ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/group/trunk/mdtools/interface_implementation/SimSetup.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/mdtools/interface_implementation/SimSetup.cpp (file contents):
Revision 202 by mmeineke, Tue Dec 10 21:41:26 2002 UTC vs.
Revision 205 by mmeineke, Wed Dec 11 20:39:41 2002 UTC

# Line 240 | Line 240 | void SimSetup::createSim( void ){
240  
241    // set up the local variables
242    
243 <  int localMol;
243 >  int localMol, allMol;
244    int local_atoms, local_bonds, local_bends, local_torsions, local_SRI;
245    
246 +  allMol = 0;
247    localMol = 0;
248    local_atoms = 0;
249    local_bonds = 0;
# Line 252 | Line 253 | void SimSetup::createSim( void ){
253  
254      for( j=0; j<components_nmol[i]; j++ ){
255        
256 <      if( mpiSim->getMyMolStart() <= j &&
257 <          j <= mpiSim->getMyMolEnd() ){
256 >      if( mpiSim->getMyMolStart() <= allMol &&
257 >          allMol <= mpiSim->getMyMolEnd() ){
258          
259          local_atoms +=    comp_stamps[i]->getNAtoms();
260          local_bonds +=    comp_stamps[i]->getNBonds();
# Line 261 | Line 262 | void SimSetup::createSim( void ){
262          local_torsions += comp_stamps[i]->getNTorsions();
263          localMol++;
264        }      
265 +      allMol++;
266      }
267    }
268 <
268 >  local_SRI = local_bonds + local_bends + local_torsions;
269    
270  
271    simnfo->n_atoms = mpiSim->getMyNlocal();  
272    
273 +  if( local_atoms != simnfo->n_atoms ){
274 +    sprintf( painCave.errMsg,
275 +             "SimSetup error: mpiSim's localAtom (%d) and SimSetup's"
276 +             " localAtom (%d) are note equal.\n",
277 +             simnfo->n_atoms,
278 +             local_atoms );
279 +    painCave.isFatal = 1;
280 +    simError();
281 +  }
282  
283 +  simnfo->n_bonds = local_bonds;
284 +  simnfo->n_bends = local_bends;
285 +  simnfo->n_torsions = local_torsions;
286 +  simnfo->n_SRI = local_SRI;
287 +  simnfo->n_mol = localMol;
288 +
289 +  strcpy( checkPointMsg, "Passed nlocal consistency check." );
290 +  MPIcheckPoint();
291 +  
292 +  
293   #endif // is_mpi
294    
295  
# Line 544 | Line 565 | void SimSetup::makeAtoms( void ){
565    double ux, uy, uz, uSqr, u;
566    AtomStamp* current_atom;
567    DirectionalAtom* dAtom;
568 <  int molIndex, molStart, molEnd, nMemb;
568 >  int molIndex, molStart, molEnd, nMemb, lMolIndex;
569  
570 <
570 >  lMolIndex = 0;
571    molIndex = 0;
572    index = 0;
573    for( i=0; i<n_components; i++ ){
574  
575      for( j=0; j<components_nmol[i]; j++ ){
576  
577 <      molStart = index;
578 <      nMemb = comp_stamps[i]->getNAtoms();
579 <      for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNAtoms(); k++ ){
580 <
560 <        current_atom = comp_stamps[i]->getAtom( k );
561 <        if( current_atom->haveOrientation() ){
562 <
563 <          dAtom = new DirectionalAtom(index);
564 <          simnfo->n_oriented++;
565 <          the_atoms[index] = dAtom;
566 <
567 <          ux = current_atom->getOrntX();
568 <          uy = current_atom->getOrntY();
569 <          uz = current_atom->getOrntZ();
570 <
571 <          uSqr = (ux * ux) + (uy * uy) + (uz * uz);
572 <
573 <          u = sqrt( uSqr );
574 <          ux = ux / u;
575 <          uy = uy / u;
576 <          uz = uz / u;
577 > #ifdef IS_MPI
578 >      if( simnfo->mpiSim->getMyMolStart() <= molIndex &&
579 >          molIndex <= simnfo->mpiSim->getMyMolEnd() ){
580 > #endif // is_mpi        
581  
582 <          dAtom->setSUx( ux );
583 <          dAtom->setSUy( uy );
584 <          dAtom->setSUz( uz );
582 >        molStart = index;
583 >        nMemb = comp_stamps[i]->getNAtoms();
584 >        for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNAtoms(); k++ ){
585 >          
586 >          current_atom = comp_stamps[i]->getAtom( k );
587 >          if( current_atom->haveOrientation() ){
588 >            
589 >            dAtom = new DirectionalAtom(index);
590 >            simnfo->n_oriented++;
591 >            the_atoms[index] = dAtom;
592 >            
593 >            ux = current_atom->getOrntX();
594 >            uy = current_atom->getOrntY();
595 >            uz = current_atom->getOrntZ();
596 >            
597 >            uSqr = (ux * ux) + (uy * uy) + (uz * uz);
598 >            
599 >            u = sqrt( uSqr );
600 >            ux = ux / u;
601 >            uy = uy / u;
602 >            uz = uz / u;
603 >            
604 >            dAtom->setSUx( ux );
605 >            dAtom->setSUy( uy );
606 >            dAtom->setSUz( uz );
607 >          }
608 >          else{
609 >            the_atoms[index] = new GeneralAtom(index);
610 >          }
611 >          the_atoms[index]->setType( current_atom->getType() );
612 >          the_atoms[index]->setIndex( index );
613 >          
614 >          // increment the index and repeat;
615 >          index++;
616          }
617 <        else{
618 <          the_atoms[index] = new GeneralAtom(index);
619 <        }
620 <        the_atoms[index]->setType( current_atom->getType() );
621 <        the_atoms[index]->setIndex( index );
617 >        
618 >        molEnd = index -1;
619 >        the_molecules[lMolIndex].setNMembers( nMemb );
620 >        the_molecules[lMolIndex].setStartAtom( molStart );
621 >        the_molecules[lMolIndex].setEndAtom( molEnd );
622 >        the_molecules[lMolIndex].setStampID( i );
623 >        lMolIndex++;
624  
625 <        // increment the index and repeat;
589 <        index++;
625 > #ifdef IS_MPI
626        }
627 <
628 <      molEnd = index -1;
593 <      the_molecules[molIndex].setNMembers( nMemb );
594 <      the_molecules[molIndex].setStartAtom( molStart );
595 <      the_molecules[molIndex].setEndAtom( molEnd );
596 <      the_molecules[molIndex].setStampID( i );
627 > #endif //is_mpi
628 >      
629        molIndex++;
598 –
630      }
631    }
632  
# Line 604 | Line 635 | void SimSetup::makeBonds( void ){
635  
636   void SimSetup::makeBonds( void ){
637  
638 <  int i, j, k, index, offset;
638 >  int i, j, k, index, offset, molIndex;
639    bond_pair* the_bonds;
640    BondStamp* current_bond;
641  
642    the_bonds = new bond_pair[tot_bonds];
643    index = 0;
644    offset = 0;
645 +  molIndex = 0;
646    for( i=0; i<n_components; i++ ){
647  
648      for( j=0; j<components_nmol[i]; j++ ){
649  
650 <      for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNBonds(); k++ ){
651 <
652 <        current_bond = comp_stamps[i]->getBond( k );
653 <        the_bonds[index].a = current_bond->getA() + offset;
654 <        the_bonds[index].b = current_bond->getB() + offset;
655 <
656 <        the_excludes[index].i = the_bonds[index].a;
657 <        the_excludes[index].j = the_bonds[index].b;
658 <
659 <        // increment the index and repeat;
660 <        index++;
650 > #ifdef IS_MPI
651 >      if( simnfo->mpiSim->getMyMolStart() <= molIndex &&
652 >          molIndex <= simnfo->mpiSim->getMyMolEnd() ){
653 > #endif // is_mpi        
654 >        
655 >        for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNBonds(); k++ ){
656 >          
657 >          current_bond = comp_stamps[i]->getBond( k );
658 >          the_bonds[index].a = current_bond->getA() + offset;
659 >          the_bonds[index].b = current_bond->getB() + offset;
660 >          
661 >          the_excludes[index].i = the_bonds[index].a;
662 >          the_excludes[index].j = the_bonds[index].b;
663 >          
664 >          // increment the index and repeat;
665 >          index++;
666 >        }
667 >        offset += comp_stamps[i]->getNAtoms();
668 >        
669 > #ifdef IS_MPI
670        }
671 <      offset += comp_stamps[i]->getNAtoms();
672 <    }
671 > #endif is_mpi
672 >      
673 >      molIndex++;
674 >    }      
675    }
676  
677    the_ff->initializeBonds( the_bonds );
# Line 636 | Line 679 | void SimSetup::makeBends( void ){
679  
680   void SimSetup::makeBends( void ){
681  
682 <  int i, j, k, index, offset;
682 >  int i, j, k, index, offset, molIndex;
683    bend_set* the_bends;
684    BendStamp* current_bend;
685  
686    the_bends = new bend_set[tot_bends];
687    index = 0;
688    offset = 0;
689 +  molIndex = 0;
690    for( i=0; i<n_components; i++ ){
691  
692      for( j=0; j<components_nmol[i]; j++ ){
693  
694 <      for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNBends(); k++ ){
694 > #ifdef IS_MPI
695 >      if( simnfo->mpiSim->getMyMolStart() <= molIndex &&
696 >          molIndex <= simnfo->mpiSim->getMyMolEnd() ){
697 > #endif // is_mpi        
698  
699 <        current_bend = comp_stamps[i]->getBend( k );
700 <        the_bends[index].a = current_bend->getA() + offset;
701 <        the_bends[index].b = current_bend->getB() + offset;
702 <        the_bends[index].c = current_bend->getC() + offset;
703 <
704 <        the_excludes[index + tot_bonds].i = the_bends[index].a;
705 <        the_excludes[index + tot_bonds].j = the_bends[index].c;
706 <
707 <        // increment the index and repeat;
708 <        index++;
699 >        for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNBends(); k++ ){
700 >          
701 >          current_bend = comp_stamps[i]->getBend( k );
702 >          the_bends[index].a = current_bend->getA() + offset;
703 >          the_bends[index].b = current_bend->getB() + offset;
704 >          the_bends[index].c = current_bend->getC() + offset;
705 >          
706 >          the_excludes[index + tot_bonds].i = the_bends[index].a;
707 >          the_excludes[index + tot_bonds].j = the_bends[index].c;
708 >          
709 >          // increment the index and repeat;
710 >          index++;
711 >        }
712 >        offset += comp_stamps[i]->getNAtoms();
713 >        
714 > #ifdef IS_MPI
715        }
716 <      offset += comp_stamps[i]->getNAtoms();
716 > #endif //is_mpi
717 >
718 >      molIndex++;
719      }
720    }
721  
# Line 669 | Line 724 | void SimSetup::makeTorsions( void ){
724  
725   void SimSetup::makeTorsions( void ){
726  
727 <  int i, j, k, index, offset;
727 >  int i, j, k, index, offset, molIndex;
728    torsion_set* the_torsions;
729    TorsionStamp* current_torsion;
730  
731    the_torsions = new torsion_set[tot_torsions];
732    index = 0;
733    offset = 0;
734 +  molIndex = 0;
735    for( i=0; i<n_components; i++ ){
736  
737      for( j=0; j<components_nmol[i]; j++ ){
738  
739 + #ifdef IS_MPI
740 +      if( simnfo->mpiSim->getMyMolStart() <= molIndex &&
741 +          molIndex <= simnfo->mpiSim->getMyMolEnd() ){
742 + #endif // is_mpi        
743 +
744        for( k=0; k<comp_stamps[i]->getNTorsions(); k++ ){
745  
746          current_torsion = comp_stamps[i]->getTorsion( k );
# Line 695 | Line 756 | void SimSetup::makeTorsions( void ){
756          index++;
757        }
758        offset += comp_stamps[i]->getNAtoms();
759 +
760 + #ifdef IS_MPI
761 +      }
762 + #endif //is_mpi      
763 +
764 +      molIndex++;
765      }
766    }
767  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines