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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 416 by gezelter, Wed Mar 26 23:14:02 2003 UTC vs.
Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 19 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
23 <
24 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 60 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
71 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
85 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 113 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  MPI::Status istatus;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
165 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
166 >  if (flag) {
167 >    MAXTAG = *tagub;
168 >  } else {
169 >    MAXTAG = 32767;
170 >  }  
171 >
172 >  int haveError;
173 >
174 >  MPI_Status istatus;
175    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
176 <  
176 >
177    // write out header and node 0's coordinates
178 <  
178 >
179    if( worldRank == 0 ){
180 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
180 >
181 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182 >
183 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 >    potatoes = new int[nProc];
185 >
186 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 >      potatoes[i] = 0;
188      
189 <    outFile << currentTime << "\t"
190 <            << entry_plug->box_x << "\t"
191 <            << entry_plug->box_y << "\t"
192 <            << entry_plug->box_z << "\n";
193 <    
189 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190 >
191 >    outFile << currentTime << ";\t"
192 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 >
196 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
197 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 >
200 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
201 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
203 >
204 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
205 >    outFile << endl;
206 >    outFile.flush();
207 >
208      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
137 –      // Get the Node number which has this molecule:
209        
210 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
210 >      // Get the Node number which has this atom;
211        
212 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
212 >      which_node = AtomToProcMap[i];
213 >      
214 >      if (which_node != 0) {
215 >
216 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
219 >
220 >          potatoes[which_node] = 0;          
221 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 >          
223 >        }
224 >
225 >        myPotato = potatoes[which_node];        
226          
227 <        sprintf( tempBuffer,
228 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
229 <                 atoms[i]->getType(),
230 <                 atoms[i]->getX(),
231 <                 atoms[i]->getY(),
232 <                 atoms[i]->getZ(),
233 <                 atoms[i]->get_vx(),
234 <                 atoms[i]->get_vy(),
235 <                 atoms[i]->get_vz());
236 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
237 <        
238 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
239 <          
240 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
241 <          dAtom->getQ( q );
242 <          
243 <          sprintf( tempBuffer,
244 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
245 <                   q[0],
246 <                   q[1],
247 <                   q[2],
248 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
227 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 >        
230 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231 >        
232 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
233 >
234 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235 >
236 >        myPotato++;
237 >
238 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 >              
241 >        myPotato++;
242 >
243 >        if (isDirectional) {          
244 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >        } else {
247 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249          }
170 –        else
171 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
250          
251 +        myPotato++;
252 +        potatoes[which_node] = myPotato;
253 +
254        } else {
255          
256 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
257 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
258 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
259 <      }
260 <      
261 <      outFile << writeLine;
262 <    }
263 <    
264 <    // kill everyone off:
265 <    game_over = -1;
266 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
186 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
187 <    }
256 >        haveError = 0;
257 >        which_atom = i;
258 >        local_index=-1;
259 >        
260 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262 >        }
263 >        
264 >        if (local_index != -1) {
265 >          
266 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267  
268 <  } else {
269 <    
191 <    done = 0;
192 <    while (!done) {
193 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
194 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
268 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270  
271 <      if (which_atom == -1) {
272 <        done=1;
273 <        continue;
199 <      } else {
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274  
275 <        //format the line
276 <        sprintf( tempBuffer,
277 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
278 <                 atoms[which_atom]->getType(),
279 <                 atoms[which_atom]->getX(),
280 <                 atoms[which_atom]->getY(),
281 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
282 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
283 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
284 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
285 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
286 <          
287 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
288 <            
289 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
290 <          dAtom->getQ( q );
291 <            
292 <          sprintf( tempBuffer,
293 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
294 <                   q[0],
295 <                   q[1],
296 <                   q[2],
297 <                   q[3],
298 <                   dAtom->getJx(),
299 <                   dAtom->getJy(),
300 <                   dAtom->getJz());
301 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
275 >          atomData6[3] = vel[0];
276 >          atomData6[4] = vel[1];
277 >          atomData6[5] = vel[2];
278 >          
279 >          isDirectional = 0;
280 >
281 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282 >
283 >            isDirectional = 1;
284 >            
285 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286 >            dAtom->getQ( q );
287 >
288 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
290 >            
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299 >          }
300 >          
301 >        } else {
302 >          sprintf(painCave.errMsg,
303 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
304 >                  i, worldRank );
305 >          haveError= 1;
306 >          simError();
307          }
229 –        else
230 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
308          
309 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
310 <                             TAKE_THIS_TAG);
309 >        if(haveError) DieDieDie();
310 >        
311 >        // If we've survived to here, format the line:
312 >        
313 >        if (!isDirectional) {
314 >
315 >          sprintf( tempBuffer,
316 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 >                   atomTypeString,
318 >                   atomData6[0],
319 >                   atomData6[1],
320 >                   atomData6[2],
321 >                   atomData6[3],
322 >                   atomData6[4],
323 >                   atomData6[5]);
324 >          
325 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
327 >
328 >        } else {
329 >          
330 >          sprintf( tempBuffer,
331 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 >                   atomTypeString,
333 >                   atomData13[0],
334 >                   atomData13[1],
335 >                   atomData13[2],
336 >                   atomData13[3],
337 >                   atomData13[4],
338 >                   atomData13[5],
339 >                   atomData13[6],
340 >                   atomData13[7],
341 >                   atomData13[8],
342 >                   atomData13[9],
343 >                   atomData13[10],
344 >                   atomData13[11],
345 >                   atomData13[12]);
346 >          
347 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 >          
349 >        }
350 >        
351 >        outFile << writeLine;
352 >        outFile.flush();
353        }
354      }
355 <  }  
356 <  outFile.flush();
357 <  sprintf( checkPointMsg,
358 <           "Sucessfully took a dump.\n");
359 <  MPIcheckPoint();
355 >
356 >    outFile.flush();
357 >    sprintf( checkPointMsg,
358 >             "Sucessfully took a dump.\n");
359 >    MPIcheckPoint();        
360 >    
361 >  } else {
362 >
363 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364 >
365 >    // Set my magic potato to 0:
366 >
367 >    myPotato = 0;
368 >    
369 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370 >      
371 >      // Am I the node which has this atom?
372 >      
373 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374 >
375 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376 >
377 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 >          // node 0 says we can go:
380 >
381 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 >          
383 >        }
384 >
385 >        local_index=-1;
386 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
388 >        }
389 >        if (local_index != -1) {
390 >        
391 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
392 >
393 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
394 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
395 >
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399 >
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403 >          
404 >          isDirectional = 0;
405 >
406 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
407 >
408 >            isDirectional = 1;
409 >            
410 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 >            dAtom->getQ( q );
412 >            
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420 >
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424 >          }
425 >
426 >        } else {
427 >          sprintf(painCave.errMsg,
428 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
429 >                  i, worldRank );
430 >          haveError= 1;
431 >          simError();
432 >        }
433 >
434 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435 >
436 >        // null terminate the string before sending (just in case):
437 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438 >
439 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441 >        
442 >        myPotato++;
443 >
444 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446 >        
447 >        myPotato++;
448 >        
449 >        if (isDirectional) {
450 >
451 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453 >          
454 >        } else {
455 >
456 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458 >        }
459 >
460 >        myPotato++;      
461 >      }
462 >    }
463 >
464 >    sprintf( checkPointMsg,
465 >             "Sucessfully took a dump.\n");
466 >    MPIcheckPoint();        
467 >    
468 >  }
469 >  
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
473 < void DumpWriter::writeFinal(){
473 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
474  
475    char finalName[500];
476    ofstream finalOut;
477  
478    const int BUFFERSIZE = 2000;
479 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
480    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
481 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
481 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
482  
483    double q[4];
484    DirectionalAtom* dAtom;
255 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom;
486 >  int i;
487 > #ifdef IS_MPI
488    
489 <  
489 >  int *potatoes;
490 >  int myPotato;
491 >
492 >  int nProc;
493 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 >  double atomData6[6];
495 >  double atomData13[13];
496 >  int isDirectional;
497 >  char* atomTypeString;
498 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 >
500 > #else //is_mpi
501 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502 > #endif //is_mpi
503 >
504 >  double pos[3], vel[3];
505 >
506   #ifdef IS_MPI
507    if(worldRank == 0 ){
508   #endif // is_mpi
509 <    
509 >
510      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
511 <    
511 >
512      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
513      if( !finalOut ){
514        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 271 | Line 517 | void DumpWriter::writeFinal(){
517        painCave.isFatal = 1;
518        simError();
519      }
520 <    
520 >
521      // finalOut.setf( ios::scientific );
522 <    
522 >
523   #ifdef IS_MPI
524    }
525 <  
525 >
526    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
527 <  MPIcheckPoint();  
528 <  
527 >  MPIcheckPoint();
528 >
529   #endif //is_mpi
530  
531 <  
531 >
532   #ifndef IS_MPI
533 <    
533 >
534    finalOut << nAtoms << "\n";
535 <    
536 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
537 <           << entry_plug->box_y << "\t"
538 <           << entry_plug->box_z << "\n";
539 <  
535 >
536 >  finalOut << finalTime << ";\t"
537 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
538 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
540 >
541 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
542 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
543 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
544 >
545 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
546 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
547 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
548 >
549 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
550 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
551 >  finalOut << endl;
552 >
553    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
554 <      
554 >
555 >    atoms[i]->getPos(pos);
556 >    atoms[i]->getVel(vel);
557 >
558      sprintf( tempBuffer,
559               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
560               atoms[i]->getType(),
561 <             atoms[i]->getX(),
562 <             atoms[i]->getY(),
563 <             atoms[i]->getZ(),
564 <             atoms[i]->get_vx(),
565 <             atoms[i]->get_vy(),
566 <             atoms[i]->get_vz());
561 >             pos[0],
562 >             pos[1],
563 >             pos[2],
564 >             vel[0],
565 >             vel[1],
566 >             vel[2]);
567      strcpy( writeLine, tempBuffer );
568  
569      if( atoms[i]->isDirectional() ){
570 <        
570 >
571        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
572        dAtom->getQ( q );
573 <        
573 >
574        sprintf( tempBuffer,
575                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
576                 q[0],
# Line 322 | Line 584 | void DumpWriter::writeFinal(){
584      }
585      else
586        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
587 <      
587 >
588      finalOut << writeLine;
589    }
590    finalOut.flush();
591    finalOut.close();
592  
593   #else // is_mpi
594 <  
595 <  MPI::Status istatus;
594 >
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603 >
604 >  int haveError;
605 >
606 >  MPI_Status istatus;
607    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
608  
609    // write out header and node 0's coordinates
610 <  
610 >
611    if( worldRank == 0 ){
612 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
612 >
613 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 >
615 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 >    potatoes = new int[nProc];
617 >
618 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 >      potatoes[i] = 0;
620      
621 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
622 <            << entry_plug->box_y << "\t"
623 <            << entry_plug->box_z << "\n";
624 <    
621 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622 >
623 >    finalOut << finalTime << ";\t"
624 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627 >
628 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631 >
632 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
635 >
636 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637 >    finalOut << endl;
638 >    finalOut.flush();
639 >
640      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
346 –      // Get the Node number which has this molecule:
641        
642 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
642 >      // Get the Node number which has this atom;
643        
644 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
644 >      which_node = AtomToProcMap[i];
645 >      
646 >      if (which_node != 0) {
647 >
648 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
651 >
652 >          potatoes[which_node] = 0;          
653 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 >          
655 >        }
656 >
657 >        myPotato = potatoes[which_node];        
658          
659 <        sprintf( tempBuffer,
660 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
661 <                 atoms[i]->getType(),
662 <                 atoms[i]->getX(),
663 <                 atoms[i]->getY(),
664 <                 atoms[i]->getZ(),
665 <                 atoms[i]->get_vx(),
666 <                 atoms[i]->get_vy(),
667 <                 atoms[i]->get_vz());
668 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
669 <        
670 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
671 <          
672 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
673 <          dAtom->getQ( q );
674 <          
675 <          sprintf( tempBuffer,
676 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
677 <                   q[0],
678 <                   q[1],
679 <                   q[2],
680 <                   q[3],
374 <                   dAtom->getJx(),
375 <                   dAtom->getJy(),
376 <                   dAtom->getJz());
377 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
659 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661 >        
662 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
663 >        
664 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665 >
666 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667 >
668 >        myPotato++;
669 >
670 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 >              
673 >        myPotato++;
674 >
675 >        if (isDirectional) {          
676 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 >        } else {
679 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681          }
379 –        else
380 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
682          
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686        } else {
687          
688 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
689 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
690 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
691 <      }
692 <      
693 <      finalOut << writeLine;
694 <    }
695 <    
696 <    // kill everyone off:
697 <    game_over = -1;
698 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
395 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
396 <    }
688 >        haveError = 0;
689 >        which_atom = i;
690 >        local_index=-1;
691 >        
692 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694 >        }
695 >        
696 >        if (local_index != -1) {
697 >          
698 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699  
700 <  } else {
701 <    
400 <    done = 0;
401 <    while (!done) {
402 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
403 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
700 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702  
703 <      if (which_atom == -1) {
704 <        done=1;
705 <        continue;
408 <      } else {
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706  
707 <        //format the line
708 <        sprintf( tempBuffer,
709 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
710 <                 atoms[which_atom]->getType(),
711 <                 atoms[which_atom]->getX(),
712 <                 atoms[which_atom]->getY(),
713 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
714 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
715 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
716 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
717 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
718 <          
719 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
720 <            
721 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
722 <          dAtom->getQ( q );
723 <            
724 <          sprintf( tempBuffer,
725 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
726 <                   q[0],
727 <                   q[1],
728 <                   q[2],
729 <                   q[3],
730 <                   dAtom->getJx(),
731 <                   dAtom->getJy(),
732 <                   dAtom->getJz());
733 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712 >
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714 >
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734 >          sprintf(painCave.errMsg,
735 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
736 >                  i, worldRank );
737 >          haveError= 1;
738 >          simError();
739          }
438 –        else
439 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
740          
741 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
742 <                             TAKE_THIS_TAG);
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743 >        // If we've survived to here, format the line:
744 >        
745 >        if (!isDirectional) {
746 >
747 >          sprintf( tempBuffer,
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759 >
760 >        } else {
761 >          
762 >          sprintf( tempBuffer,
763 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 >                   atomTypeString,
765 >                   atomData13[0],
766 >                   atomData13[1],
767 >                   atomData13[2],
768 >                   atomData13[3],
769 >                   atomData13[4],
770 >                   atomData13[5],
771 >                   atomData13[6],
772 >                   atomData13[7],
773 >                   atomData13[8],
774 >                   atomData13[9],
775 >                   atomData13[10],
776 >                   atomData13[11],
777 >                   atomData13[12]);
778 >          
779 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 >          
781 >        }
782 >        
783 >        finalOut << writeLine;
784 >        finalOut.flush();
785        }
786      }
445 –  }  
446 –  finalOut.flush();
447 –  sprintf( checkPointMsg,
448 –           "Sucessfully took a dump.\n");
449 –  MPIcheckPoint();
787  
788 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
788 >    finalOut.flush();
789 >    sprintf( checkPointMsg,
790 >             "Sucessfully took a dump.\n");
791 >    MPIcheckPoint();        
792 >    
793 >  } else {
794 >
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 >
797 >    // Set my magic potato to 0:
798 >
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802 >      
803 >      // Am I the node which has this atom?
804 >      
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806 >
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808 >
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812 >
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816 >
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 >
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 >
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831 >
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837 >
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 >
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852 >
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857 >
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864 >        }
865 >
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 >
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894 >    }
895 >
896 >    sprintf( checkPointMsg,
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898 >    MPIcheckPoint();        
899 >    
900 >  }
901 >  
902 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905 +
906 +
907 +
908 + #ifdef IS_MPI
909 +
910 + // a couple of functions to let us escape the write loop
911 +
912 + void dWrite::DieDieDie( void ){
913 +
914 +  MPI_Finalize();
915 +  exit (0);
916 + }
917 +
918 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines