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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1049 by mmeineke, Wed Feb 11 21:55:56 2004 UTC vs.
Revision 1080 by mmeineke, Wed Mar 3 15:16:15 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 +
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10 + #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13 + #include "directorWhole.h"
14 + #include "rmsd.h"
15 + #include "gofz.h"
16  
17  
18 + #define VERSION_MAJOR 0
19 + #define VERSION_MINOR 1
20 +
21 + char *programName; /*the name of the program */
22 + void usage(void);
23 +
24   int main( int argC, char *argV[] ){
25  
26    // list of 'a priori' constants
27  
28 <  const int nLipAtoms = 19;
29 <  const int nBonds = 18;
30 <  const int nLipids = NLIPIDS;
31 <  const int nSSD = NSSD;
32 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
28 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
29 >  const int nBonds    = NBONDS;
30 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
31 >  const int nSSD      = NSSD;
32 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
33 >
34 >  // different needed variables
35    
36    struct atomCoord atoms[nAtoms];
37 +  int i,j,k;
38 +  
39 +  char* outPrefix; // the output prefix
40 +  char currentFlag; // used in parsing the flags
41 +  int done = 0; // multipurpose boolean
42 +  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
43 +  int haveMaxLength;
44 +  char* conversionCheck;
45 +  int conversionError;
46 +  int optionError;
47 +  char* pair1;
48 +  char* pair2;
49 +  int scdCorr;
50 +  double startTime;
51 +  double maxLength;
52 +  int directorHead, directorWhole, doRMSD, doGofz;
53 +  enum atomNames rmsdType;
54  
55 +  // system initialization
56    
57 +  isScanned = 0;
58 +  fileOpen = 0;
59 +  nFrames = 0;
60 +  frameTimes = NULL;
61  
62 <  int i,j,k;
62 >  outPrefix = NULL;
63 >  inName = NULL;
64 >  
65 >  haveMaxLength = 0;
66 >  conversionError = 0;
67 >  optionError = 0;
68 >  havePrefix = 0;
69 >  scdCorr = 0;
70 >  startTime = 0.0;
71 >  directorHead = 0;
72 >  directorWhole = 0;
73 >  doRMSD = 0;
74 >  doGofz = 0;
75 >  
76 >
77 >  // parse the command line
78 >
79 >  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
80 >
81 >  for( i = 1; i < argC; i++){
82 >    
83 >    if(argV[i][0] =='-'){
84 >
85 >      // parse the option
86 >      
87 >      if(argV[i][1] == '-' ){
88 >
89 >        // parse long word options
90 >        
91 >        if( !strcmp( argV[i], "--rmsd" ) ){
92 >
93 >          doRMSD = 1;
94 >          i++;
95 >          if( i>=argC ){
96 >            fprintf( stderr,
97 >                     "\n"
98 >                     "not enough arguments for --rmsd\n");
99 >            usage();
100 >            exit(0);
101 >          }      
102 >          pair1 = argV[i];
103 >
104 >          if( !strcmp(pair1, "HEAD") )    rmsdType = HEAD;
105 >          else if( !strcmp(pair1, "CH") ) rmsdType = CH;
106 >          else if( !strcmp(pair1, "CH2") )rmsdType = CH2;
107 >          else if( !strcmp(pair1, "CH3") )rmsdType = CH3;
108 >          else if( !strcmp(pair1, "SSD") )rmsdType = SSD;
109 >          else if( !strcmp(pair1, "COM") )rmsdType = COM;
110 >          else{
111 >            fprintf( stderr,
112 >                     "Unrecognized rmsd atom type \"%s\"\n",
113 >                     pair1 );
114 >            exit(0);
115 >          }
116 >
117 >        }
118 >
119 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
120 >          
121 >          i++;
122 >          if( i>=argC ){
123 >            fprintf( stderr,
124 >                     "\n"
125 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
126 >            usage();
127 >            exit(0);
128 >          }      
129 >          pair1 = argV[i];
130 >
131 >          i++;
132 >          if( i>=argC ){
133 >            fprintf( stderr,
134 >                     "\n"
135 >                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
136 >            usage();
137 >            exit(0);
138 >          }      
139 >          pair2 = argV[i];
140 >
141 >        }
142 >
143 >        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
144 >          
145 >          i++;
146 >          if( i>=argC ){
147 >            fprintf( stderr,
148 >                     "\n"
149 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
150 >            usage();
151 >            exit(0);
152 >          }      
153 >          pair1 = argV[i];
154 >
155 >          i++;
156 >          if( i>=argC ){
157 >            fprintf( stderr,
158 >                     "\n"
159 >                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
160 >            usage();
161 >            exit(0);
162 >          }      
163 >          pair2 = argV[i];
164 >
165 >        }
166 >
167 >        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
168 >          
169 >          printf("\n"
170 >                 "tcProps version %d.%d\n"
171 >                 "\n",
172 >                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
173 >          exit(0);
174 >          
175 >        }
176 >
177 >        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
178 >          
179 >          usage();
180 >          exit(0);
181 >        }
182 >        
183 >        // anything else is an error
184 >
185 >        else{
186 >          fprintf( stderr,
187 >                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
188 >          usage();
189 >          exit(0);
190 >        }
191 >      }
192 >      
193 >      else{
194 >        
195 >        // parse single character options
196 >        
197 >        done =0;
198 >        j = 1;
199 >        currentFlag = argV[i][j];
200 >        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
201 >          
202 >          switch(currentFlag){
203 >
204 >          case 'o':
205 >            // -o <prefix> => the output prefix.
206 >
207 >            j++;
208 >            currentFlag = argV[i][j];
209 >              
210 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
211 >            
212 >            if( optionError ){
213 >              fprintf( stderr,
214 >                       "\n"
215 >                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
216 >                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
217 >              usage();
218 >              exit(0);
219 >            }
220 >              
221 >            i++;
222 >            if( i>=argC ){
223 >              fprintf( stderr,
224 >                       "\n"
225 >                       "not enough arguments for -o\n");
226 >              usage();
227 >              exit(0);
228 >            }    
229 >            
230 >            outPrefix = argV[i];
231 >            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
232 >                
233 >            if( optionError ){
234 >              fprintf( stderr,
235 >                       "\n"
236 >                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
237 >                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
238 >                       outPrefix );
239 >              usage();
240 >              exit(0);
241 >            }
242 >            
243 >            havePrefix = 1;
244 >            done = 1;
245 >            break;
246 >
247 >          case 'l':
248 >            // -l <double>    set <double> to the maxLength
249 >
250 >            haveMaxLength = 1;
251 >            j++;
252 >            currentFlag = argV[i][j];
253 >              
254 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
255 >            
256 >            if( optionError ){
257 >              fprintf( stderr,
258 >                       "\n"
259 >                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
260 >                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
261 >              usage();
262 >              exit(0);
263 >            }
264 >
265 >            i++;
266 >            if( i>=argC ){
267 >              fprintf( stderr,
268 >                       "\n"
269 >                       "not enough arguments for -l\n");
270 >              usage();
271 >              exit(0);
272 >            }    
273 >
274 >            maxLength = atof( argV[i] );
275 >            
276 >            done = 1;
277 >
278 >            break;
279 >
280 >          case 't':
281 >            // -t <double>    set <double> to the startTime
282 >
283 >            j++;
284 >            currentFlag = argV[i][j];
285 >              
286 >            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
287 >            
288 >            if( optionError ){
289 >              fprintf( stderr,
290 >                       "\n"
291 >                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
292 >                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
293 >              usage();
294 >              exit(0);
295 >            }
296 >
297 >            i++;
298 >            if( i>=argC ){
299 >              fprintf( stderr,
300 >                       "\n"
301 >                       "not enough arguments for -t\n");
302 >              usage();
303 >              exit(0);
304 >            }    
305 >
306 >            startTime = atof( argV[i] );
307 >            done = 1;
308 >            break;
309 >
310 >          case 's':
311 >            // -s turn on Scd corr
312 >
313 >            scdCorr = 1;
314 >            break;
315 >
316 >          case 'h':
317 >            // -h turn on director head
318 >
319 >            directorHead = 1;
320 >            break;
321 >
322 >          case 'w':
323 >            // -w turn on director head
324 >
325 >            directorWhole = 1;
326 >            break;
327 >
328 >          case 'g':
329 >            // -g turn on gofZ
330 >
331 >            doGofz = 1;
332 >            break;
333 >
334 >
335 >          default:
336 >
337 >            fprintf( stderr,
338 >                    "\n"
339 >                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
340 >            usage();
341 >            exit(0);
342 >          }
343 >          j++;
344 >          currentFlag = argV[i][j];
345 >        }
346 >      }
347 >    }
348 >
349 >    else{
350 >      
351 >      if( inName != NULL ){
352 >        fprintf( stderr,
353 >                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
354 >                 "more than one input dump file.\n"
355 >                 "\n",
356 >                 argV[i]);
357 >        usage();
358 >        exit(0);
359 >      }
360 >      
361 >      inName = argV[i];
362 >      
363 >    }
364 >  }  
365    
366 +  if( inName == NULL ){
367 +    fprintf( stderr,
368 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
369 +    usage();
370 +    exit(0);
371 +  }
372 +
373 +  if( outPrefix == NULL )
374 +    outPrefix = inName;
375 +
376 +
377    // initialize the arrays
378  
379    for(i=0;i<nLipids;i++){
380  
381      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
382 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
383 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
384 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
385 +    atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
386 +    
387 +    
388  
389      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
390 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
391  
392      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
393 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
394  
395      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
396 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
397  
398      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
399 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
400  
401      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
402 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
403  
404      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
405 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
406  
407      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
408 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
409  
410      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
411 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
412  
413      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
414 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
415  
416      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
417 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
418  
419      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
420 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
421  
422      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
423 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
424  
425 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
425 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
426 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
427  
428      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
429 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
430    
431      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
432 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
433    
434      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
435 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
436    
437      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
438 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
439    
440      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
441 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
442    }
443    
444 <  for(i=;i<nAtoms;i++){
444 >  for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
445      atoms[i].type = SSD;
446 +    atoms[i].mass = 18.03;
447 +    atoms[i].u[0] = 0.0;
448 +    atoms[i].u[1] = 0.0;
449 +    atoms[i].u[2] = 1.0;
450    }
451 +
452 +  // read and set the frames
453 +  
454 +  openFile();
455 +
456 +  fprintf( stdout,
457 +           "\n"
458 +           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
459 +           inName );
460 +  fflush(stdout);
461 +
462 +  setFrames();
463 +  
464 +  fprintf( stdout,
465 +           "done.\n"
466 +           "nFrames = %d.\n",
467 +           nFrames );
468 +  fflush(stdout);
469 +
470 +  if(scdCorr){
471 +
472 +    fprintf ( stdout,
473 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
474 +    fflush( stdout );
475 +    
476 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
477 +  }
478 +
479 +  if(directorHead){
480 +
481 +    fprintf ( stdout,
482 +              "Calculating the Head director\n" );
483 +    fflush( stdout );
484 +    
485 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
486 +  }
487 +
488 +  if(directorWhole){
489 +
490 +    fprintf ( stdout,
491 +              "Calculating the bilayer director\n" );
492 +    fflush( stdout );
493 +    
494 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
495 +  }
496 +
497 +  if(doRMSD){
498 +
499 +    fprintf ( stdout,
500 +              "Calculating the RMSD\n" );
501 +    fflush( stdout );
502 +    
503 +    rmsd( rmsdType, startTime, outPrefix );
504 +  }
505 +
506 +  if(doGofz){
507 +
508 +    fprintf ( stdout,
509 +              "Calculating the gofZ\n" );
510 +    fflush( stdout );
511 +    
512 +    calcGofz( startTime, atoms, outPrefix );
513 +  }
514 +  
515 +
516 +  closeFile();
517 +
518 + }
519 +
520 +
521 + /***************************************************************************
522 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
523 + ***************************************************************************/
524 +
525 + void usage(){
526 +  (void)fprintf(stdout,
527 +                "\n"
528 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
529 +                "\n"
530 +                "Options:\n"
531 +                "\n"
532 +                "   short:\n"
533 +                "   ------\n"
534 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
535 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
536 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
537 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
538 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
539 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
540 +                "   -w              Calculate the director from the bilayers\n"
541 +                "   -g              Calculate the gofz profile\n"
542 +                "\n"
543 +                "   long:\n"
544 +                "   -----\n"
545 +                "   --rmsd <atom1>                 rmsd for atom1\n"
546 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
547 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
548 +                "   --version                      displays the version number\n"
549 +                "   --help                         displays this help message.\n"
550 +                
551 +                "\n"
552 +                "\n",
553 +                programName);
554 + }

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