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root/group/trunk/OOPSE_old/src/mdtools/libmdCode/TraPPE_ExFF.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/OOPSE_old/src/mdtools/libmdCode/TraPPE_ExFF.cpp (file contents):
Revision 294 by mmeineke, Thu Mar 6 17:04:09 2003 UTC vs.
Revision 321 by mmeineke, Wed Mar 12 15:12:24 2003 UTC

# Line 217 | Line 217 | TraPPE_ExFF::TraPPE_ExFF(){
217        
218        ffPath = getenv( ffPath_env );
219        if( ffPath == NULL ) {
220 <        sprintf( painCave.errMsg,
221 <                 "Error opening the force field parameter file: %s\n"
222 <                 "Have you tried setting the FORCE_PARAM_PATH environment "
223 <                 "vairable?\n",
224 <                 fileName );
225 <        painCave.isFatal = 1;
226 <        simError();
220 >        STR_DEFINE(ffPath, FRC_PATH );
221        }
222        
223        
# Line 264 | Line 258 | TraPPE_ExFF::~TraPPE_ExFF(){
258      
259      fclose( frcFile );
260      
261 + #ifdef IS_MPI
262 +  }
263 + #endif // is_mpi
264 + }
265 +
266 + void TraPPE_ExFF::doForces( int calcPot ){
267 +
268 +  int i, isError;
269 +  double* frc;
270 +  double* pos;
271 +  double* tau;
272 +  short int passedCalcPot = (short int)calcPot;
273 +
274 +  // forces are zeroed here, before any are acumulated.
275 +  // NOTE: do not rezero the forces in Fortran.
276 +
277 +  for(i=0; i<entry_plug->n_atoms; i++){
278 +    entry_plug->atoms[i]->zeroForces();
279 +  }
280 +
281 +  frc = Atom::getFrcArray();
282 +  pos = Atom::getPosArray();
283 +  tau = entry_plug->tau;
284 +
285 +  isError = 0;
286 +  fortranForceLoop( pos, frc, &(entry_plug->lrPot), tau,
287 +                    &passedCalcPot, &isError );
288 +
289 +
290 +  if( isError ){
291 +    sprintf( painCave.errMsg,
292 +             "Error returned from the fortran force calculation.\n" );
293 +    painCave.isFatal = 1;
294 +    simError();
295 +  }
296 +
297   #ifdef IS_MPI
298 +  sprintf( checkPointMsg,
299 +           "successfully returned from the force calculation.\n" );
300 +  MPIcheckPoint();
301 + #endif // is_mpi
302 +
303 + }
304 +  
305 + void TraPPE_ExFF::initFortran( void ){
306 +  
307 +  int nLocal = entry_plug->n_atoms;
308 +  int *ident;
309 +  int isError;
310 +  int i;
311 +
312 +  ident = new int[nLocal];
313 +
314 +  for(i=0; i<nLocal; i++){
315 +    ident[i] = entry_plug->atoms[i]->getIdent();
316    }
317 +
318 +  isError = 0;
319 +  initfortran( &nLocal, ident, &isError );
320 +  
321 +  if(isError){
322 +    sprintf( painCave.errMsg,
323 +             "TraPPE_ExFF error: There was an error initializing the component list in fortran.\n" );
324 +    painCave.isFatal = 1;
325 +    simError();
326 +  }
327 +
328 +  
329 + #ifdef IS_MPI
330 +  sprintf( checkPointMsg, "TraPPE_ExFF successfully initialized the fortran component list.\n" );
331 +  MPIcheckPoint();
332   #endif // is_mpi
333 +  
334 +  delete[] ident;
335 +
336   }
337  
338  
339 +
340 +
341   void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
342    
343    class LinkedType {
# Line 495 | Line 563 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
563    // call new A_types in fortran
564    
565    int isError;
566 +  
567 +  // dummy variables
568 +  
569 +  int isGB = 0;
570 +  int isLJ = 1;
571 +  
572 +  
573    currentAtomType = headAtomType;
574    while( currentAtomType != NULL ){
575      
# Line 504 | Line 579 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
579                        &(currentAtomType->mass),
580                        &(currentAtomType->epslon),
581                        &(currentAtomType->sigma),
582 <                      &(currentAtomType->isDipole),
582 >                      &isLJ,
583                        &(currentAtomType->isSSD),
584 <                      &(currentAtomType->dipole),
584 >                      &(currentAtomType->isDipole),
585 >                      &isGB,
586                        &(currentAtomType->w0),
587                        &(currentAtomType->v0),
588 +                      &(currentAtomType->dipole),
589                        &isError );
590        if( isError ){
591          sprintf( painCave.errMsg,
# Line 630 | Line 707 | void TraPPE_ExFF::initializeAtoms( void ){
707    MPIcheckPoint();
708   #endif // is_mpi
709  
710 +  initFortran();
711 +  entry_plug->refreshSim();
712 +
713   }
714  
715   void TraPPE_ExFF::initializeBonds( bond_pair* the_bonds ){
# Line 923 | Line 1003 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1003                   // if things go well, last will be set to 0
1004  
1005    QuadraticBend* qBend;
1006 +  GhostBend* gBend;
1007    SRI **the_sris;
1008    Atom** the_atoms;
1009    int nBends;
# Line 1023 | Line 1104 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1104  
1105      atomA = the_atoms[a]->getType();
1106      atomB = the_atoms[b]->getType();
1107 <    atomC = the_atoms[c]->getType();
1107 >
1108 >    if( the_bends[i].isGhost ) atomC = "GHOST";
1109 >    else atomC = the_atoms[c]->getType();
1110 >
1111      currentBendType = headBendType->find( atomA, atomB, atomC );
1112      if( currentBendType == NULL ){
1113        sprintf( painCave.errMsg, "BendType error, %s - %s - %s not found"
# Line 1036 | Line 1120 | void TraPPE_ExFF::initializeBends( bend_set* the_bends
1120      if( !strcmp( currentBendType->type, "quadratic" ) ){
1121        
1122        index = i + entry_plug->n_bonds;
1123 <      qBend = new QuadraticBend( *the_atoms[a],
1124 <                                 *the_atoms[b],
1125 <                                 *the_atoms[c] );
1126 <      qBend->setConstants( currentBendType->k1,
1127 <                           currentBendType->k2,
1128 <                           currentBendType->k3,
1129 <                           currentBendType->t0 );
1130 <      the_sris[index] = qBend;
1123 >      
1124 >      if( the_bends[i].isGhost){
1125 >        
1126 >        if( the_bends[i].ghost == b ){
1127 >          // do nothing
1128 >        }
1129 >        else if( the_bends[i].ghost == a ){
1130 >          c = a;
1131 >          a = b;
1132 >          b = a;
1133 >        }
1134 >        else{
1135 >          sprintf( painCave.errMsg,
1136 >                   "BendType error, %s - %s - %s,\n"
1137 >                   "  --> central atom is not "
1138 >                   "correctly identified with the "
1139 >                   "\"ghostVectorSource = \" tag.\n",
1140 >                   atomA, atomB, atomC );
1141 >          painCave.isFatal = 1;
1142 >          simError();
1143 >        }
1144 >        
1145 >        gBend = new GhostBend( *the_atoms[a],
1146 >                               *the_atoms[b] );                        
1147 >        gBend->setConstants( currentBendType->k1,
1148 >                             currentBendType->k2,
1149 >                             currentBendType->k3,
1150 >                             currentBendType->t0 );
1151 >        the_sris[index] = gBend;
1152 >      }
1153 >      else{
1154 >        qBend = new QuadraticBend( *the_atoms[a],
1155 >                                   *the_atoms[b],
1156 >                                   *the_atoms[c] );
1157 >        qBend->setConstants( currentBendType->k1,
1158 >                             currentBendType->k2,
1159 >                             currentBendType->k3,
1160 >                             currentBendType->t0 );
1161 >        the_sris[index] = qBend;
1162 >      }
1163      }
1164    }
1165  

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