--- trunk/mdtools/interface_implementation/bassDiag.cpp	2002/10/03 21:52:46	128
+++ trunk/mdtools/interface_implementation/bassDiag.cpp	2003/01/27 21:28:19	249
@@ -2,6 +2,7 @@
 #include <cstdio>
 #include <cstring>
 #include <cstdlib>
+
 #include "bassDiag.hpp"
 
 void bassDiag::dumpStamps(void){
@@ -108,7 +109,7 @@ void bassDiag::dumpStamps(void){
   }
 
   if (globals->haveTempSet()){
-    sprintf(msg,"TempSet = %lf\n",globals->getTempSet());
+    sprintf(msg,"TempSet = %d\n",globals->getTempSet());
     dumpFormater(msg);
 
   }
@@ -116,7 +117,7 @@ void bassDiag::dumpStamps(void){
   n_components = globals->getNComponents();
   sprintf(msg,"\nWriting out %d components\n",n_components);
   dumpFormater(msg);
-  components = globals-getComponents();
+  components = globals->getComponents();
 
   for(int i=0; i < n_components ; i++){
 
@@ -126,7 +127,7 @@ void bassDiag::dumpStamps(void){
     sprintf(msg,"  Type = %s\n",components[i]->getType());
     dumpFormater(msg);
 
-    if (components[i]->haveNmol){
+    if (components[i]->haveNMol()){
 
       sprintf(msg,"  Nmol = %d\n",components[i]->getNMol());
       dumpFormater(msg);
@@ -136,121 +137,131 @@ void bassDiag::dumpStamps(void){
     dumpFormater(msg);
   }
 
-  testMolecule = stamps->getMolecule("tester");
-  sprintf(msg,"\nWriting out tester..... \n\n");
-  dumpFormater(msg);
+  //testMolecule = stamps->getMolecule("tester");
+  testMolecule = NULL; // fix me!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
   
-  sprintf(msg,"Molecule{\n");
-  dumpFormater(msg);
-
-  sprintf(msg,"  ID = %s\n",testMolecule->getID());
-  dumpFormater(msg);
-
-  sprintf(msg,"  NAtoms = %d\n",testMolecule->getNAtoms());
-  dumpFormater(msg);
-  
-  int nAtoms = testMolecule->getNAtoms();
-  AtomStamp* aStamp;
-  for(int i=0; i<nAtoms;i++){
+  if(testMolecule != NULL ){
     
-    aStamp = testMolecule->getAtom(i);
+    sprintf(msg,"\nWriting out tester..... \n\n");
+    dumpFormater(msg);
     
-    sprintf(msg,"  Atom[%d]{\n",i);
+    sprintf(msg,"Molecule{\n");
     dumpFormater(msg);
-
-    sprintf(msg,"    type = %s\n",aStamp->getType);
+    
+    sprintf(msg,"  ID = %s\n",testMolecule->getID());
     dumpFormater(msg);
     
-    if(aStamp->havePosition()){
-      sprintf(msg,"    position = < %lf, %lf, %lf>\n",
-	      aStamp->getPosX(),
-	      aStamp->getPosY(),
-	      aStamp->getPosZ());
+    sprintf(msg,"  NAtoms = %d\n",testMolecule->getNAtoms());
+    dumpFormater(msg);
+    
+    int nAtoms = testMolecule->getNAtoms();
+    AtomStamp* aStamp;
+    for(int i=0; i<nAtoms;i++){
+      
+      aStamp = testMolecule->getAtom(i);
+      
+      sprintf(msg,"  Atom[%d]{\n",i);
       dumpFormater(msg);
-    }
-
-    if(aStamp->haveOrientation()){
-      sprintf(msg,"   orientation = < %lf, %lf, %lf>\n",
-	      aStamp->getOrntX(),
-	      aStamp->getOrntY(),
-	      aStamp->getOrntZ());
+      
+      sprintf(msg,"    type = %s\n",aStamp->getType());
       dumpFormater(msg);
+      
+      if(aStamp->havePosition()){
+	sprintf(msg,"    position = < %lf, %lf, %lf>\n",
+		aStamp->getPosX(),
+		aStamp->getPosY(),
+		aStamp->getPosZ());
+	dumpFormater(msg);
+      }
+      
+      if(aStamp->haveOrientation()){
+	sprintf(msg,"   orientation = < %lf, %lf, %lf>\n",
+		aStamp->getOrntX(),
+		aStamp->getOrntY(),
+		aStamp->getOrntZ());
+	dumpFormater(msg);
+      }
+      sprintf(msg,"  }\n\n");
+      dumpFormater(msg);
     }
-    sprintf(msg,"  }\n\n");
+    
+    sprintf(msg,"  NBonds = %d\n",testMolecule->getNBonds());
     dumpFormater(msg);
-  }
-
-  sprintf(msg,"  NBonds = %d\n",testMolecule->getNBonds());
-  dumpFormater(msg);
-  
-  int nBonds = testMolecule->getNBonds();
-  BondStamp* boStamp;
-  for(int i=0; i<nBonds;i++){
     
-    boStamp = testMolecule->getBond(i);
+    int nBonds = testMolecule->getNBonds();
+    BondStamp* boStamp;
+    for(int i=0; i<nBonds;i++){
+      
+      boStamp = testMolecule->getBond(i);
+      
+      sprintf(msg,"  Bond[%d]{\n",i);
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"    members = %d, %d\n",
+	      boStamp->getA(),
+	      boStamp->getB());
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"  }\n\n");
+      dumpFormater(msg);
+    }
     
-    sprintf(msg,"  Bond[%d]{\n",i);
+    sprintf(msg,"  NBends = %d\n",testMolecule->getNBends());
     dumpFormater(msg);
-
-    sprintf(msg,"    members = %d, %d\n",
-	    boStamp->getA(),
-	    boStamp->getB());
-    dumpFormater(msg);
     
-    sprintf(msg,"  }\n\n");
-    dumpFormater(msg);
-  }
-
-  sprintf(msg,"  NBends = %d\n",testMolecule->getNBends());
-  dumpFormater(msg);
-  
-  int nBends = testMolecule->getNBends();
-  BendStamp* beStamp;
-  for(int i=0; i<nBends;i++){
+    int nBends = testMolecule->getNBends();
+    BendStamp* beStamp;
+    for(int i=0; i<nBends;i++){
+      
+      beStamp = testMolecule->getBend(i);
+      
+      sprintf(msg,"  Bend[%d]{\n",i);
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"    members = %d, %d, %d\n",
+	      beStamp->getA(),
+	      beStamp->getB(),
+	      beStamp->getC());
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"  }\n\n");
+      dumpFormater(msg);
+    }
     
-    beStamp = testMolecule->getBend(i);
-    
-    sprintf(msg,"  Bend[%d]{\n",i);
+    sprintf(msg,"  NTorsions = %d\n",testMolecule->getNTorsions());
     dumpFormater(msg);
-
-    sprintf(msg,"    members = %d, %d, %d\n",
-	    beStamp->getA(),
-	    beStamp->getB(),
-	    beStamp->getC());
-    dumpFormater(msg);
     
-    sprintf(msg,"  }\n\n");
-    dumpFormater(msg);
-  }
-
-  sprintf(msg,"  NTorsions = %d\n",testMolecule->getNTorsions());
-  dumpFormater(msg);
-  
-  int nTorsions = testMolecule->getNTorsions();
-  TorsionStamp* tStamp;
-  for(int i=0; i<nTorsions;i++){
+    int nTorsions = testMolecule->getNTorsions();
+    TorsionStamp* tStamp;
+    for(int i=0; i<nTorsions;i++){
+      
+      tStamp = testMolecule->getTorsion(i);
+      
+      sprintf(msg,"  Torsion[%d]{\n",i);
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"    members = %d, %d, %d, %d\n",
+	      tStamp->getA(),
+	      tStamp->getB(),
+	      tStamp->getC(),
+	      tStamp->getD());
+      dumpFormater(msg);
+      
+      sprintf(msg,"  }\n\n");
+      dumpFormater(msg);
+    }
     
-    tStamp = testMolecule->getTorsion(i);
-    
-    sprintf(msg,"  Torsion[%d]{\n",i);
+    sprintf(msg,"}\n\n");
     dumpFormater(msg);
-
-    sprintf(msg,"    members = %d, %d, %d, %d\n",
-	    tStamp->getA(),
-	    tStamp->getB(),
-	    tStamp->getC(),
-	    tStamp->getD());
-    dumpFormater(msg);
     
-    sprintf(msg,"  }\n\n");
-    dumpFormater(msg);
   }
-
-  sprintf(msg,"}\n\n");
-  dumpFormater(msg);
+  else{
+    sprintf(msg, "\n**************** Tester.mdl not included *************\n");
+    dumpFormater( msg );
   
+  }
 }
-
+  
 void bassDiag::dumpFormater(char * theString){
 
   std::cout << theString;