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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 469 by mmeineke, Mon Apr 7 20:06:31 2003 UTC vs.
Revision 916 by gezelter, Fri Jan 9 20:29:32 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 23 | Line 22 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
24  
26 –  std::cerr << "Look at me I'm a freebird!\n";
27 –
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
32 <
33 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 44 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        simError();
40      }
41  
47 –    std::cerr << "me TOO!\n";
48 –
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 71 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
82 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
105 <    
106 <  outFile << currentTime << "\t"
107 <          << entry_plug->box_x << "\t"
108 <          << entry_plug->box_y << "\t"
109 <          << entry_plug->box_z << "\n";
110 <    
105 >
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110 >
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
96 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 124 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
165 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
166 >  if (flag) {
167 >    MAXTAG = *tagub;
168 >  } else {
169 >    MAXTAG = 32767;
170 >  }  
171  
137 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
172    int haveError;
173  
174    MPI_Status istatus;
175    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
176 <  
176 >
177    // write out header and node 0's coordinates
178 <  
178 >
179    if( worldRank == 0 ){
180 <    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
180 >
181 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
182 >
183 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
184 >    potatoes = new int[nProc];
185 >
186 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
187 >      potatoes[i] = 0;
188      
189 <    outFile << currentTime << "\t"
190 <            << entry_plug->box_x << "\t"
191 <            << entry_plug->box_y << "\t"
192 <            << entry_plug->box_z << "\n";
189 >    outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
190 >
191 >    outFile << currentTime << ";\t"
192 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
195 >
196 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
197 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
199 >
200 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
201 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
203 >
204 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
205 >    outFile << endl;
206      outFile.flush();
207 +
208      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
209 +      
210        // Get the Node number which has this atom;
211        
212 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
212 >      which_node = AtomToProcMap[i];
213        
214 <      if (which_node == 0 ) {
215 <        
214 >      if (which_node != 0) {
215 >
216 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
217 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
218 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
219 >
220 >          potatoes[which_node] = 0;          
221 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
222 >          
223 >        }
224 >
225 >        myPotato = potatoes[which_node];        
226 >        
227 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 >        
230 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
231 >        
232 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
233 >
234 >        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
235 >
236 >        myPotato++;
237 >
238 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
239 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
240 >              
241 >        myPotato++;
242 >
243 >        if (isDirectional) {          
244 >          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
245 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
246 >        } else {
247 >          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
248 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
249 >        }
250 >        
251 >        myPotato++;
252 >        potatoes[which_node] = myPotato;
253 >
254 >      } else {
255 >        
256          haveError = 0;
257          which_atom = i;
258 <        local_index=-1;        
258 >        local_index=-1;
259 >        
260          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
261            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
262          }
263 +        
264          if (local_index != -1) {
265 <          //format the line
266 <          sprintf( tempBuffer,
267 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
268 <                   atoms[local_index]->getType(),
269 <                   atoms[local_index]->getX(),
270 <                   atoms[local_index]->getY(),
271 <                   atoms[local_index]->getZ(),
272 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
273 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
274 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
275 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
276 <          
265 >          
266 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
267 >
268 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
269 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
270 >
271 >          atomData6[0] = pos[0];
272 >          atomData6[1] = pos[1];
273 >          atomData6[2] = pos[2];
274 >
275 >          atomData6[3] = vel[0];
276 >          atomData6[4] = vel[1];
277 >          atomData6[5] = vel[2];
278 >          
279 >          isDirectional = 0;
280 >
281            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
282 +
283 +            isDirectional = 1;
284              
285              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
286              dAtom->getQ( q );
287 +
288 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
289 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
290              
291 <            sprintf( tempBuffer,
292 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
293 <                     q[0],
294 <                     q[1],
295 <                     q[2],
296 <                     q[3],
297 <                     dAtom->getJx(),
298 <                     dAtom->getJy(),
299 <                     dAtom->getJz());
300 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
301 <            
195 <          }
196 <          else
197 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
198 <        }
199 <        else {
291 >            atomData13[6] = q[0];
292 >            atomData13[7] = q[1];
293 >            atomData13[8] = q[2];
294 >            atomData13[9] = q[3];
295 >            
296 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
297 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
298 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
299 >          }
300 >          
301 >        } else {
302            sprintf(painCave.errMsg,
303                    "Atom %d not found on processor %d\n",
304                    i, worldRank );
305            haveError= 1;
306            simError();
307 <        }
308 <        
309 <        if(haveError) nodeZeroError();
310 <
311 <      }
312 <      else {
313 <        myStatus = 1;
212 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
214 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
215 <                 MPI_COMM_WORLD);
216 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
217 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
219 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
220 <        
221 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
307 >        }
308 >        
309 >        if(haveError) DieDieDie();
310 >        
311 >        // If we've survived to here, format the line:
312 >        
313 >        if (!isDirectional) {
314  
315 +          sprintf( tempBuffer,
316 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
317 +                   atomTypeString,
318 +                   atomData6[0],
319 +                   atomData6[1],
320 +                   atomData6[2],
321 +                   atomData6[3],
322 +                   atomData6[4],
323 +                   atomData6[5]);
324 +          
325 +          strcpy( writeLine, tempBuffer );
326 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
327 +
328 +        } else {
329 +          
330 +          sprintf( tempBuffer,
331 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 +                   atomTypeString,
333 +                   atomData13[0],
334 +                   atomData13[1],
335 +                   atomData13[2],
336 +                   atomData13[3],
337 +                   atomData13[4],
338 +                   atomData13[5],
339 +                   atomData13[6],
340 +                   atomData13[7],
341 +                   atomData13[8],
342 +                   atomData13[9],
343 +                   atomData13[10],
344 +                   atomData13[11],
345 +                   atomData13[12]);
346 +          
347 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
348 +          
349 +        }
350 +        
351 +        outFile << writeLine;
352 +        outFile.flush();
353        }
224 –      
225 –      outFile << writeLine;
226 –      outFile.flush();
354      }
228 –    
229 –    // kill everyone off:
230 –    myStatus = -1;
231 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
232 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
233 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
234 –    }
355  
356 +    outFile.flush();
357 +    sprintf( checkPointMsg,
358 +             "Sucessfully took a dump.\n");
359 +    MPIcheckPoint();        
360 +    
361    } else {
362 +
363 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
364 +
365 +    // Set my magic potato to 0:
366 +
367 +    myPotato = 0;
368      
369 <    done = 0;
239 <    while (!done) {
369 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
370        
371 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
242 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
243 <
244 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
371 >      // Am I the node which has this atom?
372        
373 <      if(myStatus < 0) break;
373 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
374  
375 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
376 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
377 <      
378 <      myStatus = 1;
379 <      local_index=-1;        
380 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
381 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
382 <      }
383 <      if (local_index != -1) {
384 <        //format the line
385 <        sprintf( tempBuffer,
386 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
387 <                 atoms[local_index]->getType(),
388 <                 atoms[local_index]->getX(),
389 <                 atoms[local_index]->getY(),
390 <                 atoms[local_index]->getZ(),
391 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
392 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
393 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
394 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
395 <        
396 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
397 <          
398 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
399 <          dAtom->getQ( q );
400 <          
401 <          sprintf( tempBuffer,
402 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
403 <                   q[0],
404 <                   q[1],
405 <                   q[2],
406 <                   q[3],
407 <                   dAtom->getJx(),
408 <                   dAtom->getJy(),
409 <                   dAtom->getJz());
410 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
375 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
376 >
377 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
378 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
379 >          // node 0 says we can go:
380 >
381 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
382 >          
383 >        }
384 >
385 >        local_index=-1;
386 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
387 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
388 >        }
389 >        if (local_index != -1) {
390 >        
391 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
392 >
393 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
394 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
395 >
396 >          atomData6[0] = pos[0];
397 >          atomData6[1] = pos[1];
398 >          atomData6[2] = pos[2];
399 >
400 >          atomData6[3] = vel[0];
401 >          atomData6[4] = vel[1];
402 >          atomData6[5] = vel[2];
403 >          
404 >          isDirectional = 0;
405 >
406 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
407 >
408 >            isDirectional = 1;
409 >            
410 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
411 >            dAtom->getQ( q );
412 >            
413 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
414 >              atomData13[j] = atomData6[j];
415 >            
416 >            atomData13[6] = q[0];
417 >            atomData13[7] = q[1];
418 >            atomData13[8] = q[2];
419 >            atomData13[9] = q[3];
420 >
421 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
422 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
423 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
424 >          }
425 >
426 >        } else {
427 >          sprintf(painCave.errMsg,
428 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
429 >                  i, worldRank );
430 >          haveError= 1;
431 >          simError();
432          }
285 –        else{
286 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
287 –        }
288 –      }
289 –      else {
290 –        sprintf(painCave.errMsg,
291 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
292 –                which_atom, worldRank );
293 –        myStatus = 0;
294 –        simError();
433  
434 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
297 <      }
434 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
435  
436 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
437 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
301 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
302 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
303 <    }
304 <  }  
305 <  outFile.flush();
306 <  sprintf( checkPointMsg,
307 <           "Sucessfully took a dump.\n");
308 <  MPIcheckPoint();
436 >        // null terminate the string before sending (just in case):
437 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
438  
439 < // last  thing last, enable  fatalities.
440 <  painCave.isEventLoop = 0;
439 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
440 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
441 >        
442 >        myPotato++;
443  
444 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
445 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
446 +        
447 +        myPotato++;
448 +        
449 +        if (isDirectional) {
450 +
451 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
452 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
453 +          
454 +        } else {
455 +
456 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
457 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
458 +        }
459 +
460 +        myPotato++;      
461 +      }
462 +    }
463 +
464 +    sprintf( checkPointMsg,
465 +             "Sucessfully took a dump.\n");
466 +    MPIcheckPoint();        
467 +    
468 +  }
469 +  
470   #endif // is_mpi
471   }
472  
473 < void DumpWriter::writeFinal(){
473 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
474  
475    char finalName[500];
476    ofstream finalOut;
477  
478    const int BUFFERSIZE = 2000;
479 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
480    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
481 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
481 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
482  
483    double q[4];
484    DirectionalAtom* dAtom;
327 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
485    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
486 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
486 >  int i;
487 > #ifdef IS_MPI
488    
489 <  
489 >  int *potatoes;
490 >  int myPotato;
491 >
492 >  int nProc;
493 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
494 >  double atomData6[6];
495 >  double atomData13[13];
496 >  int isDirectional;
497 >  char* atomTypeString;
498 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
499 >
500 > #else //is_mpi
501 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
502 > #endif //is_mpi
503 >
504 >  double pos[3], vel[3];
505 >
506   #ifdef IS_MPI
507    if(worldRank == 0 ){
508   #endif // is_mpi
509 <    
509 >
510      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
511 <    
511 >
512      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
513      if( !finalOut ){
514        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 343 | Line 517 | void DumpWriter::writeFinal(){
517        painCave.isFatal = 1;
518        simError();
519      }
520 <    
520 >
521      // finalOut.setf( ios::scientific );
522 <    
522 >
523   #ifdef IS_MPI
524    }
525 <  
525 >
526    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
527 <  MPIcheckPoint();  
528 <  
527 >  MPIcheckPoint();
528 >
529   #endif //is_mpi
530  
531 <  
531 >
532   #ifndef IS_MPI
533 <    
533 >
534    finalOut << nAtoms << "\n";
535 <    
536 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
537 <           << entry_plug->box_y << "\t"
538 <           << entry_plug->box_z << "\n";
539 <  
535 >
536 >  finalOut << finalTime << ";\t"
537 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
538 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
540 >
541 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
542 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
543 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
544 >
545 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
546 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
547 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
548 >
549 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
550 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
551 >  finalOut << endl;
552 >
553    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
554 <      
554 >
555 >    atoms[i]->getPos(pos);
556 >    atoms[i]->getVel(vel);
557 >
558      sprintf( tempBuffer,
559               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
560               atoms[i]->getType(),
561 <             atoms[i]->getX(),
562 <             atoms[i]->getY(),
563 <             atoms[i]->getZ(),
564 <             atoms[i]->get_vx(),
565 <             atoms[i]->get_vy(),
566 <             atoms[i]->get_vz());
561 >             pos[0],
562 >             pos[1],
563 >             pos[2],
564 >             vel[0],
565 >             vel[1],
566 >             vel[2]);
567      strcpy( writeLine, tempBuffer );
568  
569      if( atoms[i]->isDirectional() ){
570 <        
570 >
571        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
572        dAtom->getQ( q );
573 <        
573 >
574        sprintf( tempBuffer,
575                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
576                 q[0],
# Line 394 | Line 584 | void DumpWriter::writeFinal(){
584      }
585      else
586        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
587 <      
587 >
588      finalOut << writeLine;
589    }
590    finalOut.flush();
591    finalOut.close();
592  
593   #else // is_mpi
404 –  
405 –  // first thing first, suspend fatalities.
406 –  painCave.isEventLoop = 1;
594  
595 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
595 >  /* code to find maximum tag value */
596 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
597 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
598 >  if (flag) {
599 >    MAXTAG = *tagub;
600 >  } else {
601 >    MAXTAG = 32767;
602 >  }  
603 >
604    int haveError;
605  
606    MPI_Status istatus;
607    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
608  
609    // write out header and node 0's coordinates
610 <  
416 <  haveError = 0;
610 >
611    if( worldRank == 0 ){
612 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
612 >
613 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
614 >
615 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
616 >    potatoes = new int[nProc];
617 >
618 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
619 >      potatoes[i] = 0;
620      
621 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
622 <            << entry_plug->box_y << "\t"
623 <            << entry_plug->box_z << "\n";
624 <    
621 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
622 >
623 >    finalOut << finalTime << ";\t"
624 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
625 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
627 >
628 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
629 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
630 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
631 >
632 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
633 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
634 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
635 >
636 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
637 >    finalOut << endl;
638 >    finalOut.flush();
639 >
640      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
425 –      // Get the Node number which has this molecule:
641        
642 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
642 >      // Get the Node number which has this atom;
643        
644 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
644 >      which_node = AtomToProcMap[i];
645 >      
646 >      if (which_node != 0) {
647  
648 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
649 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
650 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
651 +
652 +          potatoes[which_node] = 0;          
653 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
654 +          
655 +        }
656 +
657 +        myPotato = potatoes[which_node];        
658 +        
659 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
660 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
661 +        
662 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
663 +        
664 +        // Null terminate the atomTypeString just in case:
665 +
666 +        atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
667 +
668 +        myPotato++;
669 +
670 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
671 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
672 +              
673 +        myPotato++;
674 +
675 +        if (isDirectional) {          
676 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
677 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
678 +        } else {
679 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
680 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
681 +        }
682 +        
683 +        myPotato++;
684 +        potatoes[which_node] = myPotato;
685 +
686 +      } else {
687 +        
688 +        haveError = 0;
689          which_atom = i;
690 <        local_index=-1;        
690 >        local_index=-1;
691 >        
692          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
693            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
694          }
695 <        if (local_index != -1) {        
696 <          sprintf( tempBuffer,
697 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
698 <                   atoms[local_index]->getType(),
699 <                   atoms[local_index]->getX(),
700 <                   atoms[local_index]->getY(),
701 <                   atoms[local_index]->getZ(),
702 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
703 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
704 <                   atoms[local_index]->get_vz());
705 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
706 <          
707 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
708 <            
709 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
710 <            dAtom->getQ( q );
711 <            
712 <            sprintf( tempBuffer,
713 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
714 <                     q[0],
715 <                     q[1],
716 <                     q[2],
717 <                     q[3],
718 <                     dAtom->getJx(),
719 <                     dAtom->getJy(),
720 <                     dAtom->getJz());
721 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
722 <          }
723 <          else
724 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
725 <        }
726 <        else {
695 >        
696 >        if (local_index != -1) {
697 >          
698 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
699 >
700 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
701 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
702 >
703 >          atomData6[0] = pos[0];
704 >          atomData6[1] = pos[1];
705 >          atomData6[2] = pos[2];
706 >
707 >          atomData6[3] = vel[0];
708 >          atomData6[4] = vel[1];
709 >          atomData6[5] = vel[2];
710 >          
711 >          isDirectional = 0;
712 >
713 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
714 >
715 >            isDirectional = 1;
716 >            
717 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
718 >            dAtom->getQ( q );
719 >
720 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
721 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
722 >            
723 >            atomData13[6] = q[0];
724 >            atomData13[7] = q[1];
725 >            atomData13[8] = q[2];
726 >            atomData13[9] = q[3];
727 >            
728 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
729 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
730 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
731 >          }
732 >          
733 >        } else {
734            sprintf(painCave.errMsg,
735                    "Atom %d not found on processor %d\n",
736                    i, worldRank );
737            haveError= 1;
738            simError();
739 <        }
739 >        }
740 >        
741 >        if(haveError) DieDieDie();
742 >        
743 >        // If we've survived to here, format the line:
744 >        
745 >        if (!isDirectional) {
746  
747 <        if(haveError) nodeZeroError();
748 <    
749 <      }
750 <      else {
747 >          sprintf( tempBuffer,
748 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
749 >                   atomTypeString,
750 >                   atomData6[0],
751 >                   atomData6[1],
752 >                   atomData6[2],
753 >                   atomData6[3],
754 >                   atomData6[4],
755 >                   atomData6[5]);
756 >          
757 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
758 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
759 >
760 >        } else {
761 >          
762 >          sprintf( tempBuffer,
763 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
764 >                   atomTypeString,
765 >                   atomData13[0],
766 >                   atomData13[1],
767 >                   atomData13[2],
768 >                   atomData13[3],
769 >                   atomData13[4],
770 >                   atomData13[5],
771 >                   atomData13[6],
772 >                   atomData13[7],
773 >                   atomData13[8],
774 >                   atomData13[9],
775 >                   atomData13[10],
776 >                   atomData13[11],
777 >                   atomData13[12]);
778 >          
779 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
780 >          
781 >        }
782          
783 <        myStatus = 1;
784 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
483 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
484 <                 MPI_COMM_WORLD);
485 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
486 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
487 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
488 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
489 <        
490 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
783 >        finalOut << writeLine;
784 >        finalOut.flush();
785        }
492 –      
493 –      finalOut << writeLine;
786      }
495 –    
496 –    // kill everyone off:
497 –    myStatus = -1;
498 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
499 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
500 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
501 –    }
787  
788 <  } else {
788 >    finalOut.flush();
789 >    sprintf( checkPointMsg,
790 >             "Sucessfully took a dump.\n");
791 >    MPIcheckPoint();        
792      
793 <    done = 0;
506 <    while (!done) {
793 >  } else {
794  
795 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
796 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 >
797 >    // Set my magic potato to 0:
798 >
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802        
803 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
803 >      // Am I the node which has this atom?
804        
805 <      if(myStatus < 0) break;
514 <      
515 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
516 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
517 <      
518 <      myStatus = 1;
519 <      local_index=-1;        
520 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
521 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
522 <      }
523 <      if (local_index != -1) {
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 <        //format the line
808 <        sprintf( tempBuffer,
809 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
810 <                 atoms[local_index]->getType(),
811 <                 atoms[local_index]->getX(),
812 <                 atoms[local_index]->getY(),
813 <                 atoms[local_index]->getZ(),
814 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
815 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
816 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
817 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
818 <        
819 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
820 <          
821 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
822 <          dAtom->getQ( q );
823 <          
824 <          sprintf( tempBuffer,
825 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
826 <                   q[0],
827 <                   q[1],
828 <                   q[2],
829 <                   q[3],
830 <                   dAtom->getJx(),
831 <                   dAtom->getJy(),
832 <                   dAtom->getJz());
833 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808 >
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812 >
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816 >
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 >
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 >
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831 >
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837 >
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 >
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852 >
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857 >
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864          }
553 –        else{
554 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
555 –        }
556 –      }
557 –      else {
558 –        sprintf(painCave.errMsg,
559 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
560 –                which_atom, worldRank );
561 –        myStatus = 0;
562 –        simError();
563 –        
564 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
565 –      }
865  
866 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
867 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
868 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
869 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 >
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894      }
895 <  }
896 <  finalOut.flush();
897 <  sprintf( checkPointMsg,
898 <           "Sucessfully took a dump.\n");
899 <  MPIcheckPoint();
895 >
896 >    sprintf( checkPointMsg,
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898 >    MPIcheckPoint();        
899 >    
900 >  }
901    
902 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
902 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905  
# Line 585 | Line 909 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
909  
910   // a couple of functions to let us escape the write loop
911  
912 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
589 <  int j, myStatus;
590 <  
591 <  myStatus = 0;
592 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
593 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
594 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
595 <  }  
596 <  
912 > void dWrite::DieDieDie( void ){
913  
914    MPI_Finalize();
915    exit (0);
600 –  
916   }
917  
603 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
604 –
605 –  MPI_Finalize();
606 –  exit (0);
607 – }
608 –
918   #endif //is_mpi

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