[ViewVC] Diff of: group/trunk/OOPSE/samples/lipid/lipid.mdl

Comparing trunk/OOPSE/samples/lipid/lipid.mdl (file contents):
Revision 397 by gezelter, Tue Mar 25 01:06:10 2003 UTC vs.
Revision 530 by mmeineke, Fri May 9 19:51:30 2003 UTC

+    members( 13, 14, 15, 16 );
-+
-+
+molecule{
-+
-+
+  name = "simpleLipid_16G";
-+
+  nAtoms = 17;
-+
-+
+  atom[0]{
-+
+    type = "HEAD";
-+
+    position( 0.0, 1.01479, 0.65901 );
-+
+    orientation( 0.0, 0.0, 1.0 );
-+
+  }
-+
+  atom[1]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -1.292 );
-+
+  }
-+
+  atom[2]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -2.584 );
-+
+  }
-+
+  atom[3]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -3.876 );
-+
+  }
-+
+  atom[4]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -5.168 );
-+
+  }
-+
+  atom[5]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -6.46 );
-+
+  }
-+
+  atom[6]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -7.752 );
-+
+  }
-+
+  atom[7]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -9.044 );
-+
+  }
-+
+  atom[8]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -10.336 );
-+
+  }
-+
+  atom[9]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -11.628 );
-+
+  }
-+
+  atom[10]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -12.92 );
-+
+  }
-+
+  atom[11]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -14.212 );
-+
+  }
-+
+  atom[12]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -15.504 );
-+
+  }
-+
+  atom[13]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -16.796 );
-+
+  }
-+
+  atom[14]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -18.08 );
-+
+  }
-+
+  atom[15]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.0, -0.8387, -19.38 );
-+
+  }
-+
+  atom[16]{
-+
+    type = "CH3";
-+
+    position( 0.0, 0.0, -20.672 );
-+
+  }
-+
+  nBonds = 16;
-+
-+
+  bond[0]{
-+
+    members( 0, 1 );
-+
+  }
-+
+  bond[1]{
-+
+    members( 1, 2 );
-+
+  }
-+
+  bond[2]{
-+
+    members( 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  bond[3]{
-+
+    members( 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  bond[4]{
-+
+    members( 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  bond[5]{
-+
+    members( 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  bond[6]{
-+
+    members( 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  bond[7]{
-+
+    members( 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  bond[8]{
-+
+    members( 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  bond[9]{
-+
+    members( 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  bond[10]{
-+
+    members( 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  bond[11]{
-+
+    members( 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  bond[12]{
-+
+    members( 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  bond[13]{
-+
+    members( 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  bond[14]{
-+
+    members( 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  bond[15]{
-+
+    members( 15, 16 );
-+
+  }
-+
-+
+  nBends = 16;
-+
-+
+  bend[0]{
-+
+    members( 0, 1, 2 );
-+
+  }
-+
+  bend[1]{
-+
+    members( 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  bend[2]{
-+
+    members( 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  bend[3]{
-+
+    members( 3, 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  bend[4]{
-+
+    members( 4, 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  bend[5]{
-+
+    members( 5, 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  bend[6]{
-+
+    members( 6, 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  bend[7]{
-+
+    members( 7, 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  bend[8]{
-+
+    members( 8, 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  bend[9]{
-+
+    members( 9, 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  bend[10]{
-+
+    members( 10, 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  bend[11]{
-+
+    members( 11, 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  bend[12]{
-+
+    members( 12, 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  bend[13]{
-+
+    members( 13, 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  bend[14]{
-+
+    members( 14, 15, 16 );
-+
+  }
-+
+  bend[15]{
-+
+    members( 0, 1 );
-+
+    ghostVectorSource = 0;
-+
+  }
-+
-+
-+
+  nTorsions = 14;
-+
-+
+  torsion[0]{
-+
+    members( 0, 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  torsion[1]{
-+
+    members( 1, 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  torsion[2]{
-+
+    members( 2, 3, 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  torsion[3]{
-+
+    members( 3, 4, 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  torsion[4]{
-+
+    members( 4, 5, 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  torsion[5]{
-+
+    members( 5, 6, 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  torsion[6]{
-+
+    members( 6, 7, 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  torsion[7]{
-+
+    members( 7, 8, 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  torsion[8]{
-+
+    members( 8, 9, 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  torsion[9]{
-+
+    members( 9, 10, 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  torsion[10]{
-+
+    members( 10, 11, 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  torsion[11]{
-+
+    members( 11, 12, 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  torsion[12]{
-+
+    members( 12, 13, 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  torsion[13]{
-+
+    members( 13, 14, 15, 16 );
-+
+  }
-+
+}
-+
-+
+molecule{
-+
-+
+  name = "twoChain_14G";
-+
+  nAtoms = 31;
-+
-+
+  atom[0]{
-+
+    type = "HEAD";
-+
+    position( -0.110050, 1.249033, -0.023976 );
-+
+    orientation( 0.0, 0.0, 1.0 );
-+
+  }
-+
+  atom[1]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.784436, -1.064213, -1.211953 );
-+
+  }
-+
+  atom[2]{
-+
+    type = "CH";
-+
+    position( 1.109791, -0.911911, -2.709467 );
-+
+  }
-+
+  atom[3]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( -0.268917, -0.607952, -3.324586 );
-+
+  }
-+
+  atom[4]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( -0.331805, 0.044474, -4.718138 );
-+
+  }
-+
+  atom[5]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( -0.103214, -0.867134, -5.938104 );
-+
+  }
-+
+  atom[6]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( -0.181619, -0.100307, -7.271307 );
-+
+  }
-+
+  atom[7]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.042505, -0.939979, -8.542653 );
-+
+  }
-+
+  atom[8]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( -0.051368, -0.117766, -9.841404 );
-+
+  }
-+
+  atom[9]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.142860, -0.925076, -11.138372 );
-+
+  }
-+
+  atom[10]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.019593, -0.083625, -12.422259 );
-+
+  }
-+
+  atom[11]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.180051, -0.885777, -13.727022 );
-+
+  }
-+
+  atom[12]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.034763, -0.043486, -15.008052 );
-+
+  }
-+
+  atom[13]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.173235, -0.851987, -16.311414);
-+
+  }
-+
+  atom[14]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.018726, -0.013912, -17.594129);
-+
+  }
-+
+  atom[15]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 0.148780, -0.828559, -18.894528 );
-+
+  }
-+
+  atom[16]{
-+
+    type = "CH3";
-+
+    position( -0.005954, 0.007456, -20.178559 );
-+
+  }
-+
+  atom[17]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 2.634030, -1.130837, -2.728703);
-+
+  }
-+
+  atom[18]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 3.297380, -1.543544, -4.055820 );
-+
+  }
-+
+  atom[19]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 3.457273, -0.451637, -5.129958 );
-+
+  }
-+
+  atom[20]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 4.094249, -1.019043, -6.412110 );
-+
+  }
-+
+  atom[21]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 4.235779, -0.046073, -7.597395 );
-+
+  }
-+
+  atom[22]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 4.820154, -0.745979, -8.838458 );
-+
+  }
-+
+  atom[23]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 4.932879, 0.124112, -10.104093 );
-+
+  }
-+
+  atom[24]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 5.429202, -0.669482, -11.326988 );
-+
+  }
-+
+  atom[25]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 5.471807, 0.135950, -12.638881 );
-+
+  }
-+
+  atom[26]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 5.843335, -0.710717, -13.870434 );
-+
+  }
-+
+  atom[27]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 5.795449, 0.066888, -15.198830 );
-+
+  }
-+
+  atom[28]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 6.056385, -0.801301, -16.443724 );
-+
+  }
-+
+  atom[29]{
-+
+    type = "CH2";
-+
+    position( 5.952060, -0.029856, -17.772479 );
-+
+  }
-+
+  atom[30]{
-+
+    type = "CH3";
-+
+    position( 6.164077, -0.903155, -19.023077 );
-+
+  }
-+
-+
+  nBonds = 30;
-+
-+
+  bond[0]{
-+
+    members( 0, 1 );
-+
+  }
-+
+  bond[1]{
-+
+    members( 1, 2 );
-+
+  }
-+
+  bond[2]{
-+
+    members( 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  bond[3]{
-+
+    members( 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  bond[4]{
-+
+    members( 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  bond[5]{
-+
+    members( 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  bond[6]{
-+
+    members( 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  bond[7]{
-+
+    members( 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  bond[8]{
-+
+    members( 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  bond[9]{
-+
+    members( 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  bond[10]{
-+
+    members( 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  bond[11]{
-+
+    members( 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  bond[12]{
-+
+    members( 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  bond[13]{
-+
+    members( 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  bond[14]{
-+
+    members( 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  bond[15]{
-+
+    members( 15, 16 );
-+
+  }
-+
+  bond[16]{
-+
+    members( 2, 17 );
-+
+  }
-+
+  bond[17]{
-+
+    members( 17, 18 );
-+
+  }
-+
+  bond[18]{
-+
+    members( 18, 19 );
-+
+  }
-+
+  bond[19]{
-+
+    members( 19, 20 );
-+
+  }
-+
+  bond[20]{
-+
+    members( 20, 21 );
-+
+  }
-+
+  bond[21]{
-+
+    members( 21, 22 );
-+
+  }
-+
+  bond[22]{
-+
+    members( 22, 23 );
-+
+  }
-+
+  bond[23]{
-+
+    members( 23, 24 );
-+
+  }
-+
+  bond[24]{
-+
+    members( 24, 25 );
-+
+  }
-+
+  bond[25]{
-+
+    members( 25, 26 );
-+
+  }
-+
+  bond[26]{
-+
+    members( 26, 27 );
-+
+  }
-+
+  bond[27]{
-+
+    members( 27, 28 );
-+
+  }
-+
+  bond[28]{
-+
+    members( 28, 29 );
-+
+  }
-+
+  bond[29]{
-+
+    members( 29, 30 );
-+
+  }
-+
-+
+  nBends = 30;
-+
-+
+  bend[0]{
-+
+    members( 0, 1, 2 );
-+
+  }
-+
+  bend[1]{
-+
+    members( 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  bend[2]{
-+
+    members( 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  bend[3]{
-+
+    members( 3, 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  bend[4]{
-+
+    members( 4, 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  bend[5]{
-+
+    members( 5, 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  bend[6]{
-+
+    members( 6, 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  bend[7]{
-+
+    members( 7, 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  bend[8]{
-+
+    members( 8, 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  bend[9]{
-+
+    members( 9, 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  bend[10]{
-+
+    members( 10, 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  bend[11]{
-+
+    members( 11, 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  bend[12]{
-+
+    members( 12, 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  bend[13]{
-+
+    members( 13, 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  bend[14]{
-+
+    members( 14, 15, 16 );
-+
+  }
-+
+  bend[15]{
-+
+    members( 0, 1 );
-+
+    ghostVectorSource = 0;
-+
+  }
-+
+  bend[16]{
-+
+    members( 1, 2, 17 );
-+
+  }
-+
+  bend[17]{
-+
+    members( 2, 17, 18 );
-+
+  }
-+
+  bend[18]{
-+
+    members( 17, 18, 19 );
-+
+  }
-+
+  bend[19]{
-+
+    members( 18, 19, 20 );
-+
+  }
-+
+  bend[20]{
-+
+    members( 19, 20, 21 );
-+
+  }
-+
+  bend[21]{
-+
+    members( 20, 21, 22 );
-+
+  }
-+
+  bend[22]{
-+
+    members( 21, 22, 23 );
-+
+  }
-+
+  bend[23]{
-+
+    members( 22, 23, 24 );
-+
+  }
-+
+  bend[24]{
-+
+    members( 23, 24, 25 );
-+
+  }
-+
+  bend[25]{
-+
+    members( 24, 25, 26 );
-+
+  }
-+
+  bend[26]{
-+
+    members( 25, 26, 27 );
-+
+  }
-+
+  bend[27]{
-+
+    members( 26, 27, 28 );
-+
+  }
-+
+  bend[28]{
-+
+    members( 27, 28, 29 );
-+
+  }
-+
+  bend[29]{
-+
+    members( 28, 29, 30 );
-+
+  }
-+
-+
-+
-+
-+
+  nTorsions = 27;
-+
-+
+  torsion[0]{
-+
+    members( 0, 1, 2, 3 );
-+
+  }
-+
+  torsion[1]{
-+
+    members( 1, 2, 3, 4 );
-+
+  }
-+
+  torsion[2]{
-+
+    members( 2, 3, 4, 5 );
-+
+  }
-+
+  torsion[3]{
-+
+    members( 3, 4, 5, 6 );
-+
+  }
-+
+  torsion[4]{
-+
+    members( 4, 5, 6, 7 );
-+
+  }
-+
+  torsion[5]{
-+
+    members( 5, 6, 7, 8 );
-+
+  }
-+
+  torsion[6]{
-+
+    members( 6, 7, 8, 9 );
-+
+  }
-+
+  torsion[7]{
-+
+    members( 7, 8, 9, 10 );
-+
+  }
-+
+  torsion[8]{
-+
+    members( 8, 9, 10, 11 );
-+
+  }
-+
+  torsion[9]{
-+
+    members( 9, 10, 11, 12 );
-+
+  }
-+
+  torsion[10]{
-+
+    members( 10, 11, 12, 13 );
-+
+  }
-+
+  torsion[11]{
-+
+    members( 11, 12, 13, 14 );
-+
+  }
-+
+  torsion[12]{
-+
+    members( 12, 13, 14, 15 );
-+
+  }
-+
+  torsion[13]{
-+
+    members( 13, 14, 15, 16 );
-+
+  }
-+
+  torsion[14]{
-+
+    members( 1, 2, 17, 18 );
-+
+  }
-+
+  torsion[15]{
-+
+    members( 2, 17, 18, 19 );
-+
+  }
-+
+  torsion[16]{
-+
+    members( 17, 18, 19, 20 );
-+
+  }
-+
+  torsion[17]{
-+
+    members( 18, 19, 20, 21 );
-+
+  }
-+
+  torsion[18]{
-+
+    members( 19, 20, 21, 22 );
-+
+  }
-+
+  torsion[19]{
-+
+    members( 20, 21, 22, 23 );
-+
+  }
-+
+  torsion[20]{
-+
+    members( 21, 22, 23, 24 );
-+
+  }
-+
+  torsion[21]{
-+
+    members( 22, 23, 24, 25 );
-+
+  }
-+
+  torsion[22]{
-+
+    members( 23, 24, 25, 26 );
-+
+  }
-+
+  torsion[23]{
-+
+    members( 24, 25, 26, 27 );
-+
+  }
-+
+  torsion[24]{
-+
+    members( 25, 26, 27, 28 );
-+
+  }
-+
+  torsion[25]{
-+
+    members( 26, 27, 28, 29 );
-+
+  }
-+
+  torsion[26]{
-+
+    members( 27, 28, 29, 30 );
-+
+  }
-+
-+
+}

Diff Legend

-–
+Removed lines
-+
+Added lines
-<
+Changed lines
->
+Changed lines

Comparing trunk/OOPSE/samples/lipid/lipid.mdl (file contents): Revision 397 by gezelter, Tue Mar 25 01:06:10 2003 UTC vs. Revision 530 by mmeineke, Fri May 9 19:51:30 2003 UTC

Diff Legend

Comparing trunk/OOPSE/samples/lipid/lipid.mdl (file contents):
Revision 397 by gezelter, Tue Mar 25 01:06:10 2003 UTC vs.
Revision 530 by mmeineke, Fri May 9 19:51:30 2003 UTC