137 |
|
} |
138 |
|
|
139 |
|
testMolecule = stamps->getMolecule("tester"); |
140 |
– |
sprintf(msg,"\nWriting out tester..... \n\n"); |
141 |
– |
dumpFormater(msg); |
140 |
|
|
141 |
< |
sprintf(msg,"Molecule{\n"); |
144 |
< |
dumpFormater(msg); |
145 |
< |
|
146 |
< |
sprintf(msg," ID = %s\n",testMolecule->getID()); |
147 |
< |
dumpFormater(msg); |
148 |
< |
|
149 |
< |
sprintf(msg," NAtoms = %d\n",testMolecule->getNAtoms()); |
150 |
< |
dumpFormater(msg); |
151 |
< |
|
152 |
< |
int nAtoms = testMolecule->getNAtoms(); |
153 |
< |
AtomStamp* aStamp; |
154 |
< |
for(int i=0; i<nAtoms;i++){ |
141 |
> |
if(testMolecule != NULL ){ |
142 |
|
|
143 |
< |
aStamp = testMolecule->getAtom(i); |
143 |
> |
sprintf(msg,"\nWriting out tester..... \n\n"); |
144 |
> |
dumpFormater(msg); |
145 |
|
|
146 |
< |
sprintf(msg," Atom[%d]{\n",i); |
146 |
> |
sprintf(msg,"Molecule{\n"); |
147 |
|
dumpFormater(msg); |
148 |
< |
|
149 |
< |
sprintf(msg," type = %s\n",aStamp->getType); |
148 |
> |
|
149 |
> |
sprintf(msg," ID = %s\n",testMolecule->getID()); |
150 |
|
dumpFormater(msg); |
151 |
|
|
152 |
< |
if(aStamp->havePosition()){ |
153 |
< |
sprintf(msg," position = < %lf, %lf, %lf>\n", |
154 |
< |
aStamp->getPosX(), |
155 |
< |
aStamp->getPosY(), |
156 |
< |
aStamp->getPosZ()); |
152 |
> |
sprintf(msg," NAtoms = %d\n",testMolecule->getNAtoms()); |
153 |
> |
dumpFormater(msg); |
154 |
> |
|
155 |
> |
int nAtoms = testMolecule->getNAtoms(); |
156 |
> |
AtomStamp* aStamp; |
157 |
> |
for(int i=0; i<nAtoms;i++){ |
158 |
> |
|
159 |
> |
aStamp = testMolecule->getAtom(i); |
160 |
> |
|
161 |
> |
sprintf(msg," Atom[%d]{\n",i); |
162 |
|
dumpFormater(msg); |
163 |
< |
} |
164 |
< |
|
172 |
< |
if(aStamp->haveOrientation()){ |
173 |
< |
sprintf(msg," orientation = < %lf, %lf, %lf>\n", |
174 |
< |
aStamp->getOrntX(), |
175 |
< |
aStamp->getOrntY(), |
176 |
< |
aStamp->getOrntZ()); |
163 |
> |
|
164 |
> |
sprintf(msg," type = %s\n",aStamp->getType); |
165 |
|
dumpFormater(msg); |
166 |
+ |
|
167 |
+ |
if(aStamp->havePosition()){ |
168 |
+ |
sprintf(msg," position = < %lf, %lf, %lf>\n", |
169 |
+ |
aStamp->getPosX(), |
170 |
+ |
aStamp->getPosY(), |
171 |
+ |
aStamp->getPosZ()); |
172 |
+ |
dumpFormater(msg); |
173 |
+ |
} |
174 |
+ |
|
175 |
+ |
if(aStamp->haveOrientation()){ |
176 |
+ |
sprintf(msg," orientation = < %lf, %lf, %lf>\n", |
177 |
+ |
aStamp->getOrntX(), |
178 |
+ |
aStamp->getOrntY(), |
179 |
+ |
aStamp->getOrntZ()); |
180 |
+ |
dumpFormater(msg); |
181 |
+ |
} |
182 |
+ |
sprintf(msg," }\n\n"); |
183 |
+ |
dumpFormater(msg); |
184 |
|
} |
179 |
– |
sprintf(msg," }\n\n"); |
180 |
– |
dumpFormater(msg); |
181 |
– |
} |
182 |
– |
|
183 |
– |
sprintf(msg," NBonds = %d\n",testMolecule->getNBonds()); |
184 |
– |
dumpFormater(msg); |
185 |
– |
|
186 |
– |
int nBonds = testMolecule->getNBonds(); |
187 |
– |
BondStamp* boStamp; |
188 |
– |
for(int i=0; i<nBonds;i++){ |
185 |
|
|
186 |
< |
boStamp = testMolecule->getBond(i); |
191 |
< |
|
192 |
< |
sprintf(msg," Bond[%d]{\n",i); |
186 |
> |
sprintf(msg," NBonds = %d\n",testMolecule->getNBonds()); |
187 |
|
dumpFormater(msg); |
194 |
– |
|
195 |
– |
sprintf(msg," members = %d, %d\n", |
196 |
– |
boStamp->getA(), |
197 |
– |
boStamp->getB()); |
198 |
– |
dumpFormater(msg); |
188 |
|
|
189 |
< |
sprintf(msg," }\n\n"); |
190 |
< |
dumpFormater(msg); |
191 |
< |
} |
192 |
< |
|
193 |
< |
sprintf(msg," NBends = %d\n",testMolecule->getNBends()); |
194 |
< |
dumpFormater(msg); |
195 |
< |
|
196 |
< |
int nBends = testMolecule->getNBends(); |
197 |
< |
BendStamp* beStamp; |
198 |
< |
for(int i=0; i<nBends;i++){ |
199 |
< |
|
200 |
< |
beStamp = testMolecule->getBend(i); |
201 |
< |
|
202 |
< |
sprintf(msg," Bend[%d]{\n",i); |
203 |
< |
dumpFormater(msg); |
204 |
< |
|
205 |
< |
sprintf(msg," members = %d, %d, %d\n", |
217 |
< |
beStamp->getA(), |
218 |
< |
beStamp->getB(), |
219 |
< |
beStamp->getC()); |
220 |
< |
dumpFormater(msg); |
189 |
> |
int nBonds = testMolecule->getNBonds(); |
190 |
> |
BondStamp* boStamp; |
191 |
> |
for(int i=0; i<nBonds;i++){ |
192 |
> |
|
193 |
> |
boStamp = testMolecule->getBond(i); |
194 |
> |
|
195 |
> |
sprintf(msg," Bond[%d]{\n",i); |
196 |
> |
dumpFormater(msg); |
197 |
> |
|
198 |
> |
sprintf(msg," members = %d, %d\n", |
199 |
> |
boStamp->getA(), |
200 |
> |
boStamp->getB()); |
201 |
> |
dumpFormater(msg); |
202 |
> |
|
203 |
> |
sprintf(msg," }\n\n"); |
204 |
> |
dumpFormater(msg); |
205 |
> |
} |
206 |
|
|
207 |
< |
sprintf(msg," }\n\n"); |
207 |
> |
sprintf(msg," NBends = %d\n",testMolecule->getNBends()); |
208 |
|
dumpFormater(msg); |
224 |
– |
} |
225 |
– |
|
226 |
– |
sprintf(msg," NTorsions = %d\n",testMolecule->getNTorsions()); |
227 |
– |
dumpFormater(msg); |
228 |
– |
|
229 |
– |
int nTorsions = testMolecule->getNTorsions(); |
230 |
– |
TorsionStamp* tStamp; |
231 |
– |
for(int i=0; i<nTorsions;i++){ |
209 |
|
|
210 |
< |
tStamp = testMolecule->getTorsion(i); |
210 |
> |
int nBends = testMolecule->getNBends(); |
211 |
> |
BendStamp* beStamp; |
212 |
> |
for(int i=0; i<nBends;i++){ |
213 |
> |
|
214 |
> |
beStamp = testMolecule->getBend(i); |
215 |
> |
|
216 |
> |
sprintf(msg," Bend[%d]{\n",i); |
217 |
> |
dumpFormater(msg); |
218 |
> |
|
219 |
> |
sprintf(msg," members = %d, %d, %d\n", |
220 |
> |
beStamp->getA(), |
221 |
> |
beStamp->getB(), |
222 |
> |
beStamp->getC()); |
223 |
> |
dumpFormater(msg); |
224 |
> |
|
225 |
> |
sprintf(msg," }\n\n"); |
226 |
> |
dumpFormater(msg); |
227 |
> |
} |
228 |
|
|
229 |
< |
sprintf(msg," Torsion[%d]{\n",i); |
229 |
> |
sprintf(msg," NTorsions = %d\n",testMolecule->getNTorsions()); |
230 |
|
dumpFormater(msg); |
237 |
– |
|
238 |
– |
sprintf(msg," members = %d, %d, %d, %d\n", |
239 |
– |
tStamp->getA(), |
240 |
– |
tStamp->getB(), |
241 |
– |
tStamp->getC(), |
242 |
– |
tStamp->getD()); |
243 |
– |
dumpFormater(msg); |
231 |
|
|
232 |
< |
sprintf(msg," }\n\n"); |
232 |
> |
int nTorsions = testMolecule->getNTorsions(); |
233 |
> |
TorsionStamp* tStamp; |
234 |
> |
for(int i=0; i<nTorsions;i++){ |
235 |
> |
|
236 |
> |
tStamp = testMolecule->getTorsion(i); |
237 |
> |
|
238 |
> |
sprintf(msg," Torsion[%d]{\n",i); |
239 |
> |
dumpFormater(msg); |
240 |
> |
|
241 |
> |
sprintf(msg," members = %d, %d, %d, %d\n", |
242 |
> |
tStamp->getA(), |
243 |
> |
tStamp->getB(), |
244 |
> |
tStamp->getC(), |
245 |
> |
tStamp->getD()); |
246 |
> |
dumpFormater(msg); |
247 |
> |
|
248 |
> |
sprintf(msg," }\n\n"); |
249 |
> |
dumpFormater(msg); |
250 |
> |
} |
251 |
> |
|
252 |
> |
sprintf(msg,"}\n\n"); |
253 |
|
dumpFormater(msg); |
254 |
+ |
|
255 |
|
} |
256 |
< |
|
257 |
< |
sprintf(msg,"}\n\n"); |
258 |
< |
dumpFormater(msg); |
256 |
> |
else{ |
257 |
> |
sprintf(msg, "\n**************** Tester.mdl not included *************\n"); |
258 |
> |
dumpFormatter( msg ); |
259 |
|
|
260 |
+ |
} |
261 |
|
} |
262 |
< |
|
262 |
> |
|
263 |
|
void bassDiag::dumpFormater(char * theString){ |
264 |
|
|
265 |
|
std::cout << theString; |