ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 434 by chuckv, Fri Mar 28 19:30:59 2003 UTC vs.
Revision 450 by mmeineke, Thu Apr 3 21:12:51 2003 UTC

# Line 4 | Line 4
4  
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 1
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 65 | Line 72 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
72    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
73    char writeLine[BUFFERSIZE];
74  
75 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
75 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
76    double q[4];
77    DirectionalAtom* dAtom;
78    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 127 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
127  
128   #else // is_mpi
129  
130 <  MPI::Status istatus;
130 >  // first thing first, suspend fatalities.
131 >  painCave.isEventLoop = 1;
132 >
133 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
134 >  int haveError;
135 >
136 >  MPI_Status istatus;
137    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
138    
139    // write out header and node 0's coordinates
# Line 138 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151        
152        which_node = AtomToProcMap[i];    
153        
154 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
142 <                sprintf( tempBuffer,
143 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
144 <                 atoms[i]->getType(),
145 <                 atoms[i]->getX(),
146 <                 atoms[i]->getY(),
147 <                 atoms[i]->getZ(),
148 <                 atoms[i]->get_vx(),
149 <                 atoms[i]->get_vy(),
150 <                 atoms[i]->get_vz());
151 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
154 >      if (which_node == 0 ) {
155          
156 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
157 <          
158 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
159 <          dAtom->getQ( q );
157 <          
158 <          sprintf( tempBuffer,
159 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
160 <                   q[0],
161 <                   q[1],
162 <                   q[2],
163 <                   q[3],
164 <                   dAtom->getJx(),
165 <                   dAtom->getJy(),
166 <                   dAtom->getJz());
167 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
168 <        }
169 <        else
170 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
171 <        
172 <      } else {
173 <        
174 <        std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        std::cerr << "node 0: sent!\n";
177 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
178 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
179 <        std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
180 <      }
181 <      
182 <      outFile << writeLine;
183 <      outFile.flush();
184 <    }
185 <    
186 <    // kill everyone off:
187 <    game_over = -1;
188 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
189 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
190 <    }
191 <
192 <  } else {
193 <    
194 <    done = 0;
195 <    while (!done) {
196 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
197 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
198 <                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
199 <      std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
200 <      if (which_atom == -1) {
201 <        done=1;
202 <        continue;
203 <      } else {
204 <        local_index=-1;        
205 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
156 >        haveError = 0;
157 >        which_atom = i;
158 >        local_index=-1;        
159 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
160            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
161          }
162          if (local_index != -1) {
# Line 233 | Line 187 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
187                       dAtom->getJy(),
188                       dAtom->getJz());
189              strcat( writeLine, tempBuffer );
190 <          }
191 <          else
192 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
193 <          std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
194 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
195 <                               TAKE_THIS_TAG);
196 <        } else {
197 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
198 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
199 <                               TAKE_THIS_TAG);
200 <        }
190 >            
191 >          }
192 >          else
193 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
194 >        }
195 >        else {
196 >          sprintf(painCave.errMsg,
197 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
198 >                  i, worldRank );
199 >          haveError= 1;
200 >          simError();
201 >        }
202 >        
203 >        if(haveError) nodeZeroError();
204 >
205 >      }
206 >      else {
207 >        myStatus = 1;
208 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
209 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
210 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
211 >                 MPI_COMM_WORLD);
212 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
215 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
216 >        
217 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
218 >
219        }
220 +      
221 +      outFile << writeLine;
222 +      outFile.flush();
223      }
224 +    
225 +    // kill everyone off:
226 +    myStatus = -1;
227 +    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
228 +      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
229 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
230 +    }
231 +
232 +  } else {
233 +    
234 +    done = 0;
235 +    while (!done) {
236 +      
237 +      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
238 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
239 +
240 +      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
241 +      
242 +      if(myStatus < 0) break;
243 +
244 +      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
245 +               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 +      
247 +      myStatus = 1;
248 +      local_index=-1;        
249 +      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
250 +        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
251 +      }
252 +      if (local_index != -1) {
253 +        //format the line
254 +        sprintf( tempBuffer,
255 +                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
256 +                 atoms[local_index]->getType(),
257 +                 atoms[local_index]->getX(),
258 +                 atoms[local_index]->getY(),
259 +                 atoms[local_index]->getZ(),
260 +                 atoms[local_index]->get_vx(),
261 +                 atoms[local_index]->get_vy(),
262 +                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
263 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
264 +        
265 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
266 +          
267 +          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
268 +          dAtom->getQ( q );
269 +          
270 +          sprintf( tempBuffer,
271 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
272 +                   q[0],
273 +                   q[1],
274 +                   q[2],
275 +                   q[3],
276 +                   dAtom->getJx(),
277 +                   dAtom->getJy(),
278 +                   dAtom->getJz());
279 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
280 +        }
281 +        else{
282 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
283 +        }
284 +      }
285 +      else {
286 +        sprintf(painCave.errMsg,
287 +                "Atom %d not found on processor %d\n",
288 +                which_atom, worldRank );
289 +        myStatus = 0;
290 +        simError();
291 +
292 +        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
293 +      }
294 +
295 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
296 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
297 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
298 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
299 +    }
300    }  
301    outFile.flush();
302    sprintf( checkPointMsg,
303             "Sucessfully took a dump.\n");
304    MPIcheckPoint();
305 +
306 + // last  thing last, enable  fatalities.
307 +  painCave.isEventLoop = 0;
308 +
309   #endif // is_mpi
310   }
311  
# Line 343 | Line 398 | void DumpWriter::writeFinal(){
398  
399   #else // is_mpi
400    
401 <  MPI::Status istatus;
401 >  // first thing first, suspend fatalities.
402 >  painCave.isEventLoop = 1;
403 >
404 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
405 >  int haveError;
406 >
407 >  MPI_Status istatus;
408    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
409  
410    // write out header and node 0's coordinates
411    
412 +  haveError = 0;
413    if( worldRank == 0 ){
414      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
415      
# Line 361 | Line 423 | void DumpWriter::writeFinal(){
423        which_node = AtomToProcMap[i];    
424        
425        if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
426 <        
427 <        sprintf( tempBuffer,
428 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
429 <                 atoms[i]->getType(),
430 <                 atoms[i]->getX(),
369 <                 atoms[i]->getY(),
370 <                 atoms[i]->getZ(),
371 <                 atoms[i]->get_vx(),
372 <                 atoms[i]->get_vy(),
373 <                 atoms[i]->get_vz());
374 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
375 <        
376 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
377 <          
378 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
379 <          dAtom->getQ( q );
380 <          
381 <          sprintf( tempBuffer,
382 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
383 <                   q[0],
384 <                   q[1],
385 <                   q[2],
386 <                   q[3],
387 <                   dAtom->getJx(),
388 <                   dAtom->getJy(),
389 <                   dAtom->getJz());
390 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
426 >
427 >        which_atom = i;
428 >        local_index=-1;        
429 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
430 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
431          }
432 <        else
433 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
432 >        if (local_index != -1) {        
433 >          sprintf( tempBuffer,
434 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
435 >                   atoms[local_index]->getType(),
436 >                   atoms[local_index]->getX(),
437 >                   atoms[local_index]->getY(),
438 >                   atoms[local_index]->getZ(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
440 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
441 >                   atoms[local_index]->get_vz());
442 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
443 >          
444 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
445 >            
446 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
447 >            dAtom->getQ( q );
448 >            
449 >            sprintf( tempBuffer,
450 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
451 >                     q[0],
452 >                     q[1],
453 >                     q[2],
454 >                     q[3],
455 >                     dAtom->getJx(),
456 >                     dAtom->getJy(),
457 >                     dAtom->getJz());
458 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
459 >          }
460 >          else
461 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
462 >        }
463 >        else {
464 >          sprintf(painCave.errMsg,
465 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
466 >                  i, worldRank );
467 >          haveError= 1;
468 >          simError();
469 >        }
470 >
471 >        if(haveError) nodeZeroError();
472 >    
473 >      }
474 >      else {
475          
476 <      } else {
477 <        
478 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
479 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
476 >        myStatus = 1;
477 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
478 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
480 >                 MPI_COMM_WORLD);
481 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
484 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
485 >        
486 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
487        }
488        
489        finalOut << writeLine;
490      }
491      
492      // kill everyone off:
493 <    game_over = -1;
494 <    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
495 <      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
493 >    myStatus = -1;
494 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
495 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
496 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
497      }
498  
499    } else {
500      
501      done = 0;
502      while (!done) {
415 –      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
416 –                           TAKE_THIS_TAG, istatus);
503  
504 <      if (which_atom == -1) {
505 <        done=1;
506 <        continue;
507 <      } else {
504 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
505 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
506 >      
507 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
508 >      
509 >      if(myStatus < 0) break;
510 >      
511 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
512 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
513 >      
514 >      myStatus = 1;
515 >      local_index=-1;        
516 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
517 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
518 >      }
519 >      if (local_index != -1) {
520  
521 <        local_index=-1;        
522 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
523 <          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
524 <        }
525 <        if (local_index != -1) {
526 <
527 <          //format the line
528 <          sprintf( tempBuffer,
529 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
530 <                   atoms[local_index]->getType(),
531 <                   atoms[local_index]->getX(),
532 <                   atoms[local_index]->getY(),
533 <                   atoms[local_index]->getZ(),
436 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
437 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
438 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
439 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
521 >        //format the line
522 >        sprintf( tempBuffer,
523 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
524 >                 atoms[local_index]->getType(),
525 >                 atoms[local_index]->getX(),
526 >                 atoms[local_index]->getY(),
527 >                 atoms[local_index]->getZ(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
529 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
530 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
531 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
532 >        
533 >        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
534            
535 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
536 <            
537 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
538 <            dAtom->getQ( q );
539 <            
540 <            sprintf( tempBuffer,
541 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
542 <                     q[0],
543 <                     q[1],
544 <                     q[2],
545 <                     q[3],
546 <                     dAtom->getJx(),
547 <                     dAtom->getJy(),
548 <                     dAtom->getJz());
549 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
550 <          }
551 <          else
552 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
553 <          
554 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
555 <                               TAKE_THIS_TAG);
556 <        } else {
557 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
558 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
559 <                               TAKE_THIS_TAG);
560 <        }
535 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
536 >          dAtom->getQ( q );
537 >          
538 >          sprintf( tempBuffer,
539 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
540 >                   q[0],
541 >                   q[1],
542 >                   q[2],
543 >                   q[3],
544 >                   dAtom->getJx(),
545 >                   dAtom->getJy(),
546 >                   dAtom->getJz());
547 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
548 >        }
549 >        else{
550 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
551 >        }
552 >      }
553 >      else {
554 >        sprintf(painCave.errMsg,
555 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
556 >                which_atom, worldRank );
557 >        myStatus = 0;
558 >        simError();
559 >        
560 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
561        }
562 +
563 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
564 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
565 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
566 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
567      }
568    }
569    finalOut.flush();
570    sprintf( checkPointMsg,
571             "Sucessfully took a dump.\n");
572    MPIcheckPoint();
573 <
573 >  
574    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
575   #endif // is_mpi
576   }
577 +
578 +
579 +
580 + #ifdef IS_MPI
581 +
582 + // a couple of functions to let us escape the write loop
583 +
584 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
585 +  int j, myStatus;
586 +  
587 +  myStatus = 0;
588 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
589 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
590 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
591 +  }  
592 +  
593 +
594 +  MPI_Finalize();
595 +  exit (0);
596 +  
597 + }
598 +
599 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
600 +
601 +  MPI_Finalize();
602 +  exit (0);
603 + }
604 +
605 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines