;
134 >  // first thing first, suspend fatalities.
135 >  painCave.isEventLoop = 1;
136 >
137 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
138 >  int haveError;
139 >
140 >  MPI_Status istatus;
141    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
142    
143    // write out header and node 0's coordinates
# Line 138 | Line 155 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
155        
156        which_node = AtomToProcMap[i];    
157        
158 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <                sprintf( tempBuffer,
143 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
144 <                 atoms[i]->getType(),
145 <                 atoms[i]->getX(),
146 <                 atoms[i]->getY(),
147 <                 atoms[i]->getZ(),
148 <                 atoms[i]->get_vx(),
149 <                 atoms[i]->get_vy(),
150 <                 atoms[i]->get_vz());
151 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
158 >      if (which_node == 0 ) {
159          
160 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <          dAtom->getQ( q );
157 <          
158 <          sprintf( tempBuffer,
159 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
160 <                   q[0],
161 <                   q[1],
162 <                   q[2],
163 <                   q[3],
164 <                   dAtom->getJx(),
165 <                   dAtom->getJy(),
166 <                   dAtom->getJz());
167 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
168 <        }
169 <        else
170 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
171 <        
172 <      } else {
173 <        
174 <        std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        std::cerr << "node 0: sent!\n";
177 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
178 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
179 <        std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
180 <      }
181 <      
182 <      outFile << writeLine;
183 <      outFile.flush();
184 <    }
185 <    
186 <    // kill everyone off:
187 <    game_over = -1;
188 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
189 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
190 <    }
191 <
192 <  } else {
193 <    
194 <    done = 0;
195 <    while (!done) {
196 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
197 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
198 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
199 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
200 <      if (which_atom == -1) {
201 <        done=1;
202 <        continue;
203 <      } else {
204 <        local_index=-1;        
205 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
160 >        haveError = 0;
161 >        which_atom = i;
162 >        local_index=-1;        
163 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
164            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
165          }
166          if (local_index != -1) {
# Line 233 | Line 191 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
191                       dAtom->getJy(),
192                       dAtom->getJz());
193              strcat( writeLine, tempBuffer );
194 <          }
195 <          else
196 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
197 <          std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
198 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
199 <                               TAKE_THIS_TAG);
200 <        } else {
201 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
202 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
203 <                               TAKE_THIS_TAG);
204 <        }
194 >            
195 >          }
196 >          else
197 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
198 >        }
199 >        else {
200 >          sprintf(painCave.errMsg,
201 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
202 >                  i, worldRank );
203 >          haveError= 1;
204 >          simError();
205 >        }
206 >        
207 >        if(haveError) nodeZeroError();
208 >
209        }
210 +      else {
211 +        myStatus = 1;
212 +        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
214 +        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
215 +                 MPI_COMM_WORLD);
216 +        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
217 +                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 +        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
219 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
220 +        
221 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
222 +
223 +      }
224 +      
225 +      outFile << writeLine;
226 +      outFile.flush();
227      }
228 +    
229 +    // kill everyone off:
230 +    myStatus = -1;
231 +    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
232 +      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
233 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
234 +    }
235 +
236 +  } else {
237 +    
238 +    done = 0;
239 +    while (!done) {
240 +      
241 +      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
242 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 +
244 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
245 +      
246 +      if(myStatus < 0) break;
247 +
248 +      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
249 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
250 +      
251 +      myStatus = 1;
252 +      local_index=-1;        
253 +      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
254 +        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
255 +      }
256 +      if (local_index != -1) {
257 +        //format the line
258 +        sprintf( tempBuffer,
259 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
260 +                 atoms[local_index]->getType(),
261 +                 atoms[local_index]->getX(),
262 +                 atoms[local_index]->getY(),
263 +                 atoms[local_index]->getZ(),
264 +                 atoms[local_index]->get_vx(),
265 +                 atoms[local_index]->get_vy(),
266 +                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
267 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
268 +        
269 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
270 +          
271 +          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
272 +          dAtom->getQ( q );
273 +          
274 +          sprintf( tempBuffer,
275 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
276 +                   q[0],
277 +                   q[1],
278 +                   q[2],
279 +                   q[3],
280 +                   dAtom->getJx(),
281 +                   dAtom->getJy(),
282 +                   dAtom->getJz());
283 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
284 +        }
285 +        else{
286 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 +        }
288 +      }
289 +      else {
290 +        sprintf(painCave.errMsg,
291 +                "Atom %d not found on processor %d\n",
292 +                which_atom, worldRank );
293 +        myStatus = 0;
294 +        simError();
295 +
296 +        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
297 +      }
298 +
299 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
300 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
301 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
302 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303 +    }
304    }  
305    outFile.flush();
306    sprintf( checkPointMsg,
307             "Sucessfully took a dump.\n");
308    MPIcheckPoint();
309 +
310 + // last  thing last, enable  fatalities.
311 +  painCave.isEventLoop = 0;
312 +
313   #endif // is_mpi
314   }
315  
# Line 343 | Line 402 | void DumpWriter::writeFinal(){
402  
403   #else // is_mpi
404    
405 <  MPI::Status istatus;
405 >  // first thing first, suspend fatalities.
406 >  painCave.isEventLoop = 1;
407 >
408 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
409 >  int haveError;
410 >
411 >  MPI_Status istatus;
412    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
413  
414    // write out header and node 0's coordinates
415    
416 +  haveError = 0;
417    if( worldRank == 0 ){
418      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
419      
# Line 361 | Line 427 | void DumpWriter::writeFinal(){
427        which_node = AtomToProcMap[i];    
428        
429        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
430 <        
431 <        sprintf( tempBuffer,
432 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
433 <                 atoms[i]->getType(),
434 <                 atoms[i]->getX(),
369 <                 atoms[i]->getY(),
370 <                 atoms[i]->getZ(),
371 <                 atoms[i]->get_vx(),
372 <                 atoms[i]->get_vy(),
373 <                 atoms[i]->get_vz());
374 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
375 <        
376 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
377 <          
378 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
379 <          dAtom->getQ( q );
380 <          
381 <          sprintf( tempBuffer,
382 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
383 <                   q[0],
384 <                   q[1],
385 <                   q[2],
386 <                   q[3],
387 <                   dAtom->getJx(),
388 <                   dAtom->getJy(),
389 <                   dAtom->getJz());
390 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
430 >
431 >        which_atom = i;
432 >        local_index=-1;        
433 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
434 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
435          }
436 <        else
437 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
436 >        if (local_index != -1) {        
437 >          sprintf( tempBuffer,
438 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
439 >                   atoms[local_index]->getType(),
440 >                   atoms[local_index]->getX(),
441 >                   atoms[local_index]->getY(),
442 >                   atoms[local_index]->getZ(),
443 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
444 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
445 >                   atoms[local_index]->get_vz());
446 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
447 >          
448 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
449 >            
450 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
451 >            dAtom->getQ( q );
452 >            
453 >            sprintf( tempBuffer,
454 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
455 >                     q[0],
456 >                     q[1],
457 >                     q[2],
458 >                     q[3],
459 >                     dAtom->getJx(),
460 >                     dAtom->getJy(),
461 >                     dAtom->getJz());
462 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
463 >          }
464 >          else
465 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
466 >        }
467 >        else {
468 >          sprintf(painCave.errMsg,
469 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
470 >                  i, worldRank );
471 >          haveError= 1;
472 >          simError();
473 >        }
474 >
475 >        if(haveError) nodeZeroError();
476 >    
477 >      }
478 >      else {
479          
480 <      } else {
481 <        
482 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
483 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
484 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
480 >        myStatus = 1;
481 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
483 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
484 >                 MPI_COMM_WORLD);
485 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
486 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
487 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
488 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
489 >        
490 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
491        }
492        
493        finalOut << writeLine;
494      }
495      
496      // kill everyone off:
497 <    game_over = -1;
498 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
499 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
497 >    myStatus = -1;
498 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
499 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
500 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
501      }
502  
503    } else {
504      
505      done = 0;
506      while (!done) {
415 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
416 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
507  
508 <      if (which_atom == -1) {
509 <        done=1;
510 <        continue;
511 <      } else {
508 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
509 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
510 >      
511 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
512 >      
513 >      if(myStatus < 0) break;
514 >      
515 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
516 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
517 >      
518 >      myStatus = 1;
519 >      local_index=-1;        
520 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 >      }
523 >      if (local_index != -1) {
524  
525 <        local_index=-1;        
526 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
527 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
528 <        }
529 <        if (local_index != -1) {
530 <
531 <          //format the line
532 <          sprintf( tempBuffer,
533 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
534 <                   atoms[local_index]->getType(),
535 <                   atoms[local_index]->getX(),
536 <                   atoms[local_index]->getY(),
537 <                   atoms[local_index]->getZ(),
436 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
437 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
438 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
439 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
525 >        //format the line
526 >        sprintf( tempBuffer,
527 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 >                 atoms[local_index]->getType(),
529 >                 atoms[local_index]->getX(),
530 >                 atoms[local_index]->getY(),
531 >                 atoms[local_index]->getZ(),
532 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
533 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
534 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
535 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
536 >        
537 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
538            
539 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
540 <            
541 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
542 <            dAtom->getQ( q );
543 <            
544 <            sprintf( tempBuffer,
545 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
546 <                     q[0],
547 <                     q[1],
548 <                     q[2],
549 <                     q[3],
550 <                     dAtom->getJx(),
551 <                     dAtom->getJy(),
552 <                     dAtom->getJz());
553 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
554 <          }
555 <          else
556 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
557 <          
558 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
559 <                               TAKE_THIS_TAG);
560 <        } else {
561 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
562 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
563 <                               TAKE_THIS_TAG);
564 <        }
539 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
540 >          dAtom->getQ( q );
541 >          
542 >          sprintf( tempBuffer,
543 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
544 >                   q[0],
545 >                   q[1],
546 >                   q[2],
547 >                   q[3],
548 >                   dAtom->getJx(),
549 >                   dAtom->getJy(),
550 >                   dAtom->getJz());
551 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
552 >        }
553 >        else{
554 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
555 >        }
556 >      }
557 >      else {
558 >        sprintf(painCave.errMsg,
559 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
560 >                which_atom, worldRank );
561 >        myStatus = 0;
562 >        simError();
563 >        
564 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
565        }
566 +
567 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
568 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
569 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
570 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
571      }
572    }
573    finalOut.flush();
574    sprintf( checkPointMsg,
575             "Sucessfully took a dump.\n");
576    MPIcheckPoint();
577 <
577 >  
578    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
579   #endif // is_mpi
580   }
581 +
582 +
583 +
584 + #ifdef IS_MPI
585 +
586 + // a couple of functions to let us escape the write loop
587 +
588 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
589 +  int j, myStatus;
590 +  
591 +  myStatus = 0;
592 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
593 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
594 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
595 +  }  
596 +  
597 +
598 +  MPI_Finalize();
599 +  exit (0);
600 +  
601 + }
602 +
603 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
604 +
605 +  MPI_Finalize();
606 +  exit (0);
607 + }
608 +
609 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines