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root/group/trunk/OOPSE_old/src/mdtools/libmdCode/TraPPE_ExFF.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE_old/src/mdtools/libmdCode/TraPPE_ExFF.cpp (file contents):
Revision 291 by mmeineke, Wed Mar 5 20:35:54 2003 UTC vs.
Revision 311 by mmeineke, Tue Mar 11 16:27:34 2003 UTC

# Line 9 | Line 9 | using namespace std;
9   #include "SRI.hpp"
10   #include "simError.h"
11  
12 + #include <fortranWrappers.hpp>
13 +
14   #ifdef IS_MPI
15   #include "mpiForceField.h"
16   #endif // is_mpi
# Line 84 | Line 86 | namespace TPE {  // restrict the access of the folowin
86  
87   } // namespace
88  
87 –
88 – // declaration of functions needed to wrap the fortran module
89 –
90 – extern "C" {
91 –
92 –  void forcefactory_( char* forceName,
93 –                      int* status,
94 –                      void (*wrapFunction)( void (*p1)( int* ident,
95 –                                                        double* mass,
96 –                                                        double* epslon,
97 –                                                        double* sigma,
98 –                                                        int* isDipole,
99 –                                                        int* isSSd,
100 –                                                        double* dipole,
101 –                                                        double* w0,
102 –                                                        double* v0,
103 –                                                        int* status ),
104 –                                            void (*p2)( int *nLocal,
105 –                                                        int *identArray,
106 –                                                        int *isError ),
107 –                                            void (*p3)( double* positionArray,
108 –                                                        double* forceArray,
109 –                                                        double* potentialEnergy,
110 –                                                        double* tau,
111 –                                                        short int* doPotentialCalc,
112 –                                                        int* isError)),
113 –                      int forceNameLength );
114 – }
115 –
116 –
117 – void TPEfunctionWrapper( void (*p1)( int* ident, double* mass, double* epslon,
118 –                                     double* sigma, int* isDipole, int* isSSD,
119 –                                     double* dipole, double* w0, double* v0,
120 –                                     int* status ),
121 –                         void (*p2)( int *nLocal, int *identArray, int *isError ),
122 –                         void (*p3)( double* positionArray,double* forceArray,
123 –                                     double* potentialEnergy, double* tau,
124 –                                     short int* doPotentialCalc, int* isError ) );
125 –
126 – void (*newTPEtype)( int* ident, double* mass, double* epslon, double* sigma,
127 –                    int* isDipole, int* isSSD, double* dipole, double* w0,
128 –                    double* v0, int* status );
129 –
130 – void (*initTPEfortran) ( int *nLocal, int *identArray, int *isError );
131 –
132 – TraPPE_ExFF* currentTPEwrap;
133 –
89   using namespace TPE;
90  
91  
# Line 148 | Line 103 | TraPPE_ExFF::TraPPE_ExFF(){
103    char errMsg[1000];
104  
105    // do the funtion wrapping
106 <  currentTPEwrap = this;
152 <  wrapMe();
106 >  wrapMeFF( this );
107  
108  
109   #ifdef IS_MPI
# Line 315 | Line 269 | TraPPE_ExFF::~TraPPE_ExFF(){
269   #endif // is_mpi
270   }
271  
272 + void TraPPE_ExFF::doForces( int calcPot ){
273  
274 < void TraPPE_ExFF::wrapMe( void ){
275 <  
276 <  char* currentFF = "TraPPE_Ex";
277 <  int isError = 0;
278 <  
324 <  forcefactory_( currentFF, &isError, TPEfunctionWrapper, strlen(currentFF) );
274 >  int i, isError;
275 >  double* frc;
276 >  double* pos;
277 >  double* tau;
278 >  short int passedCalcPot = (short int)calcPot;
279  
280 +  // forces are zeroed here, before any are acumulated.
281 +  // NOTE: do not rezero the forces in Fortran.
282 +
283 +  for(i=0; i<entry_plug->n_atoms; i++){
284 +    entry_plug->atoms[i]->zeroForces();
285 +  }
286 +
287 +  frc = Atom::getFrcArray();
288 +  pos = Atom::getPosArray();
289 +  tau = entry_plug->tau;
290 +
291 +  isError = 0;
292 +  fortranForceLoop( pos, frc, &(entry_plug->lrPot), tau,
293 +                    &passedCalcPot, &isError );
294 +
295 +
296    if( isError ){
327 –    
297      sprintf( painCave.errMsg,
298 <             "TraPPE_ExFF error: an error was returned from fortran when the "
330 <             "the functions were being wrapped.\n" );
298 >             "Error returned from the fortran force calculation.\n" );
299      painCave.isFatal = 1;
300      simError();
301    }
302  
303   #ifdef IS_MPI
304 <  sprintf( checkPointMsg, "TraPPE_ExFF functions succesfully wrapped." );
304 >  sprintf( checkPointMsg,
305 >           "successfully returned from the force calculation.\n" );
306    MPIcheckPoint();
307   #endif // is_mpi
308 +
309   }
310    
311 <
342 < void TPEfunctionWrapper( void (*p1)( int* ident, double* mass, double* epslon,
343 <                                     double* sigma, int* isDipole,
344 <                                     int* isSSD, double* dipole, double* w0,
345 <                                     double* v0, int* isError ),
346 <                         void (*p2)( int*, int*, int* ),
347 <                         void (*p3)( double*,double*,double*,double*,
348 <                                     short int*, int* ) ){
311 > void TraPPE_ExFF::initFortran( void ){
312    
313 <  
314 <  newTPEtype = p1;
315 <  initTPEfortran = p2;
316 <  currentTPEwrap->setTPEfortran( p3 );
313 >  int nLocal = entry_plug->n_atoms;
314 >  int *ident;
315 >  int isError;
316 >  int i;
317 >
318 >  ident = new int[nLocal];
319 >
320 >  for(i=0; i<nLocal; i++){
321 >    ident[i] = entry_plug->atoms[i]->getIdent();
322 >  }
323 >
324 >  isError = 0;
325 >  initfortran( &nLocal, ident, &isError );
326 >  
327 >  if(isError){
328 >    sprintf( painCave.errMsg,
329 >             "TraPPE_ExFF error: There was an error initializing the component list in fortran.\n" );
330 >    painCave.isFatal = 1;
331 >    simError();
332 >  }
333 >
334 >  
335 > #ifdef IS_MPI
336 >  sprintf( checkPointMsg, "TraPPE_ExFF successfully initialized the fortran component list.\n" );
337 >  MPIcheckPoint();
338 > #endif // is_mpi
339 >  
340 >  delete[] ident;
341 >
342   }
343  
344  
345  
346 +
347   void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
348    
349    class LinkedType {
# Line 580 | Line 569 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
569    // call new A_types in fortran
570    
571    int isError;
572 +  
573 +  // dummy variables
574 +  
575 +  int isGB = 0;
576 +  int isLJ = 1;
577 +  
578 +  
579    currentAtomType = headAtomType;
580    while( currentAtomType != NULL ){
581      
# Line 589 | Line 585 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
585                        &(currentAtomType->mass),
586                        &(currentAtomType->epslon),
587                        &(currentAtomType->sigma),
588 <                      &(currentAtomType->isDipole),
588 >                      &isLJ,
589                        &(currentAtomType->isSSD),
590 <                      &(currentAtomType->dipole),
590 >                      &(currentAtomType->isDipole),
591 >                      &isGB,
592                        &(currentAtomType->w0),
593                        &(currentAtomType->v0),
594 +                      &(currentAtomType->dipole),
595                        &isError );
596        if( isError ){
597          sprintf( painCave.errMsg,
# Line 715 | Line 713 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
713    MPIcheckPoint();
714   #endif // is_mpi
715  
716 +  initFortran();
717 +  entry_plug->refreshSim();
718 +
719   }
720  
721   void TraPPE_ExFF::initializeBonds( bond_pair* the_bonds ){
# Line 1008 | Line 1009 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1009                   // if things go well, last will be set to 0
1010  
1011    QuadraticBend* qBend;
1012 +  GhostBend* gBend;
1013    SRI **the_sris;
1014    Atom** the_atoms;
1015    int nBends;
# Line 1108 | Line 1110 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1110  
1111      atomA = the_atoms[a]->getType();
1112      atomB = the_atoms[b]->getType();
1113 <    atomC = the_atoms[c]->getType();
1113 >
1114 >    if( the_bends[i].isGhost ) atomC = "GHOST";
1115 >    else atomC = the_atoms[c]->getType();
1116 >
1117      currentBendType = headBendType->find( atomA, atomB, atomC );
1118      if( currentBendType == NULL ){
1119        sprintf( painCave.errMsg, "BendType error, %s - %s - %s not found"
# Line 1121 | Line 1126 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1126      if( !strcmp( currentBendType->type, "quadratic" ) ){
1127        
1128        index = i + entry_plug->n_bonds;
1129 <      qBend = new QuadraticBend( *the_atoms[a],
1130 <                                 *the_atoms[b],
1131 <                                 *the_atoms[c] );
1132 <      qBend->setConstants( currentBendType->k1,
1133 <                           currentBendType->k2,
1134 <                           currentBendType->k3,
1135 <                           currentBendType->t0 );
1136 <      the_sris[index] = qBend;
1129 >      
1130 >      if( the_bends[i].isGhost){
1131 >        
1132 >        if( the_bends[i].ghost == b ){
1133 >          // do nothing
1134 >        }
1135 >        else if( the_bends[i].ghost == a ){
1136 >          c = a;
1137 >          a = b;
1138 >          b = a;
1139 >        }
1140 >        else{
1141 >          sprintf( painCave.errMsg,
1142 >                   "BendType error, %s - %s - %s,\n"
1143 >                   "  --> central atom is not "
1144 >                   "correctly identified with the "
1145 >                   "\"ghostVectorSource = \" tag.\n",
1146 >                   atomA, atomB, atomC );
1147 >          painCave.isFatal = 1;
1148 >          simError();
1149 >        }
1150 >        
1151 >        gBend = new GhostBend( *the_atoms[a],
1152 >                               *the_atoms[b] );                        
1153 >        gBend->setConstants( currentBendType->k1,
1154 >                             currentBendType->k2,
1155 >                             currentBendType->k3,
1156 >                             currentBendType->t0 );
1157 >        the_sris[index] = gBend;
1158 >      }
1159 >      else{
1160 >        qBend = new QuadraticBend( *the_atoms[a],
1161 >                                   *the_atoms[b],
1162 >                                   *the_atoms[c] );
1163 >        qBend->setConstants( currentBendType->k1,
1164 >                             currentBendType->k2,
1165 >                             currentBendType->k3,
1166 >                             currentBendType->t0 );
1167 >        the_sris[index] = qBend;
1168 >      }
1169      }
1170    }
1171  

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