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root/group/trunk/tcProps/tcProps.c
(Generate patch)

Comparing trunk/tcProps/tcProps.c (file contents):
Revision 1052 by mmeineke, Fri Feb 13 22:13:06 2004 UTC vs.
Revision 1062 by mmeineke, Fri Feb 20 21:20:37 2004 UTC

# Line 2 | Line 2
2  
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5 + #include <string.h>
6  
7  
8   #include "params.h"
9   #include "tcProps.h"
10   #include "readWrite.h"
11 + #include "scdCorr.h"
12 + #include "directorHead.h"
13  
14  
15 + #define VERSION_MAJOR 0
16 + #define VERSION_MINOR 1
17 +
18 + char *programName; /*the name of the program */
19 + void usage(void);
20 +
21   int main( int argC, char *argV[] ){
22  
23    // list of 'a priori' constants
24  
25 <  const int nLipAtoms = 19;
26 <  const int nBonds = 18;
27 <  const int nLipids = NLIPIDS;
28 <  const int nSSD = NSSD;
29 <  const int nAtoms = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
25 >  const int nLipAtoms = NL_ATOMS;
26 >  const int nBonds    = NBONDS;
27 >  const int nLipids   = NLIPIDS;
28 >  const int nSSD      = NSSD;
29 >  const int nAtoms    = nLipAtoms * nLipids + nSSD;
30  
31    // different needed variables
32    
33    struct atomCoord atoms[nAtoms];
34    int i,j,k;
35 <  char* inName;
36 <  int nFrames;
35 >  
36 >  char* outPrefix; // the output prefix
37 >  char currentFlag; // used in parsing the flags
38 >  int done = 0; // multipurpose boolean
39 >  int havePrefix; // boolean for the output prefix  
40 >  int haveMaxLength;
41 >  char* conversionCheck;
42 >  int conversionError;
43 >  int optionError;
44 >  char* pair1;
45 >  char* pair2;
46 >  int scdCorr;
47 >  double startTime;
48 >  double maxLength;
49 >  int directorHead, directorWhole;
50  
51    // system initialization
52    
53    isScanned = 0;
54 +  fileOpen = 0;
55 +  nFrames = 0;
56 +  frameTimes = NULL;
57 +
58 +  outPrefix = NULL;
59 +  inName = NULL;
60 +  
61 +  haveMaxLength = 0;
62 +  conversionError = 0;
63 +  optionError = 0;
64 +  havePrefix = 0;
65 +  scdCorr = 0;
66 +  startTime = 0.0;
67 +  directorHead = 0;
68 +  directorWhole = 0;
69 +  
70 +
71 +  // parse the command line
72 +
73 +  programName = argV[0]; /*save the program name in case we need it*/
74 +
75 +  for( i = 1; i < argC; i++){
76 +    
77 +    if(argV[i][0] =='-'){
78 +
79 +      // parse the option
80 +      
81 +      if(argV[i][1] == '-' ){
82 +
83 +        // parse long word options
84 +        
85 +        if( !strcmp( argV[i], "--gofr" ) ){
86 +
87 +          i++;
88 +          if( i>=argC ){
89 +            fprintf( stderr,
90 +                     "\n"
91 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
92 +            usage();
93 +            exit(0);
94 +          }      
95 +          pair1 = argV[i];
96 +
97 +          i++;
98 +          if( i>=argC ){
99 +            fprintf( stderr,
100 +                     "\n"
101 +                     "not enough arguments for --gofr\n");
102 +            usage();
103 +            exit(0);
104 +          }      
105 +          pair2 = argV[i];
106 +
107 +        }
108 +
109 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrTheta" ) ){
110 +          
111 +          i++;
112 +          if( i>=argC ){
113 +            fprintf( stderr,
114 +                     "\n"
115 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
116 +            usage();
117 +            exit(0);
118 +          }      
119 +          pair1 = argV[i];
120 +
121 +          i++;
122 +          if( i>=argC ){
123 +            fprintf( stderr,
124 +                     "\n"
125 +                     "not enough arguments for --gofrTheta\n");
126 +            usage();
127 +            exit(0);
128 +          }      
129 +          pair2 = argV[i];
130 +
131 +        }
132 +
133 +        else if( !strcmp( argV[i], "--gofrOmega" ) ){
134 +          
135 +          i++;
136 +          if( i>=argC ){
137 +            fprintf( stderr,
138 +                     "\n"
139 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
140 +            usage();
141 +            exit(0);
142 +          }      
143 +          pair1 = argV[i];
144 +
145 +          i++;
146 +          if( i>=argC ){
147 +            fprintf( stderr,
148 +                     "\n"
149 +                     "not enough arguments for --gofrOmega\n");
150 +            usage();
151 +            exit(0);
152 +          }      
153 +          pair2 = argV[i];
154 +
155 +        }
156 +
157 +        else if( !strcmp( argV[i], "--version") ){
158 +          
159 +          printf("\n"
160 +                 "tcProps version %d.%d\n"
161 +                 "\n",
162 +                 VERSION_MAJOR, VERSION_MINOR );
163 +          exit(0);
164 +          
165 +        }
166 +
167 +        else if( !strcmp( argV[i], "--help") ){
168 +          
169 +          usage();
170 +          exit(0);
171 +        }
172 +        
173 +        // anything else is an error
174 +
175 +        else{
176 +          fprintf( stderr,
177 +                   "Invalid option \"%s\"\n", argV[i] );
178 +          usage();
179 +          exit(0);
180 +        }
181 +      }
182 +      
183 +      else{
184 +        
185 +        // parse single character options
186 +        
187 +        done =0;
188 +        j = 1;
189 +        currentFlag = argV[i][j];
190 +        while( (currentFlag != '\0') && (!done) ){
191 +          
192 +          switch(currentFlag){
193 +
194 +          case 'o':
195 +            // -o <prefix> => the output prefix.
196 +
197 +            j++;
198 +            currentFlag = argV[i][j];
199 +              
200 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
201 +            
202 +            if( optionError ){
203 +              fprintf( stderr,
204 +                       "\n"
205 +                       "The -o flag should end an option sequence.\n"
206 +                       "   example: -r <outname> *NOT* -or <outname>\n" );
207 +              usage();
208 +              exit(0);
209 +            }
210 +              
211 +            i++;
212 +            if( i>=argC ){
213 +              fprintf( stderr,
214 +                       "\n"
215 +                       "not enough arguments for -o\n");
216 +              usage();
217 +              exit(0);
218 +            }    
219 +            
220 +            outPrefix = argV[i];
221 +            if( outPrefix[0] == '-' ) optionError = 1;
222 +                
223 +            if( optionError ){
224 +              fprintf( stderr,
225 +                       "\n"
226 +                       "\"%s\" is not a valid out prefix/name.\n"
227 +                       "Out prefix/name should not begin with a dash.\n",
228 +                       outPrefix );
229 +              usage();
230 +              exit(0);
231 +            }
232 +            
233 +            havePrefix = 1;
234 +            done = 1;
235 +            break;
236 +
237 +          case 'l':
238 +            // -l <double>    set <double> to the maxLength
239 +
240 +            haveMaxLength = 1;
241 +            j++;
242 +            currentFlag = argV[i][j];
243 +              
244 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
245 +            
246 +            if( optionError ){
247 +              fprintf( stderr,
248 +                       "\n"
249 +                       "The -l flag should end an option sequence.\n"
250 +                       "   example: -sl <double> *NOT* -ls <double>\n" );
251 +              usage();
252 +              exit(0);
253 +            }
254  
255 +            i++;
256 +            if( i>=argC ){
257 +              fprintf( stderr,
258 +                       "\n"
259 +                       "not enough arguments for -l\n");
260 +              usage();
261 +              exit(0);
262 +            }    
263  
264 +            maxLength = atof( argV[i] );
265 +            
266 +            done = 1;
267 +
268 +            break;
269 +
270 +          case 't':
271 +            // -t <double>    set <double> to the startTime
272 +
273 +            j++;
274 +            currentFlag = argV[i][j];
275 +              
276 +            if( currentFlag != '\0' ) optionError = 1;
277 +            
278 +            if( optionError ){
279 +              fprintf( stderr,
280 +                       "\n"
281 +                       "The -t flag should end an option sequence.\n"
282 +                       "   example: -st <double> *NOT* -ts <double>\n" );
283 +              usage();
284 +              exit(0);
285 +            }
286 +
287 +            i++;
288 +            if( i>=argC ){
289 +              fprintf( stderr,
290 +                       "\n"
291 +                       "not enough arguments for -t\n");
292 +              usage();
293 +              exit(0);
294 +            }    
295 +
296 +            startTime = atof( argV[i] );
297 +            done = 1;
298 +            break;
299 +
300 +          case 's':
301 +            // -s turn on Scd corr
302 +
303 +            scdCorr = 1;
304 +            break;
305 +
306 +          case 'h':
307 +            // -h turn on director head
308 +
309 +            directorHead = 1;
310 +            break;
311 +
312 +          case 'w':
313 +            // -h turn on director head
314 +
315 +            directorWhole = 1;
316 +            break;
317 +
318 +
319 +          default:
320 +
321 +            fprintf( stderr,
322 +                    "\n"
323 +                    "Bad option \"-%c\"\n", currentFlag);
324 +            usage();
325 +            exit(0);
326 +          }
327 +          j++;
328 +          currentFlag = argV[i][j];
329 +        }
330 +      }
331 +    }
332 +
333 +    else{
334 +      
335 +      if( inName != NULL ){
336 +        fprintf( stderr,
337 +                 "Error at \"%s\", program does not currently support\n"
338 +                 "more than one input dump file.\n"
339 +                 "\n",
340 +                 argV[i]);
341 +        usage();
342 +        exit(0);
343 +      }
344 +      
345 +      inName = argV[i];
346 +      
347 +    }
348 +  }  
349 +  
350 +  if( inName == NULL ){
351 +    fprintf( stderr,
352 +             "Error, dump file is needed to run.\n" );
353 +    usage();
354 +    exit(0);
355 +  }
356 +
357 +  if( outPrefix == NULL )
358 +    outPrefix = inName;
359 +
360 +
361    // initialize the arrays
362  
363    for(i=0;i<nLipids;i++){
364  
365      atoms[nLipAtoms*i+0].type = HEAD;
366 +    atoms[nLipAtoms*i+0].mass = 72;
367      atoms[nLipAtoms*i+0].u[0] = 0.0;
368      atoms[nLipAtoms*i+0].u[1] = 0.0;
369      atoms[nLipAtoms*i+0].u[2] = 1.0;
370      
371 +    
372  
373      atoms[nLipAtoms*i+1].type = CH2;
374 +    atoms[nLipAtoms*i+1].mass = 14.03;
375  
376      atoms[nLipAtoms*i+2].type = CH;
377 +    atoms[nLipAtoms*i+2].mass = 13.02;
378  
379      atoms[nLipAtoms*i+3].type = CH2;
380 +    atoms[nLipAtoms*i+3].mass = 14.03;
381  
382      atoms[nLipAtoms*i+4].type = CH2;
383 +    atoms[nLipAtoms*i+4].mass = 14.03;
384  
385      atoms[nLipAtoms*i+5].type = CH2;
386 +    atoms[nLipAtoms*i+5].mass = 14.03;
387  
388      atoms[nLipAtoms*i+6].type = CH2;
389 +    atoms[nLipAtoms*i+6].mass = 14.03;
390  
391      atoms[nLipAtoms*i+7].type = CH2;
392 +    atoms[nLipAtoms*i+7].mass = 14.03;
393  
394      atoms[nLipAtoms*i+8].type = CH2;
395 +    atoms[nLipAtoms*i+8].mass = 14.03;
396  
397      atoms[nLipAtoms*i+9].type = CH2;
398 +    atoms[nLipAtoms*i+9].mass = 14.03;
399  
400      atoms[nLipAtoms*i+10].type = CH3;
401 +    atoms[nLipAtoms*i+10].mass = 15.04;
402  
403      atoms[nLipAtoms*i+11].type = CH2;
404 +    atoms[nLipAtoms*i+11].mass = 14.03;
405  
406      atoms[nLipAtoms*i+12].type = CH2;
407 +    atoms[nLipAtoms*i+12].mass = 14.03;
408  
409 <    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;
409 >    atoms[nLipAtoms*i+13].type = CH2;    
410 >    atoms[nLipAtoms*i+13].mass = 14.03;
411  
412      atoms[nLipAtoms*i+14].type = CH2;
413 +    atoms[nLipAtoms*i+14].mass = 14.03;
414    
415      atoms[nLipAtoms*i+15].type = CH2;
416 +    atoms[nLipAtoms*i+15].mass = 14.03;
417    
418      atoms[nLipAtoms*i+16].type = CH2;
419 +    atoms[nLipAtoms*i+16].mass = 14.03;
420    
421      atoms[nLipAtoms*i+17].type = CH2;
422 +    atoms[nLipAtoms*i+17].mass = 14.03;
423    
424      atoms[nLipAtoms*i+18].type = CH3;
425 +    atoms[nLipAtoms*i+18].mass = 15.04;
426    }
427    
428    for(i=(nLipAtoms*nLipids);i<nAtoms;i++){
429      atoms[i].type = SSD;
430 +    atoms[i].mass = 18.03;
431      atoms[i].u[0] = 0.0;
432      atoms[i].u[1] = 0.0;
433      atoms[i].u[2] = 1.0;
# Line 87 | Line 435 | int main( int argC, char *argV[] ){
435  
436    // read and set the frames
437    
438 <  nFrames = setFrames( inName );
438 >  openFile();
439 >
440 >  fprintf( stdout,
441 >           "\n"
442 >           "Counting the number of frames in \"%s\"...",
443 >           inName );
444 >  fflush(stdout);
445 >
446 >  setFrames();
447    
448 +  fprintf( stdout,
449 +           "done.\n"
450 +           "nFrames = %d.\n",
451 +           nFrames );
452 +  fflush(stdout);
453 +
454 +  if(scdCorr){
455 +
456 +    fprintf ( stdout,
457 +              "Calculating the Scd correlation\n" );
458 +    fflush( stdout );
459 +    
460 +    calcScdCorr( startTime, atoms, outPrefix );
461 +  }
462 +
463 +  if(directorHead){
464 +
465 +    fprintf ( stdout,
466 +              "Calculating the Head director\n" );
467 +    fflush( stdout );
468 +    
469 +    calcDirHeadCorr( startTime, atoms, outPrefix );
470 +  }
471 +
472 +  if(directorWhole){
473 +
474 +    fprintf ( stdout,
475 +              "Calculating the bilayer director\n" );
476 +    fflush( stdout );
477 +    
478 +    calcDirWholeCorr( startTime, atoms, outPrefix );
479 +  }
480 +  
481 +
482 +  closeFile();
483 +
484 + }
485 +
486 +
487 + /***************************************************************************
488 + * prints out the usage for the command line arguments, then exits.
489 + ***************************************************************************/
490 +
491 + void usage(){
492 +  (void)fprintf(stdout,
493 +                "\n"
494 +                "The proper usage is: %s [options] <input_file>\n"
495 +                "\n"
496 +                "Options:\n"
497 +                "\n"
498 +                "   short:\n"
499 +                "   ------\n"
500 +                "   -o <name>       The output prefix\n"
501 +                "   -t <time>       Set the start time for correlations\n"
502 +                "   -l <maxLength>  set the maximum value of r\n"
503 +                "                     *Defaults to 1/2 smallest length of first frame.\n"
504 +                "   -s              Calculate the Scd chain correlation.\n"
505 +                "   -h              Calculate the directors for the head groups\n"
506 +                "   -w              Calculate the director fro the bilayers\n"
507 +                "\n"
508 +                "   long:\n"
509 +                "   -----\n"
510 +                "   --gofr <atom1> <atom2>         g(r) for atom1 and atom2\n"
511 +                "   --gofrTheta <atom1> <atom2>    g(r, theta) for atom1 and atom2\n"
512 +                "   --gofrOmega <atom1> <atom2>    g(r, omega) for atom1 and atom2\n"
513 +                "   --version                      displays the version number\n"
514 +                "   --help                         displays this help message.\n"
515 +                
516 +                "\n"
517 +                "\n",
518 +                programName);
519 + }

Diff Legend

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines