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root/group/trunk/OOPSE/utils/sysBuild.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE/utils/sysBuild.cpp (file contents):
Revision 501 by mmeineke, Tue Apr 15 21:20:35 2003 UTC vs.
Revision 598 by chuckv, Mon Jul 14 21:35:45 2003 UTC

# Line 1 | Line 1
1 +
2   #include <cstdlib>
3   #include <cstdio>
4   #include <cstring>
# Line 11 | Line 12
12  
13   #include "sysBuild.hpp"
14   #include "bilayerSys.hpp"
15 + #include "nanoBuilder.hpp"
16  
17   // this routine is defined in BASS_interface.cpp
18   extern void set_interface_stamps( MakeStamps* ms, Globals* g );
# Line 18 | Line 20 | extern void set_interface_stamps( MakeStamps* ms, Glob
20  
21   // case asignments
22   #define BILAYER 1
23 + #define NANOPARTICLE 2
24  
22 –
25   char* program_name;
26   bassInfo bsInfo;
27   void usage(void);
# Line 41 | Line 43 | int main( int argc, char* argv[]){
43  
44    MakeStamps* the_stamps = NULL;
45    Globals* the_globals = NULL;
46 <  MoleculeStamp** the_components = NULL;
46 >  Component** the_components = NULL;
47    LinkedMolStamp* headStamp = NULL;
48    LinkedMolStamp* currStamp;
49  
48 –  if(
49 –  
50    // initialize all functions and variables
51  
52    initSimError();
# Line 61 | Line 61 | int main( int argc, char* argv[]){
61    bsInfo.componentsNmol = NULL;
62    bsInfo.compStamps = NULL;
63    bsInfo.havePressure = 0;
64 <  bsInfo.haveTauBarrostat = 0;
64 >  bsInfo.haveTauBarostat = 0;
65    bsInfo.haveTauThermostat = 0;
66    bsInfo.haveQmass = 0;
67  
# Line 90 | Line 90 | int main( int argc, char* argv[]){
90              simError();
91              usage();
92            }
93 +
94            sysType = BILAYER;
95 +
96 +          i++;
97 +          if( i>=argc ){
98 +            sprintf( painCave.errMsg,
99 +                     "\n"
100 +                     "not enough arguments for bilayer\n");
101 +            painCave.isFatal = 0;
102 +            simError();
103 +            usage();
104 +          }      
105 +          strcpy( bsInfo.lipidName, argv[i] );
106 +          
107 +          i++;
108 +          if( i>=argc ){
109 +            sprintf( painCave.errMsg,
110 +                     "\n"
111 +                     "not enough arguments for bilayer\n");
112 +            painCave.isFatal = 0;
113 +            simError();
114 +            usage();
115 +          }      
116 +          strcpy( bsInfo.waterName, argv[i] );
117 +
118 +        }
119 +
120 +        else{
121 +          sprintf( painCave.errMsg,
122 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argv[i] );
123 +          painCave.isFatal = 0;
124 +          simError();
125 +          usage();
126 +        }
127 +      }
128 +      else if( !strcmp( argv[i], "--nanoparticle" ) ){
129 +        if( sysType > 0 ){
130 +            sprintf( painCave.errMsg,
131 +                     "You cannot specify more than one system to build.\n" );
132 +            painCave.isFatal = 0;
133 +            simError();
134 +            usage();
135 +          }
136 +
137 +          sysType = NANOPARTICLE;
138 +
139 +          i++;
140 +          if( i>=argc ){
141 +            sprintf( painCave.errMsg,
142 +                     "\n"
143 +                     "not enough arguments for nanoparticle\n");
144 +            painCave.isFatal = 0;
145 +            simError();
146 +            usage();
147 +          }      
148 +          strcpy( bsInfo.coreName, argv[i] );
149 +          
150 +          i++;
151 +          if( i>=argc ){
152 +            sprintf( painCave.errMsg,
153 +                     "\n"
154 +                     "not enough arguments for nanoparticle\n");
155 +            painCave.isFatal = 0;
156 +            simError();
157 +            usage();
158 +          }      
159 +          strcpy( bsInfo.shellName, argv[i] );
160 +
161          }
162  
163          else{
# Line 129 | Line 196 | int main( int argc, char* argv[]){
196              if( headInc == NULL ){
197                headInc = new includeLinked;
198                headInc->next = NULL;
199 <              strcopy( headInc->name, argv[i] );
199 >              strcpy( headInc->name, argv[i] );
200              }
201              else{
202                prevInc = headInc;
203                currInc = headInc->next;
204                while( currInc != NULL ){
205                  prevInc = currInc;
206 <                currInc = previnc->next;
206 >                currInc = prevInc->next;
207                }
208                currInc = new includeLinked;
209                currInc->next = NULL;
210 <              strcopy( currInc->name, argv[i] );
210 >              strcpy( currInc->name, argv[i] );
211                prevInc->next = currInc;
212              }
213              
# Line 221 | Line 288 | int main( int argc, char* argv[]){
288    // open and parse the bass file.
289  
290    set_interface_stamps( the_stamps, the_globals );
291 <  yacc_BASS( info.in_name );  
291 >  yacc_BASS( in_name );  
292  
293    // set the easy ones first
294    bsInfo.targetTemp = the_globals->getTargetTemp();
# Line 254 | Line 321 | int main( int argc, char* argv[]){
321        bsInfo.haveTauThermostat = 1;;
322      }
323      else if (the_globals->haveQmass()){
324 <      bsinfo.Qmass = the_globals->getQmass();
324 >      bsInfo.Qmass = the_globals->getQmass();
325        bsInfo.haveQmass = 1;
326      }
327      else {
# Line 308 | Line 375 | int main( int argc, char* argv[]){
375      sprintf( painCave.errMsg,
376               "sysBuild Warning. Unrecognized Ensemble -> %s, "
377               "reverting to NVE for this simulation.\n",
378 <             ensemble );
378 >             bsInfo.ensemble );
379      painCave.isFatal = 0;
380      simError();
381      strcpy( bsInfo.ensemble, "NVE" );
# Line 371 | Line 438 | int main( int argc, char* argv[]){
438    if( the_globals->haveBox() ){
439      bsInfo.boxX = the_globals->getBox();
440      bsInfo.boxY = the_globals->getBox();
441 <    bsinfo.boxZ = the_globals->getBox();
441 >    bsInfo.boxZ = the_globals->getBox();
442    }
443    else if( the_globals->haveDensity() ){
444  
445      double vol;
446 <    vol = (double)tot_nmol / the_globals->getDensity();
446 >    vol = (double)bsInfo.totNmol / the_globals->getDensity();
447      bsInfo.boxX = pow( vol, ( 1.0 / 3.0 ) );
448 <    bsInfo.boxY = simnfo->box_x;
449 <    bsInfo.boxZ = simnfo->box_x;
448 >    bsInfo.boxY = bsInfo.boxX;
449 >    bsInfo.boxZ = bsInfo.boxY;
450    }
451    else{
452      if( !the_globals->haveBoxX() ){
# Line 421 | Line 488 | int main( int argc, char* argv[]){
488      buildBilayer( isRandom );
489      break;
490  
491 +  case NANO:
492 +
493 +
494 +    break;
495 +
496    default:
497      sprintf( painCave.errMsg,
498               "Unknown system type: %d\n", sysType );
499      painCave.isFatal = 1;
500      simError();
501 +
502    }
503    
504  
# Line 472 | Line 545 | void usage(){
545                  "\n"
546                  "  long:\n"
547                  "  -----\n"
548 <                "   --bilayer       Tries to build a basic bilayer with the specified number\n"
549 <                "                     of lipids in the input bass file. The bilayer will be\n"
550 <                "                     surrounded by the number of solvent molecules given\n"
551 <                "                     in the bass file.\n"
552 <                "                      -note: combined with \"-r\" the simulation will start in\n"
553 <                "                             an FCC lattice with randomly assigned latice\n"
481 <                "                             sites for all atoms involved.\n"
548 >                "   --bilayer <lipid> <water>  Tries to build a basic bilayer with the specified number\n"
549 >                "                              of lipids in the input bass file. The bilayer will be\n"
550 >                "                              surrounded by the number of solvent molecules given\n"
551 >                "                              in the bass file.\n"
552 >                "                                -note: combined with \"-r\" the simulation will start\n"
553 >                "                                 the lipids randomly oriented in a sea of waters.\n"
554                  "\n"
555                  "\n",
556                  program_name);

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines