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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 436 by chuckv, Fri Mar 28 21:45:03 2003 UTC vs.
Revision 907 by gezelter, Thu Jan 8 17:40:56 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
7 – #include <mpi++.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
11 < #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
# Line 20 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
24 <
25 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 61 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 > #ifdef IS_MPI
76 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 >  double atomTransData[6];
78 >  double atomOrientData[7];
79 >  int isDirectional;
80 >  char* atomTypeString;
81 >  int me;
82 >  int atomTypeTag;
83 >  int atomIsDirectionalTag;
84 >  int atomTransDataTag;
85 >  int atomOrientDataTag;
86 > #else //is_mpi
87 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
88 > #endif //is_mpi
89 >
90    double q[4];
91    DirectionalAtom* dAtom;
72 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
92    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
93 <    
93 >  double pos[3], vel[3];
94  
95 +  // write current frame to the eor file
96 +
97 +  this->writeFinal( currentTime );
98 +
99   #ifndef IS_MPI
100 <    
100 >
101    outFile << nAtoms << "\n";
102 <    
103 <  outFile << currentTime << "\t"
104 <          << entry_plug->box_x << "\t"
105 <          << entry_plug->box_y << "\t"
106 <          << entry_plug->box_z << "\n";
107 <    
102 >
103 >  outFile << currentTime << ";\t"
104 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
107 >
108 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
111 >
112 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
115 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
116 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
117 >  outFile << endl;
118 >
119    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 –      
120  
121 +    atoms[i]->getPos(pos);
122 +    atoms[i]->getVel(vel);
123 +
124      sprintf( tempBuffer,
125               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
126               atoms[i]->getType(),
127 <             atoms[i]->getX(),
128 <             atoms[i]->getY(),
129 <             atoms[i]->getZ(),
130 <             atoms[i]->get_vx(),
131 <             atoms[i]->get_vy(),
132 <             atoms[i]->get_vz());
127 >             pos[0],
128 >             pos[1],
129 >             pos[2],
130 >             vel[0],
131 >             vel[1],
132 >             vel[2]);
133      strcpy( writeLine, tempBuffer );
134  
135      if( atoms[i]->isDirectional() ){
136 <        
136 >
137        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
138        dAtom->getQ( q );
139 <        
139 >
140        sprintf( tempBuffer,
141                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
142                 q[0],
# Line 114 | Line 150 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
150      }
151      else
152        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
153 <      
153 >
154      outFile << writeLine;
155    }
156    outFile.flush();
157  
158   #else // is_mpi
159  
160 <  MPI::Status istatus;
160 >  // first thing first, suspend fatalities.
161 >  painCave.isEventLoop = 1;
162 >
163 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
164 >  int haveError;
165 >
166 >  MPI_Status istatus;
167    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
168 <  
168 >
169    // write out header and node 0's coordinates
170 <  
170 >
171    if( worldRank == 0 ){
172      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
173 <    
174 <    outFile << currentTime << "\t"
175 <            << entry_plug->box_x << "\t"
176 <            << entry_plug->box_y << "\t"
177 <            << entry_plug->box_z << "\n";
173 >
174 >    outFile << currentTime << ";\t"
175 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
178 >
179 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
180 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
182 >
183 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
184 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
186 >
187 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
188 >    outFile << endl;
189      outFile.flush();
190      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
191        // Get the Node number which has this atom;
192 <      
193 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
194 <      
195 <      if (which_node == 0 ) {
196 <        
192 >
193 >      which_node = AtomToProcMap[i];
194 >
195 >      if (which_node != 0) {
196 >        
197 >        atomTypeTag          = 4*i;
198 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
199 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
200 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
201 >
202 >        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
203 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
204 >        
205 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
206 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
207 >        
208 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
209 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 >
211 >        if (isDirectional) {
212 >
213 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
214 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
215 >
216 >        }
217 >
218 >      } else {
219 >        
220 >        haveError = 0;
221          which_atom = i;
222 <        local_index=-1;        
222 >        local_index=-1;
223 >
224          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
225            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
226          }
227 +
228          if (local_index != -1) {
229 <          //format the line
230 <          sprintf( tempBuffer,
231 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
232 <                   atoms[local_index]->getType(),
233 <                   atoms[local_index]->getX(),
234 <                   atoms[local_index]->getY(),
235 <                   atoms[local_index]->getZ(),
236 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
237 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
238 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
239 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
240 <          
229 >
230 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
231 >
232 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
233 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
234 >
235 >          atomTransData[0] = pos[0];
236 >          atomTransData[1] = pos[1];
237 >          atomTransData[2] = pos[2];
238 >
239 >          atomTransData[3] = vel[0];
240 >          atomTransData[4] = vel[1];
241 >          atomTransData[5] = vel[2];
242 >          
243 >          isDirectional = 0;
244 >
245            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
246 +
247 +            isDirectional = 1;
248              
249              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
250              dAtom->getQ( q );
251              
252 <            sprintf( tempBuffer,
253 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
254 <                     q[0],
255 <                     q[1],
256 <                     q[2],
257 <                     q[3],
258 <                     dAtom->getJx(),
259 <                     dAtom->getJy(),
260 <                     dAtom->getJz());
261 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
262 <            
263 <          }
264 <          else
265 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
266 <        }
267 <        else {
268 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
269 <        }
270 <      }
271 <      else {
252 >            atomOrientData[0] = q[0];
253 >            atomOrientData[1] = q[1];
254 >            atomOrientData[2] = q[2];
255 >            atomOrientData[3] = q[3];
256 >
257 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
258 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
259 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
260 >          }
261 >
262 >        } else {
263 >          sprintf(painCave.errMsg,
264 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
265 >                  i, worldRank );
266 >          haveError= 1;
267 >          simError();
268 >        }
269 >
270 >        if(haveError) DieDieDie();
271 >                              
272 >        // If we've survived to here, format the line:
273          
274 <        //std::cerr << "node 0: sending node " << which_node << " request for atom " << i << "\n";
275 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
276 <        //std::cerr << "node 0: sent!\n";
277 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
278 <                             TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
279 <        //std::cerr << "node 0: got this line: " << writeLine;
274 >        sprintf( tempBuffer,
275 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
276 >                 atomTypeString,
277 >                 atomTransData[0],
278 >                 atomTransData[1],
279 >                 atomTransData[2],
280 >                 atomTransData[3],
281 >                 atomTransData[4],
282 >                 atomTransData[5]);
283 >
284 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
285 >
286 >        if (isDirectional) {
287 >
288 >          sprintf( tempBuffer,
289 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
290 >                   atomOrientData[0],
291 >                   atomOrientData[1],
292 >                   atomOrientData[2],
293 >                   atomOrientData[3],
294 >                   atomOrientData[4],
295 >                   atomOrientData[5],
296 >                   atomOrientData[6]);
297 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
298 >
299 >        } else {
300 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
301 >        }
302 >
303 >        outFile << writeLine;
304 >        outFile.flush();
305        }
195 –      
196 –      outFile << writeLine;
197 –      outFile.flush();
306      }
199 –    
200 –    // kill everyone off:
201 –    game_over = -1;
202 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
203 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
204 –    }
307  
308 +    outFile.flush();
309 +    sprintf( checkPointMsg,
310 +             "Sucessfully took a dump.\n");
311 +    MPIcheckPoint();        
312 +    
313    } else {
314 +
315 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
316      
317 <    done = 0;
318 <    while (!done) {
319 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " Waiting for receive \n";
320 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
321 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
322 <      //std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " got request for atom " << which_atom << "\n";
323 <      if (which_atom == -1) {
215 <        done=1;
216 <        continue;
217 <      } else {
218 <        local_index=-1;        
317 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
318 >      
319 >      // Am I the node which has this atom?
320 >      
321 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
322 >
323 >        local_index=-1;
324          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
325            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
326          }
327          if (local_index != -1) {
328 <          //format the line
329 <          sprintf( tempBuffer,
330 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
331 <                   atoms[local_index]->getType(),
332 <                   atoms[local_index]->getX(),
333 <                   atoms[local_index]->getY(),
334 <                   atoms[local_index]->getZ(),
335 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
336 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
337 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
338 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
339 <          
328 >        
329 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
330 >
331 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
332 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
333 >
334 >          atomTransData[0] = pos[0];
335 >          atomTransData[1] = pos[1];
336 >          atomTransData[2] = pos[2];
337 >
338 >          atomTransData[3] = vel[0];
339 >          atomTransData[4] = vel[1];
340 >          atomTransData[5] = vel[2];
341 >          
342 >          isDirectional = 0;
343 >
344            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
345 +
346 +            isDirectional = 1;
347              
348              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
349              dAtom->getQ( q );
350              
351 <            sprintf( tempBuffer,
352 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
353 <                     q[0],
354 <                     q[1],
355 <                     q[2],
356 <                     q[3],
357 <                     dAtom->getJx(),
358 <                     dAtom->getJy(),
248 <                     dAtom->getJz());
249 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
351 >            atomOrientData[0] = q[0];
352 >            atomOrientData[1] = q[1];
353 >            atomOrientData[2] = q[2];
354 >            atomOrientData[3] = q[3];
355 >
356 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
357 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
358 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
359            }
360 <          else
252 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
253 <          // std::cerr << "node: " << mpiSim->getMyNode() << " sending this line" << writeLine;
254 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
255 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
360 >
361          } else {
362 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
363 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
364 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
362 >          sprintf(painCave.errMsg,
363 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
364 >                  i, worldRank );
365 >          haveError= 1;
366 >          simError();
367 >        }
368 >
369 >        // I've survived this far, so send off the data!
370 >
371 >        atomTypeTag          = 4*i;
372 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
373 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
374 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
375 >
376 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
377 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
378 >        
379 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
380 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
381 >        
382 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
383 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
384 >
385 >        if (isDirectional) {
386 >
387 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
388 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
389 >          
390          }
391 +      
392        }
393      }
394 <  }  
395 <  outFile.flush();
396 <  sprintf( checkPointMsg,
397 <           "Sucessfully took a dump.\n");
398 <  MPIcheckPoint();
394 >
395 >    sprintf( checkPointMsg,
396 >             "Sucessfully took a dump.\n");
397 >    MPIcheckPoint();        
398 >    
399 >  }
400 >  
401 >  painCave.isEventLoop = 0;
402 >
403   #endif // is_mpi
404   }
405  
406 < void DumpWriter::writeFinal(){
406 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
407  
408    char finalName[500];
409    ofstream finalOut;
410  
411    const int BUFFERSIZE = 2000;
412 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
413    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
414 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
414 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
415  
416    double q[4];
417    DirectionalAtom* dAtom;
282 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
418    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
419 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
285 <  
286 <  
419 >  int i;
420   #ifdef IS_MPI
421 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
422 +  double atomTransData[6];
423 +  double atomOrientData[7];
424 +  int isDirectional;
425 +  char* atomTypeString;
426 +  int atomTypeTag;
427 +  int atomIsDirectionalTag;
428 +  int atomTransDataTag;
429 +  int atomOrientDataTag;
430 + #else //is_mpi
431 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
432 + #endif //is_mpi
433 +
434 +  double pos[3], vel[3];
435 +
436 + #ifdef IS_MPI
437    if(worldRank == 0 ){
438   #endif // is_mpi
439 <    
439 >
440      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
441 <    
441 >
442      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
443      if( !finalOut ){
444        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 298 | Line 447 | void DumpWriter::writeFinal(){
447        painCave.isFatal = 1;
448        simError();
449      }
450 <    
450 >
451      // finalOut.setf( ios::scientific );
452 <    
452 >
453   #ifdef IS_MPI
454    }
455 <  
455 >
456    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
457 <  MPIcheckPoint();  
458 <  
457 >  MPIcheckPoint();
458 >
459   #endif //is_mpi
460  
461 <  
461 >
462   #ifndef IS_MPI
463 <    
463 >
464    finalOut << nAtoms << "\n";
465 <    
466 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
467 <           << entry_plug->box_y << "\t"
468 <           << entry_plug->box_z << "\n";
469 <  
465 >
466 >  finalOut << finalTime << ";\t"
467 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
468 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
469 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
470 >
471 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
472 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
473 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
474 >
475 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
476 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
477 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
478 >
479 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
480 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
481 >  finalOut << endl;
482 >
483    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
484 <      
484 >
485 >    atoms[i]->getPos(pos);
486 >    atoms[i]->getVel(vel);
487 >
488      sprintf( tempBuffer,
489               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
490               atoms[i]->getType(),
491 <             atoms[i]->getX(),
492 <             atoms[i]->getY(),
493 <             atoms[i]->getZ(),
494 <             atoms[i]->get_vx(),
495 <             atoms[i]->get_vy(),
496 <             atoms[i]->get_vz());
491 >             pos[0],
492 >             pos[1],
493 >             pos[2],
494 >             vel[0],
495 >             vel[1],
496 >             vel[2]);
497      strcpy( writeLine, tempBuffer );
498  
499      if( atoms[i]->isDirectional() ){
500 <        
500 >
501        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
502        dAtom->getQ( q );
503 <        
503 >
504        sprintf( tempBuffer,
505                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
506                 q[0],
# Line 349 | Line 514 | void DumpWriter::writeFinal(){
514      }
515      else
516        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
517 <      
517 >
518      finalOut << writeLine;
519    }
520    finalOut.flush();
521    finalOut.close();
522  
523   #else // is_mpi
524 <  
525 <  MPI::Status istatus;
524 >
525 >  // first thing first, suspend fatalities.
526 >  painCave.isEventLoop = 1;
527 >
528 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
529 >  int haveError;
530 >
531 >  MPI_Status istatus;
532    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
533  
534    // write out header and node 0's coordinates
535 <  
535 >
536    if( worldRank == 0 ){
537      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
538 <    
539 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
540 <            << entry_plug->box_y << "\t"
541 <            << entry_plug->box_z << "\n";
542 <    
538 >
539 >    finalOut << finalTime << ";\t"
540 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
541 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
542 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
543 >
544 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
545 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
546 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
547 >
548 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
550 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
551 >
552 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >    finalOut << endl;
554 >    finalOut.flush();
555      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
556 <      // Get the Node number which has this molecule:
557 <      
558 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
559 <      
560 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
556 >      // Get the Node number which has this atom;
557 >
558 >      which_node = AtomToProcMap[i];
559 >
560 >      if (which_node != 0) {
561          
562 +        atomTypeTag          = 4*i;
563 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
564 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
565 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
566 +
567 +        MPI_Recv(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
568 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
569 +        
570 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
571 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
572 +        
573 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
574 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
575 +
576 +        if (isDirectional) {
577 +
578 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
579 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
580 +
581 +        }
582 +
583 +      } else {
584 +        
585 +        haveError = 0;
586 +        which_atom = i;
587 +        local_index=-1;
588 +
589 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
590 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
591 +        }
592 +
593 +        if (local_index != -1) {
594 +
595 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
596 +
597 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
598 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
599 +
600 +          atomTransData[0] = pos[0];
601 +          atomTransData[1] = pos[1];
602 +          atomTransData[2] = pos[2];
603 +
604 +          atomTransData[3] = vel[0];
605 +          atomTransData[4] = vel[1];
606 +          atomTransData[5] = vel[2];
607 +          
608 +          isDirectional = 0;
609 +
610 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
611 +
612 +            isDirectional = 1;
613 +            
614 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
615 +            dAtom->getQ( q );
616 +            
617 +            atomOrientData[0] = q[0];
618 +            atomOrientData[1] = q[1];
619 +            atomOrientData[2] = q[2];
620 +            atomOrientData[3] = q[3];
621 +
622 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
623 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
624 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
625 +          }
626 +
627 +        } else {
628 +          sprintf(painCave.errMsg,
629 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
630 +                  i, worldRank );
631 +          haveError= 1;
632 +          simError();
633 +        }
634 +
635 +        if(haveError) DieDieDie();
636 +                              
637 +        // If we've survived to here, format the line:
638 +        
639          sprintf( tempBuffer,
640                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
641 <                 atoms[i]->getType(),
642 <                 atoms[i]->getX(),
643 <                 atoms[i]->getY(),
644 <                 atoms[i]->getZ(),
645 <                 atoms[i]->get_vx(),
646 <                 atoms[i]->get_vy(),
647 <                 atoms[i]->get_vz());
641 >                 atomTypeString,
642 >                 atomTransData[0],
643 >                 atomTransData[1],
644 >                 atomTransData[2],
645 >                 atomTransData[3],
646 >                 atomTransData[4],
647 >                 atomTransData[5]);
648 >
649          strcpy( writeLine, tempBuffer );
650 <        
651 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
652 <          
392 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
393 <          dAtom->getQ( q );
394 <          
650 >
651 >        if (isDirectional) {
652 >
653            sprintf( tempBuffer,
654                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
655 <                   q[0],
656 <                   q[1],
657 <                   q[2],
658 <                   q[3],
659 <                   dAtom->getJx(),
660 <                   dAtom->getJy(),
661 <                   dAtom->getJz());
655 >                   atomOrientData[0],
656 >                   atomOrientData[1],
657 >                   atomOrientData[2],
658 >                   atomOrientData[3],
659 >                   atomOrientData[4],
660 >                   atomOrientData[5],
661 >                   atomOrientData[6]);
662            strcat( writeLine, tempBuffer );
663 +
664 +        } else {
665 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
666          }
667 <        else
668 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
669 <        
409 <      } else {
410 <        
411 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT);
412 <        MPI::COMM_WORLD.Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
413 <                                TAKE_THIS_TAG_CHAR, istatus);
667 >
668 >        finalOut << writeLine;
669 >        finalOut.flush();
670        }
415 –      
416 –      finalOut << writeLine;
671      }
418 –    
419 –    // kill everyone off:
420 –    game_over = -1;
421 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {
422 –      MPI::COMM_WORLD.Send(&game_over, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG_INT);
423 –    }
672  
673 +    finalOut.flush();
674 +    sprintf( checkPointMsg,
675 +             "Sucessfully took a dump.\n");
676 +    MPIcheckPoint();        
677 +    
678    } else {
679 +
680 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
681      
682 <    done = 0;
683 <    while (!done) {
684 <      MPI::COMM_WORLD.Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
685 <                           TAKE_THIS_TAG_INT, istatus);
682 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
683 >      
684 >      // Am I the node which has this atom?
685 >      
686 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
687  
688 <      if (which_atom == -1) {
689 <        done=1;
434 <        continue;
435 <      } else {
436 <
437 <        local_index=-1;        
438 <        for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
688 >        local_index=-1;
689 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
690            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
691          }
692          if (local_index != -1) {
693 +        
694 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
695  
696 <          //format the line
697 <          sprintf( tempBuffer,
698 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
699 <                   atoms[local_index]->getType(),
700 <                   atoms[local_index]->getX(),
701 <                   atoms[local_index]->getY(),
702 <                   atoms[local_index]->getZ(),
703 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
704 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
705 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
706 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
707 <          
696 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
697 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
698 >
699 >          atomTransData[0] = pos[0];
700 >          atomTransData[1] = pos[1];
701 >          atomTransData[2] = pos[2];
702 >
703 >          atomTransData[3] = vel[0];
704 >          atomTransData[4] = vel[1];
705 >          atomTransData[5] = vel[2];
706 >          
707 >          isDirectional = 0;
708 >
709            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
710 +
711 +            isDirectional = 1;
712              
713              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
714              dAtom->getQ( q );
715 <            
716 <            sprintf( tempBuffer,
717 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
718 <                     q[0],
719 <                     q[1],
720 <                     q[2],
721 <                     q[3],
722 <                     dAtom->getJx(),
723 <                     dAtom->getJy(),
468 <                     dAtom->getJz());
469 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
715 >            
716 >            atomOrientData[0] = q[0];
717 >            atomOrientData[1] = q[1];
718 >            atomOrientData[2] = q[2];
719 >            atomOrientData[3] = q[3];
720 >
721 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
722 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
723 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
724            }
725 <          else
472 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
473 <          
474 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
475 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
725 >
726          } else {
727 <          strcpy( writeLine, "ATOM NOT FOUND ON THIS PROCESSOR");
728 <          MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
729 <                               TAKE_THIS_TAG_CHAR);
727 >          sprintf(painCave.errMsg,
728 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
729 >                  i, worldRank );
730 >          haveError= 1;
731 >          simError();
732 >        }
733 >
734 >        // I've survived this far, so send off the data!
735 >
736 >        atomTypeTag          = 4*i;
737 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
738 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
739 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
740 >
741 >        MPI_Send(atomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
742 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
743 >        
744 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
745 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
746 >        
747 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
748 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
749 >
750 >        if (isDirectional) {
751 >
752 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
753 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
754 >          
755          }
756 +      
757        }
758      }
759 +
760 +    sprintf( checkPointMsg,
761 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
762 +    MPIcheckPoint();        
763 +    
764    }
765 <  finalOut.flush();
766 <  sprintf( checkPointMsg,
486 <           "Sucessfully took a dump.\n");
487 <  MPIcheckPoint();
765 >  
766 >  painCave.isEventLoop = 0;
767  
768 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
768 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
769   #endif // is_mpi
770   }
771 +
772 +
773 +
774 + #ifdef IS_MPI
775 +
776 + // a couple of functions to let us escape the write loop
777 +
778 + void dWrite::DieDieDie( void ){
779 +
780 +  MPI_Finalize();
781 +  exit (0);
782 + }
783 +
784 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines