1 |
chuckv |
128 |
#include <iostream> |
2 |
|
|
#include <cstdio> |
3 |
|
|
#include <cstring> |
4 |
|
|
#include <cstdlib> |
5 |
chuckv |
131 |
|
6 |
chuckv |
128 |
#include "bassDiag.hpp" |
7 |
|
|
|
8 |
|
|
void bassDiag::dumpStamps(void){ |
9 |
|
|
char msg[1000]; |
10 |
|
|
Component** components; |
11 |
|
|
int n_components; |
12 |
|
|
MoleculeStamp* testMolecule; |
13 |
|
|
|
14 |
|
|
dumpFormater("First comes the globals..... \n"); |
15 |
|
|
sprintf(msg,"ForceField = %s\n",globals->getForceField()); |
16 |
|
|
dumpFormater(msg); |
17 |
|
|
|
18 |
|
|
sprintf(msg,"NComponents = %d\n",globals->getNComponents()); |
19 |
|
|
dumpFormater(msg); |
20 |
|
|
|
21 |
|
|
sprintf(msg,"TargatTemp = %lf\n",globals->getTargetTemp()); |
22 |
|
|
dumpFormater(msg); |
23 |
|
|
|
24 |
|
|
sprintf(msg,"Ensemble = %s\n",globals->getEnsemble()); |
25 |
|
|
dumpFormater(msg); |
26 |
|
|
|
27 |
|
|
sprintf(msg,"Dt = %lf\n",globals->getDt()); |
28 |
|
|
dumpFormater(msg); |
29 |
|
|
|
30 |
|
|
sprintf(msg,"RunTime = %lf\n\n",globals->getRunTime()); |
31 |
|
|
dumpFormater(msg); |
32 |
|
|
|
33 |
|
|
sprintf(msg,"Dumping Optional Globals....\n"); |
34 |
|
|
dumpFormater(msg); |
35 |
|
|
|
36 |
|
|
if (globals->haveInitialConfig()){ |
37 |
|
|
|
38 |
|
|
sprintf(msg,"InitialConfig = %s\n",globals->getInitialConfig()); |
39 |
|
|
dumpFormater(msg); |
40 |
|
|
} |
41 |
|
|
if (globals->haveFinalConfig()){ |
42 |
|
|
|
43 |
|
|
sprintf(msg,"FinalConfig = %s\n",globals->getFinalConfig()); |
44 |
|
|
dumpFormater(msg); |
45 |
|
|
} |
46 |
|
|
|
47 |
|
|
if (globals->haveNMol()){ |
48 |
|
|
|
49 |
|
|
sprintf(msg,"NMol = %d\n",globals->getNMol()); |
50 |
|
|
dumpFormater(msg); |
51 |
|
|
} |
52 |
|
|
|
53 |
|
|
if (globals->haveDensity()){ |
54 |
|
|
|
55 |
|
|
sprintf(msg,"Density = %lf\n",globals->getDensity()); |
56 |
|
|
dumpFormater(msg); |
57 |
|
|
} |
58 |
|
|
|
59 |
|
|
if (globals->haveBox()){ |
60 |
|
|
|
61 |
|
|
sprintf(msg,"Box = %lf\n",globals->getBox()); |
62 |
|
|
dumpFormater(msg); |
63 |
|
|
} |
64 |
|
|
|
65 |
|
|
if (globals->haveBoxX()){ |
66 |
|
|
|
67 |
|
|
sprintf(msg,"BoxX = %lf\n",globals->getBoxX()); |
68 |
|
|
dumpFormater(msg); |
69 |
|
|
} |
70 |
|
|
if (globals->haveBoxY()){ |
71 |
|
|
|
72 |
|
|
sprintf(msg,"BoxY = %lf\n",globals->getBoxY()); |
73 |
|
|
dumpFormater(msg); |
74 |
|
|
} |
75 |
|
|
if (globals->haveBoxZ()){ |
76 |
|
|
|
77 |
|
|
sprintf(msg,"BoxZ = %lf\n",globals->getBoxZ()); |
78 |
|
|
dumpFormater(msg); |
79 |
|
|
} |
80 |
|
|
|
81 |
|
|
if (globals->haveSampleTime()){ |
82 |
|
|
|
83 |
|
|
sprintf(msg,"SampleTime = %lf\n",globals->getSampleTime()); |
84 |
|
|
dumpFormater(msg); |
85 |
|
|
} |
86 |
|
|
|
87 |
|
|
if (globals->haveStatusTime()){ |
88 |
|
|
|
89 |
|
|
sprintf(msg,"StatusTime = %lf\n",globals->getStatusTime()); |
90 |
|
|
dumpFormater(msg); |
91 |
|
|
} |
92 |
|
|
|
93 |
|
|
if (globals->haveThermalTime()){ |
94 |
|
|
|
95 |
|
|
sprintf(msg,"ThermalTime = %lf\n",globals->getThermalTime()); |
96 |
|
|
dumpFormater(msg); |
97 |
|
|
} |
98 |
|
|
|
99 |
|
|
if (globals->haveDielectric()){ |
100 |
|
|
|
101 |
|
|
sprintf(msg,"Dielectric = %lf\n",globals->getDielectric()); |
102 |
|
|
dumpFormater(msg); |
103 |
|
|
} |
104 |
|
|
|
105 |
|
|
if (globals->haveRRF()){ |
106 |
|
|
|
107 |
|
|
sprintf(msg,"RRF = %lf\n",globals->getRRF()); |
108 |
|
|
dumpFormater(msg); |
109 |
|
|
} |
110 |
|
|
|
111 |
|
|
if (globals->haveTempSet()){ |
112 |
chuckv |
131 |
sprintf(msg,"TempSet = %d\n",globals->getTempSet()); |
113 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
114 |
|
|
|
115 |
|
|
} |
116 |
|
|
|
117 |
|
|
n_components = globals->getNComponents(); |
118 |
|
|
sprintf(msg,"\nWriting out %d components\n",n_components); |
119 |
|
|
dumpFormater(msg); |
120 |
chuckv |
131 |
components = globals->getComponents(); |
121 |
chuckv |
128 |
|
122 |
|
|
for(int i=0; i < n_components ; i++){ |
123 |
|
|
|
124 |
|
|
sprintf(msg,"Component[%d]{\n",i); |
125 |
|
|
dumpFormater(msg); |
126 |
|
|
|
127 |
|
|
sprintf(msg," Type = %s\n",components[i]->getType()); |
128 |
|
|
dumpFormater(msg); |
129 |
|
|
|
130 |
chuckv |
131 |
if (components[i]->haveNMol()){ |
131 |
chuckv |
128 |
|
132 |
|
|
sprintf(msg," Nmol = %d\n",components[i]->getNMol()); |
133 |
|
|
dumpFormater(msg); |
134 |
|
|
} |
135 |
|
|
|
136 |
|
|
sprintf(msg,"{\n\n"); |
137 |
|
|
dumpFormater(msg); |
138 |
|
|
} |
139 |
|
|
|
140 |
chuckv |
249 |
//testMolecule = stamps->getMolecule("tester"); |
141 |
|
|
testMolecule = NULL; // fix me!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! |
142 |
chuckv |
128 |
|
143 |
chuckv |
129 |
if(testMolecule != NULL ){ |
144 |
chuckv |
128 |
|
145 |
chuckv |
129 |
sprintf(msg,"\nWriting out tester..... \n\n"); |
146 |
|
|
dumpFormater(msg); |
147 |
chuckv |
128 |
|
148 |
chuckv |
129 |
sprintf(msg,"Molecule{\n"); |
149 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
150 |
chuckv |
129 |
|
151 |
|
|
sprintf(msg," ID = %s\n",testMolecule->getID()); |
152 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
153 |
|
|
|
154 |
chuckv |
129 |
sprintf(msg," NAtoms = %d\n",testMolecule->getNAtoms()); |
155 |
|
|
dumpFormater(msg); |
156 |
|
|
|
157 |
|
|
int nAtoms = testMolecule->getNAtoms(); |
158 |
|
|
AtomStamp* aStamp; |
159 |
|
|
for(int i=0; i<nAtoms;i++){ |
160 |
|
|
|
161 |
|
|
aStamp = testMolecule->getAtom(i); |
162 |
|
|
|
163 |
|
|
sprintf(msg," Atom[%d]{\n",i); |
164 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
165 |
chuckv |
129 |
|
166 |
chuckv |
131 |
sprintf(msg," type = %s\n",aStamp->getType()); |
167 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
168 |
chuckv |
129 |
|
169 |
|
|
if(aStamp->havePosition()){ |
170 |
|
|
sprintf(msg," position = < %lf, %lf, %lf>\n", |
171 |
|
|
aStamp->getPosX(), |
172 |
|
|
aStamp->getPosY(), |
173 |
|
|
aStamp->getPosZ()); |
174 |
|
|
dumpFormater(msg); |
175 |
|
|
} |
176 |
|
|
|
177 |
|
|
if(aStamp->haveOrientation()){ |
178 |
|
|
sprintf(msg," orientation = < %lf, %lf, %lf>\n", |
179 |
|
|
aStamp->getOrntX(), |
180 |
|
|
aStamp->getOrntY(), |
181 |
|
|
aStamp->getOrntZ()); |
182 |
|
|
dumpFormater(msg); |
183 |
|
|
} |
184 |
|
|
sprintf(msg," }\n\n"); |
185 |
|
|
dumpFormater(msg); |
186 |
chuckv |
128 |
} |
187 |
chuckv |
129 |
|
188 |
|
|
sprintf(msg," NBonds = %d\n",testMolecule->getNBonds()); |
189 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
190 |
|
|
|
191 |
chuckv |
129 |
int nBonds = testMolecule->getNBonds(); |
192 |
|
|
BondStamp* boStamp; |
193 |
|
|
for(int i=0; i<nBonds;i++){ |
194 |
|
|
|
195 |
|
|
boStamp = testMolecule->getBond(i); |
196 |
|
|
|
197 |
|
|
sprintf(msg," Bond[%d]{\n",i); |
198 |
|
|
dumpFormater(msg); |
199 |
|
|
|
200 |
|
|
sprintf(msg," members = %d, %d\n", |
201 |
|
|
boStamp->getA(), |
202 |
|
|
boStamp->getB()); |
203 |
|
|
dumpFormater(msg); |
204 |
|
|
|
205 |
|
|
sprintf(msg," }\n\n"); |
206 |
|
|
dumpFormater(msg); |
207 |
|
|
} |
208 |
chuckv |
128 |
|
209 |
chuckv |
129 |
sprintf(msg," NBends = %d\n",testMolecule->getNBends()); |
210 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
211 |
|
|
|
212 |
chuckv |
129 |
int nBends = testMolecule->getNBends(); |
213 |
|
|
BendStamp* beStamp; |
214 |
|
|
for(int i=0; i<nBends;i++){ |
215 |
|
|
|
216 |
|
|
beStamp = testMolecule->getBend(i); |
217 |
|
|
|
218 |
|
|
sprintf(msg," Bend[%d]{\n",i); |
219 |
|
|
dumpFormater(msg); |
220 |
|
|
|
221 |
|
|
sprintf(msg," members = %d, %d, %d\n", |
222 |
|
|
beStamp->getA(), |
223 |
|
|
beStamp->getB(), |
224 |
|
|
beStamp->getC()); |
225 |
|
|
dumpFormater(msg); |
226 |
|
|
|
227 |
|
|
sprintf(msg," }\n\n"); |
228 |
|
|
dumpFormater(msg); |
229 |
|
|
} |
230 |
|
|
|
231 |
|
|
sprintf(msg," NTorsions = %d\n",testMolecule->getNTorsions()); |
232 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
233 |
|
|
|
234 |
chuckv |
129 |
int nTorsions = testMolecule->getNTorsions(); |
235 |
|
|
TorsionStamp* tStamp; |
236 |
|
|
for(int i=0; i<nTorsions;i++){ |
237 |
|
|
|
238 |
|
|
tStamp = testMolecule->getTorsion(i); |
239 |
|
|
|
240 |
|
|
sprintf(msg," Torsion[%d]{\n",i); |
241 |
|
|
dumpFormater(msg); |
242 |
|
|
|
243 |
|
|
sprintf(msg," members = %d, %d, %d, %d\n", |
244 |
|
|
tStamp->getA(), |
245 |
|
|
tStamp->getB(), |
246 |
|
|
tStamp->getC(), |
247 |
|
|
tStamp->getD()); |
248 |
|
|
dumpFormater(msg); |
249 |
|
|
|
250 |
|
|
sprintf(msg," }\n\n"); |
251 |
|
|
dumpFormater(msg); |
252 |
|
|
} |
253 |
chuckv |
128 |
|
254 |
chuckv |
129 |
sprintf(msg,"}\n\n"); |
255 |
chuckv |
128 |
dumpFormater(msg); |
256 |
|
|
|
257 |
|
|
} |
258 |
chuckv |
129 |
else{ |
259 |
|
|
sprintf(msg, "\n**************** Tester.mdl not included *************\n"); |
260 |
chuckv |
131 |
dumpFormater( msg ); |
261 |
chuckv |
128 |
|
262 |
|
|
} |
263 |
chuckv |
129 |
} |
264 |
chuckv |
128 |
|
265 |
|
|
void bassDiag::dumpFormater(char * theString){ |
266 |
|
|
|
267 |
|
|
std::cout << theString; |
268 |
|
|
std::cout.flush(); |
269 |
|
|
} |
270 |
|
|
|
271 |
|
|
|
272 |
|
|
|
273 |
|
|
|