ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 419 by gezelter, Thu Mar 27 15:07:29 2003 UTC vs.
Revision 483 by gezelter, Wed Apr 9 04:06:43 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27    if(worldRank == 0 ){
28   #endif // is_mpi
29      
23 –
24 –    
30      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31      
32      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
# Line 34 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
# Line 65 | Line 70 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
71    char writeLine[BUFFERSIZE];
72  
73 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
73 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74    double q[4];
75    DirectionalAtom* dAtom;
76    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 125 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
125  
126   #else // is_mpi
127  
128 <  MPI::Status istatus;
128 >  // first thing first, suspend fatalities.
129 >  painCave.isEventLoop = 1;
130 >
131 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
132 >  int haveError;
133 >
134 >  MPI_Status istatus;
135    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
136    
137    // write out header and node 0's coordinates
# Line 132 | Line 143 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
143              << entry_plug->box_x << "\t"
144              << entry_plug->box_y << "\t"
145              << entry_plug->box_z << "\n";
146 <    
146 >    outFile.flush();
147      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
148        // Get the Node number which has this atom;
149        
150        which_node = AtomToProcMap[i];    
151        
152 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
152 >      if (which_node == 0 ) {
153          
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
169 <        }
170 <        else
171 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
172 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
178 <      }
179 <      
180 <      outFile << writeLine;
181 <    }
182 <    
183 <    // kill everyone off:
184 <    game_over = -1;
185 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
188 <
189 <  } else {
190 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
195 <      
196 <      if (which_atom == -1) {
197 <        done=1;
198 <        continue;
199 <      } else {
200 <        local_index=-1;        
201 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
154 >        haveError = 0;
155 >        which_atom = i;
156 >        local_index=-1;        
157 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
158            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
159          }
160          if (local_index != -1) {
# Line 229 | Line 185 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
185                       dAtom->getJy(),
186                       dAtom->getJz());
187              strcat( writeLine, tempBuffer );
188 <          }
189 <          else
190 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
191 <          
192 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
193 <                               TAKE_THIS_TAG);
194 <        } else {
195 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
196 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
197 <                               TAKE_THIS_TAG);
198 <        }
188 >            
189 >          }
190 >          else
191 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
192 >        }
193 >        else {
194 >          sprintf(painCave.errMsg,
195 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
196 >                  i, worldRank );
197 >          haveError= 1;
198 >          simError();
199 >        }
200 >        
201 >        if(haveError) nodeZeroError();
202 >
203        }
204 +      else {
205 +        myStatus = 1;
206 +        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
207 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
208 +        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
209 +                 MPI_COMM_WORLD);
210 +        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
211 +                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
212 +        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 +                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 +        
215 +        if(!myStatus) nodeZeroError();
216 +
217 +      }
218 +      
219 +      outFile << writeLine;
220 +      outFile.flush();
221      }
222 +    
223 +    // kill everyone off:
224 +    myStatus = -1;
225 +    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
226 +      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
227 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
228 +    }
229 +
230 +  } else {
231 +    
232 +    done = 0;
233 +    while (!done) {
234 +      
235 +      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
236 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
237 +
238 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
239 +      
240 +      if(myStatus < 0) break;
241 +
242 +      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
243 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
244 +      
245 +      myStatus = 1;
246 +      local_index=-1;        
247 +      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
248 +        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
249 +      }
250 +      if (local_index != -1) {
251 +        //format the line
252 +        sprintf( tempBuffer,
253 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
254 +                 atoms[local_index]->getType(),
255 +                 atoms[local_index]->getX(),
256 +                 atoms[local_index]->getY(),
257 +                 atoms[local_index]->getZ(),
258 +                 atoms[local_index]->get_vx(),
259 +                 atoms[local_index]->get_vy(),
260 +                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
261 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
262 +        
263 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
264 +          
265 +          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
266 +          dAtom->getQ( q );
267 +          
268 +          sprintf( tempBuffer,
269 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270 +                   q[0],
271 +                   q[1],
272 +                   q[2],
273 +                   q[3],
274 +                   dAtom->getJx(),
275 +                   dAtom->getJy(),
276 +                   dAtom->getJz());
277 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
278 +        }
279 +        else{
280 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
281 +        }
282 +      }
283 +      else {
284 +        sprintf(painCave.errMsg,
285 +                "Atom %d not found on processor %d\n",
286 +                which_atom, worldRank );
287 +        myStatus = 0;
288 +        simError();
289 +
290 +        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
291 +      }
292 +
293 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
294 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
295 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
296 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
297 +    }
298    }  
299    outFile.flush();
300    sprintf( checkPointMsg,
301             "Sucessfully took a dump.\n");
302    MPIcheckPoint();
303 +
304 + // last  thing last, enable  fatalities.
305 +  painCave.isEventLoop = 0;
306 +
307   #endif // is_mpi
308   }
309  
# Line 339 | Line 396 | void DumpWriter::writeFinal(){
396  
397   #else // is_mpi
398    
399 <  MPI::Status istatus;
399 >  // first thing first, suspend fatalities.
400 >  painCave.isEventLoop = 1;
401 >
402 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
403 >  int haveError;
404 >
405 >  MPI_Status istatus;
406    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
407  
408    // write out header and node 0's coordinates
409    
410 +  haveError = 0;
411    if( worldRank == 0 ){
412      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
413      
# Line 357 | Line 421 | void DumpWriter::writeFinal(){
421        which_node = AtomToProcMap[i];    
422        
423        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
424 <        
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
427 <                 atoms[i]->getType(),
428 <                 atoms[i]->getX(),
365 <                 atoms[i]->getY(),
366 <                 atoms[i]->getZ(),
367 <                 atoms[i]->get_vx(),
368 <                 atoms[i]->get_vy(),
369 <                 atoms[i]->get_vz());
370 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
371 <        
372 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
373 <          
374 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
375 <          dAtom->getQ( q );
376 <          
377 <          sprintf( tempBuffer,
378 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
379 <                   q[0],
380 <                   q[1],
381 <                   q[2],
382 <                   q[3],
383 <                   dAtom->getJx(),
384 <                   dAtom->getJy(),
385 <                   dAtom->getJz());
386 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
424 >
425 >        which_atom = i;
426 >        local_index=-1;        
427 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
428 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
429          }
430 <        else
431 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
430 >        if (local_index != -1) {        
431 >          sprintf( tempBuffer,
432 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
433 >                   atoms[local_index]->getType(),
434 >                   atoms[local_index]->getX(),
435 >                   atoms[local_index]->getY(),
436 >                   atoms[local_index]->getZ(),
437 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
438 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vz());
440 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
441 >          
442 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
443 >            
444 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
445 >            dAtom->getQ( q );
446 >            
447 >            sprintf( tempBuffer,
448 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
449 >                     q[0],
450 >                     q[1],
451 >                     q[2],
452 >                     q[3],
453 >                     dAtom->getJx(),
454 >                     dAtom->getJy(),
455 >                     dAtom->getJz());
456 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
457 >          }
458 >          else
459 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
460 >        }
461 >        else {
462 >          sprintf(painCave.errMsg,
463 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
464 >                  i, worldRank );
465 >          haveError= 1;
466 >          simError();
467 >        }
468 >
469 >        if(haveError) nodeZeroError();
470 >    
471 >      }
472 >      else {
473          
474 <      } else {
475 <        
476 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
477 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
478 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
474 >        myStatus = 1;
475 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
476 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
477 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
478 >                 MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
481 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        
484 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
485        }
486        
487        finalOut << writeLine;
488      }
489      
490      // kill everyone off:
491 <    game_over = -1;
492 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
493 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
491 >    myStatus = -1;
492 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
493 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
494 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
495      }
496  
497    } else {
498      
499      done = 0;
500      while (!done) {
411 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
412 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
501  
502 <      if (which_atom == -1) {
503 <        done=1;
504 <        continue;
505 <      } else {
502 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
503 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
504 >      
505 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
506 >      
507 >      if(myStatus < 0) break;
508 >      
509 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
510 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
511 >      
512 >      myStatus = 1;
513 >      local_index=-1;        
514 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
515 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
516 >      }
517 >      if (local_index != -1) {
518  
519 <        local_index=-1;        
520 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 <        }
523 <        if (local_index != -1) {
524 <
525 <          //format the line
526 <          sprintf( tempBuffer,
527 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
528 <                   atoms[local_index]->getType(),
529 <                   atoms[local_index]->getX(),
530 <                   atoms[local_index]->getY(),
531 <                   atoms[local_index]->getZ(),
432 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
433 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
434 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
435 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
519 >        //format the line
520 >        sprintf( tempBuffer,
521 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
522 >                 atoms[local_index]->getType(),
523 >                 atoms[local_index]->getX(),
524 >                 atoms[local_index]->getY(),
525 >                 atoms[local_index]->getZ(),
526 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
527 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
529 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
530 >        
531 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
532            
533 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534 <            
535 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536 <            dAtom->getQ( q );
537 <            
538 <            sprintf( tempBuffer,
539 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540 <                     q[0],
541 <                     q[1],
542 <                     q[2],
543 <                     q[3],
544 <                     dAtom->getJx(),
545 <                     dAtom->getJy(),
546 <                     dAtom->getJz());
547 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
548 <          }
549 <          else
550 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 <          
552 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
553 <                               TAKE_THIS_TAG);
554 <        } else {
555 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
556 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
557 <                               TAKE_THIS_TAG);
558 <        }
533 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
534 >          dAtom->getQ( q );
535 >          
536 >          sprintf( tempBuffer,
537 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
538 >                   q[0],
539 >                   q[1],
540 >                   q[2],
541 >                   q[3],
542 >                   dAtom->getJx(),
543 >                   dAtom->getJy(),
544 >                   dAtom->getJz());
545 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
546 >        }
547 >        else{
548 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
549 >        }
550 >      }
551 >      else {
552 >        sprintf(painCave.errMsg,
553 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
554 >                which_atom, worldRank );
555 >        myStatus = 0;
556 >        simError();
557 >        
558 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
559        }
560 +
561 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
562 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
563 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
564 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
565      }
566    }
567    finalOut.flush();
568    sprintf( checkPointMsg,
569             "Sucessfully took a dump.\n");
570    MPIcheckPoint();
571 <
571 >  
572    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
573   #endif // is_mpi
574   }
575 +
576 +
577 +
578 + #ifdef IS_MPI
579 +
580 + // a couple of functions to let us escape the write loop
581 +
582 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
583 +  int j, myStatus;
584 +  
585 +  myStatus = 0;
586 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
587 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
588 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
589 +  }  
590 +  
591 +
592 +  MPI_Finalize();
593 +  exit (0);
594 +  
595 + }
596 +
597 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
598 +
599 +  MPI_Finalize();
600 +  exit (0);
601 + }
602 +
603 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines