ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/libmdtools/Verlet.cpp (file contents):
Revision 468 by gezelter, Mon Apr 7 16:56:38 2003 UTC vs.
Revision 542 by mmeineke, Fri May 30 21:31:48 2003 UTC

# Line 9 | Line 9 | extern "C"{
9   #include "ReadWrite.hpp"
10   #include "ExtendedSystem.hpp"
11  
12 + #include "simError.h"
13 +
14   extern "C"{
15    
16    void v_constrain_a_( double &dt, int &n_atoms, double* mass,
# Line 17 | Line 19 | extern "C"{
19                         double* Fx, double* Fy, double* Fz,
20                         int &n_constrained, double *constr_sqr,
21                         int* constr_i, int* constr_j,
22 <                       double &box_x, double &box_y, double &box_z );
22 >                       double &box_x, double &box_y, double &box_z,
23 >                       int &isError );
24  
25    void v_constrain_b_( double &dt, int &n_atoms, double* mass,
26                         double* Rx, double* Ry, double* Rz,
# Line 26 | Line 29 | extern "C"{
29                         double &Kinetic,
30                         int &n_constrained, double *constr_sqr,
31                         int* constr_i, int* constr_j,
32 <                       double &box_x, double &box_y, double &box_z );
32 >                       double &box_x, double &box_y, double &box_z,
33 >                       int &isError);
34   }
35  
36    
# Line 185 | Line 189 | void Verlet::integrate( void ){
189    
190    int time;
191  
192 +  double press[9];
193 +
194    double dt = entry_plug->dt;
195    double runTime = entry_plug->run_time;
196    double sampleTime = entry_plug->sampleTime;
# Line 196 | Line 202 | void Verlet::integrate( void ){
202    int status_n = (int)( statusTime / dt );
203    int vel_n    = (int)( thermalTime / dt );
204  
205 +  int isError;
206 +
207    Thermo *tStats = new Thermo( entry_plug );
208  
209    StatWriter*  e_out    = new StatWriter( entry_plug );
210    DumpWriter*  dump_out = new DumpWriter( entry_plug );
211  
212    // the first time integrate is called, the forces need to be initialized
205 –
213    
214    myFF->doForces(1,1);
215    
# Line 215 | Line 222 | void Verlet::integrate( void ){
222    e_out->writeStat( 0.0 );
223  
224    calcPot = 0;
218 –  calcStress = 0;
225  
226 +  if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT")) {
227 +    calcStress = 1;
228 +  } else {
229 +    calcStress = 0;
230 +  }
231 +
232    if( c_is_constrained ){
233      for(i = 0; i < n_loops; i++){
234        
235 +      
236        // fill R, V, and F arrays and RATTLE in fortran
237 <
237 >      
238        for( j=0; j<c_natoms; j++ ){
239 <
239 >        
240          Rx[j] = c_atoms[j]->getX();
241          Ry[j] = c_atoms[j]->getY();
242          Rz[j] = c_atoms[j]->getZ();
# Line 238 | Line 251 | void Verlet::integrate( void ){
251  
252        }
253        
254 +      isError = 0;
255        v_constrain_a_( dt, c_natoms, c_mass, Rx, Ry, Rz, Vx, Vy, Vz,
256                        Fx, Fy, Fz,
257                        c_n_constrained, c_constrained_dsqr,
258                        c_constrained_i, c_constrained_j,
259 <                      c_box_x, c_box_y, c_box_z );
259 >                      c_box_x, c_box_y, c_box_z,
260 >                      isError);
261  
262 +      if( isError ){
263 +        
264 +        sprintf( painCave.errMsg,
265 +                 "Constraint Failure in Fortran move A\n" );
266 +        painCave.isFatal = 1;
267 +        simError();
268 +      }
269 +      
270 + #ifdef IS_MPI
271 +      sprintf( checkPointMsg,
272 +               "succesful return from move a.\n" );
273 +      MPIcheckPoint();
274 +
275 + #endif //is_mpi
276 +
277        for( j=0; j<c_natoms; j++ ){
278  
279          c_atoms[j]->setX(Rx[j]);
# Line 255 | Line 285 | void Verlet::integrate( void ){
285          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
286        }
287  
288 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
289 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
290 +  
291        // calculate the forces
292        
293        myFF->doForces(calcPot,calcStress);
# Line 276 | Line 309 | void Verlet::integrate( void ){
309          Fz[j] = c_atoms[j]->getFz();
310        }
311          
312 +
313 +      isError = 0;
314        v_constrain_b_( dt, c_natoms, c_mass, Rx, Ry, Rz, Vx, Vy, Vz,
315                        Fx, Fy, Fz,
316                        kE, c_n_constrained, c_constrained_dsqr,
317                        c_constrained_i, c_constrained_j,
318 <                      c_box_x, c_box_y, c_box_z );
319 <      
318 >                      c_box_x, c_box_y, c_box_z, isError );
319 >
320 >      if( isError ){
321 >        
322 >        sprintf( painCave.errMsg,
323 >                 "Constraint Failure in Fortran move B\n" );
324 >        painCave.isFatal = 1;
325 >        simError();
326 >      }
327 >
328 > #ifdef IS_MPI
329 >      sprintf( checkPointMsg,
330 >               "succesful return from move B.\n" );
331 >      MPIcheckPoint();
332 >
333 > #endif //is_mpi      
334 >
335 >
336        for( j=0; j<c_natoms; j++ ){
337  
338          c_atoms[j]->setX(Rx[j]);
# Line 293 | Line 344 | void Verlet::integrate( void ){
344          c_atoms[j]->set_vz(Vz[j]);
345        }
346        
347 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
348 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
349 +      
350 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {        
351 +        tStats->getPressureTensor(press);
352 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
353 +                                     tStats->getKinetic(),
354 +                                     press);
355 +      }
356 +
357        time = i + 1;
358        
359        if( entry_plug->setTemp ){
360          if( !(time % vel_n) ) tStats->velocitize();
361        }
362        if( !(time % sample_n) ) dump_out->writeDump( time * dt );
363 +
364        if( !((time+1) % status_n) ) {
365          calcPot = 1;
366 <        calcStress = 1;
366 >        calcStress = 1;
367        }
368        if( !(time % status_n) ){
369          e_out->writeStat( time * dt );
370          calcPot = 0;
371 <        calcStress = 0;
371 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
372 >        else calcStress = 0;
373        }
374      }
375    }
376    else{
377      for(i = 0; i < n_loops; i++){
378 <      
378 >
379 >    
380        move_a( dt );
381 +
382 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
383 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0, tStats->getKinetic() );
384        
385        // calculate the forces
386        
# Line 323 | Line 390 | void Verlet::integrate( void ){
390        
391        move_b( dt );
392  
393 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NVT"))
394 +        myES->NoseHooverNVT( dt / 2.0 , tStats->getKinetic() );
395 +
396 +      if (!strcasecmp( entry_plug->ensemble, "NPT") ) {
397 +        tStats->getPressureTensor(press);
398 +        myES->NoseHooverAndersonNPT( dt,
399 +                                     tStats->getKinetic(),
400 +                                     press);
401 +      }
402 +
403        time = i + 1;
404        
405        if( entry_plug->setTemp ){
# Line 331 | Line 408 | void Verlet::integrate( void ){
408        if( !(time % sample_n) )  dump_out->writeDump( time * dt );
409        if( !((time+1) % status_n) ) {
410          calcPot = 1;
411 <        calcStress = 1;
411 >        calcStress = 1;
412        }
413        if( !(time % status_n) ){
414          e_out->writeStat( time * dt );
415          calcPot = 0;
416 <        calcStress = 0;
416 >        if (!strcasecmp(entry_plug->ensemble, "NPT")) calcStress = 1;
417 >        else calcStress = 0;
418        }
419      }
420    }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines