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root/group/trunk/OOPSE/samples/beadLipid/beadLipid.mdl
Revision: 985
Committed: Mon Jan 26 21:53:35 2004 UTC (20 years, 5 months ago) by gezelter
File size: 5534 byte(s)
Log Message: 
Changed orientation lines from unit vectors to euler angles

File Contents

# User Rev Content
1 mmeineke 533 molecule{
2    
3     name = "beadLipid_1G";
4     nAtoms = 10;
5    
6     atom[0]{
7     type = "HEAD";
8     position( -1.503, 0.0, 2.315 );
9 gezelter 985 orientation( 180.0, 90.0, 0.0 );
10 mmeineke 533 }
11     atom[1]{
12     type = "TB1";
13     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
14     }
15     atom[2]{
16     type = "TB1";
17     position( -0.850, 0.0, -1.308 );
18     }
19     atom[3]{
20     type = "TB1";
21     position( 0.0, 0.0, -2.616 );
22     }
23     atom[4]{
24     type = "TB1";
25     position( -0.85, 0.0, -3.924 );
26     }
27     atom[5]{
28     type = "TB1";
29     position( 0.0, 0.0, -5.232 );
30     }
31     atom[6]{
32     type = "TB1";
33     position( -0.85, 0.0, -6.54 );
34     }
35     atom[7]{
36     type = "TB1";
37     position( 0.0, 0.0, -7.848 );
38     }
39     atom[8]{
40     type = "TB1";
41     position( -0.85, 0.0, -9.156 );
42     }
43     atom[9]{
44     type = "TE1";
45     position( 0.0, 0.0, -10.464 );
46     }
47    
48     nBonds = 9;
49    
50     bond[0]{
51     members( 0, 1 );
52     }
53     bond[1]{
54     members( 1, 2 );
55     }
56     bond[2]{
57     members( 2, 3 );
58     }
59     bond[3]{
60     members( 3, 4 );
61     }
62     bond[4]{
63     members( 4, 5 );
64     }
65     bond[5]{
66     members( 5, 6 );
67     }
68     bond[6]{
69     members( 6, 7 );
70     }
71     bond[7]{
72     members( 7, 8 );
73     }
74     bond[8]{
75     members( 8, 9 );
76     }
77    
78     nBends = 9;
79    
80     bend[0]{
81     members( 0, 1, 2 );
82     }
83     bend[1]{
84     members( 1, 2, 3 );
85     }
86     bend[2]{
87     members( 2, 3, 4 );
88     }
89     bend[3]{
90     members( 3, 4, 5 );
91     }
92     bend[4]{
93     members( 4, 5, 6 );
94     }
95     bend[5]{
96     members( 5, 6, 7 );
97     }
98     bend[6]{
99     members( 6, 7, 8 );
100     }
101     bend[7]{
102     members( 7, 8, 9 );
103     }
104     bend[8]{
105     members( 0, 1 );
106     ghostVectorSource = 0;
107     }
108    
109    
110     nTorsions = 7;
111    
112     torsion[0]{
113     members( 0, 1, 2, 3 );
114     }
115     torsion[1]{
116     members( 1, 2, 3, 4 );
117     }
118     torsion[2]{
119     members( 2, 3, 4, 5 );
120     }
121     torsion[3]{
122     members( 3, 4, 5, 6 );
123     }
124     torsion[4]{
125     members( 4, 5, 6, 7 );
126     }
127     torsion[5]{
128     members( 5, 6, 7, 8 );
129     }
130     torsion[6]{
131     members( 6, 7, 8, 9 );
132     }
133    
134     }
135    
136     molecule{
137    
138     name = "beadLipid_2G";
139     nAtoms = 10;
140    
141     atom[0]{
142     type = "HEAD";
143     position( -1.743, 0.0, 2.684 );
144 gezelter 985 orientation( 180.0, 90.0, 0.0 );
145 mmeineke 533 }
146     atom[1]{
147     type = "TB2";
148     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
149     }
150     atom[2]{
151     type = "TB2";
152     position( -1.274, 0.0, -1.963 );
153     }
154     atom[3]{
155     type = "TB2";
156     position( 0.0, 0.0, -3.926 );
157     }
158     atom[4]{
159     type = "TB2";
160     position( -1.274, 0.0, -5.889 );
161     }
162     atom[5]{
163     type = "TB2";
164     position( 0.0, 0.0, -7.852 );
165     }
166     atom[6]{
167     type = "TB2";
168     position( -1.274, 0.0, -9.815 );
169     }
170     atom[7]{
171     type = "TB2";
172     position( 0.0, 0.0, -11.778 );
173     }
174     atom[8]{
175     type = "TB2";
176     position( -1.274, 0.0, -13.741 );
177     }
178     atom[9]{
179     type = "TE2";
180     position( 0.0, 0.0, -15.704 );
181     }
182    
183     nBonds = 9;
184    
185     bond[0]{
186     members( 0, 1 );
187     }
188     bond[1]{
189     members( 1, 2 );
190     }
191     bond[2]{
192     members( 2, 3 );
193     }
194     bond[3]{
195     members( 3, 4 );
196     }
197     bond[4]{
198     members( 4, 5 );
199     }
200     bond[5]{
201     members( 5, 6 );
202     }
203     bond[6]{
204     members( 6, 7 );
205     }
206     bond[7]{
207     members( 7, 8 );
208     }
209     bond[8]{
210     members( 8, 9 );
211     }
212    
213     nBends = 9;
214    
215     bend[0]{
216     members( 0, 1, 2 );
217     }
218     bend[1]{
219     members( 1, 2, 3 );
220     }
221     bend[2]{
222     members( 2, 3, 4 );
223     }
224     bend[3]{
225     members( 3, 4, 5 );
226     }
227     bend[4]{
228     members( 4, 5, 6 );
229     }
230     bend[5]{
231     members( 5, 6, 7 );
232     }
233     bend[6]{
234     members( 6, 7, 8 );
235     }
236     bend[7]{
237     members( 7, 8, 9 );
238     }
239     bend[8]{
240     members( 0, 1 );
241     ghostVectorSource = 0;
242     }
243    
244    
245     nTorsions = 7;
246    
247     torsion[0]{
248     members( 0, 1, 2, 3 );
249     }
250     torsion[1]{
251     members( 1, 2, 3, 4 );
252     }
253     torsion[2]{
254     members( 2, 3, 4, 5 );
255     }
256     torsion[3]{
257     members( 3, 4, 5, 6 );
258     }
259     torsion[4]{
260     members( 4, 5, 6, 7 );
261     }
262     torsion[5]{
263     members( 5, 6, 7, 8 );
264     }
265     torsion[6]{
266     members( 6, 7, 8, 9 );
267     }
268    
269     }
270    
271     molecule{
272    
273     name = "beadLipid_3G";
274     nAtoms = 10;
275    
276     atom[0]{
277     type = "HEAD";
278     position( -1.977, 0.0, 3.044 );
279 gezelter 985 orientation( 180.0, 90.0, 0.0 );
280 mmeineke 533 }
281     atom[1]{
282     type = "TB3";
283     position( 0.0, 0.0, 0.0 );
284     }
285     atom[2]{
286     type = "TB3";
287     position( -1.699, 0.0, -2.617 );
288     }
289     atom[3]{
290     type = "TB3";
291     position( 0.0, 0.0, -5.234 );
292     }
293     atom[4]{
294     type = "TB3";
295     position( -1.699, 0.0, -7.851 );
296     }
297     atom[5]{
298     type = "TB3";
299     position( 0.0, 0.0, -10.468 );
300     }
301     atom[6]{
302     type = "TB3";
303     position( -1.699, 0.0, -13.085 );
304     }
305     atom[7]{
306     type = "TB3";
307     position( 0.0, 0.0, -15.702 );
308     }
309     atom[8]{
310     type = "TB3";
311     position( -1.699, 0.0, -18.319 );
312     }
313     atom[9]{
314     type = "TE3";
315     position( 0.0, 0.0, -20.936 );
316     }
317    
318     nBonds = 9;
319    
320     bond[0]{
321     members( 0, 1 );
322     }
323     bond[1]{
324     members( 1, 2 );
325     }
326     bond[2]{
327     members( 2, 3 );
328     }
329     bond[3]{
330     members( 3, 4 );
331     }
332     bond[4]{
333     members( 4, 5 );
334     }
335     bond[5]{
336     members( 5, 6 );
337     }
338     bond[6]{
339     members( 6, 7 );
340     }
341     bond[7]{
342     members( 7, 8 );
343     }
344     bond[8]{
345     members( 8, 9 );
346     }
347    
348     nBends = 9;
349    
350     bend[0]{
351     members( 0, 1, 2 );
352     }
353     bend[1]{
354     members( 1, 2, 3 );
355     }
356     bend[2]{
357     members( 2, 3, 4 );
358     }
359     bend[3]{
360     members( 3, 4, 5 );
361     }
362     bend[4]{
363     members( 4, 5, 6 );
364     }
365     bend[5]{
366     members( 5, 6, 7 );
367     }
368     bend[6]{
369     members( 6, 7, 8 );
370     }
371     bend[7]{
372     members( 7, 8, 9 );
373     }
374     bend[8]{
375     members( 0, 1 );
376     ghostVectorSource = 0;
377     }
378    
379    
380     nTorsions = 7;
381    
382     torsion[0]{
383     members( 0, 1, 2, 3 );
384     }
385     torsion[1]{
386     members( 1, 2, 3, 4 );
387     }
388     torsion[2]{
389     members( 2, 3, 4, 5 );
390     }
391     torsion[3]{
392     members( 3, 4, 5, 6 );
393     }
394     torsion[4]{
395     members( 4, 5, 6, 7 );
396     }
397     torsion[5]{
398     members( 5, 6, 7, 8 );
399     }
400     torsion[6]{
401     members( 6, 7, 8, 9 );
402     }
403    
404     }
405