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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 415 by gezelter, Wed Mar 26 22:24:49 2003 UTC vs.
Revision 910 by gezelter, Thu Jan 8 18:05:37 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
10 < #define TAKE_THIS_TAG 0
10 >
11 > namespace dWrite{
12 >  void DieDieDie( void );
13 > }
14 >
15 > using namespace dWrite;
16   #endif //is_mpi
17  
18   #include "ReadWrite.hpp"
19   #include "simError.h"
20  
14 – #define GAME_OVER -1
15 –
21   DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
22  
23    entry_plug = the_entry_plug;
# Line 20 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
24 <
25 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
38        painCave.isFatal = 1;
39        simError();
40      }
41 <  
41 >
42      //outFile.setf( ios::scientific );
43  
44   #ifdef IS_MPI
# Line 61 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74    int i;
75 + #ifdef IS_MPI
76 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 +  double atomTransData[6];
78 +  double atomOrientData[7];
79 +  int isDirectional;
80 +  char* atomTypeString;
81 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 +  int me;
83 +  int atomTypeTag;
84 +  int atomIsDirectionalTag;
85 +  int atomTransDataTag;
86 +  int atomOrientDataTag;
87 + #else //is_mpi
88 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 + #endif //is_mpi
90 +
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
72 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << "\t"
105 <          << entry_plug->box_x << "\t"
106 <          << entry_plug->box_y << "\t"
107 <          << entry_plug->box_z << "\n";
108 <    
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
108 >
109 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
110 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
111 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
112 >
113 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
86 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 114 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
158  
159   #else // is_mpi
160 <  
161 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
162 <  
160 >
161 >  // first thing first, suspend fatalities.
162 >  painCave.isEventLoop = 1;
163 >
164 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
165 >  int haveError;
166 >
167 >  MPI_Status istatus;
168 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171 <  
171 >
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
174 <    
175 <    outFile << currentTime << "\t"
176 <            << entry_plug->box_x << "\t"
177 <            << entry_plug->box_y << "\t"
178 <            << entry_plug->box_z << "\n";
179 <    
180 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
181 <      // Get the Node number which has this molecule:
182 <      
183 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
184 <      
185 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
174 >
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179 >
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183 >
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187 >
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190 >    outFile.flush();
191 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192 >      // Get the Node number which has this atom;
193 >
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195 >
196 >      if (which_node != 0) {
197          
198 +        atomTypeTag          = 4*i;
199 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202 +
203 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 +        
206 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207 +
208 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
209 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 +        
211 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
212 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
213 +
214 +        if (isDirectional) {
215 +
216 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
217 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 +
219 +        }
220 +
221 +      } else {
222 +        
223 +        haveError = 0;
224 +        which_atom = i;
225 +        local_index=-1;
226 +
227 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
228 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
229 +        }
230 +
231 +        if (local_index != -1) {
232 +
233 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
234 +
235 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
236 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
237 +
238 +          atomTransData[0] = pos[0];
239 +          atomTransData[1] = pos[1];
240 +          atomTransData[2] = pos[2];
241 +
242 +          atomTransData[3] = vel[0];
243 +          atomTransData[4] = vel[1];
244 +          atomTransData[5] = vel[2];
245 +          
246 +          isDirectional = 0;
247 +
248 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
249 +
250 +            isDirectional = 1;
251 +            
252 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
253 +            dAtom->getQ( q );
254 +            
255 +            atomOrientData[0] = q[0];
256 +            atomOrientData[1] = q[1];
257 +            atomOrientData[2] = q[2];
258 +            atomOrientData[3] = q[3];
259 +
260 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
261 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
262 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
263 +          }
264 +
265 +        } else {
266 +          sprintf(painCave.errMsg,
267 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
268 +                  i, worldRank );
269 +          haveError= 1;
270 +          simError();
271 +        }
272 +
273 +        if(haveError) DieDieDie();
274 +                              
275 +        // If we've survived to here, format the line:
276 +        
277          sprintf( tempBuffer,
278                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
279 <                 atoms[i]->getType(),
280 <                 atoms[i]->getX(),
281 <                 atoms[i]->getY(),
282 <                 atoms[i]->getZ(),
283 <                 atoms[i]->get_vx(),
284 <                 atoms[i]->get_vy(),
285 <                 atoms[i]->get_vz());
279 >                 atomTypeString,
280 >                 atomTransData[0],
281 >                 atomTransData[1],
282 >                 atomTransData[2],
283 >                 atomTransData[3],
284 >                 atomTransData[4],
285 >                 atomTransData[5]);
286 >
287          strcpy( writeLine, tempBuffer );
288 <        
289 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
290 <          
156 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
157 <          dAtom->getQ( q );
158 <          
288 >
289 >        if (isDirectional) {
290 >
291            sprintf( tempBuffer,
292                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
293 <                   q[0],
294 <                   q[1],
295 <                   q[2],
296 <                   q[3],
297 <                   dAtom->getJx(),
298 <                   dAtom->getJy(),
299 <                   dAtom->getJz());
293 >                   atomOrientData[0],
294 >                   atomOrientData[1],
295 >                   atomOrientData[2],
296 >                   atomOrientData[3],
297 >                   atomOrientData[4],
298 >                   atomOrientData[5],
299 >                   atomOrientData[6]);
300            strcat( writeLine, tempBuffer );
301 +
302 +        } else {
303 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
304          }
305 <        else
306 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
307 <        
173 <      } else {
174 <        
175 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
176 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
177 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
305 >
306 >        outFile << writeLine;
307 >        outFile.flush();
308        }
179 –      
180 –      outFile << writeLine;
309      }
182 –    
183 –    // kill everyone off:
184 –    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
185 –      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
186 –    }
310  
311 +    outFile.flush();
312 +    sprintf( checkPointMsg,
313 +             "Sucessfully took a dump.\n");
314 +    MPIcheckPoint();        
315 +    
316    } else {
317 +
318 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
319      
320 <    done = 0;
321 <    while (!done) {
322 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
323 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
320 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
321 >      
322 >      // Am I the node which has this atom?
323 >      
324 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
325  
326 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
327 <        done=1;
328 <        continue;
329 <      } else {
326 >        local_index=-1;
327 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
328 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
329 >        }
330 >        if (local_index != -1) {
331 >        
332 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
333  
334 <        //format the line
335 <        sprintf( tempBuffer,
336 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
337 <                 atoms[which_atom]->getType(),
338 <                 atoms[which_atom]->getX(),
339 <                 atoms[which_atom]->getY(),
340 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
341 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
342 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
343 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
344 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
345 <          
346 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
347 <            
348 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
349 <          dAtom->getQ( q );
350 <            
351 <          sprintf( tempBuffer,
352 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
353 <                   q[0],
354 <                   q[1],
355 <                   q[2],
356 <                   q[3],
357 <                   dAtom->getJx(),
358 <                   dAtom->getJy(),
359 <                   dAtom->getJz());
360 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
334 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
335 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
336 >
337 >          atomTransData[0] = pos[0];
338 >          atomTransData[1] = pos[1];
339 >          atomTransData[2] = pos[2];
340 >
341 >          atomTransData[3] = vel[0];
342 >          atomTransData[4] = vel[1];
343 >          atomTransData[5] = vel[2];
344 >          
345 >          isDirectional = 0;
346 >
347 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
348 >
349 >            isDirectional = 1;
350 >            
351 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
352 >            dAtom->getQ( q );
353 >            
354 >            atomOrientData[0] = q[0];
355 >            atomOrientData[1] = q[1];
356 >            atomOrientData[2] = q[2];
357 >            atomOrientData[3] = q[3];
358 >
359 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
360 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
361 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
362 >          }
363 >
364 >        } else {
365 >          sprintf(painCave.errMsg,
366 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
367 >                  i, worldRank );
368 >          haveError= 1;
369 >          simError();
370          }
371 <        else
372 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
371 >
372 >        // I've survived this far, so send off the data!
373 >
374 >        atomTypeTag          = 4*i;
375 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
376 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
377 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
378 >
379 >
380 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
381 >
382 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
383 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
384          
385 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
386 <                             TAKE_THIS_TAG);
385 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
386 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
387 >        
388 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
389 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
390 >
391 >        if (isDirectional) {
392 >
393 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
394 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
395 >          
396 >        }
397 >      
398        }
399      }
400 <  }  
401 <  outFile.flush();
402 <  sprintf( checkPointMsg,
403 <           "Sucessfully took a dump.\n");
404 <  MPIcheckPoint();
400 >
401 >    sprintf( checkPointMsg,
402 >             "Sucessfully took a dump.\n");
403 >    MPIcheckPoint();        
404 >    
405 >  }
406 >  
407 >  painCave.isEventLoop = 0;
408 >
409   #endif // is_mpi
410   }
411  
412 < void DumpWriter::writeFinal(){
413 <  
412 > void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
413 >
414    char finalName[500];
415    ofstream finalOut;
416 <  
416 >
417 >  const int BUFFERSIZE = 2000;
418 >  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
419 >  char tempBuffer[BUFFERSIZE];
420 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
421 >
422 >  double q[4];
423 >  DirectionalAtom* dAtom;
424 >  Atom** atoms = entry_plug->atoms;
425 >  int i;
426 > #ifdef IS_MPI
427 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
428 >  double atomTransData[6];
429 >  double atomOrientData[7];
430 >  int isDirectional;
431 >  char* atomTypeString;
432 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
433 >  int atomTypeTag;
434 >  int atomIsDirectionalTag;
435 >  int atomTransDataTag;
436 >  int atomOrientDataTag;
437 > #else //is_mpi
438 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
439 > #endif //is_mpi
440 >
441 >  double pos[3], vel[3];
442 >
443   #ifdef IS_MPI
444    if(worldRank == 0 ){
445   #endif // is_mpi
446 <    
446 >
447      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
448 <    
448 >
449      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
450      if( !finalOut ){
451        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 259 | Line 454 | void DumpWriter::writeFinal(){
454        painCave.isFatal = 1;
455        simError();
456      }
457 <    
457 >
458      // finalOut.setf( ios::scientific );
459 <    
459 >
460   #ifdef IS_MPI
461    }
462 <  
462 >
463    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
464 <  MPIcheckPoint();  
465 <  
464 >  MPIcheckPoint();
465 >
466   #endif //is_mpi
467  
468 <  
468 >
469   #ifndef IS_MPI
470 <    
470 >
471    finalOut << nAtoms << "\n";
472 <    
473 <  finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
474 <           << entry_plug->box_y << "\t"
475 <           << entry_plug->box_z << "\n";
476 <    
472 >
473 >  finalOut << finalTime << ";\t"
474 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
475 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
476 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
477 >
478 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
479 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
480 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
481 >
482 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
483 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
484 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
485 >
486 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
487 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
488 >  finalOut << endl;
489 >
490    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
491 <      
491 >
492 >    atoms[i]->getPos(pos);
493 >    atoms[i]->getVel(vel);
494 >
495      sprintf( tempBuffer,
496               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
497               atoms[i]->getType(),
498 <             atoms[i]->getX(),
499 <             atoms[i]->getY(),
500 <             atoms[i]->getZ(),
501 <             atoms[i]->get_vx(),
502 <             atoms[i]->get_vy(),
503 <             atoms[i]->get_vz());
498 >             pos[0],
499 >             pos[1],
500 >             pos[2],
501 >             vel[0],
502 >             vel[1],
503 >             vel[2]);
504      strcpy( writeLine, tempBuffer );
505  
506      if( atoms[i]->isDirectional() ){
507 <        
507 >
508        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
509        dAtom->getQ( q );
510 <        
510 >
511        sprintf( tempBuffer,
512                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
513                 q[0],
# Line 310 | Line 521 | void DumpWriter::writeFinal(){
521      }
522      else
523        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
524 <      
524 >
525      finalOut << writeLine;
526    }
527    finalOut.flush();
528    finalOut.close();
529  
530   #else // is_mpi
531 <  
532 <  MPI_Status istatus[MPI_STATUS_SIZE];
533 <  
531 >
532 >  // first thing first, suspend fatalities.
533 >  painCave.isEventLoop = 1;
534 >
535 >  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
536 >  int haveError;
537 >
538 >  MPI_Status istatus;
539 >  int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
540 >
541    // write out header and node 0's coordinates
542 <  
542 >
543    if( worldRank == 0 ){
544      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
545 <    
546 <    finalOut << entry_plug->box_x << "\t"
547 <            << entry_plug->box_y << "\t"
548 <            << entry_plug->box_z << "\n";
549 <    
550 <    for (i = 0 ; i < mpiPlug->nAtomsGlobal; i++ ) {
551 <      // Get the Node number which has this molecule:
552 <      
553 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
554 <      
555 <      if (which_node == mpiPlug->myNode) {
545 >
546 >    finalOut << finalTime << ";\t"
547 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
548 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
550 >
551 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
552 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
553 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
554 >
555 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
557 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
558 >
559 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
560 >    finalOut << endl;
561 >    finalOut.flush();
562 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
563 >      // Get the Node number which has this atom;
564 >
565 >      which_node = AtomToProcMap[i];
566 >
567 >      if (which_node != 0) {
568          
569 +        atomTypeTag          = 4*i;
570 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
571 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
572 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
573 +
574 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
575 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 +        
577 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
578 +
579 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
580 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 +        
582 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
583 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
584 +
585 +        if (isDirectional) {
586 +
587 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
588 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
589 +
590 +        }
591 +
592 +      } else {
593 +        
594 +        haveError = 0;
595 +        which_atom = i;
596 +        local_index=-1;
597 +
598 +        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
599 +          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
600 +        }
601 +
602 +        if (local_index != -1) {
603 +
604 +          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
605 +
606 +          atoms[local_index]->getPos(pos);
607 +          atoms[local_index]->getVel(vel);
608 +
609 +          atomTransData[0] = pos[0];
610 +          atomTransData[1] = pos[1];
611 +          atomTransData[2] = pos[2];
612 +
613 +          atomTransData[3] = vel[0];
614 +          atomTransData[4] = vel[1];
615 +          atomTransData[5] = vel[2];
616 +          
617 +          isDirectional = 0;
618 +
619 +          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
620 +
621 +            isDirectional = 1;
622 +            
623 +            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
624 +            dAtom->getQ( q );
625 +            
626 +            atomOrientData[0] = q[0];
627 +            atomOrientData[1] = q[1];
628 +            atomOrientData[2] = q[2];
629 +            atomOrientData[3] = q[3];
630 +
631 +            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
632 +            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
633 +            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
634 +          }
635 +
636 +        } else {
637 +          sprintf(painCave.errMsg,
638 +                  "Atom %d not found on processor %d\n",
639 +                  i, worldRank );
640 +          haveError= 1;
641 +          simError();
642 +        }
643 +
644 +        if(haveError) DieDieDie();
645 +                              
646 +        // If we've survived to here, format the line:
647 +        
648          sprintf( tempBuffer,
649                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
650 <                 atoms[i]->getType(),
651 <                 atoms[i]->getX(),
652 <                 atoms[i]->getY(),
653 <                 atoms[i]->getZ(),
654 <                 atoms[i]->get_vx(),
655 <                 atoms[i]->get_vy(),
656 <                 atoms[i]->get_vz());
650 >                 atomTypeString,
651 >                 atomTransData[0],
652 >                 atomTransData[1],
653 >                 atomTransData[2],
654 >                 atomTransData[3],
655 >                 atomTransData[4],
656 >                 atomTransData[5]);
657 >
658          strcpy( writeLine, tempBuffer );
659 <        
660 <        if( atoms[i]->isDirectional() ){
661 <          
352 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
353 <          dAtom->getQ( q );
354 <          
659 >
660 >        if (isDirectional) {
661 >
662            sprintf( tempBuffer,
663                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
664 <                   q[0],
665 <                   q[1],
666 <                   q[2],
667 <                   q[3],
668 <                   dAtom->getJx(),
669 <                   dAtom->getJy(),
670 <                   dAtom->getJz());
664 >                   atomOrientData[0],
665 >                   atomOrientData[1],
666 >                   atomOrientData[2],
667 >                   atomOrientData[3],
668 >                   atomOrientData[4],
669 >                   atomOrientData[5],
670 >                   atomOrientData[6]);
671            strcat( writeLine, tempBuffer );
672 +
673 +        } else {
674 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
675          }
676 <        else
677 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
678 <        
369 <      } else {
370 <        
371 <        MPI::COMM_WORLD.Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG);
372 <        MPI::COMM_WORLD.Receive(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
373 <                                TAKE_THIS_TAG, istatus);
676 >
677 >        finalOut << writeLine;
678 >        finalOut.flush();
679        }
375 –      
376 –      finalOut << writeLine;
680      }
378 –    
379 –    // kill everyone off:
380 –    for (j = 0; j < mpiPlug->numberProcessors; j++) {
381 –      MPI::COMM_WORLD.Send(GAME_OVER, 1, MPI_INT, j, TAKE_THIS_TAG);
382 –    }
681  
682 +    finalOut.flush();
683 +    sprintf( checkPointMsg,
684 +             "Sucessfully took a dump.\n");
685 +    MPIcheckPoint();        
686 +    
687    } else {
688 +
689 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
690      
691 <    done = 0;
692 <    while (!done) {
693 <      MPI::COMM_WORLD.Receive(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
694 <                              TAKE_THIS_TAG, istatus);
691 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
692 >      
693 >      // Am I the node which has this atom?
694 >      
695 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
696  
697 <      if (which_atom == GAME_OVER) {
698 <        done=1;
699 <        continue;
700 <      } else {
697 >        local_index=-1;
698 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
699 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
700 >        }
701 >        if (local_index != -1) {
702 >        
703 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
704  
705 <        //format the line
706 <        sprintf( tempBuffer,
707 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
708 <                 atoms[which_atom]->getType(),
709 <                 atoms[which_atom]->getX(),
710 <                 atoms[which_atom]->getY(),
711 <                 atoms[which_atom]->getZ(),
712 <                 atoms[which_atom]->get_vx(),
713 <                 atoms[which_atom]->get_vy(),
714 <                 atoms[which_atom]->get_vz()); // check here.
715 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
716 <          
717 <        if( atoms[which_atom]->isDirectional() ){
718 <            
719 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[which_atom];
720 <          dAtom->getQ( q );
721 <            
722 <          sprintf( tempBuffer,
723 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
724 <                   q[0],
725 <                   q[1],
726 <                   q[2],
727 <                   q[3],
728 <                   dAtom->getJx(),
729 <                   dAtom->getJy(),
730 <                   dAtom->getJz());
731 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
705 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
706 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
707 >
708 >          atomTransData[0] = pos[0];
709 >          atomTransData[1] = pos[1];
710 >          atomTransData[2] = pos[2];
711 >
712 >          atomTransData[3] = vel[0];
713 >          atomTransData[4] = vel[1];
714 >          atomTransData[5] = vel[2];
715 >          
716 >          isDirectional = 0;
717 >
718 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
719 >
720 >            isDirectional = 1;
721 >            
722 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
723 >            dAtom->getQ( q );
724 >            
725 >            atomOrientData[0] = q[0];
726 >            atomOrientData[1] = q[1];
727 >            atomOrientData[2] = q[2];
728 >            atomOrientData[3] = q[3];
729 >
730 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
731 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
732 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
733 >          }
734 >
735 >        } else {
736 >          sprintf(painCave.errMsg,
737 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
738 >                  i, worldRank );
739 >          haveError= 1;
740 >          simError();
741          }
742 <        else
743 <          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
742 >
743 >        // I've survived this far, so send off the data!
744 >
745 >        atomTypeTag          = 4*i;
746 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
747 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
748 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
749 >
750 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
751 >
752 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
753 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
754          
755 <        MPI::COMM_WORLD.Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
756 <                             TAKE_THIS_TAG);
755 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
756 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
757 >        
758 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
759 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
760 >
761 >        if (isDirectional) {
762 >
763 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
764 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
765 >          
766 >        }
767 >      
768        }
769      }
431 –  }  
432 –  finalOut.flush();
433 –  sprintf( checkPointMsg,
434 –           "Sucessfully took a dump.\n");
435 –  MPIcheckPoint();
770  
771 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
771 >    sprintf( checkPointMsg,
772 >             "Sucessfully wrote final file.\n");
773 >    MPIcheckPoint();        
774 >    
775 >  }
776 >  
777 >  painCave.isEventLoop = 0;
778 >
779 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
780   #endif // is_mpi
781   }
782 +
783 +
784 +
785 + #ifdef IS_MPI
786 +
787 + // a couple of functions to let us escape the write loop
788 +
789 + void dWrite::DieDieDie( void ){
790 +
791 +  MPI_Finalize();
792 +  exit (0);
793 + }
794 +
795 + #endif //is_mpi

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines