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root/group/trunk/OOPSE/utils/sysBuild.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/utils/sysBuild.cpp (file contents):
Revision 502 by mmeineke, Tue Apr 15 21:47:54 2003 UTC vs.
Revision 598 by chuckv, Mon Jul 14 21:35:45 2003 UTC

# Line 1 | Line 1
1 +
2   #include <cstdlib>
3   #include <cstdio>
4   #include <cstring>
# Line 11 | Line 12
12  
13   #include "sysBuild.hpp"
14   #include "bilayerSys.hpp"
15 + #include "nanoBuilder.hpp"
16  
17   // this routine is defined in BASS_interface.cpp
18   extern void set_interface_stamps( MakeStamps* ms, Globals* g );
# Line 18 | Line 20 | extern void set_interface_stamps( MakeStamps* ms, Glob
20  
21   // case asignments
22   #define BILAYER 1
23 + #define NANOPARTICLE 2
24  
22 –
25   char* program_name;
26   bassInfo bsInfo;
27   void usage(void);
# Line 88 | Line 90 | int main( int argc, char* argv[]){
90              simError();
91              usage();
92            }
93 +
94            sysType = BILAYER;
95 +
96 +          i++;
97 +          if( i>=argc ){
98 +            sprintf( painCave.errMsg,
99 +                     "\n"
100 +                     "not enough arguments for bilayer\n");
101 +            painCave.isFatal = 0;
102 +            simError();
103 +            usage();
104 +          }      
105 +          strcpy( bsInfo.lipidName, argv[i] );
106 +          
107 +          i++;
108 +          if( i>=argc ){
109 +            sprintf( painCave.errMsg,
110 +                     "\n"
111 +                     "not enough arguments for bilayer\n");
112 +            painCave.isFatal = 0;
113 +            simError();
114 +            usage();
115 +          }      
116 +          strcpy( bsInfo.waterName, argv[i] );
117 +
118 +        }
119 +
120 +        else{
121 +          sprintf( painCave.errMsg,
122 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argv[i] );
123 +          painCave.isFatal = 0;
124 +          simError();
125 +          usage();
126 +        }
127 +      }
128 +      else if( !strcmp( argv[i], "--nanoparticle" ) ){
129 +        if( sysType > 0 ){
130 +            sprintf( painCave.errMsg,
131 +                     "You cannot specify more than one system to build.\n" );
132 +            painCave.isFatal = 0;
133 +            simError();
134 +            usage();
135 +          }
136 +
137 +          sysType = NANOPARTICLE;
138 +
139 +          i++;
140 +          if( i>=argc ){
141 +            sprintf( painCave.errMsg,
142 +                     "\n"
143 +                     "not enough arguments for nanoparticle\n");
144 +            painCave.isFatal = 0;
145 +            simError();
146 +            usage();
147 +          }      
148 +          strcpy( bsInfo.coreName, argv[i] );
149 +          
150 +          i++;
151 +          if( i>=argc ){
152 +            sprintf( painCave.errMsg,
153 +                     "\n"
154 +                     "not enough arguments for nanoparticle\n");
155 +            painCave.isFatal = 0;
156 +            simError();
157 +            usage();
158 +          }      
159 +          strcpy( bsInfo.shellName, argv[i] );
160 +
161          }
162  
163          else{
# Line 417 | Line 486 | int main( int argc, char* argv[]){
486    case BILAYER:
487      
488      buildBilayer( isRandom );
489 +    break;
490 +
491 +  case NANO:
492 +
493 +
494      break;
495  
496    default:
# Line 424 | Line 498 | int main( int argc, char* argv[]){
498               "Unknown system type: %d\n", sysType );
499      painCave.isFatal = 1;
500      simError();
501 +
502    }
503    
504  
# Line 470 | Line 545 | void usage(){
545                  "\n"
546                  "  long:\n"
547                  "  -----\n"
548 <                "   --bilayer       Tries to build a basic bilayer with the specified number\n"
549 <                "                     of lipids in the input bass file. The bilayer will be\n"
550 <                "                     surrounded by the number of solvent molecules given\n"
551 <                "                     in the bass file.\n"
552 <                "                      -note: combined with \"-r\" the simulation will start in\n"
553 <                "                             an FCC lattice with randomly assigned latice\n"
479 <                "                             sites for all atoms involved.\n"
548 >                "   --bilayer <lipid> <water>  Tries to build a basic bilayer with the specified number\n"
549 >                "                              of lipids in the input bass file. The bilayer will be\n"
550 >                "                              surrounded by the number of solvent molecules given\n"
551 >                "                              in the bass file.\n"
552 >                "                                -note: combined with \"-r\" the simulation will start\n"
553 >                "                                 the lipids randomly oriented in a sea of waters.\n"
554                  "\n"
555                  "\n",
556                  program_name);

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines