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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 377 by mmeineke, Fri Mar 21 17:42:12 2003 UTC vs.
trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents), Revision 910 by gezelter, Thu Jan 8 18:05:37 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 –
15 –
16 –
17 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 22 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
26 <
27 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 63 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 + #ifdef IS_MPI
76 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 +  double atomTransData[6];
78 +  double atomOrientData[7];
79 +  int isDirectional;
80 +  char* atomTypeString;
81 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 +  int me;
83 +  int atomTypeTag;
84 +  int atomIsDirectionalTag;
85 +  int atomTransDataTag;
86 +  int atomOrientDataTag;
87 + #else //is_mpi
88 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 + #endif //is_mpi
90 +
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
74 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << "\t"
105 <          << entry_plug->box_x << "\t"
106 <          << entry_plug->box_y << "\t"
107 <          << entry_plug->box_z << "\n";
108 <    
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
108 >
109 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
111 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
112 >
113 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
88 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 116 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
158  
159   #else // is_mpi
160  
161 <  int masterIndex;
162 <  int nodeAtomsStart;
128 <  int nodeAtomsEnd;
129 <  int mpiErr;
130 <  int sendError;
131 <  int procIndex;
132 <    
133 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
161 >  // first thing first, suspend fatalities.
162 >  painCave.isEventLoop = 1;
163  
164 <    
164 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
165 >  int haveError;
166 >
167 >  MPI_Status istatus;
168 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171  
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
140 –      
141 –    outFile << currentTime << "\t"
142 –            << entry_plug->box_x << "\t"
143 –            << entry_plug->box_y << "\t"
144 –            << entry_plug->box_z << "\n";
174  
175 <    masterIndex = 0;
176 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
177 <      
178 <      sprintf( tempBuffer,
150 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
151 <               atoms[i]->getType(),
152 <               atoms[i]->getX(),
153 <               atoms[i]->getY(),
154 <               atoms[i]->getZ(),
155 <               atoms[i]->get_vx(),
156 <               atoms[i]->get_vy(),
157 <               atoms[i]->get_vz());
158 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
159 <        
160 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
161 <          
162 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
163 <        dAtom->getQ( q );
164 <          
165 <        sprintf( tempBuffer,
166 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
167 <                 q[0],
168 <                 q[1],
169 <                 q[2],
170 <                 q[3],
171 <                 dAtom->getJx(),
172 <                 dAtom->getJy(),
173 <                 dAtom->getJz());
174 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
175 <      }
176 <      else
177 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
178 <        
179 <      outFile << writeLine;
180 <      masterIndex++;
181 <    }
182 <    outFile.flush();
183 <  }
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179  
180 <  sprintf( checkPointMsg,
181 <           "Sucessfully wrote node 0's dump configuration.\n");
182 <  MPIcheckPoint();
188 <    
189 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
190 <       procIndex++){
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183  
184 <    if( worldRank == 0 ){
185 <      
186 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
195 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
196 <      
197 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
198 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
199 <      
200 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
201 <      // receiving node expects it to be.
202 <      
203 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
204 <        sendError = 1;
205 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
206 <                          MPI_COMM_WORLD);
207 <        sprintf(painCave.errMsg,
208 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
209 <                "node %d not equal to master index (%d)",
210 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
211 <        painCave.isFatal = 1;
212 <        simError();
213 <      }
214 <      
215 <      sendError = 0;
216 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
217 <                        MPI_COMM_WORLD);
218 <      
219 <      // recieve the nodes writeLines
220 <      
221 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
222 <        
223 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
224 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
225 <        
226 <        outFile << writeLine;
227 <        masterIndex++;
228 <      }
229 <    }
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187  
188 <    else if( worldRank == procIndex ){
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190 >    outFile.flush();
191 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192 >      // Get the Node number which has this atom;
193  
194 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
234 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195  
196 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
197 <                        MPI_COMM_WORLD);
198 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
199 <                        MPI_COMM_WORLD);
200 <        
201 <      sendError = -1;
242 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
243 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
196 >      if (which_node != 0) {
197 >        
198 >        atomTypeTag          = 4*i;
199 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202  
203 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
203 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 >        
206 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207  
208 <      // send current node's configuration line by line.
208 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
209 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 >        
211 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
212 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
213  
214 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
214 >        if (isDirectional) {
215  
216 <        sprintf( tempBuffer,
217 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
218 <                 atoms[i]->getType(),
219 <                 atoms[i]->getX(),
220 <                 atoms[i]->getY(),
221 <                 atoms[i]->getZ(),
222 <                 atoms[i]->get_vx(),
223 <                 atoms[i]->get_vy(),
224 <                 atoms[i]->get_vz()); // check here.
225 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
226 <          
227 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
228 <            
229 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
230 <          dAtom->getQ( q );
231 <            
232 <          sprintf( tempBuffer,
233 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
234 <                   q[0],
235 <                   q[1],
236 <                   q[2],
237 <                   q[3],
238 <                   dAtom->getJx(),
239 <                   dAtom->getJy(),
240 <                   dAtom->getJz());
241 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
216 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
217 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 >
219 >        }
220 >
221 >      } else {
222 >        
223 >        haveError = 0;
224 >        which_atom = i;
225 >        local_index=-1;
226 >
227 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
228 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
229 >        }
230 >
231 >        if (local_index != -1) {
232 >
233 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
234 >
235 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
236 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
237 >
238 >          atomTransData[0] = pos[0];
239 >          atomTransData[1] = pos[1];
240 >          atomTransData[2] = pos[2];
241 >
242 >          atomTransData[3] = vel[0];
243 >          atomTransData[4] = vel[1];
244 >          atomTransData[5] = vel[2];
245 >          
246 >          isDirectional = 0;
247 >
248 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
249 >
250 >            isDirectional = 1;
251 >            
252 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
253 >            dAtom->getQ( q );
254 >            
255 >            atomOrientData[0] = q[0];
256 >            atomOrientData[1] = q[1];
257 >            atomOrientData[2] = q[2];
258 >            atomOrientData[3] = q[3];
259 >
260 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
261 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
262 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
263 >          }
264 >
265 >        } else {
266 >          sprintf(painCave.errMsg,
267 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
268 >                  i, worldRank );
269 >          haveError= 1;
270 >          simError();
271          }
272 <        else
273 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
274 <          
275 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
276 <                          MPI_COMM_WORLD);
272 >
273 >        if(haveError) DieDieDie();
274 >                              
275 >        // If we've survived to here, format the line:
276 >        
277 >        sprintf( tempBuffer,
278 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
279 >                 atomTypeString,
280 >                 atomTransData[0],
281 >                 atomTransData[1],
282 >                 atomTransData[2],
283 >                 atomTransData[3],
284 >                 atomTransData[4],
285 >                 atomTransData[5]);
286 >
287 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
288 >
289 >        if (isDirectional) {
290 >
291 >          sprintf( tempBuffer,
292 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
293 >                   atomOrientData[0],
294 >                   atomOrientData[1],
295 >                   atomOrientData[2],
296 >                   atomOrientData[3],
297 >                   atomOrientData[4],
298 >                   atomOrientData[5],
299 >                   atomOrientData[6]);
300 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
301 >
302 >        } else {
303 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
304 >        }
305 >
306 >        outFile << writeLine;
307 >        outFile.flush();
308        }
309      }
310 +
311 +    outFile.flush();
312 +    sprintf( checkPointMsg,
313 +             "Sucessfully took a dump.\n");
314 +    MPIcheckPoint();        
315 +    
316 +  } else {
317 +
318 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
319 +    
320 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
321        
322 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
323 <            procIndex);
324 <    MPIcheckPoint();
325 <  }
322 >      // Am I the node which has this atom?
323 >      
324 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
325 >
326 >        local_index=-1;
327 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
328 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
329 >        }
330 >        if (local_index != -1) {
331 >        
332 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
333 >
334 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
335 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
336 >
337 >          atomTransData[0] = pos[0];
338 >          atomTransData[1] = pos[1];
339 >          atomTransData[2] = pos[2];
340 >
341 >          atomTransData[3] = vel[0];
342 >          atomTransData[4] = vel[1];
343 >          atomTransData[5] = vel[2];
344 >          
345 >          isDirectional = 0;
346 >
347 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
348 >
349 >            isDirectional = 1;
350 >            
351 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
352 >            dAtom->getQ( q );
353 >            
354 >            atomOrientData[0] = q[0];
355 >            atomOrientData[1] = q[1];
356 >            atomOrientData[2] = q[2];
357 >            atomOrientData[3] = q[3];
358 >
359 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
360 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
361 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
362 >          }
363 >
364 >        } else {
365 >          sprintf(painCave.errMsg,
366 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
367 >                  i, worldRank );
368 >          haveError= 1;
369 >          simError();
370 >        }
371 >
372 >        // I've survived this far, so send off the data!
373 >
374 >        atomTypeTag          = 4*i;
375 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
376 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
377 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
378 >
379 >
380 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
381 >
382 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
383 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
384 >        
385 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
386 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
387 >        
388 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
389 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
390 >
391 >        if (isDirectional) {
392 >
393 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
394 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
395 >          
396 >        }
397 >      
398 >      }
399 >    }
400 >
401 >    sprintf( checkPointMsg,
402 >             "Sucessfully took a dump.\n");
403 >    MPIcheckPoint();        
404      
405 +  }
406 +  
407 +  painCave.isEventLoop = 0;
408 +
409   #endif // is_mpi
410   }
411  
412 + void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
413  
414 +  char finalName[500];
415 +  ofstream finalOut;
416  
296 – void DumpWriter::writeFinal(){
297 –
298 –
417    const int BUFFERSIZE = 2000;
418 <  char tempBuffer[500];
418 >  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
419 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
420    char writeLine[BUFFERSIZE];
302 –  
303 –  char finalName[500];
421  
305 –  int i;
422    double q[4];
423    DirectionalAtom* dAtom;
308 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
424    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
425 <  
426 <  ofstream finalOut;
427 <  
425 >  int i;
426 > #ifdef IS_MPI
427 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
428 >  double atomTransData[6];
429 >  double atomOrientData[7];
430 >  int isDirectional;
431 >  char* atomTypeString;
432 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
433 >  int atomTypeTag;
434 >  int atomIsDirectionalTag;
435 >  int atomTransDataTag;
436 >  int atomOrientDataTag;
437 > #else //is_mpi
438 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
439 > #endif //is_mpi
440 >
441 >  double pos[3], vel[3];
442 >
443   #ifdef IS_MPI
444    if(worldRank == 0 ){
445   #endif // is_mpi
446 <    
446 >
447      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
448 <    
448 >
449      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
450      if( !finalOut ){
451        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 324 | Line 454 | void DumpWriter::writeFinal(){
454        painCave.isFatal = 1;
455        simError();
456      }
457 <    
457 >
458      // finalOut.setf( ios::scientific );
459 <    
459 >
460   #ifdef IS_MPI
461    }
462 <  
462 >
463    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
464 <  MPIcheckPoint();  
465 <  
464 >  MPIcheckPoint();
465 >
466   #endif //is_mpi
467  
338 –    
468  
469   #ifndef IS_MPI
470 <    
470 >
471    finalOut << nAtoms << "\n";
472 <    
473 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
474 <           << entry_plug->box_y << "\t"
475 <           << entry_plug->box_z << "\n";
476 <    
472 >
473 >  finalOut << finalTime << ";\t"
474 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
475 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
476 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
477 >
478 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
479 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
480 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
481 >
482 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
483 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
484 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
485 >
486 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
487 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
488 >  finalOut << endl;
489 >
490    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
491 <      
491 >
492 >    atoms[i]->getPos(pos);
493 >    atoms[i]->getVel(vel);
494 >
495      sprintf( tempBuffer,
496               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
497               atoms[i]->getType(),
498 <             atoms[i]->getX(),
499 <             atoms[i]->getY(),
500 <             atoms[i]->getZ(),
501 <             atoms[i]->get_vx(),
502 <             atoms[i]->get_vy(),
503 <             atoms[i]->get_vz());
498 >             pos[0],
499 >             pos[1],
500 >             pos[2],
501 >             vel[0],
502 >             vel[1],
503 >             vel[2]);
504      strcpy( writeLine, tempBuffer );
505  
506      if( atoms[i]->isDirectional() ){
507 <        
507 >
508        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
509        dAtom->getQ( q );
510 <        
510 >
511        sprintf( tempBuffer,
512                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
513                 q[0],
# Line 376 | Line 521 | void DumpWriter::writeFinal(){
521      }
522      else
523        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
524 <      
524 >
525      finalOut << writeLine;
526    }
527    finalOut.flush();
528 +  finalOut.close();
529  
530   #else // is_mpi
531  
532 <  int masterIndex;
533 <  int nodeAtomsStart;
388 <  int nodeAtomsEnd;
389 <  int mpiErr;
390 <  int sendError;
391 <  int procIndex;
392 <    
393 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
532 >  // first thing first, suspend fatalities.
533 >  painCave.isEventLoop = 1;
534  
535 <    
535 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
536 >  int haveError;
537 >
538 >  MPI_Status istatus;
539 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
540 >
541    // write out header and node 0's coordinates
542  
543    if( worldRank == 0 ){
544      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
545 <      
546 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
547 <             << entry_plug->box_y << "\t"
548 <             << entry_plug->box_z << "\n";
549 <    
550 <    masterIndex = 0;
551 <    
552 <    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
553 <      
554 <      sprintf( tempBuffer,
555 <               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
556 <               atoms[i]->getType(),
557 <               atoms[i]->getX(),
558 <               atoms[i]->getY(),
559 <               atoms[i]->getZ(),
560 <               atoms[i]->get_vx(),
416 <               atoms[i]->get_vy(),
417 <               atoms[i]->get_vz());
418 <      strcpy( writeLine, tempBuffer );
419 <        
420 <      if( atoms[i]->isDirectional() ){
421 <          
422 <        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
423 <        dAtom->getQ( q );
424 <          
425 <        sprintf( tempBuffer,
426 <                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
427 <                 q[0],
428 <                 q[1],
429 <                 q[2],
430 <                 q[3],
431 <                 dAtom->getJx(),
432 <                 dAtom->getJy(),
433 <                 dAtom->getJz());
434 <        strcat( writeLine, tempBuffer );
435 <      }
436 <      else
437 <        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
438 <        
439 <      finalOut << writeLine;
440 <      masterIndex++;
441 <    }
545 >
546 >    finalOut << finalTime << ";\t"
547 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
548 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
550 >
551 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
552 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
553 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
554 >
555 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
557 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
558 >
559 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
560 >    finalOut << endl;
561      finalOut.flush();
562 <  }
563 <    
445 <  for (procIndex = 1; procIndex < mpiSim->getNumberProcessors();
446 <       procIndex++){
562 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
563 >      // Get the Node number which has this atom;
564  
565 <    if( worldRank == 0 ){
449 <        
450 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,procIndex,
451 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus);
565 >      which_node = AtomToProcMap[i];
566  
567 <      mpiErr = MPI_Recv(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,procIndex,
568 <                        TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD, istatus);
569 <        
570 <      // Make sure where node 0 is writing to, matches where the
571 <      // receiving node expects it to be.
572 <        
459 <      if (masterIndex != nodeAtomsStart){
460 <        sendError = 1;
461 <        mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
462 <                          MPI_COMM_WORLD);
463 <        sprintf(painCave.errMsg,
464 <                "DumpWriter error: atoms start index (%d) for "
465 <                "node %d not equal to master index (%d)",
466 <                nodeAtomsStart,procIndex,masterIndex );
467 <        painCave.isFatal = 1;
468 <        simError();
469 <      }
470 <        
471 <      sendError = 0;
472 <      mpiErr = MPI_Send(&sendError,1,MPI_INT,procIndex,TAKE_THIS_TAG,
473 <                        MPI_COMM_WORLD);
567 >      if (which_node != 0) {
568 >        
569 >        atomTypeTag          = 4*i;
570 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
571 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
572 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
573  
574 <      // recieve the nodes writeLines
574 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
575 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 >        
577 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
578  
579 <      for ( i = nodeAtomsStart; i <= nodeAtomsEnd; i++){
580 <          
581 <        mpiErr = MPI_Recv(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,procIndex,
582 <                          TAKE_THIS_TAG,MPI_COMM_WORLD,istatus );
579 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
580 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 >        
582 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
583 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
584  
585 <        finalOut << writeLine;
483 <        masterIndex++;
484 <      }
585 >        if (isDirectional) {
586  
587 <      finalOut.flush();
588 <    }
587 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
588 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
589  
590 <    else if( worldRank == procIndex ){
590 >        }
591  
592 <      nodeAtomsStart = mpiSim->getMyAtomStart();
593 <      nodeAtomsEnd = mpiSim->getMyAtomEnd();
594 <        
595 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsStart,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
596 <                        MPI_COMM_WORLD);
496 <      mpiErr = MPI_Send(&nodeAtomsEnd,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
497 <                        MPI_COMM_WORLD);
498 <        
499 <      mpiErr = MPI_Recv(&sendError,1,MPI_INT,0,TAKE_THIS_TAG,
500 <                        MPI_COMM_WORLD, istatus);
501 <      if (sendError) MPIcheckPoint();
592 >      } else {
593 >        
594 >        haveError = 0;
595 >        which_atom = i;
596 >        local_index=-1;
597  
598 <      // send current node's configuration line by line.
598 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
599 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
600 >        }
601  
602 <      for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
603 <          
604 <        sprintf( tempBuffer,
605 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
606 <                 atoms[i]->getType(),
607 <                 atoms[i]->getX(),
608 <                 atoms[i]->getY(),
609 <                 atoms[i]->getZ(),
610 <                 atoms[i]->get_vx(),
611 <                 atoms[i]->get_vy(),
612 <                 atoms[i]->get_vz());
613 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
614 <          
615 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
616 <            
617 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
618 <          dAtom->getQ( q );
619 <            
620 <          sprintf( tempBuffer,
621 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
622 <                   q[0],
623 <                   q[1],
624 <                   q[2],
625 <                   q[3],
626 <                   dAtom->getJx(),
627 <                   dAtom->getJy(),
628 <                   dAtom->getJz());
629 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
602 >        if (local_index != -1) {
603 >
604 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
605 >
606 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
607 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
608 >
609 >          atomTransData[0] = pos[0];
610 >          atomTransData[1] = pos[1];
611 >          atomTransData[2] = pos[2];
612 >
613 >          atomTransData[3] = vel[0];
614 >          atomTransData[4] = vel[1];
615 >          atomTransData[5] = vel[2];
616 >          
617 >          isDirectional = 0;
618 >
619 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
620 >
621 >            isDirectional = 1;
622 >            
623 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
624 >            dAtom->getQ( q );
625 >            
626 >            atomOrientData[0] = q[0];
627 >            atomOrientData[1] = q[1];
628 >            atomOrientData[2] = q[2];
629 >            atomOrientData[3] = q[3];
630 >
631 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
632 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
633 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
634 >          }
635 >
636 >        } else {
637 >          sprintf(painCave.errMsg,
638 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
639 >                  i, worldRank );
640 >          haveError= 1;
641 >          simError();
642          }
643 <        else
644 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
645 <          
646 <        mpiErr = MPI_Send(writeLine,BUFFERSIZE,MPI_CHAR,0,TAKE_THIS_TAG,
647 <                          MPI_COMM_WORLD);
643 >
644 >        if(haveError) DieDieDie();
645 >                              
646 >        // If we've survived to here, format the line:
647 >        
648 >        sprintf( tempBuffer,
649 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
650 >                 atomTypeString,
651 >                 atomTransData[0],
652 >                 atomTransData[1],
653 >                 atomTransData[2],
654 >                 atomTransData[3],
655 >                 atomTransData[4],
656 >                 atomTransData[5]);
657 >
658 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
659 >
660 >        if (isDirectional) {
661 >
662 >          sprintf( tempBuffer,
663 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
664 >                   atomOrientData[0],
665 >                   atomOrientData[1],
666 >                   atomOrientData[2],
667 >                   atomOrientData[3],
668 >                   atomOrientData[4],
669 >                   atomOrientData[5],
670 >                   atomOrientData[6]);
671 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
672 >
673 >        } else {
674 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
675 >        }
676 >
677 >        finalOut << writeLine;
678 >        finalOut.flush();
679        }
680      }
681 +
682 +    finalOut.flush();
683 +    sprintf( checkPointMsg,
684 +             "Sucessfully took a dump.\n");
685 +    MPIcheckPoint();        
686 +    
687 +  } else {
688 +
689 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
690 +    
691 +    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
692        
693 <    sprintf(checkPointMsg,"Node %d sent dump configuration.",
694 <            procIndex);
695 <    MPIcheckPoint();
545 <  }
693 >      // Am I the node which has this atom?
694 >      
695 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
696  
697 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
697 >        local_index=-1;
698 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
699 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
700 >        }
701 >        if (local_index != -1) {
702 >        
703 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
704  
705 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
706 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
707 +
708 +          atomTransData[0] = pos[0];
709 +          atomTransData[1] = pos[1];
710 +          atomTransData[2] = pos[2];
711 +
712 +          atomTransData[3] = vel[0];
713 +          atomTransData[4] = vel[1];
714 +          atomTransData[5] = vel[2];
715 +          
716 +          isDirectional = 0;
717 +
718 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
719 +
720 +            isDirectional = 1;
721 +            
722 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
723 +            dAtom->getQ( q );
724 +            
725 +            atomOrientData[0] = q[0];
726 +            atomOrientData[1] = q[1];
727 +            atomOrientData[2] = q[2];
728 +            atomOrientData[3] = q[3];
729 +
730 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
731 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
732 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
733 +          }
734 +
735 +        } else {
736 +          sprintf(painCave.errMsg,
737 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
738 +                  i, worldRank );
739 +          haveError= 1;
740 +          simError();
741 +        }
742 +
743 +        // I've survived this far, so send off the data!
744 +
745 +        atomTypeTag          = 4*i;
746 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
747 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
748 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
749 +
750 +        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
751 +
752 +        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
753 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
754 +        
755 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
756 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
757 +        
758 +        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
759 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
760 +
761 +        if (isDirectional) {
762 +
763 +          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
764 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
765 +          
766 +        }
767 +      
768 +      }
769 +    }
770 +
771 +    sprintf( checkPointMsg,
772 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
773 +    MPIcheckPoint();        
774      
775 +  }
776 +  
777 +  painCave.isEventLoop = 0;
778 +
779 +  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
780   #endif // is_mpi
781   }
782 +
783 +
784 +
785 + #ifdef IS_MPI
786 +
787 + // a couple of functions to let us escape the write loop
788 +
789 + void dWrite::DieDieDie( void ){
790 +
791 +  MPI_Finalize();
792 +  exit (0);
793 + }
794 +
795 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines