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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 590 by mmeineke, Thu Jul 10 22:15:53 2003 UTC vs.
Revision 910 by gezelter, Thu Jan 8 18:05:37 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 26 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 65 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 > #ifdef IS_MPI
76 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
77 >  double atomTransData[6];
78 >  double atomOrientData[7];
79 >  int isDirectional;
80 >  char* atomTypeString;
81 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
82 >  int me;
83 >  int atomTypeTag;
84 >  int atomIsDirectionalTag;
85 >  int atomTransDataTag;
86 >  int atomOrientDataTag;
87 > #else //is_mpi
88 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
89 > #endif //is_mpi
90 >
91    double q[4];
92    DirectionalAtom* dAtom;
76 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
93    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
94 <    
94 >  double pos[3], vel[3];
95  
96 +  // write current frame to the eor file
97 +
98 +  this->writeFinal( currentTime );
99 +
100   #ifndef IS_MPI
101 <    
101 >
102    outFile << nAtoms << "\n";
103 <    
104 <  outFile << currentTime << ";\t"
103 >
104 >  outFile << currentTime << ";\t"
105            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
106            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
107            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
# Line 92 | Line 112 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
112  
113            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
114            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
115 <          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";\n";
116 <    
115 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
116 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
117 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
118 >  outFile << endl;
119 >
120    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
98 –      
121  
122 +    atoms[i]->getPos(pos);
123 +    atoms[i]->getVel(vel);
124 +
125      sprintf( tempBuffer,
126               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
127               atoms[i]->getType(),
128 <             atoms[i]->getX(),
129 <             atoms[i]->getY(),
130 <             atoms[i]->getZ(),
131 <             atoms[i]->get_vx(),
132 <             atoms[i]->get_vy(),
133 <             atoms[i]->get_vz());
128 >             pos[0],
129 >             pos[1],
130 >             pos[2],
131 >             vel[0],
132 >             vel[1],
133 >             vel[2]);
134      strcpy( writeLine, tempBuffer );
135  
136      if( atoms[i]->isDirectional() ){
137 <        
137 >
138        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
139        dAtom->getQ( q );
140 <        
140 >
141        sprintf( tempBuffer,
142                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
143                 q[0],
# Line 126 | Line 151 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
151      }
152      else
153        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
154 <      
154 >
155      outFile << writeLine;
156    }
157    outFile.flush();
# Line 141 | Line 166 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
166  
167    MPI_Status istatus;
168    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
169 <  
169 >
170    // write out header and node 0's coordinates
171 <  
171 >
172    if( worldRank == 0 ){
173      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
174 <  
175 <    outFile << currentTime << "\t"
176 <            << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
177 <            << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
178 <            << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
179 <      
180 <            << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
181 <            << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
182 <            << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
183 <      
184 <            << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
185 <            << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
186 <            << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
187 <    ;
174 >
175 >    outFile << currentTime << ";\t"
176 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
177 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
178 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
179 >
180 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
181 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
182 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
183 >
184 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
185 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
186 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
187 >
188 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
189 >    outFile << endl;
190      outFile.flush();
191      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
192        // Get the Node number which has this atom;
193 <      
194 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
195 <      
196 <      if (which_node == 0 ) {
197 <        
193 >
194 >      which_node = AtomToProcMap[i];
195 >
196 >      if (which_node != 0) {
197 >        
198 >        atomTypeTag          = 4*i;
199 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
200 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
201 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
202 >
203 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
204 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
205 >        
206 >        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
207 >
208 >        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
209 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
210 >        
211 >        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
212 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
213 >
214 >        if (isDirectional) {
215 >
216 >          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
217 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
218 >
219 >        }
220 >
221 >      } else {
222 >        
223          haveError = 0;
224          which_atom = i;
225 <        local_index=-1;        
225 >        local_index=-1;
226 >
227          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
228            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
229          }
230 +
231          if (local_index != -1) {
232 <          //format the line
233 <          sprintf( tempBuffer,
234 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
235 <                   atoms[local_index]->getType(),
236 <                   atoms[local_index]->getX(),
237 <                   atoms[local_index]->getY(),
238 <                   atoms[local_index]->getZ(),
239 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
240 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
241 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
242 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
243 <          
232 >
233 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
234 >
235 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
236 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
237 >
238 >          atomTransData[0] = pos[0];
239 >          atomTransData[1] = pos[1];
240 >          atomTransData[2] = pos[2];
241 >
242 >          atomTransData[3] = vel[0];
243 >          atomTransData[4] = vel[1];
244 >          atomTransData[5] = vel[2];
245 >          
246 >          isDirectional = 0;
247 >
248            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
249 +
250 +            isDirectional = 1;
251              
252              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
253              dAtom->getQ( q );
254              
255 <            sprintf( tempBuffer,
256 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
257 <                     q[0],
258 <                     q[1],
259 <                     q[2],
260 <                     q[3],
261 <                     dAtom->getJx(),
262 <                     dAtom->getJy(),
263 <                     dAtom->getJz());
264 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
265 <            
206 <          }
207 <          else
208 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
209 <        }
210 <        else {
255 >            atomOrientData[0] = q[0];
256 >            atomOrientData[1] = q[1];
257 >            atomOrientData[2] = q[2];
258 >            atomOrientData[3] = q[3];
259 >
260 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
261 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
262 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
263 >          }
264 >
265 >        } else {
266            sprintf(painCave.errMsg,
267                    "Atom %d not found on processor %d\n",
268                    i, worldRank );
269            haveError= 1;
270            simError();
271 <        }
217 <        
218 <        if(haveError) nodeZeroError();
271 >        }
272  
273 <      }
274 <      else {
275 <        myStatus = 1;
276 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
277 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
278 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
279 <                 MPI_COMM_WORLD);
280 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
281 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
282 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
283 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
284 <        
285 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
273 >        if(haveError) DieDieDie();
274 >                              
275 >        // If we've survived to here, format the line:
276 >        
277 >        sprintf( tempBuffer,
278 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
279 >                 atomTypeString,
280 >                 atomTransData[0],
281 >                 atomTransData[1],
282 >                 atomTransData[2],
283 >                 atomTransData[3],
284 >                 atomTransData[4],
285 >                 atomTransData[5]);
286  
287 +        strcpy( writeLine, tempBuffer );
288 +
289 +        if (isDirectional) {
290 +
291 +          sprintf( tempBuffer,
292 +                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
293 +                   atomOrientData[0],
294 +                   atomOrientData[1],
295 +                   atomOrientData[2],
296 +                   atomOrientData[3],
297 +                   atomOrientData[4],
298 +                   atomOrientData[5],
299 +                   atomOrientData[6]);
300 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
301 +
302 +        } else {
303 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
304 +        }
305 +
306 +        outFile << writeLine;
307 +        outFile.flush();
308        }
235 –      
236 –      outFile << writeLine;
237 –      outFile.flush();
309      }
239 –    
240 –    // kill everyone off:
241 –    myStatus = -1;
242 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
243 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
244 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
245 –    }
310  
311 +    outFile.flush();
312 +    sprintf( checkPointMsg,
313 +             "Sucessfully took a dump.\n");
314 +    MPIcheckPoint();        
315 +    
316    } else {
317 +
318 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
319      
320 <    done = 0;
250 <    while (!done) {
320 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
321        
322 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
253 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 <
255 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
322 >      // Am I the node which has this atom?
323        
324 <      if(myStatus < 0) break;
324 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
325  
326 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
327 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
328 <      
329 <      myStatus = 1;
330 <      local_index=-1;        
331 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
332 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
333 <      }
334 <      if (local_index != -1) {
335 <        //format the line
336 <        sprintf( tempBuffer,
337 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
338 <                 atoms[local_index]->getType(),
339 <                 atoms[local_index]->getX(),
340 <                 atoms[local_index]->getY(),
341 <                 atoms[local_index]->getZ(),
342 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
343 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
344 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
345 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
346 <        
347 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
348 <          
349 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
350 <          dAtom->getQ( q );
351 <          
352 <          sprintf( tempBuffer,
353 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
354 <                   q[0],
355 <                   q[1],
356 <                   q[2],
357 <                   q[3],
358 <                   dAtom->getJx(),
359 <                   dAtom->getJy(),
360 <                   dAtom->getJz());
361 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
326 >        local_index=-1;
327 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
328 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
329 >        }
330 >        if (local_index != -1) {
331 >        
332 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
333 >
334 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
335 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
336 >
337 >          atomTransData[0] = pos[0];
338 >          atomTransData[1] = pos[1];
339 >          atomTransData[2] = pos[2];
340 >
341 >          atomTransData[3] = vel[0];
342 >          atomTransData[4] = vel[1];
343 >          atomTransData[5] = vel[2];
344 >          
345 >          isDirectional = 0;
346 >
347 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
348 >
349 >            isDirectional = 1;
350 >            
351 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
352 >            dAtom->getQ( q );
353 >            
354 >            atomOrientData[0] = q[0];
355 >            atomOrientData[1] = q[1];
356 >            atomOrientData[2] = q[2];
357 >            atomOrientData[3] = q[3];
358 >
359 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
360 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
361 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
362 >          }
363 >
364 >        } else {
365 >          sprintf(painCave.errMsg,
366 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
367 >                  i, worldRank );
368 >          haveError= 1;
369 >          simError();
370          }
296 –        else{
297 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 –        }
299 –      }
300 –      else {
301 –        sprintf(painCave.errMsg,
302 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
303 –                which_atom, worldRank );
304 –        myStatus = 0;
305 –        simError();
371  
372 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
308 <      }
372 >        // I've survived this far, so send off the data!
373  
374 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
375 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
376 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
377 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
374 >        atomTypeTag          = 4*i;
375 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
376 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
377 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
378 >
379 >
380 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
381 >
382 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
383 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
384 >        
385 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
386 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
387 >        
388 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
389 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
390 >
391 >        if (isDirectional) {
392 >
393 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
394 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
395 >          
396 >        }
397 >      
398 >      }
399      }
315 –  }  
316 –  outFile.flush();
317 –  sprintf( checkPointMsg,
318 –           "Sucessfully took a dump.\n");
319 –  MPIcheckPoint();
400  
401 < // last  thing last, enable  fatalities.
401 >    sprintf( checkPointMsg,
402 >             "Sucessfully took a dump.\n");
403 >    MPIcheckPoint();        
404 >    
405 >  }
406 >  
407    painCave.isEventLoop = 0;
408  
409   #endif // is_mpi
# Line 330 | Line 415 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
415    ofstream finalOut;
416  
417    const int BUFFERSIZE = 2000;
418 +  const int MINIBUFFERSIZE = 10;
419    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
420 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
420 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
421  
422    double q[4];
423    DirectionalAtom* dAtom;
338 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
424    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
425 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
341 <  
342 <  
425 >  int i;
426   #ifdef IS_MPI
427 +  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
428 +  double atomTransData[6];
429 +  double atomOrientData[7];
430 +  int isDirectional;
431 +  char* atomTypeString;
432 +  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
433 +  int atomTypeTag;
434 +  int atomIsDirectionalTag;
435 +  int atomTransDataTag;
436 +  int atomOrientDataTag;
437 + #else //is_mpi
438 +  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
439 + #endif //is_mpi
440 +
441 +  double pos[3], vel[3];
442 +
443 + #ifdef IS_MPI
444    if(worldRank == 0 ){
445   #endif // is_mpi
446 <    
446 >
447      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
448 <    
448 >
449      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
450      if( !finalOut ){
451        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 354 | Line 454 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
454        painCave.isFatal = 1;
455        simError();
456      }
457 <    
457 >
458      // finalOut.setf( ios::scientific );
459 <    
459 >
460   #ifdef IS_MPI
461    }
462 <  
462 >
463    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
464 <  MPIcheckPoint();  
465 <  
464 >  MPIcheckPoint();
465 >
466   #endif //is_mpi
467  
468 <  
468 >
469   #ifndef IS_MPI
470 <    
470 >
471    finalOut << nAtoms << "\n";
472 <    
473 <  finalOut << finalTime << "\t"
472 >
473 >  finalOut << finalTime << ";\t"
474             << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
475             << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
476 <           << entry_plug->Hmat[2][0] << "\t"
477 <    
476 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
477 >
478             << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
479             << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
480 <           << entry_plug->Hmat[2][1] << "\t"
481 <    
480 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
481 >
482             << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
483             << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
484 <           << entry_plug->Hmat[2][2] << "\n";
485 <  
484 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
485 >
486 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
487 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
488 >  finalOut << endl;
489 >
490    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
491 <      
491 >
492 >    atoms[i]->getPos(pos);
493 >    atoms[i]->getVel(vel);
494 >
495      sprintf( tempBuffer,
496               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
497               atoms[i]->getType(),
498 <             atoms[i]->getX(),
499 <             atoms[i]->getY(),
500 <             atoms[i]->getZ(),
501 <             atoms[i]->get_vx(),
502 <             atoms[i]->get_vy(),
503 <             atoms[i]->get_vz());
498 >             pos[0],
499 >             pos[1],
500 >             pos[2],
501 >             vel[0],
502 >             vel[1],
503 >             vel[2]);
504      strcpy( writeLine, tempBuffer );
505  
506      if( atoms[i]->isDirectional() ){
507 <        
507 >
508        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
509        dAtom->getQ( q );
510 <        
510 >
511        sprintf( tempBuffer,
512                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
513                 q[0],
# Line 414 | Line 521 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
521      }
522      else
523        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
524 <      
524 >
525      finalOut << writeLine;
526    }
527    finalOut.flush();
528    finalOut.close();
529  
530   #else // is_mpi
531 <  
531 >
532    // first thing first, suspend fatalities.
533    painCave.isEventLoop = 1;
534  
# Line 432 | Line 539 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
539    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
540  
541    // write out header and node 0's coordinates
542 <  
436 <  haveError = 0;
542 >
543    if( worldRank == 0 ){
544      finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
545 <    
546 <    finalOut << finalTime << "\t"
547 <             << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
548 <             << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
549 <             << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
550 <      
551 <             << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
552 <             << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
553 <             << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
554 <      
555 <             << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
556 <             << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
557 <             << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
558 <    
545 >
546 >    finalOut << finalTime << ";\t"
547 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
548 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
549 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
550 >
551 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
552 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
553 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
554 >
555 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
556 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
557 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
558 >
559 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
560 >    finalOut << endl;
561 >    finalOut.flush();
562      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
563 <      // Get the Node number which has this molecule:
455 <      
456 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
457 <      
458 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
563 >      // Get the Node number which has this atom;
564  
565 +      which_node = AtomToProcMap[i];
566 +
567 +      if (which_node != 0) {
568 +        
569 +        atomTypeTag          = 4*i;
570 +        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
571 +        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
572 +        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
573 +
574 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
575 +                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
576 +        
577 +        strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
578 +
579 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
580 +                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
581 +        
582 +        MPI_Recv(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
583 +                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
584 +
585 +        if (isDirectional) {
586 +
587 +          MPI_Recv(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, which_node,
588 +                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
589 +
590 +        }
591 +
592 +      } else {
593 +        
594 +        haveError = 0;
595          which_atom = i;
596 <        local_index=-1;        
596 >        local_index=-1;
597 >
598          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
599            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
600          }
601 <        if (local_index != -1) {        
602 <          sprintf( tempBuffer,
603 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
604 <                   atoms[local_index]->getType(),
605 <                   atoms[local_index]->getX(),
606 <                   atoms[local_index]->getY(),
607 <                   atoms[local_index]->getZ(),
608 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
609 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
610 <                   atoms[local_index]->get_vz());
611 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
612 <          
613 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
614 <            
615 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
616 <            dAtom->getQ( q );
617 <            
618 <            sprintf( tempBuffer,
619 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
620 <                     q[0],
621 <                     q[1],
622 <                     q[2],
623 <                     q[3],
624 <                     dAtom->getJx(),
625 <                     dAtom->getJy(),
626 <                     dAtom->getJz());
627 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
628 <          }
629 <          else
630 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
631 <        }
632 <        else {
601 >
602 >        if (local_index != -1) {
603 >
604 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
605 >
606 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
607 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
608 >
609 >          atomTransData[0] = pos[0];
610 >          atomTransData[1] = pos[1];
611 >          atomTransData[2] = pos[2];
612 >
613 >          atomTransData[3] = vel[0];
614 >          atomTransData[4] = vel[1];
615 >          atomTransData[5] = vel[2];
616 >          
617 >          isDirectional = 0;
618 >
619 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
620 >
621 >            isDirectional = 1;
622 >            
623 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
624 >            dAtom->getQ( q );
625 >            
626 >            atomOrientData[0] = q[0];
627 >            atomOrientData[1] = q[1];
628 >            atomOrientData[2] = q[2];
629 >            atomOrientData[3] = q[3];
630 >
631 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
632 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
633 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
634 >          }
635 >
636 >        } else {
637            sprintf(painCave.errMsg,
638                    "Atom %d not found on processor %d\n",
639                    i, worldRank );
640            haveError= 1;
641            simError();
642 <        }
642 >        }
643  
644 <        if(haveError) nodeZeroError();
645 <    
646 <      }
507 <      else {
644 >        if(haveError) DieDieDie();
645 >                              
646 >        // If we've survived to here, format the line:
647          
648 <        myStatus = 1;
649 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
650 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
651 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
652 <                 MPI_COMM_WORLD);
653 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
654 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
655 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
656 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
657 <        
658 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
648 >        sprintf( tempBuffer,
649 >                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
650 >                 atomTypeString,
651 >                 atomTransData[0],
652 >                 atomTransData[1],
653 >                 atomTransData[2],
654 >                 atomTransData[3],
655 >                 atomTransData[4],
656 >                 atomTransData[5]);
657 >
658 >        strcpy( writeLine, tempBuffer );
659 >
660 >        if (isDirectional) {
661 >
662 >          sprintf( tempBuffer,
663 >                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
664 >                   atomOrientData[0],
665 >                   atomOrientData[1],
666 >                   atomOrientData[2],
667 >                   atomOrientData[3],
668 >                   atomOrientData[4],
669 >                   atomOrientData[5],
670 >                   atomOrientData[6]);
671 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
672 >
673 >        } else {
674 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
675 >        }
676 >
677 >        finalOut << writeLine;
678 >        finalOut.flush();
679        }
521 –      
522 –      finalOut << writeLine;
680      }
524 –    
525 –    // kill everyone off:
526 –    myStatus = -1;
527 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
528 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
529 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
530 –    }
681  
682 <  } else {
682 >    finalOut.flush();
683 >    sprintf( checkPointMsg,
684 >             "Sucessfully took a dump.\n");
685 >    MPIcheckPoint();        
686      
687 <    done = 0;
535 <    while (!done) {
687 >  } else {
688  
689 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
690 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
689 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
690 >    
691 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
692        
693 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
693 >      // Am I the node which has this atom?
694        
695 <      if(myStatus < 0) break;
543 <      
544 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
545 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <      
547 <      myStatus = 1;
548 <      local_index=-1;        
549 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
550 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
551 <      }
552 <      if (local_index != -1) {
695 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
696  
697 <        //format the line
698 <        sprintf( tempBuffer,
699 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
700 <                 atoms[local_index]->getType(),
701 <                 atoms[local_index]->getX(),
702 <                 atoms[local_index]->getY(),
703 <                 atoms[local_index]->getZ(),
704 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
705 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
706 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
707 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
708 <        
709 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
710 <          
711 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
712 <          dAtom->getQ( q );
713 <          
714 <          sprintf( tempBuffer,
715 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
716 <                   q[0],
717 <                   q[1],
718 <                   q[2],
719 <                   q[3],
720 <                   dAtom->getJx(),
721 <                   dAtom->getJy(),
722 <                   dAtom->getJz());
723 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
697 >        local_index=-1;
698 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
699 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
700 >        }
701 >        if (local_index != -1) {
702 >        
703 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
704 >
705 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
706 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
707 >
708 >          atomTransData[0] = pos[0];
709 >          atomTransData[1] = pos[1];
710 >          atomTransData[2] = pos[2];
711 >
712 >          atomTransData[3] = vel[0];
713 >          atomTransData[4] = vel[1];
714 >          atomTransData[5] = vel[2];
715 >          
716 >          isDirectional = 0;
717 >
718 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
719 >
720 >            isDirectional = 1;
721 >            
722 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
723 >            dAtom->getQ( q );
724 >            
725 >            atomOrientData[0] = q[0];
726 >            atomOrientData[1] = q[1];
727 >            atomOrientData[2] = q[2];
728 >            atomOrientData[3] = q[3];
729 >
730 >            atomOrientData[4] = dAtom->getJx();
731 >            atomOrientData[5] = dAtom->getJy();
732 >            atomOrientData[6] = dAtom->getJz();
733 >          }
734 >
735 >        } else {
736 >          sprintf(painCave.errMsg,
737 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
738 >                  i, worldRank );
739 >          haveError= 1;
740 >          simError();
741          }
582 –        else{
583 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
584 –        }
585 –      }
586 –      else {
587 –        sprintf(painCave.errMsg,
588 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
589 –                which_atom, worldRank );
590 –        myStatus = 0;
591 –        simError();
592 –        
593 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
594 –      }
742  
743 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
744 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
745 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
746 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
743 >        // I've survived this far, so send off the data!
744 >
745 >        atomTypeTag          = 4*i;
746 >        atomIsDirectionalTag = 4*i + 1;
747 >        atomTransDataTag     = 4*i + 2;
748 >        atomOrientDataTag    = 4*i + 3;
749 >
750 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
751 >
752 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
753 >                 atomTypeTag, MPI_COMM_WORLD);
754 >        
755 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
756 >                 atomIsDirectionalTag, MPI_COMM_WORLD);
757 >        
758 >        MPI_Send(atomTransData, 6, MPI_DOUBLE, 0,
759 >                 atomTransDataTag, MPI_COMM_WORLD);
760 >
761 >        if (isDirectional) {
762 >
763 >          MPI_Send(atomOrientData, 7, MPI_DOUBLE, 0,
764 >                   atomOrientDataTag, MPI_COMM_WORLD);
765 >          
766 >        }
767 >      
768 >      }
769      }
770 +
771 +    sprintf( checkPointMsg,
772 +             "Sucessfully wrote final file.\n");
773 +    MPIcheckPoint();        
774 +    
775    }
602 –  finalOut.flush();
603 –  sprintf( checkPointMsg,
604 –           "Sucessfully took a dump.\n");
605 –  MPIcheckPoint();
776    
777 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
777 >  painCave.isEventLoop = 0;
778 >
779 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
780   #endif // is_mpi
781   }
782  
# Line 614 | Line 786 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
786  
787   // a couple of functions to let us escape the write loop
788  
789 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
618 <  int j, myStatus;
619 <  
620 <  myStatus = 0;
621 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
622 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
623 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
624 <  }  
625 <  
789 > void dWrite::DieDieDie( void ){
790  
791    MPI_Finalize();
792    exit (0);
629 –  
793   }
794  
632 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
633 –
634 –  MPI_Finalize();
635 –  exit (0);
636 – }
637 –
795   #endif //is_mpi

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