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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 483 by gezelter, Wed Apr 9 04:06:43 2003 UTC

# Line 5 | Line 5
5   #ifdef IS_MPI
6   #include <mpi.h>
7   #include "mpiSimulation.hpp"
8 < #define TAKE_THIS_TAG 0
8 > #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 > #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void nodeZeroError( void );
13 >  void anonymousNodeDie( void );
14 > }
15 >
16 > using namespace dWrite;
17   #endif //is_mpi
18  
19   #include "ReadWrite.hpp"
20   #include "simError.h"
21  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
22   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
23  
24    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 21 | Line 27 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
27    if(worldRank == 0 ){
28   #endif // is_mpi
29      
24 –
25 –    
30      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
31      
32      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
# Line 35 | Line 39 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
39        painCave.isFatal = 1;
40        simError();
41      }
42 <  
42 >
43      //outFile.setf( ios::scientific );
44  
45   #ifdef IS_MPI
# Line 66 | Line 70 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
70    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
71    char writeLine[BUFFERSIZE];
72  
73 <  int i;
73 >  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74    double q[4];
75    DirectionalAtom* dAtom;
76    int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
# Line 120 | Line 124 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
124    outFile.flush();
125  
126   #else // is_mpi
127 +
128 +  // first thing first, suspend fatalities.
129 +  painCave.isEventLoop = 1;
130 +
131 +  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
132 +  int haveError;
133 +
134 +  MPI_Status istatus;
135 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
136    
124 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
125 –  
137    // write out header and node 0's coordinates
138    
139    if( worldRank == 0 ){
# Line 132 | Line 143 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
143              << entry_plug->box_x << "\t"
144              << entry_plug->box_y << "\t"
145              << entry_plug->box_z << "\n";
146 <    
147 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
148 <      // Get the Node number which has this molecule:
146 >    outFile.flush();
147 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
148 >      // Get the Node number which has this atom;
149        
150        which_node = AtomToProcMap[i];    
151        
152 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
142 <        
143 <        sprintf( tempBuffer,
144 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
145 <                 atoms[i]->getType(),
146 <                 atoms[i]->getX(),
147 <                 atoms[i]->getY(),
148 <                 atoms[i]->getZ(),
149 <                 atoms[i]->get_vx(),
150 <                 atoms[i]->get_vy(),
151 <                 atoms[i]->get_vz());
152 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
152 >      if (which_node == 0 ) {
153          
154 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
155 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
159 <          sprintf( tempBuffer,
160 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
161 <                   q[0],
162 <                   q[1],
163 <                   q[2],
164 <                   q[3],
165 <                   dAtom->getJx(),
166 <                   dAtom->getJy(),
167 <                   dAtom->getJz());
168 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
154 >        haveError = 0;
155 >        which_atom = i;
156 >        local_index=-1;        
157 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
158 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
159          }
160 <        else
161 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
162 <        
163 <      } else {
164 <        
165 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
166 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
167 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
160 >        if (local_index != -1) {
161 >          //format the line
162 >          sprintf( tempBuffer,
163 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
164 >                   atoms[local_index]->getType(),
165 >                   atoms[local_index]->getX(),
166 >                   atoms[local_index]->getY(),
167 >                   atoms[local_index]->getZ(),
168 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
169 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
170 >                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
171 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
172 >          
173 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
174 >            
175 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
176 >            dAtom->getQ( q );
177 >            
178 >            sprintf( tempBuffer,
179 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
180 >                     q[0],
181 >                     q[1],
182 >                     q[2],
183 >                     q[3],
184 >                     dAtom->getJx(),
185 >                     dAtom->getJy(),
186 >                     dAtom->getJz());
187 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
188 >            
189 >          }
190 >          else
191 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
192 >        }
193 >        else {
194 >          sprintf(painCave.errMsg,
195 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
196 >                  i, worldRank );
197 >          haveError= 1;
198 >          simError();
199 >        }
200 >        
201 >        if(haveError) nodeZeroError();
202 >
203 >      }
204 >      else {
205 >        myStatus = 1;
206 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
207 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
208 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
209 >                 MPI_COMM_WORLD);
210 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
211 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
212 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
213 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
214 >        
215 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
216 >
217        }
218        
219        outFile << writeLine;
220 +      outFile.flush();
221      }
222      
223      // kill everyone off:
224 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
225 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
224 >    myStatus = -1;
225 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
226 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
227 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
228      }
229  
230    } else {
231      
232      done = 0;
233      while (!done) {
234 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
235 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
234 >      
235 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
236 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
237  
238 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
239 <        done=1;
240 <        continue;
198 <      } else {
238 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
239 >      
240 >      if(myStatus < 0) break;
241  
242 <        //format the line
242 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
243 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
244 >      
245 >      myStatus = 1;
246 >      local_index=-1;        
247 >      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
248 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
249 >      }
250 >      if (local_index != -1) {
251 >        //format the line
252          sprintf( tempBuffer,
253                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
254 <                 atoms[which_atom]->getType(),
255 <                 atoms[which_atom]->getX(),
256 <                 atoms[which_atom]->getY(),
257 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
258 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
259 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
260 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
254 >                 atoms[local_index]->getType(),
255 >                 atoms[local_index]->getX(),
256 >                 atoms[local_index]->getY(),
257 >                 atoms[local_index]->getZ(),
258 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
259 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
260 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
261          strcpy( writeLine, tempBuffer );
262 +        
263 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
264            
265 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
213 <            
214 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
265 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
266            dAtom->getQ( q );
267 <            
267 >          
268            sprintf( tempBuffer,
269                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
270                     q[0],
# Line 225 | Line 276 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
276                     dAtom->getJz());
277            strcat( writeLine, tempBuffer );
278          }
279 <        else
279 >        else{
280            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
281 <        
282 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
283 <                             TAKE_THIS_TAG);
281 >        }
282 >      }
283 >      else {
284 >        sprintf(painCave.errMsg,
285 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
286 >                which_atom, worldRank );
287 >        myStatus = 0;
288 >        simError();
289 >
290 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
291        }
292 +
293 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
294 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
295 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
296 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
297      }
298    }  
299    outFile.flush();
300    sprintf( checkPointMsg,
301             "Sucessfully took a dump.\n");
302    MPIcheckPoint();
303 +
304 + // last  thing last, enable  fatalities.
305 +  painCave.isEventLoop = 0;
306 +
307   #endif // is_mpi
308   }
309  
310   void DumpWriter::writeFinal(){
311 <  
311 >
312    char finalName[500];
313    ofstream finalOut;
314 +
315 +  const int BUFFERSIZE = 2000;
316 +  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
317 +  char writeLine[BUFFERSIZE];  
318 +
319 +  double q[4];
320 +  DirectionalAtom* dAtom;
321 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
322 +  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
323 +  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
324    
325 +  
326   #ifdef IS_MPI
327    if(worldRank == 0 ){
328   #endif // is_mpi
# Line 278 | Line 356 | void DumpWriter::writeFinal(){
356    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
357             << entry_plug->box_y << "\t"
358             << entry_plug->box_z << "\n";
359 <    
359 >  
360    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
361        
362      sprintf( tempBuffer,
# Line 317 | Line 395 | void DumpWriter::writeFinal(){
395    finalOut.close();
396  
397   #else // is_mpi
320 –  
321 –  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
398    
399 +  // first thing first, suspend fatalities.
400 +  painCave.isEventLoop = 1;
401 +
402 +  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
403 +  int haveError;
404 +
405 +  MPI_Status istatus;
406 +  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
407 +
408    // write out header and node 0's coordinates
409    
410 +  haveError = 0;
411    if( worldRank == 0 ){
412      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
413      
# Line 329 | Line 415 | void DumpWriter::writeFinal(){
415              << entry_plug->box_y << "\t"
416              << entry_plug->box_z << "\n";
417      
418 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
418 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
419        // Get the Node number which has this molecule:
420        
421        which_node = AtomToProcMap[i];    
422        
423 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
424 <        
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
427 <                 atoms[i]->getType(),
428 <                 atoms[i]->getX(),
343 <                 atoms[i]->getY(),
344 <                 atoms[i]->getZ(),
345 <                 atoms[i]->get_vx(),
346 <                 atoms[i]->get_vy(),
347 <                 atoms[i]->get_vz());
348 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
349 <        
350 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
351 <          
352 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 <          dAtom->getQ( q );
354 <          
355 <          sprintf( tempBuffer,
356 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
357 <                   q[0],
358 <                   q[1],
359 <                   q[2],
360 <                   q[3],
361 <                   dAtom->getJx(),
362 <                   dAtom->getJy(),
363 <                   dAtom->getJz());
364 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
423 >      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
424 >
425 >        which_atom = i;
426 >        local_index=-1;        
427 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
428 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
429          }
430 <        else
431 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
430 >        if (local_index != -1) {        
431 >          sprintf( tempBuffer,
432 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
433 >                   atoms[local_index]->getType(),
434 >                   atoms[local_index]->getX(),
435 >                   atoms[local_index]->getY(),
436 >                   atoms[local_index]->getZ(),
437 >                   atoms[local_index]->get_vx(),
438 >                   atoms[local_index]->get_vy(),
439 >                   atoms[local_index]->get_vz());
440 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
441 >          
442 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
443 >            
444 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
445 >            dAtom->getQ( q );
446 >            
447 >            sprintf( tempBuffer,
448 >                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
449 >                     q[0],
450 >                     q[1],
451 >                     q[2],
452 >                     q[3],
453 >                     dAtom->getJx(),
454 >                     dAtom->getJy(),
455 >                     dAtom->getJz());
456 >            strcat( writeLine, tempBuffer );
457 >          }
458 >          else
459 >            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
460 >        }
461 >        else {
462 >          sprintf(painCave.errMsg,
463 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
464 >                  i, worldRank );
465 >          haveError= 1;
466 >          simError();
467 >        }
468 >
469 >        if(haveError) nodeZeroError();
470 >    
471 >      }
472 >      else {
473          
474 <      } else {
475 <        
476 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
477 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
478 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
474 >        myStatus = 1;
475 >        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
476 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
477 >        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
478 >                 MPI_COMM_WORLD);
479 >        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
480 >                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
481 >        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
482 >                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
483 >        
484 >        if(!myStatus) nodeZeroError();
485        }
486        
487        finalOut << writeLine;
488      }
489      
490      // kill everyone off:
491 <    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
492 <      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
491 >    myStatus = -1;
492 >    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
493 >      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
494 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
495      }
496  
497    } else {
498      
499      done = 0;
500      while (!done) {
388 –      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
389 –                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
501  
502 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
503 <        done=1;
504 <        continue;
505 <      } else {
502 >      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
503 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
504 >      
505 >      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
506 >      
507 >      if(myStatus < 0) break;
508 >      
509 >      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
510 >               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
511 >      
512 >      myStatus = 1;
513 >      local_index=-1;        
514 >      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
515 >        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
516 >      }
517 >      if (local_index != -1) {
518  
519 <        //format the line
519 >        //format the line
520          sprintf( tempBuffer,
521                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
522 <                 atoms[which_atom]->getType(),
523 <                 atoms[which_atom]->getX(),
524 <                 atoms[which_atom]->getY(),
525 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
526 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
527 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
528 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
522 >                 atoms[local_index]->getType(),
523 >                 atoms[local_index]->getX(),
524 >                 atoms[local_index]->getY(),
525 >                 atoms[local_index]->getZ(),
526 >                 atoms[local_index]->get_vx(),
527 >                 atoms[local_index]->get_vy(),
528 >                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
529          strcpy( writeLine, tempBuffer );
530 +        
531 +        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
532            
533 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
409 <            
410 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
533 >          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
534            dAtom->getQ( q );
535 <            
535 >          
536            sprintf( tempBuffer,
537                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
538                     q[0],
# Line 421 | Line 544 | void DumpWriter::writeFinal(){
544                     dAtom->getJz());
545            strcat( writeLine, tempBuffer );
546          }
547 <        else
547 >        else{
548            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
549 <        
550 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
551 <                             TAKE_THIS_TAG);
549 >        }
550 >      }
551 >      else {
552 >        sprintf(painCave.errMsg,
553 >                "Atom %d not found on processor %d\n",
554 >                which_atom, worldRank );
555 >        myStatus = 0;
556 >        simError();
557 >        
558 >        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
559        }
560 +
561 +      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
562 +               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
563 +      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
564 +                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
565      }
566 <  }  
566 >  }
567    finalOut.flush();
568    sprintf( checkPointMsg,
569             "Sucessfully took a dump.\n");
570    MPIcheckPoint();
571 <
571 >  
572    if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
573   #endif // is_mpi
574   }
575 +
576 +
577 +
578 + #ifdef IS_MPI
579 +
580 + // a couple of functions to let us escape the write loop
581 +
582 + void dWrite::nodeZeroError( void ){
583 +  int j, myStatus;
584 +  
585 +  myStatus = 0;
586 +  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
587 +    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
588 +              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
589 +  }  
590 +  
591 +
592 +  MPI_Finalize();
593 +  exit (0);
594 +  
595 + }
596 +
597 + void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
598 +
599 +  MPI_Finalize();
600 +  exit (0);
601 + }
602 +
603 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines