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root/group/trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c
(Generate patch)

Comparing:
branches/mmeineke/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents), Revision 60 by mmeineke, Thu Aug 1 21:12:33 2002 UTC vs.
trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents), Revision 515 by mmeineke, Thu May 1 17:36:33 2003 UTC

# Line 13 | Line 13
13  
14   #define POV_DIR "./pov"
15  
16 +
17   struct linked_xyz{
18    struct coords *r;
19 +  double boxX, boxY, boxZ;
20    struct linked_xyz *next;
21   };
22  
# Line 22 | Line 24 | int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
24   int draw_bonds = 0; /* boolean to draw bonds or not */
25   int draw_hydrogens = 0; /*boolean to draw hydrogens */
26   int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
27 + int draw_box = 0;  // boolean to draw the periodic Box
28 + int regenerateBonds = 0; // boolean to regenearate bonds each frame
29  
30   void usage(void);
31  
# Line 64 | Line 68 | int main(argc, argv)
68    int nZeroes;
69    double count;
70  
71 +  int startFrame = 1;
72 +  int endFrame;
73 +  int span = 0;
74 +  int currentCount = 0;
75 +  int haveEnd = 0;
76 +
77    struct linked_xyz *current_frame;
78    struct linked_xyz *temp_frame;
79    
80    unsigned int n_interpolate = 0; /* number of frames to interpolate */
81    double dx, dy, dz; /* temp variables for interpolating distances */
82 +  
83  
84    char pov_dir[500]; /* the pov_dir */
85  
86    program_name = argv[0]; /*save the program name in case we need it*/
87  
88 <
88 >
89    for( i = 1; i < argc; i++){
90      
91      if(argv[i][0] =='-'){
# Line 119 | Line 130 | int main(argc, argv)
130              done = 1;
131              break;
132  
133 +          case 'f':
134 +            // -f <#> => frame to render
135 +
136 +            i++;
137 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
138 +            endFrame = startFrame;
139 +            haveEnd = 1;
140 +            done = 1;
141 +            break;
142 +
143 +          case 's':
144 +            // -s <#> => frame to start
145 +
146 +            i++;
147 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
148 +            done = 1;
149 +            break;
150 +
151 +          case 'e':
152 +            // -e <#> => frame to end
153 +
154 +            i++;
155 +            endFrame =  atoi( argv[i] );
156 +            haveEnd = 1;
157 +            done = 1;
158 +            break;
159 +
160            case 'H':
161              // -h => generate a pov-ray Header
162              
# Line 143 | Line 181 | int main(argc, argv)
181              draw_atoms = 1;
182              break;
183  
184 +          case 'r':
185 +            // -r => regenerate bonds
186 +
187 +            regenerateBonds = 1;
188 +            break;
189 +
190 +          case 'p':
191 +            // -r => draw periodic box
192 +
193 +            draw_box = 1;
194 +            break;
195 +
196            default:
197  
198              (void)fprintf(stderr, "Bad option \"-%c\"\n", current_flag);
# Line 193 | Line 243 | int main(argc, argv)
243    // initialize atom type parser
244    
245    initializeParser();
246 +  initBondList();
247    
248    // count the number of frames
249  
# Line 229 | Line 280 | int main(argc, argv)
280    current_frame->next = NULL;
281    
282  
283 <  while(eof_test != NULL){
283 >  if( haveEnd ) span = endFrame - startFrame;
284 >  done = 0;
285 >  if( span < 0 ) done = 1;
286 >  while( (eof_test != NULL) && !done ){
287      
288      (void)sscanf(read_buffer, "%d", &n_atoms);
289      current_frame->r =
# Line 242 | Line 296 | int main(argc, argv)
296        printf("error in reading file\n");
297        exit(8);
298      }
299 +    
300 +    // unless we need to get the box size
301 +    
302 +    if( draw_box ){
303 +      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
304 +      if(foo == NULL){
305 +        printf("error in reading file\n");
306 +        exit(8);
307 +      }
308 +      
309 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
310 +      if(foo == NULL){
311 +        printf("error in reading file\n");
312 +        exit(8);
313 +      }
314 +      current_frame->boxX = atof( foo );
315  
316 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
317 +      if(foo == NULL){
318 +        printf("error in reading file\n");
319 +        exit(8);
320 +      }
321 +      current_frame->boxY = atof( foo );
322 +
323 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
324 +      if(foo == NULL){
325 +        printf("error in reading file\n");
326 +        exit(8);
327 +      }
328 +      current_frame->boxZ = atof( foo );
329 +    }
330 +
331      for( i=0; i < n_atoms; i++){
332        
333        eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
# Line 252 | Line 337 | int main(argc, argv)
337        }
338  
339        foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
340 +      if(foo == NULL){
341 +        printf("error in reading file\n");
342 +        exit(8);
343 +      }
344        (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
345  
346        /* next we grab the positions */
# Line 286 | Line 375 | int main(argc, argv)
375        if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
376  
377      }
378 +    currentCount++;
379      
380 <    if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
381 <      
382 <      temp_frame = current_frame->next;
293 <      
294 <      for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
380 >    
381 >    if( currentCount >= startFrame ){
382 >      if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
383          
384 <        /* open the new output file */
384 >        temp_frame = current_frame->next;
385          
386 <        sprintf(out_name, out_format, n_out );
387 <        out_file = fopen(out_name, "w");
388 <        n_out++;
389 <        if(out_file == NULL){
390 <          printf("error opening output file: %s\n", out_name);
391 <          exit(8);
392 <        }
393 <        (void)fprintf(out_file,
394 <                      "// The following script was automatically generated by:\n"
395 <                      "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
396 <                      "\n"
397 <                      "#include \"pov_header.pov\"\n"
398 <                      "\n");
399 <
400 <        out_coords =
401 <          (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
402 <        
403 <        for(j=0; j < n_atoms; j++){
404 <          dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
405 <          dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
406 <          dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
407 <
408 <          dx /= (double)(n_interpolate + 1);
409 <          dy /= (double)(n_interpolate + 1);
410 <          dz /= (double)(n_interpolate + 1);
411 <    
412 <          strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
413 <          out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
414 <          out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
415 <          out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
386 >        for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
387 >          
388 >          /* open the new output file */
389 >          
390 >          sprintf(out_name, out_format, currentCount );
391 >          out_file = fopen(out_name, "w");
392 >          currentCount++;
393 >          if(out_file == NULL){
394 >            printf("error opening output file: %s\n", out_name);
395 >            exit(8);
396 >          }
397 >          (void)fprintf(out_file,
398 >                        "// The following script was automatically generated by:\n"
399 >                        "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
400 >                        "\n"
401 >                        "#include \"pov_header.pov\"\n"
402 >                        "\n");
403 >          if( draw_box ){
404 >            dx = current_frame->boxX - temp_frame->boxX;
405 >            dy = current_frame->boxY - temp_frame->boxY;
406 >            dz = current_frame->boxZ - temp_frame->boxZ;
407 >            
408 >            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
409 >            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
410 >            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
411 >            
412 >            fprintf( out_file,
413 >                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf )\n"
414 >                     "\n",
415 >                     temp_frame->boxX + dx * (i+1),
416 >                     temp_frame->boxZ + dz * (i+1),
417 >                     temp_frame->boxY + dy * (i+1) );
418 >          }
419 >          
420 >          
421 >          out_coords =
422 >            (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
423 >          
424 >          for(j=0; j < n_atoms; j++){
425 >            dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
426 >            dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
427 >            dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
428 >            
429 >            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
430 >            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
431 >            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
432 >            
433 >            strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
434 >            out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
435 >            out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
436 >            out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
437 >          }
438 >          
439 >          pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
440 >                    draw_atoms);
441 >          free(out_coords);
442 >          (void)fclose(out_file);
443          }
444 +      }
445 +      
446 +      /* open the new output file */
447 +      
448 +      sprintf(out_name, out_format, currentCount );
449 +      out_file = fopen(out_name, "w");
450 +      if(out_file == NULL){
451 +        printf("error opening output file: %s\n", out_name);
452 +        exit(8);
453 +      }
454 +      (void)fprintf(out_file,
455 +                    "// The following script was automatically generated by:\n"
456 +                    "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
457 +                    "\n"
458 +                    "#include \"pov_header.pov\"\n"
459 +                    "\n");
460 +      
461 +      if( draw_box ){
462          
463 <        pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
464 <                  draw_atoms);
465 <        free(out_coords);
466 <        (void)fclose(out_file);
463 >        fprintf( out_file,
464 >                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf )\n"
465 >                 "\n",
466 >                 current_frame->boxX,
467 >                 current_frame->boxZ,
468 >                 current_frame->boxY );
469        }
470 +      
471 +      
472 +      
473 +      out_coords =
474 +        (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
475 +      
476 +      for(i = 0; i < n_atoms; i++){
477 +        strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
478 +        out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
479 +        out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
480 +        out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
481 +      }
482 +      pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
483 +                draw_atoms);
484 +      free(out_coords);
485 +      
486 +      (void)fclose(out_file);
487      }
336 –
337 –    /* open the new output file */
488      
339 –    sprintf(out_name, out_format, n_out );
340 –    out_file = fopen(out_name, "w");
341 –    n_out++;
342 –    if(out_file == NULL){
343 –      printf("error opening output file: %s\n", out_name);
344 –      exit(8);
345 –    }
346 –    (void)fprintf(out_file,
347 –                  "// The following script was automatically generated by:\n"
348 –                  "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
349 –                  "\n"
350 –                  "#include \"pov_header.pov\"\n"
351 –                  "\n");
352 –    
353 –    out_coords =
354 –      (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
355 –    
356 –    for(i = 0; i < n_atoms; i++){
357 –      strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
358 –      out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
359 –      out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
360 –      out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
361 –    }
362 –    pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
363 –              draw_atoms);
364 –    free(out_coords);
365 –    
366 –    (void)fclose(out_file);
367 –          
489      /*free up memory */
490  
491      temp_frame = current_frame->next;
# Line 384 | Line 505 | int main(argc, argv)
505      
506      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
507  
508 +    if( haveEnd ){
509 +      if( currentCount >= (endFrame + n_interpolate * span) ) done = 1;
510 +    }
511    }
512  
513    (void)fclose(in_file);
# Line 399 | Line 523 | int main(argc, argv)
523      diagonal = sqrt(rsqr);
524      diagonal *= 0.5;
525      
526 +    // calculate the center
527 +
528 +    dx = big_x + small_x;
529 +    dy = big_y + small_y;
530 +    dz = big_z + small_z;
531 +
532      dx /= 2.0;
533      dy /= 2.0;
534      dz /= 2.0;
535 <    
406 <    dx += small_x;
407 <    dy += small_y;
408 <    dz += small_z;
409 <    
535 >        
536  
537      /*note the y and z axis is exchanged for the different coordinate
538        system in pov-ray*/
# Line 437 | Line 563 | int main(argc, argv)
563              "#declare Height = 480.0;\n"
564              "#declare Ratio = Width / Height;\n"
565              "\n"
440 –            "#declare zoom = %lf;\n"
441 –            "\n"
566              "#declare ATOM_SPHERE_FACTOR = 0.2;\n"
567              "#declare BOND_RADIUS = 0.1;\n"
568              "\n"
569 <            "camera{\n"
570 <            "  location < %lf, %lf, %lf - zoom>\n"
571 <            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
572 <            "  look_at < %lf, %lf, %lf >\n"
573 <            "}\n"
574 <            "\n",
575 <            diagonal,
569 >            "// declare camera, light, and system variables\n"
570 >            "\n"
571 >            "#declare sysCenterX = %lf;\n"
572 >            "#declare sysCenterY = %lf;\n"
573 >            "#declare sysCenterZ = %lf;\n"
574 >            "\n"
575 >            "#declare zoom = %lf;\n"
576 >            "\n",
577              dx, dz, dy,
578 <            dx, dz, dy);
579 <
578 >            diagonal );
579 >    
580      fprintf(out_file,
581 +            "#declare cameraLookX = sysCenterX;\n"
582 +            "#declare cameraLookY = sysCenterY;\n"
583 +            "#declare cameraLookZ = sysCenterZ;\n"
584 +            "\n"
585 +            "#declare cameraX = cameraLookX;\n"
586 +            "#declare cameraY = cameraLookY;\n"
587 +            "#declare cameraZ = cameraLookZ - zoom;\n"
588 +            "\n"
589 +            "#declare lightAx = cameraX;\n"
590 +            "#declare lightAy = cameraY;\n"
591 +            "#declare lightAz = cameraZ;\n"
592 +            "\n"
593 +            "#declare lightBx = cameraX - zoom;\n"
594 +            "#declare lightBy = cameraY + zoom;\n"
595 +            "#declare lightBz = cameraZ;\n"
596 +            "\n"
597 +            "#declare boxCenterX = cameraLookX;\n"
598 +            "#declare boxCenterY = cameraLookY;\n"
599 +            "#declare boxCenterZ = cameraLookZ;\n"
600 +            "\n"
601 +            "// declare the cameras and the light sources\n"
602 +            "\n"
603 +            "camera{\n"
604 +            "  location < cameraX, cameraY, cameraZ>\n"
605 +            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
606 +            "  look_at < cameraLookX, cameraLookY, cameraLookZ >\n"
607 +            "}\n"
608 +            "\n"
609              "light_source{\n"
610 <            "  < %lf, %lf, %lf - zoom >\n"
611 <            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n",
612 <            dx, dz, dy);
460 <        
461 <    fprintf(out_file,
610 >            "  < lightAx, lightAy, lightAz >\n"
611 >            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
612 >            "\n"
613              "light_source{\n"
614 <            "  < %lf - zoom , %lf + zoom, %lf - zoom >\n"
614 >            "  < lightBx, lightBy, lightBz >\n"
615              "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
616              "\n"
617 <            "\n",
467 <            dx, dz, dy);
468 <
469 <    fprintf(out_file,
617 >            "\n"
618              "//************************************************************\n"
619              "// Set whether or not to rotate the system.\n"
620              "//\n"
# Line 497 | Line 645 | int main(argc, argv)
645              "  #declare A33 = cos(theta_r);\n"
646              "\n"
647              "#end\n"
648 +            "\n"
649 +            "\n"
650 +            "//************************************************************\n"
651 +            "// declare the periodic box macro\n"
652 +            "//************************************************************\n"
653 +            "\n"
654 +            "#macro makePeriodicBox( lengthX, lengthY, lengthZ )\n"
655 +            "\n"
656 +            "  #local addX = lengthX / 2.0;\n"
657 +            "  #local addY = lengthY / 2.0;\n"
658 +            "  #local addZ = lengthZ / 2.0;\n"
659 +            "\n"
660 +            "  #local colorR = 0.90;\n"
661 +            "  #local colorG = 0.91;\n"
662 +            "  #local colorB = 0.98;\n"
663 +            "\n"
664 +            "  #local pipeWidth = 0.4;\n"
665 +            "\n"
666 +            "  // 1\n"
667 +            "  cylinder{\n"
668 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
669 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
670 +            "    pipeWidth\n"
671 +            "    texture{\n"
672 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
673 +            "      finish{\n"
674 +            "        ambient .2\n"
675 +            "        diffuse .6\n"
676 +            "        specular 1\n"
677 +            "        roughness .001\n"
678 +            "        metallic\n"
679 +            "      }\n"
680 +            "    }\n"
681 +            "  }\n"
682 +            "\n"
683 +            "  // 2\n"
684 +            "  cylinder{\n"
685 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
686 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
687 +            "    pipeWidth\n"
688 +            "    texture{\n"
689 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
690 +            "      finish{\n"
691 +            "        ambient .2\n"
692 +            "        diffuse .6\n"
693 +            "        specular 1\n"
694 +            "        roughness .001\n"
695 +            "        metallic\n"
696 +            "      }\n"
697 +            "    }\n"
698 +            "  }\n"
699 +            "\n"
700 +            "  // 3\n"
701 +            "  cylinder{\n"
702 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
703 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
704 +            "    pipeWidth\n"
705 +            "    texture{\n"
706 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
707 +            "      finish{\n"
708 +            "        ambient .2\n"
709 +            "        diffuse .6\n"
710 +            "        specular 1\n"
711 +            "        roughness .001\n"
712 +            "        metallic\n"
713 +            "      }\n"
714 +            "    }\n"
715 +            "  }\n"
716 +            "\n"
717 +            "  // 4\n"
718 +            "  cylinder{\n"
719 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
720 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
721 +            "    pipeWidth\n"
722 +            "    texture{\n"
723 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
724 +            "      finish{\n"
725 +            "        ambient .2\n"
726 +            "        diffuse .6\n"
727 +            "        specular 1\n"
728 +            "        roughness .001\n"
729 +            "        metallic\n"
730 +            "      }\n"
731 +            "    }\n"
732 +            "  }\n"
733 +            "\n"
734 +            "  // 5\n"
735 +            "  cylinder{\n"
736 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
737 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
738 +            "    pipeWidth\n"
739 +            "    texture{\n"
740 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
741 +            "      finish{\n"
742 +            "        ambient .2\n"
743 +            "        diffuse .6\n"
744 +            "        specular 1\n"
745 +            "        roughness .001\n"
746 +            "        metallic\n"
747 +            "      }\n"
748 +            "    }\n"
749 +            "  }\n"
750 +            "\n"
751 +            "  // 6\n"
752 +            "  cylinder{\n"
753 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
754 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
755 +            "    pipeWidth\n"
756 +            "    texture{\n"
757 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
758 +            "      finish{\n"
759 +            "        ambient .2\n"
760 +            "        diffuse .6\n"
761 +            "        specular 1\n"
762 +            "        roughness .001\n"
763 +            "        metallic\n"
764 +            "      }\n"
765 +            "    }\n"
766 +            "  }\n"
767 +            "\n"
768 +            "  // 7\n"
769 +            "  cylinder{\n"
770 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
771 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
772 +            "    pipeWidth\n"
773 +            "    texture{\n"
774 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
775 +            "      finish{\n"
776 +            "        ambient .2\n"
777 +            "        diffuse .6\n"
778 +            "        specular 1\n"
779 +            "        roughness .001\n"
780 +            "        metallic\n"
781 +            "      }\n"
782 +            "    }\n"
783 +            "  }\n"
784 +            "\n"
785 +            "  // 8\n"
786 +            "  cylinder{\n"
787 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
788 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
789 +            "    pipeWidth\n"
790 +            "    texture{\n"
791 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
792 +            "      finish{\n"
793 +            "        ambient .2\n"
794 +            "        diffuse .6\n"
795 +            "        specular 1\n"
796 +            "        roughness .001\n"
797 +            "        metallic\n"
798 +            "      }\n"
799 +            "    }\n"
800 +            "  }\n"
801 +            "\n"
802 +            "  // 9\n"
803 +            "  cylinder{\n"
804 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
805 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
806 +            "    pipeWidth\n"
807 +            "    texture{\n"
808 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
809 +            "      finish{\n"
810 +            "        ambient .2\n"
811 +            "        diffuse .6\n"
812 +            "        specular 1\n"
813 +            "        roughness .001\n"
814 +            "        metallic\n"
815 +            "      }\n"
816 +            "    }\n"
817 +            "  }\n"
818 +            "\n"
819 +            "  // 10\n"
820 +            "  cylinder{\n"
821 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
822 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
823 +            "    pipeWidth\n"
824 +            "    texture{\n"
825 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
826 +            "      finish{\n"
827 +            "        ambient .2\n"
828 +            "        diffuse .6\n"
829 +            "        specular 1\n"
830 +            "        roughness .001\n"
831 +            "        metallic\n"
832 +            "      }\n"
833 +            "    }\n"
834 +            "  }\n"
835 +            "\n"
836 +            "  // 11\n"
837 +            "  cylinder{\n"
838 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
839 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
840 +            "    pipeWidth\n"
841 +            "    texture{\n"
842 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
843 +            "      finish{\n"
844 +            "        ambient .2\n"
845 +            "        diffuse .6\n"
846 +            "        specular 1\n"
847 +            "        roughness .001\n"
848 +            "        metallic\n"
849 +            "      }\n"
850 +            "    }\n"
851 +            "  }\n"
852 +            "\n"
853 +            "  // 12\n"
854 +            "  cylinder{\n"
855 +            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
856 +            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
857 +            "    pipeWidth\n"
858 +            "    texture{\n"
859 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
860 +            "      finish{\n"
861 +            "        ambient .2\n"
862 +            "        diffuse .6\n"
863 +            "        specular 1\n"
864 +            "        roughness .001\n"
865 +            "        metallic\n"
866 +            "      }\n"
867 +            "    }\n"
868 +            "  }\n"
869 +            "\n"
870 +            "#end\n"
871 +            "\n"
872              "\n");
873 <    
874 <    
873 >
874 >
875 >
876 >
877      make_header_macros(out_file);
878  
879      fclose(out_file);
# Line 527 | Line 901 | void usage(){
901                  "   -h            draw hydrogens\n"
902                  "   -b            draw bonds\n"
903                  "   -a            draw atoms\n"
904 +                "   -p            draw periodic box\n"
905 +                "   -r            regenerate bond\n"
906 +                "   -f <#>        render frame <#> only\n"
907 +                "   -s <#>        begin at frame <#> (inclusive)\n"
908 +                "   -e <#>        end at frame <#> (inclusive)\n"
909                  "\n",
910                  program_name);
911    exit(8);

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