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root/group/trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c
(Generate patch)

Comparing trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents):
Revision 61 by mmeineke, Thu Aug 1 21:12:33 2002 UTC vs.
Revision 629 by mmeineke, Thu Jul 17 15:47:36 2003 UTC

# Line 13 | Line 13
13  
14   #define POV_DIR "./pov"
15  
16 +
17   struct linked_xyz{
18    struct coords *r;
19 +  double Hmat[3][3];
20    struct linked_xyz *next;
21   };
22  
# Line 22 | Line 24 | int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
24   int draw_bonds = 0; /* boolean to draw bonds or not */
25   int draw_hydrogens = 0; /*boolean to draw hydrogens */
26   int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
27 + int draw_box = 0;  // boolean to draw the periodic Box
28 + int regenerateBonds = 0; // boolean to regenearate bonds each frame
29  
30   void usage(void);
31  
# Line 33 | Line 37 | int main(argc, argv)
37  
38    struct coords *out_coords;
39  
40 <  int i,j; /* loop counters */
40 >  int i,j,k; /* loop counters */
41    mode_t dir_mode = S_IRWXU;
42  
43    int generate_header = 0; /* boolean for generating the pov ray header */
# Line 64 | Line 68 | int main(argc, argv)
68    int nZeroes;
69    double count;
70  
71 +  int startFrame = 1;
72 +  int endFrame;
73 +  int span = 0;
74 +  int currentCount = 0;
75 +  int haveEnd = 0;
76 +
77    struct linked_xyz *current_frame;
78    struct linked_xyz *temp_frame;
79    
80    unsigned int n_interpolate = 0; /* number of frames to interpolate */
81    double dx, dy, dz; /* temp variables for interpolating distances */
82 +  double dm[3][3];
83 +  
84  
85    char pov_dir[500]; /* the pov_dir */
86  
87    program_name = argv[0]; /*save the program name in case we need it*/
88  
89 <
89 >
90    for( i = 1; i < argc; i++){
91      
92      if(argv[i][0] =='-'){
# Line 119 | Line 131 | int main(argc, argv)
131              done = 1;
132              break;
133  
134 +          case 'f':
135 +            // -f <#> => frame to render
136 +
137 +            i++;
138 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
139 +            endFrame = startFrame;
140 +            haveEnd = 1;
141 +            done = 1;
142 +            break;
143 +
144 +          case 's':
145 +            // -s <#> => frame to start
146 +
147 +            i++;
148 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
149 +            done = 1;
150 +            break;
151 +
152 +          case 'e':
153 +            // -e <#> => frame to end
154 +
155 +            i++;
156 +            endFrame =  atoi( argv[i] );
157 +            haveEnd = 1;
158 +            done = 1;
159 +            break;
160 +
161            case 'H':
162              // -h => generate a pov-ray Header
163              
# Line 143 | Line 182 | int main(argc, argv)
182              draw_atoms = 1;
183              break;
184  
185 +          case 'r':
186 +            // -r => regenerate bonds
187 +
188 +            regenerateBonds = 1;
189 +            break;
190 +
191 +          case 'p':
192 +            // -r => draw periodic box
193 +
194 +            draw_box = 1;
195 +            break;
196 +
197            default:
198  
199              (void)fprintf(stderr, "Bad option \"-%c\"\n", current_flag);
# Line 193 | Line 244 | int main(argc, argv)
244    // initialize atom type parser
245    
246    initializeParser();
247 +  initBondList();
248    
249    // count the number of frames
250  
# Line 229 | Line 281 | int main(argc, argv)
281    current_frame->next = NULL;
282    
283  
284 <  while(eof_test != NULL){
284 >  if( haveEnd ) span = endFrame - startFrame;
285 >  done = 0;
286 >  if( span < 0 ) done = 1;
287 >  while( (eof_test != NULL) && !done ){
288      
289      (void)sscanf(read_buffer, "%d", &n_atoms);
290      current_frame->r =
# Line 242 | Line 297 | int main(argc, argv)
297        printf("error in reading file\n");
298        exit(8);
299      }
300 +    
301 +    // unless we need to get the box size
302 +    
303 +    if( draw_box ){
304 +      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
305 +      if(foo == NULL){
306 +        printf("error in reading file\n");
307 +        exit(8);
308 +      }
309 +      
310 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
311 +      if(foo == NULL){
312 +        printf("error in reading file\n");
313 +        exit(8);
314 +      }
315 +      current_frame->Hmat[0][0] = atof( foo );
316  
317 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
318 +      if(foo == NULL){
319 +        printf("error in reading file\n");
320 +        exit(8);
321 +      }
322 +      current_frame->Hmat[1][0] = atof( foo );
323 +
324 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
325 +      if(foo == NULL){
326 +        printf("error in reading file\n");
327 +        exit(8);
328 +      }
329 +      current_frame->Hmat[2][0] = atof( foo );
330 +
331 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
332 +      if(foo == NULL){
333 +        printf("error in reading file\n");
334 +        exit(8);
335 +      }
336 +      current_frame->Hmat[0][1] = atof( foo );
337 +
338 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
339 +      if(foo == NULL){
340 +        printf("error in reading file\n");
341 +        exit(8);
342 +      }
343 +      current_frame->Hmat[1][1] = atof( foo );
344 +
345 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
346 +      if(foo == NULL){
347 +        printf("error in reading file\n");
348 +        exit(8);
349 +      }
350 +      current_frame->Hmat[2][1] = atof( foo );
351 +
352 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
353 +      if(foo == NULL){
354 +        printf("error in reading file\n");
355 +        exit(8);
356 +      }
357 +      current_frame->Hmat[0][2] = atof( foo );
358 +
359 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
360 +      if(foo == NULL){
361 +        printf("error in reading file\n");
362 +        exit(8);
363 +      }
364 +      current_frame->Hmat[1][2] = atof( foo );
365 +
366 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
367 +      if(foo == NULL){
368 +        printf("error in reading file\n");
369 +        exit(8);
370 +      }
371 +      current_frame->Hmat[2][2] = atof( foo );
372 +
373 +    }
374 +
375      for( i=0; i < n_atoms; i++){
376        
377        eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
# Line 252 | Line 381 | int main(argc, argv)
381        }
382  
383        foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
384 +      if(foo == NULL){
385 +        printf("error in reading file\n");
386 +        exit(8);
387 +      }
388        (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
389  
390        /* next we grab the positions */
# Line 286 | Line 419 | int main(argc, argv)
419        if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
420  
421      }
422 +    currentCount++;
423      
424 <    if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
425 <      
426 <      temp_frame = current_frame->next;
293 <      
294 <      for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
424 >    
425 >    if( currentCount >= startFrame ){
426 >      if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
427          
428 <        /* open the new output file */
428 >        temp_frame = current_frame->next;
429          
430 <        sprintf(out_name, out_format, n_out );
431 <        out_file = fopen(out_name, "w");
432 <        n_out++;
433 <        if(out_file == NULL){
434 <          printf("error opening output file: %s\n", out_name);
435 <          exit(8);
436 <        }
437 <        (void)fprintf(out_file,
438 <                      "// The following script was automatically generated by:\n"
439 <                      "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
440 <                      "\n"
441 <                      "#include \"pov_header.pov\"\n"
442 <                      "\n");
443 <
444 <        out_coords =
445 <          (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
446 <        
447 <        for(j=0; j < n_atoms; j++){
316 <          dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
317 <          dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
318 <          dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
430 >        for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
431 >          
432 >          /* open the new output file */
433 >          
434 >          sprintf(out_name, out_format, currentCount );
435 >          out_file = fopen(out_name, "w");
436 >          currentCount++;
437 >          if(out_file == NULL){
438 >            printf("error opening output file: %s\n", out_name);
439 >            exit(8);
440 >          }
441 >          (void)fprintf(out_file,
442 >                        "// The following script was automatically generated by:\n"
443 >                        "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
444 >                        "\n"
445 >                        "#include \"pov_header.pov\"\n"
446 >                        "\n");
447 >          if( draw_box ){
448  
449 <          dx /= (double)(n_interpolate + 1);
450 <          dy /= (double)(n_interpolate + 1);
451 <          dz /= (double)(n_interpolate + 1);
452 <    
453 <          strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
454 <          out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
455 <          out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
456 <          out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
449 >            for (j = 0; j < 3; j++) {
450 >              for (k = 0; k < 3; k++) {
451 >                dm[j][k] = current_frame->Hmat[j][k] - temp_frame->Hmat[j][k];
452 >                dm[j][k] /= (double)(n_interpolate + 1);
453 >              }
454 >            }
455 >                            
456 >            fprintf( out_file,
457 >                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf)\n"
458 >                     "\n",
459 >                     temp_frame->Hmat[0][0] + dm[0][0] * (i+1),
460 >                     temp_frame->Hmat[2][0] + dm[2][0] * (i+1),
461 >                     temp_frame->Hmat[1][0] + dm[1][0] * (i+1),
462 >                     temp_frame->Hmat[0][1] + dm[0][1] * (i+1),
463 >                     temp_frame->Hmat[2][1] + dm[2][1] * (i+1),
464 >                     temp_frame->Hmat[1][1] + dm[1][1] * (i+1),
465 >                     temp_frame->Hmat[0][2] + dm[0][2] * (i+1),
466 >                     temp_frame->Hmat[2][2] + dm[2][2] * (i+1),
467 >                     temp_frame->Hmat[1][2] + dm[1][2] * (i+1) );
468 >          }
469 >          
470 >          
471 >          out_coords =
472 >            (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
473 >          
474 >          for(j=0; j < n_atoms; j++){
475 >            dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
476 >            dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
477 >            dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
478 >            
479 >            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
480 >            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
481 >            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
482 >            
483 >            strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
484 >            out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
485 >            out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
486 >            out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
487 >          }
488 >          
489 >          pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
490 >                    draw_atoms);
491 >          free(out_coords);
492 >          (void)fclose(out_file);
493          }
494 +      }
495 +      
496 +      /* open the new output file */
497 +      
498 +      sprintf(out_name, out_format, currentCount );
499 +      out_file = fopen(out_name, "w");
500 +      if(out_file == NULL){
501 +        printf("error opening output file: %s\n", out_name);
502 +        exit(8);
503 +      }
504 +      (void)fprintf(out_file,
505 +                    "// The following script was automatically generated by:\n"
506 +                    "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
507 +                    "\n"
508 +                    "#include \"pov_header.pov\"\n"
509 +                    "\n");
510 +      
511 +      if( draw_box ){
512          
513 <        pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
514 <                  draw_atoms);
515 <        free(out_coords);
516 <        (void)fclose(out_file);
513 >        fprintf( out_file,
514 >                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf %lf )\n"
515 >                 "\n",
516 >                 current_frame->Hmat[0][0],
517 >                 current_frame->Hmat[2][0],
518 >                 current_frame->Hmat[1][0],
519 >                 current_frame->Hmat[0][1],
520 >                 current_frame->Hmat[2][1],
521 >                 current_frame->Hmat[1][1],
522 >                 current_frame->Hmat[0][2],
523 >                 current_frame->Hmat[2][2],
524 >                 current_frame->Hmat[1][2] );
525        }
526 +      
527 +      
528 +      
529 +      out_coords =
530 +        (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
531 +      
532 +      for(i = 0; i < n_atoms; i++){
533 +        strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
534 +        out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
535 +        out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
536 +        out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
537 +      }
538 +      pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
539 +                draw_atoms);
540 +      free(out_coords);
541 +      
542 +      (void)fclose(out_file);
543      }
336 –
337 –    /* open the new output file */
544      
339 –    sprintf(out_name, out_format, n_out );
340 –    out_file = fopen(out_name, "w");
341 –    n_out++;
342 –    if(out_file == NULL){
343 –      printf("error opening output file: %s\n", out_name);
344 –      exit(8);
345 –    }
346 –    (void)fprintf(out_file,
347 –                  "// The following script was automatically generated by:\n"
348 –                  "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
349 –                  "\n"
350 –                  "#include \"pov_header.pov\"\n"
351 –                  "\n");
352 –    
353 –    out_coords =
354 –      (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
355 –    
356 –    for(i = 0; i < n_atoms; i++){
357 –      strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
358 –      out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
359 –      out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
360 –      out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
361 –    }
362 –    pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
363 –              draw_atoms);
364 –    free(out_coords);
365 –    
366 –    (void)fclose(out_file);
367 –          
545      /*free up memory */
546  
547      temp_frame = current_frame->next;
# Line 384 | Line 561 | int main(argc, argv)
561      
562      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
563  
564 +    if( haveEnd ){
565 +      if( currentCount >= (endFrame + n_interpolate * span) ) done = 1;
566 +    }
567    }
568  
569    (void)fclose(in_file);
# Line 399 | Line 579 | int main(argc, argv)
579      diagonal = sqrt(rsqr);
580      diagonal *= 0.5;
581      
582 +    // calculate the center
583 +
584 +    dx = big_x + small_x;
585 +    dy = big_y + small_y;
586 +    dz = big_z + small_z;
587 +
588      dx /= 2.0;
589      dy /= 2.0;
590      dz /= 2.0;
591 <    
406 <    dx += small_x;
407 <    dy += small_y;
408 <    dz += small_z;
409 <    
591 >        
592  
593      /*note the y and z axis is exchanged for the different coordinate
594        system in pov-ray*/
# Line 437 | Line 619 | int main(argc, argv)
619              "#declare Height = 480.0;\n"
620              "#declare Ratio = Width / Height;\n"
621              "\n"
440 –            "#declare zoom = %lf;\n"
441 –            "\n"
622              "#declare ATOM_SPHERE_FACTOR = 0.2;\n"
623              "#declare BOND_RADIUS = 0.1;\n"
624              "\n"
625 <            "camera{\n"
626 <            "  location < %lf, %lf, %lf - zoom>\n"
627 <            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
628 <            "  look_at < %lf, %lf, %lf >\n"
629 <            "}\n"
625 >            "// declare camera, light, and system variables\n"
626 >            "\n"
627 >            "#declare sysCenterX = %lf;\n"
628 >            "#declare sysCenterY = %lf;\n"
629 >            "#declare sysCenterZ = %lf;\n"
630 >            "\n"
631 >            "#declare zoom = %lf;\n"
632              "\n",
451 –            diagonal,
633              dx, dz, dy,
634 <            dx, dz, dy);
635 <
634 >            diagonal );
635 >    
636      fprintf(out_file,
637 +            "#declare cameraLookX = sysCenterX;\n"
638 +            "#declare cameraLookY = sysCenterY;\n"
639 +            "#declare cameraLookZ = sysCenterZ;\n"
640 +            "\n"
641 +            "#declare cameraX = cameraLookX;\n"
642 +            "#declare cameraY = cameraLookY;\n"
643 +            "#declare cameraZ = cameraLookZ - zoom;\n"
644 +            "\n"
645 +            "#declare lightAx = cameraX;\n"
646 +            "#declare lightAy = cameraY;\n"
647 +            "#declare lightAz = cameraZ;\n"
648 +            "\n"
649 +            "#declare lightBx = cameraX - zoom;\n"
650 +            "#declare lightBy = cameraY + zoom;\n"
651 +            "#declare lightBz = cameraZ;\n"
652 +            "\n"
653 +            "#declare boxCenterX = cameraLookX;\n"
654 +            "#declare boxCenterY = cameraLookY;\n"
655 +            "#declare boxCenterZ = cameraLookZ;\n"
656 +            "\n"
657 +            "// declare the cameras and the light sources\n"
658 +            "\n"
659 +            "camera{\n"
660 +            "  location < cameraX, cameraY, cameraZ>\n"
661 +            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
662 +            "  look_at < cameraLookX, cameraLookY, cameraLookZ >\n"
663 +            "}\n"
664 +            "\n"
665              "light_source{\n"
666 <            "  < %lf, %lf, %lf - zoom >\n"
667 <            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n",
668 <            dx, dz, dy);
460 <        
461 <    fprintf(out_file,
666 >            "  < lightAx, lightAy, lightAz >\n"
667 >            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
668 >            "\n"
669              "light_source{\n"
670 <            "  < %lf - zoom , %lf + zoom, %lf - zoom >\n"
670 >            "  < lightBx, lightBy, lightBz >\n"
671              "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
672              "\n"
673 <            "\n",
467 <            dx, dz, dy);
468 <
469 <    fprintf(out_file,
673 >            "\n"
674              "//************************************************************\n"
675              "// Set whether or not to rotate the system.\n"
676              "//\n"
# Line 495 | Line 699 | int main(argc, argv)
699              "  #declare A31 = sin(phi_r) * sin(theta_r);\n"
700              "  #declare A32 = -cos(phi_r) * sin(theta_r);\n"
701              "  #declare A33 = cos(theta_r);\n"
702 +            "\n"
703 +            "#end\n"
704 +            "\n"
705 +            "\n"
706 +            "//************************************************************\n"
707 +            "// declare the periodic box macro\n"
708 +            "//************************************************************\n"
709 +            "\n"
710 +            "#macro makePeriodicBox( bx1, by1, bz1, bx2, by2, bz2, bx3, by3, bz3 )\n"
711 +            "\n"
712 +            "  #local bcx = (bx1 + bx2 + bx3) / 2.0;\n"
713 +            "  #local bcy = (by1 + by2 + by3) / 2.0;\n"
714 +            "  #local bcz = (bz1 + bz2 + bz3) / 2.0;\n"
715 +            "\n"
716 +            "  #local pAx = boxCenterX - bcx;\n"
717 +            "  #local pAy = boxCenterY - bcy;\n"
718 +            "  #local pAz = boxCenterZ - bcz;\n"
719 +            "  #local pBx = boxCenterX + bx1 - bcx;\n"
720 +            "  #local pBy = boxCenterY + by1 - bcy;\n"
721 +            "  #local pBz = boxCenterZ + bz1 - bcz;\n"
722 +            "  #local pCx = boxCenterX + bx2 - bcx;\n"
723 +            "  #local pCy = boxCenterY + by2 - bcy;\n"
724 +            "  #local pCz = boxCenterZ + bz2 - bcz;\n"
725 +            "  #local pDx = boxCenterX + bx3 - bcx;\n"
726 +            "  #local pDy = boxCenterY + by3 - bcy;\n"
727 +            "  #local pDz = boxCenterZ + bz3 - bcz;\n"
728 +            "  #local pEx = boxCenterX + bx1 + bx2 - bcx;\n"
729 +            "  #local pEy = boxCenterY + by1 + by2 - bcy;\n"
730 +            "  #local pEz = boxCenterZ + bz1 + bz2 - bcz;\n"
731 +            "  #local pFx = boxCenterX + bx1 + bx3 - bcx;\n"
732 +            "  #local pFy = boxCenterY + by1 + by3 - bcy;\n"
733 +            "  #local pFz = boxCenterZ + bz1 + bz3 - bcz;\n"
734 +            "  #local pGx = boxCenterX + bx2 + bx3 - bcx;\n"
735 +            "  #local pGy = boxCenterY + by2 + by3 - bcy;\n"
736 +            "  #local pGz = boxCenterZ + bz2 + bz3 - bcz;\n"
737 +            "  #local pHx = boxCenterX + bx1 + bx2 + bx3 - bcx;\n"
738 +            "  #local pHy = boxCenterY + by1 + by2 + by3 - bcy;\n"
739 +            "  #local pHz = boxCenterZ + bz1 + bz2 + bz3 - bcz;\n"
740 +            "\n"
741 +            "  #local colorR = 0.90;\n"
742 +            "  #local colorG = 0.91;\n"
743 +            "  #local colorB = 0.98;\n"
744 +            "\n"
745 +            "  #local pipeWidth = 0.4;\n"
746 +            "\n"
747 +            "  // 1\n"
748 +            "  cylinder{\n"
749 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
750 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
751 +            "    pipeWidth\n"
752 +            "    texture{\n"
753 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
754 +            "      finish{\n"
755 +            "        ambient .2\n"
756 +            "        diffuse .6\n"
757 +            "        specular 1\n"
758 +            "        roughness .001\n"
759 +            "        metallic\n"
760 +            "      }\n"
761 +            "    }\n"
762 +            "  }\n"
763 +            "\n"
764 +            "  // 2\n"
765 +            "  cylinder{\n"
766 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
767 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
768 +            "    pipeWidth\n"
769 +            "    texture{\n"
770 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
771 +            "      finish{\n"
772 +            "        ambient .2\n"
773 +            "        diffuse .6\n"
774 +            "        specular 1\n"
775 +            "        roughness .001\n"
776 +            "        metallic\n"
777 +            "      }\n"
778 +            "    }\n"
779 +            "  }\n"
780 +            "\n"
781 +            "  // 3\n"
782 +            "  cylinder{\n"
783 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
784 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
785 +            "    pipeWidth\n"
786 +            "    texture{\n"
787 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
788 +            "      finish{\n"
789 +            "        ambient .2\n"
790 +            "        diffuse .6\n"
791 +            "        specular 1\n"
792 +            "        roughness .001\n"
793 +            "        metallic\n"
794 +            "      }\n"
795 +            "    }\n"
796 +            "  }\n"
797 +            "\n"
798 +            "  // 4\n"
799 +            "  cylinder{\n"
800 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
801 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
802 +            "    pipeWidth\n"
803 +            "    texture{\n"
804 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
805 +            "      finish{\n"
806 +            "        ambient .2\n"
807 +            "        diffuse .6\n"
808 +            "        specular 1\n"
809 +            "        roughness .001\n"
810 +            "        metallic\n"
811 +            "      }\n"
812 +            "    }\n"
813 +            "  }\n"
814              "\n"
815 +            "  // 5\n"
816 +            "  cylinder{\n"
817 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
818 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
819 +            "    pipeWidth\n"
820 +            "    texture{\n"
821 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
822 +            "      finish{\n"
823 +            "        ambient .2\n"
824 +            "        diffuse .6\n"
825 +            "        specular 1\n"
826 +            "        roughness .001\n"
827 +            "        metallic\n"
828 +            "      }\n"
829 +            "    }\n"
830 +            "  }\n"
831 +            "\n"
832 +            "  // 6\n"
833 +            "  cylinder{\n"
834 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
835 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
836 +            "    pipeWidth\n"
837 +            "    texture{\n"
838 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
839 +            "      finish{\n"
840 +            "        ambient .2\n"
841 +            "        diffuse .6\n"
842 +            "        specular 1\n"
843 +            "        roughness .001\n"
844 +            "        metallic\n"
845 +            "      }\n"
846 +            "    }\n"
847 +            "  }\n"
848 +            "\n"
849 +            "  // 7\n"
850 +            "  cylinder{\n"
851 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
852 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
853 +            "    pipeWidth\n"
854 +            "    texture{\n"
855 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
856 +            "      finish{\n"
857 +            "        ambient .2\n"
858 +            "        diffuse .6\n"
859 +            "        specular 1\n"
860 +            "        roughness .001\n"
861 +            "        metallic\n"
862 +            "      }\n"
863 +            "    }\n"
864 +            "  }\n"
865 +            "\n"
866 +            "  // 8\n"
867 +            "  cylinder{\n"
868 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
869 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
870 +            "    pipeWidth\n"
871 +            "    texture{\n"
872 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
873 +            "      finish{\n"
874 +            "        ambient .2\n"
875 +            "        diffuse .6\n"
876 +            "        specular 1\n"
877 +            "        roughness .001\n"
878 +            "        metallic\n"
879 +            "      }\n"
880 +            "    }\n"
881 +            "  }\n"
882 +            "\n"
883 +            "  // 9\n"
884 +            "  cylinder{\n"
885 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
886 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
887 +            "    pipeWidth\n"
888 +            "    texture{\n"
889 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
890 +            "      finish{\n"
891 +            "        ambient .2\n"
892 +            "        diffuse .6\n"
893 +            "        specular 1\n"
894 +            "        roughness .001\n"
895 +            "        metallic\n"
896 +            "      }\n"
897 +            "    }\n"
898 +            "  }\n"
899 +            "\n"
900 +            "  // 10\n"
901 +            "  cylinder{\n"
902 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
903 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
904 +            "    pipeWidth\n"
905 +            "    texture{\n"
906 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
907 +            "      finish{\n"
908 +            "        ambient .2\n"
909 +            "        diffuse .6\n"
910 +            "        specular 1\n"
911 +            "        roughness .001\n"
912 +            "        metallic\n"
913 +            "      }\n"
914 +            "    }\n"
915 +            "  }\n"
916 +            "\n"
917 +            "  // 11\n"
918 +            "  cylinder{\n"
919 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
920 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
921 +            "    pipeWidth\n"
922 +            "    texture{\n"
923 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
924 +            "      finish{\n"
925 +            "        ambient .2\n"
926 +            "        diffuse .6\n"
927 +            "        specular 1\n"
928 +            "        roughness .001\n"
929 +            "        metallic\n"
930 +            "      }\n"
931 +            "    }\n"
932 +            "  }\n"
933 +            "\n"
934 +            "  // 12\n"
935 +            "  cylinder{\n"
936 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
937 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
938 +            "    pipeWidth\n"
939 +            "    texture{\n"
940 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
941 +            "      finish{\n"
942 +            "        ambient .2\n"
943 +            "        diffuse .6\n"
944 +            "        specular 1\n"
945 +            "        roughness .001\n"
946 +            "        metallic\n"
947 +            "      }\n"
948 +            "    }\n"
949 +            "  }\n"
950 +            "\n"
951              "#end\n"
952 +            "\n"
953              "\n");
954 <    
955 <    
954 >
955 >
956 >
957 >
958      make_header_macros(out_file);
959  
960      fclose(out_file);
# Line 527 | Line 982 | void usage(){
982                  "   -h            draw hydrogens\n"
983                  "   -b            draw bonds\n"
984                  "   -a            draw atoms\n"
985 +                "   -p            draw periodic box\n"
986 +                "   -r            regenerate bond\n"
987 +                "   -f <#>        render frame <#> only\n"
988 +                "   -s <#>        begin at frame <#> (inclusive)\n"
989 +                "   -e <#>        end at frame <#> (inclusive)\n"
990                  "\n",
991                  program_name);
992    exit(8);

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+ Added lines
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> Changed lines