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root/group/trunk/madProps/madProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/madProps/madProps.c (file contents):
Revision 39 by mmeineke, Fri Jul 19 01:37:38 2002 UTC vs.
Revision 43 by mmeineke, Fri Jul 19 19:05:59 2002 UTC

# Line 3 | Line 3
3   #include <string.h>
4   #include <math.h>
5  
6 +
7 + #include "madProps.h"
8   #include "frameCount.h"
9  
8 – struct coords{
9 –  double x;
10 –  double y;
11 –  double z;
12 –  char name[30];
13 – };
14 –
15 –
16 – struct xyz_frame{
17 –  int nAtoms;
18 –  double time;
19 –  double boxX, boxY, boxZ;
20 –  struct coords *r;
21 – };
22 –
10   char *program_name; /*the name of the program */
11  
12   void usage(void);
# Line 40 | Line 27 | int main(argc, argv)
27    char *foo; /*the pointer to the current string token */
28    FILE *in_file; /* the input file */
29    char *in_name = NULL; /*the name of the input file */
30 +  char *out_prefix; // the output prefix
31 +  char current_flag; // used in parseing the flags
32  
33  
34 +
35 +  int done = 0; // multipurpose boolean
36 +  int have_prefix = 0; // prefix boolean
37 +  int calcRMSD = 0;
38 +
39 +  int calcGofR = 0;
40 +  char gofR1[30];
41 +  char gofR2[30];
42 +
43 +  int calcMuCorr = 0;
44 +  char muCorr[30];
45 +
46 +  int calcCosCorr = 0;
47 +  char cosCorr1[30];
48 +  char cosCorr2[30];
49 +
50 +
51 +
52    program_name = argv[0]; /*save the program name in case we need it*/
53    
54 <  for( i = 0; i < argc; i++){
54 >  for( i = 1; i < argc; i++){
55      
56      if(argv[i][0] =='-'){
57 +
58 +      // parse the option
59        
60 <      /* argv[i][1] is the actual option character */
60 >      if(argv[i][1] == '-' ){
61 >
62 >        // parse long word options
63 >        
64 >        if( !strcmp( argv[i], "--GofR" ) ){
65 >          calcGofR = 1;
66 >          i++;
67 >          strcpy( gofR1, argv[i] );
68 >          i++;
69 >          strcpy( gofR2, argv[i] );
70 >        }
71 >
72 >        else if( !strcmp( argv[i], "--MuCorr") ){
73 >          calcMuCorr = 1;
74 >          i++;
75 >          strcpy( muCorr, argv[i] );
76 >        }
77 >        
78 >        else if( !strcmp( argv[i], "--CosCorr" ) ){
79 >          calcCosCorr = 1;
80 >          i++;
81 >          strcpy( cosCorr1, argv[i] );
82 >          i++;
83 >          strcpy( cosCorr2, argv[i] );
84 >        }
85 >
86 >        else{
87 >          fprintf( stderr,
88 >                   "Invalid option \"%s\"\n", argv[i] );
89 >          usage();
90 >        }
91 >      }
92        
93 <      switch(argv[i][1]){
93 >      else{
94          
95 <        /* -f <name> => the xyz input file
96 <         *     [i+1] actually starts the name
97 <         */
95 >        // parse single character options
96 >        
97 >        done =0;
98 >        j = 1;
99 >        current_flag = argv[i][j];
100 >        while( (current_flag != '\0') && (!done) ){
101 >          
102 >          switch(current_flag){
103  
104 <      case 'f':
105 <        in_name = argv[i+1];
61 <        break;
104 >          case 'o':
105 >            // -o <prefix> => the output prefix.
106  
107 <      default:
108 <        (void)fprintf(stderr, "Bad option %s\n", argv[i]);
107 >            i++;
108 >            out_prefix = argv[i];
109 >            have_prefix = 1;
110 >            done = 1;
111 >            break;
112 >
113 >          case 'h':
114 >            // -h => give the usage
115 >            
116 >            usage();
117 >            break;
118 >        
119 >          case 'r':
120 >            // calculates the rmsd
121 >
122 >            calcRMSD = 1;
123 >            break;
124 >
125 >          case 'g':
126 >            // calculate all to all g(r)
127 >
128 >            calcGofR = 1;
129 >            strcpy( gofR1, "all" );
130 >            strcpy( gofR2, "all" );
131 >            break;
132 >
133 >          default:
134 >
135 >            fprintf( stderr, "about to print bad option\n" );
136 >
137 >            (void)fprintf(stderr, "Bad option \"-%s\"\n", current_flag);
138 >            usage();
139 >          }
140 >          j++;
141 >          current_flag = argv[i][j];
142 >        }
143 >      }
144 >    }
145 >
146 >    else{
147 >      
148 >      if( in_name != NULL ){
149 >        fprintf( stderr,
150 >                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
151 >                 "more than one input file.\n"
152 >                 "\n",
153 >                 argv[i]);
154          usage();
155        }
156 +
157 +      in_name = argv[i];
158      }
159    }
160  
161    if(in_name == NULL){
162      usage();
163    }
164 +
165 +  if( !have_prefix ) out_prefix = in_name;
166    
167    printf( "Counting number of frames..." );
168    fflush( stdout );
# Line 111 | Line 204 | int main(argc, argv)
204      dumpArray[j].r =
205        (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
206  
207 +    if( calcMuCorr || calcCosCorr ){
208 +          dumpArray[j].v =
209 +            (struct vect *)calloc(n_atoms, sizeof(struct vect));
210 +    }
211 +
212      //read the time and the box sizes
213  
214      fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
# Line 187 | Line 285 | int main(argc, argv)
285        }
286        
287        dumpArray[j].r[i].z = atof( foo );
288 <            
288 >
289 >      if( calcCosCorr || calcMuCorr ){
290 >        
291 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
292 >        if(foo == NULL){
293 >                  
294 >          dumpArray[j].v[i].x = 0.0;
295 >          dumpArray[j].v[i].y = 0.0;
296 >          dumpArray[j].v[i].z = 0.0;
297 >        }
298 >        else{
299 >
300 >          dumpArray[j].v[i].x = atof( foo );
301 >          
302 >          foo = strtok(NULL, " ,;\t");
303 >          if(foo == NULL){
304 >            printf("error in reading vector y at line %d\n", lineNum);
305 >            exit(8);
306 >          }
307 >          
308 >          dumpArray[j].v[i].y = atof( foo );
309 >          
310 >          foo = strtok(NULL, " ,;\t");
311 >          if(foo == NULL){
312 >            printf("error in reading vector z at line %d\n", lineNum);
313 >            exit(8);
314 >          }
315 >          
316 >          dumpArray[j].v[i].z = atof( foo );
317 >        }
318 >      }
319 >      
320      }
321    }
322    
# Line 201 | Line 330 | int main(argc, argv)
330  
331    // do calculations here.
332  
333 +  if( calcGofR ){
334 +    
335 +    fprintf( stdout,
336 +             "Calculating the g(r) between atoms \"%s\" and \"%s\"...",
337 +             gofR1, gofR2 );
338 +    fflush( stdout );
339 +    
340 +    // gofr call
341 +    GofR( out_prefix, gofR1, gofR2, dumpArray, nFrames );
342 +    
343 +    fprintf( stdout,
344 +             " done.\n"
345 +             "\n");
346 +    fflush(stdout);
347 +  }
348  
349 <  
349 >  if( calcRMSD ){
350 >    
351 >    fprintf( stdout,
352 >             "Calculating the RMSD..." );
353 >    fflush( stdout );
354 >    
355 >    // RMSD call
356  
357 +    
358 +    fprintf( stdout,
359 +             " done.\n"
360 +             "\n");
361 +    fflush(stdout);
362 +  }
363  
364 +  if( calcMuCorr ){
365 +    
366 +    fprintf( stdout,
367 +             "Calculating the mu correlation for \"%s\"...",
368 +             muCorr);
369 +    fflush( stdout );
370 +    
371 +    // muCorr call
372  
373 +    
374 +    fprintf( stdout,
375 +             " done.\n"
376 +             "\n");
377 +    fflush(stdout);
378 +  }
379 +
380 +  if( calcCosCorr ){
381 +    
382 +    fprintf( stdout,
383 +             "Calculating the cos correlation between \"%s\" and \"%s\"...",
384 +             cosCorr1, cosCorr2 );
385 +    fflush( stdout );
386 +    
387 +    // cosCorr call
388 +
389 +    
390 +    fprintf( stdout,
391 +             " done.\n"
392 +             "\n");
393 +    fflush(stdout);
394 +  }
395    
396 +  
397    return 0;
398    
399   }
# Line 218 | Line 405 | void usage(){
405   ***************************************************************************/
406  
407   void usage(){
408 <  (void)fprintf(stderr,
409 <                "The proper usage is: %s [options] -f <xyz_file>\n\n"
410 <                "Options:\n",
408 >  (void)fprintf(stdout,
409 >                "The proper usage is: %s [options] <xyz_file>\n"
410 >                "\n"
411 >                "Options:\n"
412 >                "\n"
413 >                "   short:\n"
414 >                "   ------\n"
415 >                "   -h              Display this message\n"
416 >                "   -o <prefix>     The output prefix\n"
417 >                "   -r              Calculate the RMSD\n"
418 >                "   -g              Calculate all to all g(r)\n"
419 >                
420 >                "\n"
421 >                "   long:\n"
422 >                "   -----\n"
423 >                "   --GofR <atom1> <atom2>    Calculates g(r) between atom1 and atom 2\n"
424 >                "                               -note: \"all\" will do all atoms\n"
425 >                "   --MuCorr <atom>           Calculate mu correlation of atom\n"
426 >                "   --CosCorr <atom1> <atom2> Calculate the cos correlation between atom1 and atom2\n"
427 >                
428 >                
429 >                "\n"
430 >                "\n",
431                  program_name);
432    exit(8);
433   }

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