--- trunk/OOPSE/libmdtools/Makefile.in	2003/10/29 14:29:12	840
+++ trunk/OOPSE/libmdtools/Makefile.in	2003/12/19 20:36:35	891
@@ -128,11 +128,12 @@ MPI_INCLUDES= -I$(MPI_INC) $(MODDIRFLAG)$(MPI_F90_MODS
 
 INCLUDES= -I.. -I../../libBASS $(SPRNG_INC)
 MPI_INCLUDES= -I$(MPI_INC) $(MODDIRFLAG)$(MPI_F90_MODS)
+F90_INCLUDES= -I/usr/local/include
 
 CFLAGS=$(CFLAGS_C) $(INCLUDES) $(DECLARE) $(MPI_INCLUDES) $(FUNCWRAP)
 CXXFLAGS=$(CXXFLAGS_C) $(OOPSE_TEMPLATE_FLAGS) $(EXTRA_CC_FLAG) $(INCLUDES) $(DECLARE) $(FUNCWRAP)
 FFLAGS=$(PREPFLAG) $(FFLAGS_C) 
-F90FLAGS=$(PREPFLAG) $(F90FLAGS_C) 
+F90FLAGS=$(PREPFLAG) $(F90FLAGS_C) $(F90_INCLUDES)
 DEPFLAGS=$(CFLAGS_C) -I. -I../libBASS $(SPRNG_INC) $(MPI_INCLUDES)
 
 MPI_CFLAGS=$(CFLAGS) $(MPI_INCLUDES) $(MPI_DECLARE)
@@ -201,6 +202,7 @@ CXX_FILES = \
 	$(DIR)/SimState.cpp \
 	$(DIR)/ZConstraint.cpp \
 	$(DIR)/ZConsWriter.cpp \
+	$(DIR)/mdProfile.cpp \
 	$(DIR)/GenericData.cpp
 
 F90_FILES= \
@@ -220,7 +222,9 @@ F90_FILES= \
 	$(DIR)/calc_gb.F90 \
 	$(DIR)/force_globals.F90 \
 	$(DIR)/mpiSimulation_module.F90 \
-	$(DIR)/notifyCutoffs.F90
+	$(DIR)/notifyCutoffs.F90 \
+	$(DIR)/oopseMPI_module.F90 \
+	$(DIR)/timing.F90
 
 DIR:=.
 C_SRCS   :=     $(C_FILES)
@@ -390,9 +394,9 @@ obj/wrappers$(O): ./wrappers.F90 \
 	obj/calc_gb$(O) \
 	obj/do_Forces$(O) \
 	obj/notifyCutoffs$(O) 
-
-
 
+obj/timing$(O): ./timing.F90 \
+	obj/do_Forces$(O)
 
 
 
@@ -404,8 +408,11 @@ MPIobj/mpiSimulation_module$(O): ./mpiSimulation_modul
 
 MPIobj/status_module$(O): ./status_module.F90
 
-MPIobj/mpiSimulation_module$(O): ./mpiSimulation_module.F90
+MPIobj/oopseMPI_module$(O): ./oopseMPI_module.F90
 
+MPIobj/mpiSimulation_module$(O): ./mpiSimulation_module.F90 \
+	MPIobj/oopseMPI_module$(O)
+
 MPIobj/force_globals$(O): ./force_globals.F90 \
 	MPIobj/mpiSimulation_module$(O) \
 	MPIobj/definitions_module$(O)
@@ -507,3 +514,6 @@ MPIobj/wrappers$(O): ./wrappers.F90 \
 	MPIobj/do_Forces$(O) \
 	MPIobj/notifyCutoffs$(O)  
 
+MPIobj/timing$(O): ./timing.F90 \
+	MPIobj/do_Forces$(O) \
+	MPIobj/mpiSimulation_module$(O)