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root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 572 by mmeineke, Wed Jul 2 21:26:55 2003 UTC vs.
Revision 920 by tim, Sat Jan 10 09:46:47 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < #include <cstring>
1 > #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 >
3 > #include <string.h>
4   #include <iostream>
5   #include <fstream>
6  
7   #ifdef IS_MPI
8   #include <mpi.h>
9   #include "mpiSimulation.hpp"
8 – #define TAKE_THIS_TAG_CHAR 1
9 – #define TAKE_THIS_TAG_INT 2
10  
11   namespace dWrite{
12 <  void nodeZeroError( void );
13 <  void anonymousNodeDie( void );
12 >  void DieDieDie( void );
13   }
14  
15   using namespace dWrite;
# Line 26 | Line 25 | DumpWriter::DumpWriter( SimInfo* the_entry_plug ){
25   #ifdef IS_MPI
26    if(worldRank == 0 ){
27   #endif // is_mpi
28 <    
28 >
29      strcpy( outName, entry_plug->sampleName );
30 <    
30 >
31      outFile.open(outName, ios::out | ios::trunc );
32 <    
32 >
33      if( !outFile ){
34 <      
34 >
35        sprintf( painCave.errMsg,
36                 "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
37                 outName);
# Line 65 | Line 64 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
64   }
65  
66   void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
67 <  
67 >
68    const int BUFFERSIZE = 2000;
69 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
70 +
71    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
72    char writeLine[BUFFERSIZE];
73  
74 <  int i, j, which_node, done, which_atom, local_index;
74 >  int i;
75 >
76 > #ifdef IS_MPI
77 >  
78 >  int *potatoes;
79 >  int myPotato;
80 >
81 >  int nProc;
82 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
83 >  double atomData6[6];
84 >  double atomData13[13];
85 >  int isDirectional;
86 >  char* atomTypeString;
87 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
88 >
89 > #else //is_mpi
90 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
91 > #endif //is_mpi
92 >
93    double q[4];
94    DirectionalAtom* dAtom;
76 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
95    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
96 <    
96 >  double pos[3], vel[3];
97  
98 +  // write current frame to the eor file
99 +
100 +  this->writeFinal( currentTime );
101 +
102   #ifndef IS_MPI
103 <    
103 >
104    outFile << nAtoms << "\n";
83 –    
84 –  outFile << currentTime << "\t"
85 –          << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
86 –          << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
87 –          << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
105  
106 <          << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
107 <          << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
108 <          << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
106 >  outFile << currentTime << ";\t"
107 >          << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
108 >          << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
109 >          << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
110  
111 <          << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
112 <          << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
113 <          << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
114 <    
111 >          << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
112 >          << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
113 >          << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
114 >
115 >          << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
116 >          << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
117 >          << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
118 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
119 >  outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
120 >  outFile << endl;
121 >
122    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
98 –      
123  
124 +    atoms[i]->getPos(pos);
125 +    atoms[i]->getVel(vel);
126 +
127      sprintf( tempBuffer,
128               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
129               atoms[i]->getType(),
130 <             atoms[i]->getX(),
131 <             atoms[i]->getY(),
132 <             atoms[i]->getZ(),
133 <             atoms[i]->get_vx(),
134 <             atoms[i]->get_vy(),
135 <             atoms[i]->get_vz());
130 >             pos[0],
131 >             pos[1],
132 >             pos[2],
133 >             vel[0],
134 >             vel[1],
135 >             vel[2]);
136      strcpy( writeLine, tempBuffer );
137  
138      if( atoms[i]->isDirectional() ){
139 <        
139 >
140        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
141        dAtom->getQ( q );
142 <        
142 >
143        sprintf( tempBuffer,
144                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
145                 q[0],
# Line 126 | Line 153 | void DumpWriter::writeDump( double currentTime ){
153      }
154      else
155        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
156 <      
156 >
157      outFile << writeLine;
158    }
159    outFile.flush();
160  
161   #else // is_mpi
162  
163 <  // first thing first, suspend fatalities.
164 <  painCave.isEventLoop = 1;
163 >  /* code to find maximum tag value */
164 >  
165 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
166 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
167 >  if (flag) {
168 >    MAXTAG = *tagub;
169 >  } else {
170 >    MAXTAG = 32767;
171 >  }  
172  
139 –  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
173    int haveError;
174  
175    MPI_Status istatus;
176    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
177 <  
177 >
178    // write out header and node 0's coordinates
179 <  
179 >
180    if( worldRank == 0 ){
181 +
182 +    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
183 +
184 +    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
185 +    potatoes = new int[nProc];
186 +
187 +    for (i = 0; i < nProc; i++)
188 +      potatoes[i] = 0;
189 +    
190      outFile << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
191 <  
192 <    outFile << currentTime << "\t"
193 <            << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
194 <            << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
195 <            << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
196 <      
197 <            << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
198 <            << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
199 <            << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
200 <      
201 <            << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
202 <            << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
203 <            << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
204 <    ;
191 >
192 >    outFile << currentTime << ";\t"
193 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
194 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
195 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
196 >
197 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
198 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
199 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
200 >
201 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
202 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
203 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
204 >
205 >    outFile << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
206 >    outFile << endl;
207      outFile.flush();
208 +
209      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
210 +      
211        // Get the Node number which has this atom;
212        
213 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
213 >      which_node = AtomToProcMap[i];
214        
215 <      if (which_node == 0 ) {
215 >      if (which_node != 0) {
216 >
217 >        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
218 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
219 >          // so wrap this processor potato back to 0:        
220 >
221 >          potatoes[which_node] = 0;          
222 >          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
223 >          
224 >        }
225 >
226 >        myPotato = potatoes[which_node];        
227 >        
228 >        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
229 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
230 >        
231 >        //strncpy(atomTypeString, MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
232 >        
233 >        // Null terminate the atomTypeString just in case:
234 >
235 >        //atomTypeString[strlen(atomTypeString) - 1] = '\0';
236 >        atomTypeString = MPIatomTypeString;
237          
238 +        myPotato++;
239 +
240 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
241 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
242 +              
243 +        myPotato++;
244 +
245 +        if (isDirectional) {          
246 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
247 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
248 +        } else {
249 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
250 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
251 +        }
252 +        
253 +        myPotato++;
254 +        potatoes[which_node] = myPotato;
255 +
256 +      } else {
257 +        
258          haveError = 0;
259          which_atom = i;
260 <        local_index=-1;        
260 >        local_index=-1;
261 >        
262          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
263            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
264          }
265 +        
266          if (local_index != -1) {
267 <          //format the line
268 <          sprintf( tempBuffer,
269 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
270 <                   atoms[local_index]->getType(),
271 <                   atoms[local_index]->getX(),
272 <                   atoms[local_index]->getY(),
273 <                   atoms[local_index]->getZ(),
274 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
275 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
276 <                   atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
277 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
278 <          
267 >          
268 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
269 >
270 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
271 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
272 >
273 >          atomData6[0] = pos[0];
274 >          atomData6[1] = pos[1];
275 >          atomData6[2] = pos[2];
276 >
277 >          atomData6[3] = vel[0];
278 >          atomData6[4] = vel[1];
279 >          atomData6[5] = vel[2];
280 >          
281 >          isDirectional = 0;
282 >
283            if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
284 +
285 +            isDirectional = 1;
286              
287              dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
288              dAtom->getQ( q );
289 +
290 +            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
291 +              atomData13[j] = atomData6[j];            
292              
293 <            sprintf( tempBuffer,
294 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
295 <                     q[0],
296 <                     q[1],
297 <                     q[2],
298 <                     q[3],
299 <                     dAtom->getJx(),
300 <                     dAtom->getJy(),
301 <                     dAtom->getJz());
302 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
303 <            
206 <          }
207 <          else
208 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
209 <        }
210 <        else {
293 >            atomData13[6] = q[0];
294 >            atomData13[7] = q[1];
295 >            atomData13[8] = q[2];
296 >            atomData13[9] = q[3];
297 >            
298 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
299 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
300 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
301 >          }
302 >          
303 >        } else {
304            sprintf(painCave.errMsg,
305                    "Atom %d not found on processor %d\n",
306                    i, worldRank );
307            haveError= 1;
308            simError();
309 <        }
310 <        
311 <        if(haveError) nodeZeroError();
312 <
313 <      }
314 <      else {
315 <        myStatus = 1;
223 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
224 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
225 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
226 <                 MPI_COMM_WORLD);
227 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
228 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
229 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
230 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
231 <        
232 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
309 >        }
310 >        
311 >        if(haveError) DieDieDie();
312 >        
313 >        // If we've survived to here, format the line:
314 >        
315 >        if (!isDirectional) {
316  
317 +          sprintf( tempBuffer,
318 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
319 +                   atomTypeString,
320 +                   atomData6[0],
321 +                   atomData6[1],
322 +                   atomData6[2],
323 +                   atomData6[3],
324 +                   atomData6[4],
325 +                   atomData6[5]);
326 +          
327 +          strcpy( writeLine, tempBuffer );
328 +          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
329 +
330 +        } else {
331 +          
332 +          sprintf( tempBuffer,
333 +                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
334 +                   atomTypeString,
335 +                   atomData13[0],
336 +                   atomData13[1],
337 +                   atomData13[2],
338 +                   atomData13[3],
339 +                   atomData13[4],
340 +                   atomData13[5],
341 +                   atomData13[6],
342 +                   atomData13[7],
343 +                   atomData13[8],
344 +                   atomData13[9],
345 +                   atomData13[10],
346 +                   atomData13[11],
347 +                   atomData13[12]);
348 +          
349 +          strcat( writeLine, tempBuffer );
350 +          
351 +        }
352 +        
353 +        outFile << writeLine;
354 +        outFile.flush();
355        }
235 –      
236 –      outFile << writeLine;
237 –      outFile.flush();
356      }
239 –    
240 –    // kill everyone off:
241 –    myStatus = -1;
242 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
243 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
244 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
245 –    }
357  
358 +    outFile.flush();
359 +    sprintf( checkPointMsg,
360 +             "Sucessfully took a dump.\n");
361 +    MPIcheckPoint();        
362 +    delete[] potatoes;
363    } else {
364 +
365 +    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
366 +
367 +    // Set my magic potato to 0:
368 +
369 +    myPotato = 0;
370      
371 <    done = 0;
250 <    while (!done) {
371 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
372        
373 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
253 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
254 <
255 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
373 >      // Am I the node which has this atom?
374        
375 <      if(myStatus < 0) break;
375 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
376  
377 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
378 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 <      
380 <      myStatus = 1;
381 <      local_index=-1;        
382 <      for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
383 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
384 <      }
385 <      if (local_index != -1) {
386 <        //format the line
387 <        sprintf( tempBuffer,
388 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
389 <                 atoms[local_index]->getType(),
390 <                 atoms[local_index]->getX(),
391 <                 atoms[local_index]->getY(),
392 <                 atoms[local_index]->getZ(),
393 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
394 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
395 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
396 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
397 <        
398 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
399 <          
400 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
401 <          dAtom->getQ( q );
402 <          
403 <          sprintf( tempBuffer,
404 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
405 <                   q[0],
406 <                   q[1],
407 <                   q[2],
408 <                   q[3],
409 <                   dAtom->getJx(),
410 <                   dAtom->getJy(),
411 <                   dAtom->getJz());
412 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
377 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
378 >
379 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
380 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
381 >          // node 0 says we can go:
382 >
383 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
384 >          
385 >        }
386 >        which_atom = i;
387 >        local_index=-1;
388 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
389 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
390 >        }
391 >        if (local_index != -1) {
392 >        
393 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
394 >
395 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
396 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
397 >
398 >          atomData6[0] = pos[0];
399 >          atomData6[1] = pos[1];
400 >          atomData6[2] = pos[2];
401 >
402 >          atomData6[3] = vel[0];
403 >          atomData6[4] = vel[1];
404 >          atomData6[5] = vel[2];
405 >          
406 >          isDirectional = 0;
407 >
408 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
409 >
410 >            isDirectional = 1;
411 >            
412 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
413 >            dAtom->getQ( q );
414 >            
415 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
416 >              atomData13[j] = atomData6[j];
417 >            
418 >            atomData13[6] = q[0];
419 >            atomData13[7] = q[1];
420 >            atomData13[8] = q[2];
421 >            atomData13[9] = q[3];
422 >
423 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
424 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
425 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
426 >          }
427 >
428 >        } else {
429 >          sprintf(painCave.errMsg,
430 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
431 >                  i, worldRank );
432 >          haveError= 1;
433 >          simError();
434          }
296 –        else{
297 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
298 –        }
299 –      }
300 –      else {
301 –        sprintf(painCave.errMsg,
302 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
303 –                which_atom, worldRank );
304 –        myStatus = 0;
305 –        simError();
435  
436 <        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
308 <      }
436 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
437  
438 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
439 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
312 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
313 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
314 <    }
315 <  }  
316 <  outFile.flush();
317 <  sprintf( checkPointMsg,
318 <           "Sucessfully took a dump.\n");
319 <  MPIcheckPoint();
438 >        // null terminate the string before sending (just in case):
439 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
440  
441 < // last  thing last, enable  fatalities.
442 <  painCave.isEventLoop = 0;
441 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
442 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
443 >        
444 >        myPotato++;
445  
446 +        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
447 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
448 +        
449 +        myPotato++;
450 +        
451 +        if (isDirectional) {
452 +
453 +          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
454 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
455 +          
456 +        } else {
457 +
458 +          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
459 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
460 +        }
461 +
462 +        myPotato++;      
463 +      }
464 +    }
465 +
466 +    sprintf( checkPointMsg,
467 +             "Sucessfully took a dump.\n");
468 +    MPIcheckPoint();        
469 +    
470 +  }
471 +  
472   #endif // is_mpi
473   }
474  
# Line 330 | Line 478 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
478    ofstream finalOut;
479  
480    const int BUFFERSIZE = 2000;
481 +  const int MINIBUFFERSIZE = 100;
482    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
483 <  char writeLine[BUFFERSIZE];  
483 >  char writeLine[BUFFERSIZE];
484  
485    double q[4];
486    DirectionalAtom* dAtom;
338 –  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
487    Atom** atoms = entry_plug->atoms;
488 <  int i, j, which_node, done, game_over, which_atom, local_index;
488 >  int i;
489 > #ifdef IS_MPI
490    
491 <  
491 >  int *potatoes;
492 >  int myPotato;
493 >
494 >  int nProc;
495 >  int j, which_node, done, which_atom, local_index;
496 >  double atomData6[6];
497 >  double atomData13[13];
498 >  int isDirectional;
499 >  char* atomTypeString;
500 >  char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
501 >
502 > #else //is_mpi
503 >  int nAtoms = entry_plug->n_atoms;
504 > #endif //is_mpi
505 >
506 >  double pos[3], vel[3];
507 >
508   #ifdef IS_MPI
509    if(worldRank == 0 ){
510   #endif // is_mpi
511 <    
511 >
512      strcpy( finalName, entry_plug->finalName );
513 <    
513 >
514      finalOut.open( finalName, ios::out | ios::trunc );
515      if( !finalOut ){
516        sprintf( painCave.errMsg,
# Line 354 | Line 519 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
519        painCave.isFatal = 1;
520        simError();
521      }
522 <    
522 >
523      // finalOut.setf( ios::scientific );
524 <    
524 >
525   #ifdef IS_MPI
526    }
527 <  
527 >
528    sprintf(checkPointMsg,"Opened file for final configuration\n");
529 <  MPIcheckPoint();  
530 <  
529 >  MPIcheckPoint();
530 >
531   #endif //is_mpi
532  
533 <  
533 >
534   #ifndef IS_MPI
535 <    
535 >
536    finalOut << nAtoms << "\n";
537 <    
538 <  finalOut << finalTime << "\t"
539 <           << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
540 <           << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
541 <           << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
542 <    
543 <           << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
544 <           << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
545 <           << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
546 <    
547 <           << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
548 <           << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
549 <           << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
550 <  
537 >
538 >  finalOut << finalTime << ";\t"
539 >           << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
540 >           << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
541 >           << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
542 >
543 >           << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
544 >           << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
545 >           << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
546 >
547 >           << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
548 >           << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
549 >           << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
550 >
551 >  //write out additional parameters, such as chi and eta
552 >  finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
553 >  finalOut << endl;
554 >
555    for( i=0; i<nAtoms; i++ ){
556 <      
556 >
557 >    atoms[i]->getPos(pos);
558 >    atoms[i]->getVel(vel);
559 >
560      sprintf( tempBuffer,
561               "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
562               atoms[i]->getType(),
563 <             atoms[i]->getX(),
564 <             atoms[i]->getY(),
565 <             atoms[i]->getZ(),
566 <             atoms[i]->get_vx(),
567 <             atoms[i]->get_vy(),
568 <             atoms[i]->get_vz());
563 >             pos[0],
564 >             pos[1],
565 >             pos[2],
566 >             vel[0],
567 >             vel[1],
568 >             vel[2]);
569      strcpy( writeLine, tempBuffer );
570  
571      if( atoms[i]->isDirectional() ){
572 <        
572 >
573        dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[i];
574        dAtom->getQ( q );
575 <        
575 >
576        sprintf( tempBuffer,
577                 "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
578                 q[0],
# Line 414 | Line 586 | void DumpWriter::writeFinal(double finalTime){
586      }
587      else
588        strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
589 <      
589 >
590      finalOut << writeLine;
591    }
592    finalOut.flush();
593    finalOut.close();
594  
595   #else // is_mpi
424 –  
425 –  // first thing first, suspend fatalities.
426 –  painCave.isEventLoop = 1;
596  
597 <  int myStatus; // 1 = wakeup & success; 0 = error; -1 = AllDone
597 >  /* code to find maximum tag value */
598 >  int *tagub, flag, MAXTAG;
599 >  MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
600 >  if (flag) {
601 >    MAXTAG = *tagub;
602 >  } else {
603 >    MAXTAG = 32767;
604 >  }  
605 >
606    int haveError;
607  
608    MPI_Status istatus;
609    int *AtomToProcMap = mpiSim->getAtomToProcMap();
610  
611    // write out header and node 0's coordinates
612 <  
436 <  haveError = 0;
612 >
613    if( worldRank == 0 ){
614 <    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
614 >
615 >    // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
616 >
617 >    nProc = mpiSim->getNumberProcessors();
618 >    potatoes = new int[nProc];
619 >
620 >    for (i = 0; i < nProc; i++)
621 >      potatoes[i] = 0;
622      
623 <    finalOut << finalTime << "\t"
624 <             << entry_plug->Hmat[0] << "\t"
625 <             << entry_plug->Hmat[1] << "\t"
626 <             << entry_plug->Hmat[2] << "\t"
627 <      
628 <             << entry_plug->Hmat[3] << "\t"
629 <             << entry_plug->Hmat[4] << "\t"
630 <             << entry_plug->Hmat[5] << "\t"
631 <      
632 <             << entry_plug->Hmat[6] << "\t"
633 <             << entry_plug->Hmat[7] << "\t"
634 <             << entry_plug->Hmat[8] << "\n";
635 <    
623 >    finalOut << mpiSim->getTotAtoms() << "\n";
624 >
625 >    finalOut << finalTime << ";\t"
626 >            << entry_plug->Hmat[0][0] << "\t"
627 >            << entry_plug->Hmat[1][0] << "\t"
628 >            << entry_plug->Hmat[2][0] << ";\t"
629 >
630 >            << entry_plug->Hmat[0][1] << "\t"
631 >            << entry_plug->Hmat[1][1] << "\t"
632 >            << entry_plug->Hmat[2][1] << ";\t"
633 >
634 >            << entry_plug->Hmat[0][2] << "\t"
635 >            << entry_plug->Hmat[1][2] << "\t"
636 >            << entry_plug->Hmat[2][2] << ";";
637 >
638 >    finalOut << entry_plug->the_integrator->getAdditionalParameters();
639 >    finalOut << endl;
640 >    finalOut.flush();
641 >
642      for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
454 –      // Get the Node number which has this molecule:
643        
644 <      which_node = AtomToProcMap[i];    
644 >      // Get the Node number which has this atom;
645        
646 <      if (which_node == mpiSim->getMyNode()) {
646 >      which_node = AtomToProcMap[i];
647 >      
648 >      if (which_node != 0) {
649  
650 +        if (potatoes[which_node] + 3 >= MAXTAG) {
651 +          // The potato was going to exceed the maximum value,
652 +          // so wrap this processor potato back to 0:        
653 +
654 +          potatoes[which_node] = 0;          
655 +          MPI_Send(0, 1, MPI_INT, which_node, 0, MPI_COMM_WORLD);
656 +          
657 +        }
658 +
659 +        myPotato = potatoes[which_node];        
660 +        
661 +        MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
662 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
663 +        
664 +        atomTypeString = MPIatomTypeString;
665 +                
666 +        myPotato++;
667 +
668 +        MPI_Recv(&isDirectional, 1, MPI_INT, which_node,
669 +                 myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
670 +              
671 +        myPotato++;
672 +
673 +        if (isDirectional) {          
674 +          MPI_Recv(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, which_node,
675 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
676 +        } else {
677 +          MPI_Recv(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, which_node,
678 +                   myPotato, MPI_COMM_WORLD, &istatus);          
679 +        }
680 +        
681 +        myPotato++;
682 +        potatoes[which_node] = myPotato;
683 +
684 +      } else {
685 +        
686 +        haveError = 0;
687          which_atom = i;
688 <        local_index=-1;        
688 >        local_index=-1;
689 >        
690          for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
691            if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
692          }
693 <        if (local_index != -1) {        
694 <          sprintf( tempBuffer,
695 <                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
696 <                   atoms[local_index]->getType(),
697 <                   atoms[local_index]->getX(),
698 <                   atoms[local_index]->getY(),
699 <                   atoms[local_index]->getZ(),
700 <                   atoms[local_index]->get_vx(),
701 <                   atoms[local_index]->get_vy(),
702 <                   atoms[local_index]->get_vz());
703 <          strcpy( writeLine, tempBuffer );
704 <          
705 <          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
706 <            
707 <            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
708 <            dAtom->getQ( q );
709 <            
710 <            sprintf( tempBuffer,
711 <                     "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
712 <                     q[0],
713 <                     q[1],
714 <                     q[2],
715 <                     q[3],
716 <                     dAtom->getJx(),
717 <                     dAtom->getJy(),
718 <                     dAtom->getJz());
719 <            strcat( writeLine, tempBuffer );
720 <          }
721 <          else
722 <            strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );      
723 <        }
724 <        else {
693 >        
694 >        if (local_index != -1) {
695 >          
696 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
697 >
698 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
699 >          atoms[local_index]->getVel(vel);          
700 >
701 >          atomData6[0] = pos[0];
702 >          atomData6[1] = pos[1];
703 >          atomData6[2] = pos[2];
704 >
705 >          atomData6[3] = vel[0];
706 >          atomData6[4] = vel[1];
707 >          atomData6[5] = vel[2];
708 >          
709 >          isDirectional = 0;
710 >
711 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
712 >
713 >            isDirectional = 1;
714 >            
715 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
716 >            dAtom->getQ( q );
717 >
718 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
719 >              atomData13[j] = atomData6[j];            
720 >            
721 >            atomData13[6] = q[0];
722 >            atomData13[7] = q[1];
723 >            atomData13[8] = q[2];
724 >            atomData13[9] = q[3];
725 >            
726 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
727 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
728 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
729 >          }
730 >          
731 >        } else {
732            sprintf(painCave.errMsg,
733                    "Atom %d not found on processor %d\n",
734                    i, worldRank );
735            haveError= 1;
736            simError();
737 <        }
737 >        }
738 >        
739 >        if(haveError) DieDieDie();
740 >        
741 >        // If we've survived to here, format the line:
742 >        
743 >        if (!isDirectional) {
744  
745 <        if(haveError) nodeZeroError();
746 <    
747 <      }
748 <      else {
745 >          sprintf( tempBuffer,
746 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
747 >                   atomTypeString,
748 >                   atomData6[0],
749 >                   atomData6[1],
750 >                   atomData6[2],
751 >                   atomData6[3],
752 >                   atomData6[4],
753 >                   atomData6[5]);
754 >          
755 >          strcpy( writeLine, tempBuffer );
756 >          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
757 >
758 >        } else {
759 >          
760 >          sprintf( tempBuffer,
761 >                   "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
762 >                   atomTypeString,
763 >                   atomData13[0],
764 >                   atomData13[1],
765 >                   atomData13[2],
766 >                   atomData13[3],
767 >                   atomData13[4],
768 >                   atomData13[5],
769 >                   atomData13[6],
770 >                   atomData13[7],
771 >                   atomData13[8],
772 >                   atomData13[9],
773 >                   atomData13[10],
774 >                   atomData13[11],
775 >                   atomData13[12]);
776 >          
777 >          strcat( writeLine, tempBuffer );
778 >          
779 >        }
780          
781 <        myStatus = 1;
782 <        MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
511 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
512 <        MPI_Send(&i, 1, MPI_INT, which_node, TAKE_THIS_TAG_INT,
513 <                 MPI_COMM_WORLD);
514 <        MPI_Recv(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, which_node,
515 <                 TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
516 <        MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, which_node,
517 <                 TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
518 <        
519 <        if(!myStatus) nodeZeroError();
781 >        finalOut << writeLine;
782 >        finalOut.flush();
783        }
521 –      
522 –      finalOut << writeLine;
784      }
524 –    
525 –    // kill everyone off:
526 –    myStatus = -1;
527 –    for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
528 –      MPI_Send(&myStatus, 1, MPI_INT, j,
529 –               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
530 –    }
785  
786 <  } else {
786 >    finalOut.flush();
787 >    sprintf( checkPointMsg,
788 >             "Sucessfully took a dump.\n");
789 >    delete[] potatoes;
790 >      
791 >    MPIcheckPoint();        
792      
793 <    done = 0;
535 <    while (!done) {
793 >  } else {
794  
795 <      MPI_Recv(&myStatus, 1, MPI_INT, 0,
796 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
795 >    // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
796 >
797 >    // Set my magic potato to 0:
798 >
799 >    myPotato = 0;
800 >    
801 >    for (i = 0 ; i < mpiSim->getTotAtoms(); i++ ) {
802        
803 <      if(!myStatus) anonymousNodeDie();
803 >      // Am I the node which has this atom?
804        
805 <      if(myStatus < 0) break;
543 <      
544 <      MPI_Recv(&which_atom, 1, MPI_INT, 0,
545 <               TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
546 <      
547 <      myStatus = 1;
548 <      local_index=-1;        
549 <      for (j=0; j < mpiSim->getMyNlocal(); j++) {
550 <        if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
551 <      }
552 <      if (local_index != -1) {
805 >      if (AtomToProcMap[i] == worldRank) {
806  
807 <        //format the line
808 <        sprintf( tempBuffer,
809 <                 "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
810 <                 atoms[local_index]->getType(),
811 <                 atoms[local_index]->getX(),
812 <                 atoms[local_index]->getY(),
813 <                 atoms[local_index]->getZ(),
814 <                 atoms[local_index]->get_vx(),
815 <                 atoms[local_index]->get_vy(),
816 <                 atoms[local_index]->get_vz()); // check here.
817 <        strcpy( writeLine, tempBuffer );
818 <        
819 <        if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
820 <          
821 <          dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
822 <          dAtom->getQ( q );
823 <          
824 <          sprintf( tempBuffer,
825 <                   "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
826 <                   q[0],
827 <                   q[1],
828 <                   q[2],
829 <                   q[3],
830 <                   dAtom->getJx(),
831 <                   dAtom->getJy(),
832 <                   dAtom->getJz());
833 <          strcat( writeLine, tempBuffer );
807 >        if (myPotato + 3 >= MAXTAG) {
808 >
809 >          // The potato was going to exceed the maximum value,
810 >          // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
811 >          // node 0 says we can go:
812 >
813 >          MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
814 >          
815 >        }
816 >        which_atom = i;  
817 >        local_index=-1;
818 >        for (j=0; (j<mpiSim->getMyNlocal()) && (local_index < 0); j++) {
819 >          if (atoms[j]->getGlobalIndex() == which_atom) local_index = j;
820 >        }
821 >        if (local_index != -1) {
822 >        
823 >          atomTypeString = atoms[local_index]->getType();
824 >
825 >          atoms[local_index]->getPos(pos);
826 >          atoms[local_index]->getVel(vel);
827 >
828 >          atomData6[0] = pos[0];
829 >          atomData6[1] = pos[1];
830 >          atomData6[2] = pos[2];
831 >
832 >          atomData6[3] = vel[0];
833 >          atomData6[4] = vel[1];
834 >          atomData6[5] = vel[2];
835 >          
836 >          isDirectional = 0;
837 >
838 >          if( atoms[local_index]->isDirectional() ){
839 >
840 >            isDirectional = 1;
841 >            
842 >            dAtom = (DirectionalAtom *)atoms[local_index];
843 >            dAtom->getQ( q );
844 >            
845 >            for (int j = 0; j < 6 ; j++)
846 >              atomData13[j] = atomData6[j];
847 >            
848 >            atomData13[6] = q[0];
849 >            atomData13[7] = q[1];
850 >            atomData13[8] = q[2];
851 >            atomData13[9] = q[3];
852 >
853 >            atomData13[10] = dAtom->getJx();
854 >            atomData13[11] = dAtom->getJy();
855 >            atomData13[12] = dAtom->getJz();
856 >          }
857 >
858 >        } else {
859 >          sprintf(painCave.errMsg,
860 >                  "Atom %d not found on processor %d\n",
861 >                  i, worldRank );
862 >          haveError= 1;
863 >          simError();
864          }
582 –        else{
583 –          strcat( writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n" );
584 –        }
585 –      }
586 –      else {
587 –        sprintf(painCave.errMsg,
588 –                "Atom %d not found on processor %d\n",
589 –                which_atom, worldRank );
590 –        myStatus = 0;
591 –        simError();
592 –        
593 –        strcpy( writeLine, "Hello, I'm an error.\n");
594 –      }
865  
866 <      MPI_Send(writeLine, BUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
867 <               TAKE_THIS_TAG_CHAR, MPI_COMM_WORLD);
868 <      MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, 0,
869 <                TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
866 >        strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
867 >
868 >        // null terminate the string before sending (just in case):
869 >        MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE-1] = '\0';
870 >
871 >        MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
872 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
873 >        
874 >        myPotato++;
875 >
876 >        MPI_Send(&isDirectional, 1, MPI_INT, 0,
877 >                 myPotato, MPI_COMM_WORLD);
878 >        
879 >        myPotato++;
880 >        
881 >        if (isDirectional) {
882 >
883 >          MPI_Send(atomData13, 13, MPI_DOUBLE, 0,
884 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
885 >          
886 >        } else {
887 >
888 >          MPI_Send(atomData6, 6, MPI_DOUBLE, 0,
889 >                   myPotato, MPI_COMM_WORLD);
890 >        }
891 >
892 >        myPotato++;      
893 >      }
894      }
895 <  }
896 <  finalOut.flush();
897 <  sprintf( checkPointMsg,
898 <           "Sucessfully took a dump.\n");
899 <  MPIcheckPoint();
895 >
896 >    sprintf( checkPointMsg,
897 >             "Sucessfully took a dump.\n");
898 >    MPIcheckPoint();        
899 >    
900 >  }
901    
902 <  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();    
902 >  if( worldRank == 0 ) finalOut.close();
903   #endif // is_mpi
904   }
905  
# Line 614 | Line 909 | void dWrite::nodeZeroError( void ){
909  
910   // a couple of functions to let us escape the write loop
911  
912 < void dWrite::nodeZeroError( void ){
618 <  int j, myStatus;
619 <  
620 <  myStatus = 0;
621 <  for (j = 0; j < mpiSim->getNumberProcessors(); j++) {      
622 <    MPI_Send( &myStatus, 1, MPI_INT, j,
623 <              TAKE_THIS_TAG_INT, MPI_COMM_WORLD);
624 <  }  
625 <  
912 > void dWrite::DieDieDie( void ){
913  
914    MPI_Finalize();
915    exit (0);
629 –  
916   }
917  
632 – void dWrite::anonymousNodeDie( void ){
633 –
634 –  MPI_Finalize();
635 –  exit (0);
636 – }
637 –
918   #endif //is_mpi

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