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root/group/trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c
(Generate patch)

Comparing trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents):
Revision 515 by mmeineke, Thu May 1 17:36:33 2003 UTC vs.
Revision 625 by gezelter, Wed Jul 16 19:29:54 2003 UTC

# Line 16 | Line 16 | struct linked_xyz{
16  
17   struct linked_xyz{
18    struct coords *r;
19 <  double boxX, boxY, boxZ;
19 >  double Hmat[3][3];
20    struct linked_xyz *next;
21   };
22  
# Line 37 | Line 37 | int main(argc, argv)
37  
38    struct coords *out_coords;
39  
40 <  int i,j; /* loop counters */
40 >  int i,j,k; /* loop counters */
41    mode_t dir_mode = S_IRWXU;
42  
43    int generate_header = 0; /* boolean for generating the pov ray header */
# Line 79 | Line 79 | int main(argc, argv)
79    
80    unsigned int n_interpolate = 0; /* number of frames to interpolate */
81    double dx, dy, dz; /* temp variables for interpolating distances */
82 +  double dm[3][3];
83    
84  
85    char pov_dir[500]; /* the pov_dir */
# Line 311 | Line 312 | int main(argc, argv)
312          printf("error in reading file\n");
313          exit(8);
314        }
315 <      current_frame->boxX = atof( foo );
315 >      current_frame->Hmat[0][0] = atof( foo );
316  
317        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
318        if(foo == NULL){
319          printf("error in reading file\n");
320          exit(8);
321        }
322 <      current_frame->boxY = atof( foo );
322 >      current_frame->Hmat[1][0] = atof( foo );
323  
324        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
325        if(foo == NULL){
326          printf("error in reading file\n");
327          exit(8);
328        }
329 <      current_frame->boxZ = atof( foo );
329 >      current_frame->Hmat[2][0] = atof( foo );
330 >
331 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
332 >      if(foo == NULL){
333 >        printf("error in reading file\n");
334 >        exit(8);
335 >      }
336 >      current_frame->Hmat[0][1] = atof( foo );
337 >
338 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
339 >      if(foo == NULL){
340 >        printf("error in reading file\n");
341 >        exit(8);
342 >      }
343 >      current_frame->Hmat[1][1] = atof( foo );
344 >
345 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
346 >      if(foo == NULL){
347 >        printf("error in reading file\n");
348 >        exit(8);
349 >      }
350 >      current_frame->Hmat[2][1] = atof( foo );
351 >
352 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
353 >      if(foo == NULL){
354 >        printf("error in reading file\n");
355 >        exit(8);
356 >      }
357 >      current_frame->Hmat[0][2] = atof( foo );
358 >
359 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
360 >      if(foo == NULL){
361 >        printf("error in reading file\n");
362 >        exit(8);
363 >      }
364 >      current_frame->Hmat[1][2] = atof( foo );
365 >
366 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
367 >      if(foo == NULL){
368 >        printf("error in reading file\n");
369 >        exit(8);
370 >      }
371 >      current_frame->Hmat[2][2] = atof( foo );
372 >
373      }
374  
375      for( i=0; i < n_atoms; i++){
# Line 401 | Line 445 | int main(argc, argv)
445                          "#include \"pov_header.pov\"\n"
446                          "\n");
447            if( draw_box ){
448 <            dx = current_frame->boxX - temp_frame->boxX;
449 <            dy = current_frame->boxY - temp_frame->boxY;
450 <            dz = current_frame->boxZ - temp_frame->boxZ;
451 <            
452 <            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
453 <            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
454 <            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
455 <            
448 >
449 >            for (j = 0; j < 3; j++) {
450 >              for (k = 0; k < 3; k++) {
451 >                dm[j][k] = current_frame->Hmat[j][k] - temp_frame->Hmat[j][k];
452 >                dm[j][k] /= (double)(n_interpolate + 1);
453 >              }
454 >            }
455 >                            
456              fprintf( out_file,
457 <                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf )\n"
457 >                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf)\n"
458                       "\n",
459 <                     temp_frame->boxX + dx * (i+1),
460 <                     temp_frame->boxZ + dz * (i+1),
461 <                     temp_frame->boxY + dy * (i+1) );
459 >                     temp_frame->Hmat[0][0] + dm[0][0] * (i+1),
460 >                     temp_frame->Hmat[1][0] + dm[1][0] * (i+1),
461 >                     temp_frame->Hmat[2][0] + dm[2][0] * (i+1),
462 >                     temp_frame->Hmat[0][1] + dm[0][1] * (i+1),
463 >                     temp_frame->Hmat[1][1] + dm[1][1] * (i+1),
464 >                     temp_frame->Hmat[2][1] + dm[2][1] * (i+1),
465 >                     temp_frame->Hmat[0][2] + dm[0][2] * (i+1),
466 >                     temp_frame->Hmat[1][2] + dm[1][2] * (i+1),
467 >                     temp_frame->Hmat[2][2] + dm[2][2] * (i+1) );
468            }
469            
470            
# Line 461 | Line 511 | int main(argc, argv)
511        if( draw_box ){
512          
513          fprintf( out_file,
514 <                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf )\n"
514 >                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf %lf )\n"
515                   "\n",
516 <                 current_frame->boxX,
517 <                 current_frame->boxZ,
518 <                 current_frame->boxY );
516 >                 current_frame->Hmat[0][0],
517 >                 current_frame->Hmat[1][0],
518 >                 current_frame->Hmat[2][0],
519 >                 current_frame->Hmat[0][1],
520 >                 current_frame->Hmat[1][1],
521 >                 current_frame->Hmat[2][1],
522 >                 current_frame->Hmat[0][2],
523 >                 current_frame->Hmat[1][2],
524 >                 current_frame->Hmat[2][2] );
525        }
526        
527        
# Line 651 | Line 707 | int main(argc, argv)
707              "// declare the periodic box macro\n"
708              "//************************************************************\n"
709              "\n"
710 <            "#macro makePeriodicBox( lengthX, lengthY, lengthZ )\n"
710 >            "#macro makePeriodicBox( bx1, by1, bz1, bx2, by2, bz2, bx3, by3, bz3 )\n"
711              "\n"
712 <            "  #local addX = lengthX / 2.0;\n"
713 <            "  #local addY = lengthY / 2.0;\n"
714 <            "  #local addZ = lengthZ / 2.0;\n"
712 >            "  #local pAx = -boxCenterX;\n"
713 >            "  #local pAy = -boxCenterY;\n"
714 >            "  #local pAz = -boxCenterZ;\n"
715 >            "  #local pBx = bx1 - boxCenterX;\n"
716 >            "  #local pBy = by1 - boxCenterY;\n"
717 >            "  #local pBz = bz1 - boxCenterZ;\n"
718 >            "  #local pCx = bx2 - boxCenterX;\n"
719 >            "  #local pCy = by2 - boxCenterY;\n"
720 >            "  #local pCz = bz2 - boxCenterZ;\n"
721 >            "  #local pDx = bx3 - boxCenterX;\n"
722 >            "  #local pDy = by3 - boxCenterY;\n"
723 >            "  #local pDz = bz3 - boxCenterZ;\n"
724 >            "  #local pEx = bx1 + bx2 - boxCenterX;\n"
725 >            "  #local pEy = by1 + by2 - boxCenterY;\n"
726 >            "  #local pEz = bz1 + bz2 - boxCenterZ;\n"
727 >            "  #local pFx = bx1 + bx3 - boxCenterX;\n"
728 >            "  #local pFy = by1 + by3 - boxCenterY;\n"
729 >            "  #local pFz = bz1 + bz3 - boxCenterZ;\n"
730 >            "  #local pGx = bx2 + bx3 - boxCenterX;\n"
731 >            "  #local pGy = by2 + by3 - boxCenterY;\n"
732 >            "  #local pGz = bz2 + bz3 - boxCenterZ;\n"
733 >            "  #local pHx = bx1 + bx2 + bx3 - boxCenterX;\n"
734 >            "  #local pHy = by1 + by2 + by3 - boxCenterY;\n"
735 >            "  #local pHz = bz1 + bz2 + bz3 - boxCenterZ;\n"
736              "\n"
737              "  #local colorR = 0.90;\n"
738              "  #local colorG = 0.91;\n"
# Line 665 | Line 742 | int main(argc, argv)
742              "\n"
743              "  // 1\n"
744              "  cylinder{\n"
745 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
746 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
745 >            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
746 >            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
747              "    pipeWidth\n"
748              "    texture{\n"
749              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 682 | Line 759 | int main(argc, argv)
759              "\n"
760              "  // 2\n"
761              "  cylinder{\n"
762 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
763 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
762 >            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
763 >            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
764              "    pipeWidth\n"
765              "    texture{\n"
766              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 699 | Line 776 | int main(argc, argv)
776              "\n"
777              "  // 3\n"
778              "  cylinder{\n"
779 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
780 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
779 >            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
780 >            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
781              "    pipeWidth\n"
782              "    texture{\n"
783              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 716 | Line 793 | int main(argc, argv)
793              "\n"
794              "  // 4\n"
795              "  cylinder{\n"
796 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
797 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
796 >            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
797 >            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
798              "    pipeWidth\n"
799              "    texture{\n"
800              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 733 | Line 810 | int main(argc, argv)
810              "\n"
811              "  // 5\n"
812              "  cylinder{\n"
813 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
814 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
813 >            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
814 >            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
815              "    pipeWidth\n"
816              "    texture{\n"
817              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 750 | Line 827 | int main(argc, argv)
827              "\n"
828              "  // 6\n"
829              "  cylinder{\n"
830 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
831 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
830 >            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
831 >            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
832              "    pipeWidth\n"
833              "    texture{\n"
834              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 767 | Line 844 | int main(argc, argv)
844              "\n"
845              "  // 7\n"
846              "  cylinder{\n"
847 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
848 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
847 >            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
848 >            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
849              "    pipeWidth\n"
850              "    texture{\n"
851              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 784 | Line 861 | int main(argc, argv)
861              "\n"
862              "  // 8\n"
863              "  cylinder{\n"
864 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
865 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY-addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
864 >            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
865 >            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
866              "    pipeWidth\n"
867              "    texture{\n"
868              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 801 | Line 878 | int main(argc, argv)
878              "\n"
879              "  // 9\n"
880              "  cylinder{\n"
881 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
882 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
881 >            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
882 >            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
883              "    pipeWidth\n"
884              "    texture{\n"
885              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 818 | Line 895 | int main(argc, argv)
895              "\n"
896              "  // 10\n"
897              "  cylinder{\n"
898 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
899 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
898 >            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
899 >            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
900              "    pipeWidth\n"
901              "    texture{\n"
902              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 835 | Line 912 | int main(argc, argv)
912              "\n"
913              "  // 11\n"
914              "  cylinder{\n"
915 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ+addZ >,\n"
916 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
915 >            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
916 >            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
917              "    pipeWidth\n"
918              "    texture{\n"
919              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
# Line 852 | Line 929 | int main(argc, argv)
929              "\n"
930              "  // 12\n"
931              "  cylinder{\n"
932 <            "    < boxCenterX+addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
933 <            "    < boxCenterX-addX, boxCenterY+addY, boxCenterZ-addZ >,\n"
932 >            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
933 >            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
934              "    pipeWidth\n"
935              "    texture{\n"
936              "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"

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