--- trunk/OOPSE/libmdtools/NPTxyz.cpp	2003/10/29 00:19:10	837
+++ trunk/OOPSE/libmdtools/NPTxyz.cpp	2003/11/07 17:09:48	857
@@ -39,23 +39,26 @@ template<typename T> NPTxyz<T>::NPTxyz ( SimInfo *theI
     }
   }
 
-  // retrieve eta array from simInfo if it exists
-  data = info->getProperty(ETAVALUE_ID);
-  if(data){
-    etaValue = dynamic_cast<DoubleArrayData*>(data);
 
-    if(etaValue){
-      etaArray = etaValue->getData();
+  if( theInfo->useInitXSstate ){
 
-      for(i = 0; i < 3; i++){
-        for (j = 0; j < 3; j++){
-          eta[i][j] = etaArray[3*i+j];
-          oldEta[i][j] = eta[i][j];
-        }
+    // retrieve eta array from simInfo if it exists
+    data = info->getProperty(ETAVALUE_ID);
+    if(data){
+      etaValue = dynamic_cast<DoubleArrayData*>(data);
+      
+      if(etaValue){
+	etaArray = etaValue->getData();
+	
+	for(i = 0; i < 3; i++){
+	  for (j = 0; j < 3; j++){
+	    eta[i][j] = etaArray[3*i+j];
+	    oldEta[i][j] = eta[i][j];
+	  }
+	}
       }
     }
   }
-
 }
 
 template<typename T> NPTxyz<T>::~NPTxyz() {
@@ -113,9 +116,8 @@ template<typename T> void NPTxyz<T>::getVelScaleA(doub
   }
 }
 
-template<typename T> void NPTxyz<T>::getVelScaleA(double sc[3], double vel[3]) {
+template<typename T> void NPTxyz<T>::calcVelScale(void) {
   int i,j;
-  double vScale[3][3];
 
   for (i = 0; i < 3; i++ ) {
     for (j = 0; j < 3; j++ ) {
@@ -126,25 +128,16 @@ template<typename T> void NPTxyz<T>::getVelScaleA(doub
       }
     }
   }
+}
 
+template<typename T> void NPTxyz<T>::getVelScaleA(double sc[3], double vel[3]) {
   info->matVecMul3( vScale, vel, sc );
 }
 
 template<typename T> void NPTxyz<T>::getVelScaleB(double sc[3], int index ){
-  int i,j;
+  int j;
   double myVel[3];
-  double vScale[3][3];
-
-  for (i = 0; i < 3; i++ ) {
-    for (j = 0; j < 3; j++ ) {
-      vScale[i][j] = eta[i][j];
 
-      if (i == j) {
-        vScale[i][j] += chi;
-      }
-    }
-  }
-
   for (j = 0; j < 3; j++)
     myVel[j] = oldVel[3*index + j];
 
@@ -305,11 +298,11 @@ template<typename T> string NPTxyz<T>::getAdditionalPa
   const int BUFFERSIZE = 2000; // size of the read buffer
   char buffer[BUFFERSIZE];
 
-  sprintf(buffer,"\t%f\t%f;", chi, integralOfChidt);
+  sprintf(buffer,"\t%G\t%G;", chi, integralOfChidt);
   parameters += buffer;
 
   for(int i = 0; i < 3; i++){
-    sprintf(buffer,"\t%g\t%g\t%g;", eta[3*i], eta[3*i+1], eta[3*i+2]);
+    sprintf(buffer,"\t%G\t%G\t%G;", eta[i][0], eta[i][1], eta[i][2]);
     parameters += buffer;
   }