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root/group/trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c
(Generate patch)

Comparing trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents):
Revision 508 by mmeineke, Tue Apr 29 15:21:34 2003 UTC vs.
Revision 2750 by tim, Fri May 12 19:24:30 2006 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 +
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5   #include <string.h>
# Line 16 | Line 18 | struct linked_xyz{
18  
19   struct linked_xyz{
20    struct coords *r;
21 +  double Hmat[3][3];
22    struct linked_xyz *next;
23   };
24  
# Line 23 | Line 26 | int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
26   int draw_bonds = 0; /* boolean to draw bonds or not */
27   int draw_hydrogens = 0; /*boolean to draw hydrogens */
28   int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
29 + int draw_vectors = 0; /*boolean to draw vectors */
30 + int draw_box = 0;  // boolean to draw the periodic Box
31   int regenerateBonds = 0; // boolean to regenearate bonds each frame
32  
33   void usage(void);
34 + int count_tokens(char *line, char *delimiters);
35  
36   int main(argc, argv)
37       int argc;
# Line 35 | Line 41 | int main(argc, argv)
41  
42    struct coords *out_coords;
43  
44 <  int i,j; /* loop counters */
44 >  int i,j,k; /* loop counters */
45    mode_t dir_mode = S_IRWXU;
46  
47    int generate_header = 0; /* boolean for generating the pov ray header */
# Line 45 | Line 51 | int main(argc, argv)
51    double small_x = 0;
52    double small_y = 0; /* lets me know the smallest x, y, z */
53    double small_z = 0;
54 +  int extremaSet = 0;
55    double rsqr; /* the square of the diagonal */
56    double diagonal; /* the diagonal length of the sim box */
57  
58    unsigned int n_atoms; /*the number of atoms in each time step */
59 <  char read_buffer[120]; /*the line buffer for reading */
59 >  char read_buffer[2000]; /*the line buffer for reading */
60    char *eof_test; /*ptr to see when we reach the end of the file */
61    char *foo; /*the pointer to the current string token */
62    FILE *in_file; /* the input file */
# Line 64 | Line 71 | int main(argc, argv)
71    char current_flag;
72    int nFrames;
73    int nZeroes;
74 +  int nTokens;
75    double count;
76  
77 +  int startFrame = 1;
78 +  int endFrame;
79 +  int span = 0;
80 +  int currentCount = 0;
81 +  int haveEnd = 0;
82 +
83    struct linked_xyz *current_frame;
84    struct linked_xyz *temp_frame;
85    
86    unsigned int n_interpolate = 0; /* number of frames to interpolate */
87    double dx, dy, dz; /* temp variables for interpolating distances */
88 +  double dm[3][3];
89 +  
90  
91    char pov_dir[500]; /* the pov_dir */
92  
# Line 118 | Line 134 | int main(argc, argv)
134  
135              i++;
136              n_interpolate = atoi( argv[i] );
137 +            done = 1;
138 +            break;
139 +
140 +          case 'f':
141 +            // -f <#> => frame to render
142 +
143 +            i++;
144 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
145 +            endFrame = startFrame;
146 +            haveEnd = 1;
147 +            done = 1;
148 +            break;
149 +
150 +          case 's':
151 +            // -s <#> => frame to start
152 +
153 +            i++;
154 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
155              done = 1;
156              break;
157  
158 +          case 'e':
159 +            // -e <#> => frame to end
160 +
161 +            i++;
162 +            endFrame =  atoi( argv[i] );
163 +            haveEnd = 1;
164 +            done = 1;
165 +            break;
166 +
167            case 'H':
168              // -h => generate a pov-ray Header
169              
# Line 145 | Line 188 | int main(argc, argv)
188              draw_atoms = 1;
189              break;
190  
191 +          case 'v':
192 +            // -v => draw the vectors
193 +
194 +            draw_vectors = 1;
195 +            break;
196 +
197            case 'r':
198              // -r => regenerate bonds
199  
200              regenerateBonds = 1;
201              break;
202  
203 +          case 'p':
204 +            // -r => draw periodic box
205 +
206 +            draw_box = 1;
207 +            break;
208 +
209            default:
210  
211              (void)fprintf(stderr, "Bad option \"-%c\"\n", current_flag);
# Line 228 | Line 283 | int main(argc, argv)
283      out_prefix = strtok(in_name, ".");
284    }
285  
286 <  sprintf( out_format, "%s%s%%0%dd.pov", pov_dir, out_prefix, nZeroes );
286 >  sprintf( out_format, "%s%s-%%0%dd.pov", pov_dir, out_prefix, nZeroes );
287  
288    // start reading the first frame
289  
# Line 238 | Line 293 | int main(argc, argv)
293    current_frame->next = NULL;
294    
295  
296 <  while(eof_test != NULL){
296 >  if( haveEnd ) span = endFrame - startFrame;
297 >  done = 0;
298 >  if( span < 0 ) done = 1;
299 >  while( (eof_test != NULL) && !done ){
300      
301      (void)sscanf(read_buffer, "%d", &n_atoms);
302      current_frame->r =
# Line 251 | Line 309 | int main(argc, argv)
309        printf("error in reading file\n");
310        exit(8);
311      }
312 <
313 <    for( i=0; i < n_atoms; i++){
312 >    
313 >    // unless we need to get the box size
314 >    
315 >    if( draw_box ){
316 >      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
317 >      if(foo == NULL){
318 >        printf("error in reading file time\n");
319 >        exit(8);
320 >      }
321        
322 <      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
323 <      if(eof_test == NULL){
324 <        printf("error in reading file\n");
322 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
323 >      if(foo == NULL){
324 >        printf("error in reading file h00\n");
325          exit(8);
326        }
327 +      current_frame->Hmat[0][0] = atof( foo );
328  
329 <      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
330 <      (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
329 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
330 >      if(foo == NULL){
331 >        printf("error in reading file h10\n");
332 >        exit(8);
333 >      }
334 >      current_frame->Hmat[1][0] = atof( foo );
335  
266 –      /* next we grab the positions */
267 –      
336        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
337        if(foo == NULL){
338 <        printf("error in reading file\n");
338 >        printf("error in reading file h20\n");
339          exit(8);
340        }
341 <      (void)sscanf(foo, "%lf",&current_frame->r[i].x);
342 <      if(current_frame->r[i].x > big_x) big_x = current_frame->r[i].x;
275 <      if(current_frame->r[i].x < small_x) small_x = current_frame->r[i].x;
276 <            
277 <  
341 >      current_frame->Hmat[2][0] = atof( foo );
342 >
343        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
344        if(foo == NULL){
345 <        printf("error in reading file\n");
345 >        printf("error in reading file h01\n");
346          exit(8);
347        }
348 <      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].y);
284 <      if(current_frame->r[i].y > big_y) big_y = current_frame->r[i].y;
285 <      if(current_frame->r[i].y < small_y) small_y = current_frame->r[i].y;
348 >      current_frame->Hmat[0][1] = atof( foo );
349  
350 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
351 +      if(foo == NULL){
352 +        printf("error in reading file h11\n");
353 +        exit(8);
354 +      }
355 +      current_frame->Hmat[1][1] = atof( foo );
356  
357        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
358        if(foo == NULL){
359 <        printf("error in reading file\n");
359 >        printf("error in reading file h21\n");
360          exit(8);
361        }
362 <      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].z);
294 <      if(current_frame->r[i].z > big_z) big_z = current_frame->r[i].z;
295 <      if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
362 >      current_frame->Hmat[2][1] = atof( foo );
363  
364 <    }
365 <    
366 <    if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
367 <      
368 <      temp_frame = current_frame->next;
369 <      
303 <      for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
304 <        
305 <        /* open the new output file */
306 <        
307 <        sprintf(out_name, out_format, n_out );
308 <        out_file = fopen(out_name, "w");
309 <        n_out++;
310 <        if(out_file == NULL){
311 <          printf("error opening output file: %s\n", out_name);
312 <          exit(8);
313 <        }
314 <        (void)fprintf(out_file,
315 <                      "// The following script was automatically generated by:\n"
316 <                      "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
317 <                      "\n"
318 <                      "#include \"pov_header.pov\"\n"
319 <                      "\n");
364 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
365 >      if(foo == NULL){
366 >        printf("error in reading file h02\n");
367 >        exit(8);
368 >      }
369 >      current_frame->Hmat[0][2] = atof( foo );
370  
371 <        out_coords =
372 <          (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
373 <        
374 <        for(j=0; j < n_atoms; j++){
375 <          dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
376 <          dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
327 <          dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
371 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
372 >      if(foo == NULL){
373 >        printf("error in reading file h12\n");
374 >        exit(8);
375 >      }
376 >      current_frame->Hmat[1][2] = atof( foo );
377  
378 <          dx /= (double)(n_interpolate + 1);
379 <          dy /= (double)(n_interpolate + 1);
380 <          dz /= (double)(n_interpolate + 1);
381 <    
333 <          strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
334 <          out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
335 <          out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
336 <          out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
337 <        }
338 <        
339 <        pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
340 <                  draw_atoms);
341 <        free(out_coords);
342 <        (void)fclose(out_file);
378 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
379 >      if(foo == NULL){
380 >        printf("error in reading file h22\n");
381 >        exit(8);
382        }
383 <    }
383 >      current_frame->Hmat[2][2] = atof( foo );
384  
346 –    /* open the new output file */
347 –    
348 –    sprintf(out_name, out_format, n_out );
349 –    out_file = fopen(out_name, "w");
350 –    n_out++;
351 –    if(out_file == NULL){
352 –      printf("error opening output file: %s\n", out_name);
353 –      exit(8);
385      }
386 <    (void)fprintf(out_file,
387 <                  "// The following script was automatically generated by:\n"
388 <                  "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
389 <                  "\n"
390 <                  "#include \"pov_header.pov\"\n"
391 <                  "\n");
392 <    
393 <    out_coords =
394 <      (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
386 >
387 >    for( i=0; i < n_atoms; i++){
388 >      
389 >      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
390 >      if(eof_test == NULL){
391 >        printf("error in reading file line at atom %d\n", i);
392 >        exit(8);
393 >      }
394 >
395 >      nTokens = count_tokens(read_buffer, " ,;\t");
396 >
397 >      if (nTokens < 4) {
398 >        printf("Not enough tokens while parsing file at atom %d\n", i);
399 >        exit(8);
400 >      }
401 >
402 >      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
403 >      (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
404 >
405 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
406 >      (void)sscanf(foo, "%lf",&current_frame->r[i].x);
407 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
408 >      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].y);
409 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
410 >      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].z);
411 >
412 >      if (extremaSet) {
413 >        if(current_frame->r[i].x > big_x) big_x = current_frame->r[i].x;
414 >        if(current_frame->r[i].x < small_x) small_x = current_frame->r[i].x;
415 >        
416 >        if(current_frame->r[i].y > big_y) big_y = current_frame->r[i].y;
417 >        if(current_frame->r[i].y < small_y) small_y = current_frame->r[i].y;
418 >        
419 >        if(current_frame->r[i].z > big_z) big_z = current_frame->r[i].z;
420 >        if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
421 >      } else {
422 >        big_x = current_frame->r[i].x;
423 >        small_x = current_frame->r[i].x;
424 >        
425 >        big_y = current_frame->r[i].y;
426 >        small_y = current_frame->r[i].y;
427 >        
428 >        big_z = current_frame->r[i].z;
429 >        small_z = current_frame->r[i].z;
430 >
431 >        extremaSet = 1;
432 >
433 >      }
434 >
435 >      if (nTokens == 5 || nTokens > 7) {
436 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
437 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].charge);
438 >        current_frame->r[i].hasCharge = 1;
439 >      } else {
440 >        current_frame->r[i].hasCharge = 0;
441 >      }
442 >
443 >      
444 >      if (nTokens >= 7) {
445 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
446 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].ux);
447 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
448 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].uy);
449 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
450 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].uz);
451 >        current_frame->r[i].hasVector = 1;
452 >      } else {
453 >        current_frame->r[i].hasVector = 0;
454 >      }
455 >
456 >      if (nTokens >= 10) {
457 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
458 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].vx);
459 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
460 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].vy);
461 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
462 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].vz);
463 >        current_frame->r[i].hasSecondVector = 1;
464 >      } else {
465 >        current_frame->r[i].hasSecondVector = 0;
466 >      }
467 >
468 >
469 >
470 >    }
471 >    currentCount++;
472      
473 <    for(i = 0; i < n_atoms; i++){
474 <      strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
475 <      out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
476 <      out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
477 <      out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
473 >    
474 >    if( currentCount >= startFrame ){
475 >      if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
476 >        
477 >        temp_frame = current_frame->next;
478 >        
479 >        for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
480 >          
481 >          /* open the new output file */
482 >          
483 >          sprintf(out_name, out_format, currentCount );
484 >          out_file = fopen(out_name, "w");
485 >          currentCount++;
486 >          if(out_file == NULL){
487 >            printf("error opening output file: %s\n", out_name);
488 >            exit(8);
489 >          }
490 >          (void)fprintf(out_file,
491 >                        "// The following script was automatically generated by:\n"
492 >                        "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
493 >                        "\n"
494 >                        "#include \"pov_header.pov\"\n"
495 >                        "\n");
496 >          if( draw_box ){
497 >
498 >            for (j = 0; j < 3; j++) {
499 >              for (k = 0; k < 3; k++) {
500 >                dm[j][k] = current_frame->Hmat[j][k] - temp_frame->Hmat[j][k];
501 >                dm[j][k] /= (double)(n_interpolate + 1);
502 >              }
503 >            }
504 >                            
505 >            fprintf( out_file,
506 >                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf)\n"
507 >                     "\n",
508 >                     temp_frame->Hmat[0][0] + dm[0][0] * (i+1),
509 >                     temp_frame->Hmat[2][0] + dm[2][0] * (i+1),
510 >                     temp_frame->Hmat[1][0] + dm[1][0] * (i+1),
511 >                     temp_frame->Hmat[0][1] + dm[0][1] * (i+1),
512 >                     temp_frame->Hmat[2][1] + dm[2][1] * (i+1),
513 >                     temp_frame->Hmat[1][1] + dm[1][1] * (i+1),
514 >                     temp_frame->Hmat[0][2] + dm[0][2] * (i+1),
515 >                     temp_frame->Hmat[2][2] + dm[2][2] * (i+1),
516 >                     temp_frame->Hmat[1][2] + dm[1][2] * (i+1) );
517 >          }
518 >          
519 >          
520 >          out_coords =
521 >            (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
522 >          
523 >          for(j=0; j < n_atoms; j++){
524 >            dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
525 >            dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
526 >            dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
527 >            
528 >            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
529 >            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
530 >            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
531 >            
532 >            strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
533 >            out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
534 >            out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
535 >            out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
536 >
537 >            if (current_frame->r[j].hasVector) {              
538 >              dx = current_frame->r[j].ux - temp_frame->r[j].ux;
539 >              dy = current_frame->r[j].uy - temp_frame->r[j].uy;
540 >              dz = current_frame->r[j].uz - temp_frame->r[j].uz;
541 >              
542 >              dx /= (double)(n_interpolate + 1);
543 >              dy /= (double)(n_interpolate + 1);
544 >              dz /= (double)(n_interpolate + 1);
545 >              
546 >              out_coords[j].hasVector = current_frame->r[j].hasVector;
547 >              out_coords[j].ux = temp_frame->r[j].ux + dx * (i+1);
548 >              out_coords[j].uy = temp_frame->r[j].uy + dy * (i+1);
549 >              out_coords[j].uz = temp_frame->r[j].uz + dz * (i+1);
550 >            }
551 >
552 >            if (current_frame->r[j].hasSecondVector) {              
553 >              dx = current_frame->r[j].vx - temp_frame->r[j].vx;
554 >              dy = current_frame->r[j].vy - temp_frame->r[j].vy;
555 >              dz = current_frame->r[j].vz - temp_frame->r[j].vz;
556 >              
557 >              dx /= (double)(n_interpolate + 1);
558 >              dy /= (double)(n_interpolate + 1);
559 >              dz /= (double)(n_interpolate + 1);
560 >              
561 >              out_coords[j].hasVector = current_frame->r[j].hasSecondVector;
562 >              out_coords[j].vx = temp_frame->r[j].vx + dx * (i+1);
563 >              out_coords[j].vy = temp_frame->r[j].vy + dy * (i+1);
564 >              out_coords[j].vz = temp_frame->r[j].vz + dz * (i+1);
565 >            }
566 >
567 >            if (current_frame->r[j].hasCharge) {              
568 >              dx = current_frame->r[j].charge - temp_frame->r[j].charge;
569 >              
570 >              dx /= (double)(n_interpolate + 1);
571 >              
572 >              out_coords[j].hasCharge = current_frame->r[j].hasCharge;
573 >              out_coords[j].charge = temp_frame->r[j].charge + dx * (i+1);
574 >            }
575 >
576 >          }
577 >          
578 >          pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
579 >                    draw_atoms, draw_vectors);
580 >          free(out_coords);
581 >          (void)fclose(out_file);
582 >        }
583 >      }
584 >      
585 >      /* open the new output file */
586 >      
587 >      sprintf(out_name, out_format, currentCount );
588 >      out_file = fopen(out_name, "w");
589 >      if(out_file == NULL){
590 >        printf("error opening output file: %s\n", out_name);
591 >        exit(8);
592 >      }
593 >      (void)fprintf(out_file,
594 >                    "// The following script was automatically generated by:\n"
595 >                    "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
596 >                    "\n"
597 >                    "#include \"pov_header.pov\"\n"
598 >                    "\n");
599 >      
600 >      if( draw_box ){
601 >        
602 >        fprintf( out_file,
603 >                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf )\n"
604 >                 "\n",
605 >                 current_frame->Hmat[0][0],
606 >                 current_frame->Hmat[2][0],
607 >                 current_frame->Hmat[1][0],
608 >                 current_frame->Hmat[0][1],
609 >                 current_frame->Hmat[2][1],
610 >                 current_frame->Hmat[1][1],
611 >                 current_frame->Hmat[0][2],
612 >                 current_frame->Hmat[2][2],
613 >                 current_frame->Hmat[1][2] );
614 >      }
615 >      
616 >      
617 >      
618 >      out_coords =
619 >        (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
620 >      
621 >      for(i = 0; i < n_atoms; i++){
622 >        strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
623 >        out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
624 >        out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
625 >        out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
626 >
627 >        if (current_frame->r[i].hasVector) {              
628 >          out_coords[i].hasVector = current_frame->r[i].hasVector;
629 >          out_coords[i].ux = current_frame->r[i].ux;
630 >          out_coords[i].uy = current_frame->r[i].uy;
631 >          out_coords[i].uz = current_frame->r[i].uz;
632 >        }
633 >
634 >        if (current_frame->r[i].hasSecondVector) {              
635 >          out_coords[i].hasSecondVector = current_frame->r[i].hasSecondVector;
636 >          out_coords[i].vx = current_frame->r[i].vx;
637 >          out_coords[i].vy = current_frame->r[i].vy;
638 >          out_coords[i].vz = current_frame->r[i].vz;
639 >        }
640 >
641 >        if (current_frame->r[i].hasCharge) {              
642 >          out_coords[i].hasCharge = current_frame->r[i].hasCharge;
643 >          out_coords[i].charge = current_frame->r[i].charge;
644 >        }
645 >      }
646 >      pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
647 >                draw_atoms, draw_vectors);
648 >      free(out_coords);
649 >      
650 >      (void)fclose(out_file);
651      }
371 –    pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
372 –              draw_atoms);
373 –    free(out_coords);
652      
375 –    (void)fclose(out_file);
376 –          
653      /*free up memory */
654  
655      temp_frame = current_frame->next;
# Line 393 | Line 669 | int main(argc, argv)
669      
670      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
671  
672 +    if( haveEnd ){
673 +      if( currentCount >= (endFrame + n_interpolate * span) ) done = 1;
674 +    }
675    }
676  
677    (void)fclose(in_file);
# Line 408 | Line 687 | int main(argc, argv)
687      diagonal = sqrt(rsqr);
688      diagonal *= 0.5;
689      
690 +    // calculate the center
691 +
692 +    dx = big_x + small_x;
693 +    dy = big_y + small_y;
694 +    dz = big_z + small_z;
695 +
696      dx /= 2.0;
697      dy /= 2.0;
698      dz /= 2.0;
699 <    
415 <    dx += small_x;
416 <    dy += small_y;
417 <    dz += small_z;
418 <    
699 >        
700  
701      /*note the y and z axis is exchanged for the different coordinate
702        system in pov-ray*/
# Line 426 | Line 707 | int main(argc, argv)
707      fprintf(out_file,
708              "// The following script was automatically generated by:\n"
709              "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
710 +            "#include \"colors.inc\"\n"
711 +            "#include \"math.inc\"\n"
712              "\n"
713              "\n"
714              "background { rgb <1.0, 1.0, 1.0> }\n"
# Line 446 | Line 729 | int main(argc, argv)
729              "#declare Height = 480.0;\n"
730              "#declare Ratio = Width / Height;\n"
731              "\n"
449 –            "#declare zoom = %lf;\n"
450 –            "\n"
732              "#declare ATOM_SPHERE_FACTOR = 0.2;\n"
733              "#declare BOND_RADIUS = 0.1;\n"
734 +            "#declare VECTOR_SCALE = 1.0;\n"    
735 +            "#declare STICK_RADIUS = 0.5 * BOND_RADIUS;\n"
736 +            "#declare CONE_RADIUS = 2.0 * STICK_RADIUS;\n"
737 +            "#declare CONE_FRACTION = 0.15;\n"
738              "\n"
739 <            "camera{\n"
740 <            "  location < %lf, %lf, %lf - zoom>\n"
741 <            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
742 <            "  look_at < %lf, %lf, %lf >\n"
743 <            "}\n"
739 >            "// declare camera, light, and system variables\n"
740 >            "\n"
741 >            "#declare sysCenterX = %lf;\n"
742 >            "#declare sysCenterY = %lf;\n"
743 >            "#declare sysCenterZ = %lf;\n"
744 >            "\n"
745 >            "#declare zoom = %lf;\n"
746              "\n",
460 –            diagonal,
747              dx, dz, dy,
748 <            dx, dz, dy);
749 <
748 >            diagonal );
749 >    
750      fprintf(out_file,
751 +            "#declare cameraLookX = sysCenterX;\n"
752 +            "#declare cameraLookY = sysCenterY;\n"
753 +            "#declare cameraLookZ = sysCenterZ;\n"
754 +            "\n"
755 +            "#declare rotatePointX = cameraLookX;\n"
756 +            "#declare rotatePointY = cameraLookY;\n"
757 +            "#declare rotatePointZ = cameraLookZ;\n"
758 +            "\n"
759 +            "#declare cameraX = cameraLookX;\n"
760 +            "#declare cameraY = cameraLookY;\n"
761 +            "#declare cameraZ = cameraLookZ - zoom;\n"
762 +            "\n"
763 +            "#declare lightAx = cameraX;\n"
764 +            "#declare lightAy = cameraY;\n"
765 +            "#declare lightAz = cameraZ;\n"
766 +            "\n"
767 +            "#declare lightBx = cameraX - zoom;\n"
768 +            "#declare lightBy = cameraY + zoom;\n"
769 +            "#declare lightBz = cameraZ;\n"
770 +            "\n"
771 +            "#declare boxCenterX = cameraLookX;\n"
772 +            "#declare boxCenterY = cameraLookY;\n"
773 +            "#declare boxCenterZ = cameraLookZ;\n"
774 +            "#declare fn = function(x,y,z) {(y+1)/2}\n"
775 +            "#declare grad1 = pigment { function { fn(x, y, z) } color_map {[0.0 rgb <0,0,0>] [1.0 rgb <3,0,0>]}  };\n"
776 +            "#declare grad2 = pigment { function { fn(x, y, z) } rotate 120*z color_map {[0.0 rgb <0,0,0>] [1.0 rgb <0,3,0>]}  };\n"
777 +            "#declare grad3 = pigment { function { fn(x, y, z) } rotate 240*z color_map {[0.0 rgb <0,0,0>] [1.0 rgb <0,0,3>]}  };\n"
778 +            "#declare fnz = function(x,y,z) {(z+1)/2}\n"
779 +            "#declare gradz = pigment { function { fnz(x, y, z) } color_map {[0.0 rgb <0,0,0>] [1.0 rgb <1,1,1>]}  };\n"
780 +            "\n"
781 +            "// declare the cameras and the light sources\n"
782 +            "\n"
783 +            "camera{\n"
784 +            "  location < cameraX, cameraY, cameraZ>\n"
785 +            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
786 +            "  look_at < cameraLookX, cameraLookY, cameraLookZ >\n"
787 +            "}\n"
788 +            "\n"
789              "light_source{\n"
790 <            "  < %lf, %lf, %lf - zoom >\n"
791 <            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n",
792 <            dx, dz, dy);
469 <        
470 <    fprintf(out_file,
790 >            "  < lightAx, lightAy, lightAz >\n"
791 >            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
792 >            "\n"
793              "light_source{\n"
794 <            "  < %lf - zoom , %lf + zoom, %lf - zoom >\n"
794 >            "  < lightBx, lightBy, lightBz >\n"
795              "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
796              "\n"
797 <            "\n",
476 <            dx, dz, dy);
477 <
478 <    fprintf(out_file,
797 >            "\n"
798              "//************************************************************\n"
799              "// Set whether or not to rotate the system.\n"
800              "//\n"
# Line 506 | Line 825 | int main(argc, argv)
825              "  #declare A33 = cos(theta_r);\n"
826              "\n"
827              "#end\n"
828 +            "\n"
829 +            "\n"
830 +            "//************************************************************\n"
831 +            "// declare the periodic box macro\n"
832 +            "//************************************************************\n"
833 +            "\n"
834 +            "#macro makePeriodicBox( bx1, by1, bz1, bx2, by2, bz2, bx3, by3, bz3 )\n"
835 +            "\n"
836 +            "  #local bcx = (bx1 + bx2 + bx3) / 2.0;\n"
837 +            "  #local bcy = (by1 + by2 + by3) / 2.0;\n"
838 +            "  #local bcz = (bz1 + bz2 + bz3) / 2.0;\n"
839 +            "\n"
840 +            "  #local pAx = boxCenterX - bcx;\n"
841 +            "  #local pAy = boxCenterY - bcy;\n"
842 +            "  #local pAz = boxCenterZ - bcz;\n"
843 +            "  #local pBx = boxCenterX + bx1 - bcx;\n"
844 +            "  #local pBy = boxCenterY + by1 - bcy;\n"
845 +            "  #local pBz = boxCenterZ + bz1 - bcz;\n"
846 +            "  #local pCx = boxCenterX + bx2 - bcx;\n"
847 +            "  #local pCy = boxCenterY + by2 - bcy;\n"
848 +            "  #local pCz = boxCenterZ + bz2 - bcz;\n"
849 +            "  #local pDx = boxCenterX + bx3 - bcx;\n"
850 +            "  #local pDy = boxCenterY + by3 - bcy;\n"
851 +            "  #local pDz = boxCenterZ + bz3 - bcz;\n"
852 +            "  #local pEx = boxCenterX + bx1 + bx2 - bcx;\n"
853 +            "  #local pEy = boxCenterY + by1 + by2 - bcy;\n"
854 +            "  #local pEz = boxCenterZ + bz1 + bz2 - bcz;\n"
855 +            "  #local pFx = boxCenterX + bx1 + bx3 - bcx;\n"
856 +            "  #local pFy = boxCenterY + by1 + by3 - bcy;\n"
857 +            "  #local pFz = boxCenterZ + bz1 + bz3 - bcz;\n"
858 +            "  #local pGx = boxCenterX + bx2 + bx3 - bcx;\n"
859 +            "  #local pGy = boxCenterY + by2 + by3 - bcy;\n"
860 +            "  #local pGz = boxCenterZ + bz2 + bz3 - bcz;\n"
861 +            "  #local pHx = boxCenterX + bx1 + bx2 + bx3 - bcx;\n"
862 +            "  #local pHy = boxCenterY + by1 + by2 + by3 - bcy;\n"
863 +            "  #local pHz = boxCenterZ + bz1 + bz2 + bz3 - bcz;\n"
864 +            "\n"
865 +            "  #if(ROTATE)\n"
866 +            "    #local pAx_new = rotatePointX + A11 * (pAx-rotatePointX) + A12 * (pAy-rotatePointY) + A13 * (pAz-rotatePointZ);\n"
867 +            "    #local pAy_new = rotatePointY + A21 * (pAx-rotatePointX) + A22 * (pAy-rotatePointY) + A23 * (pAz-rotatePointZ);\n"
868 +            "    #local pAz_new = rotatePointZ + A31 * (pAx-rotatePointX) + A32 * (pAy-rotatePointY) + A33 * (pAz-rotatePointZ);\n"
869 +            "\n"
870 +            "    #local pBx_new = rotatePointX + A11 * (pBx-rotatePointX) + A12 * (pBy-rotatePointY) + A13 * (pBz-rotatePointZ);\n"
871 +            "    #local pBy_new = rotatePointY + A21 * (pBx-rotatePointX) + A22 * (pBy-rotatePointY) + A23 * (pBz-rotatePointZ);\n"
872 +            "    #local pBz_new = rotatePointZ + A31 * (pBx-rotatePointX) + A32 * (pBy-rotatePointY) + A33 * (pBz-rotatePointZ);\n"
873 +            "\n"
874 +            "    #local pCx_new = rotatePointX + A11 * (pCx-rotatePointX) + A12 * (pCy-rotatePointY) + A13 * (pCz-rotatePointZ);\n"
875 +            "    #local pCy_new = rotatePointY + A21 * (pCx-rotatePointX) + A22 * (pCy-rotatePointY) + A23 * (pCz-rotatePointZ);\n"
876 +            "    #local pCz_new = rotatePointZ + A31 * (pCx-rotatePointX) + A32 * (pCy-rotatePointY) + A33 * (pCz-rotatePointZ);\n"
877 +            "\n"
878 +            "    #local pDx_new = rotatePointX + A11 * (pDx-rotatePointX) + A12 * (pDy-rotatePointY) + A13 * (pDz-rotatePointZ);\n"
879 +            "    #local pDy_new = rotatePointY + A21 * (pDx-rotatePointX) + A22 * (pDy-rotatePointY) + A23 * (pDz-rotatePointZ);\n"
880 +            "    #local pDz_new = rotatePointZ + A31 * (pDx-rotatePointX) + A32 * (pDy-rotatePointY) + A33 * (pDz-rotatePointZ);\n"
881 +            "\n"
882 +            "    #local pEx_new = rotatePointX + A11 * (pEx-rotatePointX) + A12 * (pEy-rotatePointY) + A13 * (pEz-rotatePointZ);\n"
883 +            "    #local pEy_new = rotatePointY + A21 * (pEx-rotatePointX) + A22 * (pEy-rotatePointY) + A23 * (pEz-rotatePointZ);\n"
884 +            "    #local pEz_new = rotatePointZ + A31 * (pEx-rotatePointX) + A32 * (pEy-rotatePointY) + A33 * (pEz-rotatePointZ);\n"
885 +            "\n"
886 +            "    #local pFx_new = rotatePointX + A11 * (pFx-rotatePointX) + A12 * (pFy-rotatePointY) + A13 * (pFz-rotatePointZ);\n"
887 +            "    #local pFy_new = rotatePointY + A21 * (pFx-rotatePointX) + A22 * (pFy-rotatePointY) + A23 * (pFz-rotatePointZ);\n"
888 +            "    #local pFz_new = rotatePointZ + A31 * (pFx-rotatePointX) + A32 * (pFy-rotatePointY) + A33 * (pFz-rotatePointZ);\n"
889 +            "\n"
890 +            "    #local pGx_new = rotatePointX + A11 * (pGx-rotatePointX) + A12 * (pGy-rotatePointY) + A13 * (pGz-rotatePointZ);\n"
891 +            "    #local pGy_new = rotatePointY + A21 * (pGx-rotatePointX) + A22 * (pGy-rotatePointY) + A23 * (pGz-rotatePointZ);\n"
892 +            "    #local pGz_new = rotatePointZ + A31 * (pGx-rotatePointX) + A32 * (pGy-rotatePointY) + A33 * (pGz-rotatePointZ);\n"
893 +            "\n"
894 +            "    #local pHx_new = rotatePointX + A11 * (pHx-rotatePointX) + A12 * (pHy-rotatePointY) + A13 * (pHz-rotatePointZ);\n"
895 +            "    #local pHy_new = rotatePointY + A21 * (pHx-rotatePointX) + A22 * (pHy-rotatePointY) + A23 * (pHz-rotatePointZ);\n"
896 +            "    #local pHz_new = rotatePointZ + A31 * (pHx-rotatePointX) + A32 * (pHy-rotatePointY) + A33 * (pHz-rotatePointZ);\n"
897 +            "\n"
898 +            "  #else\n"
899 +            "    #local pAx_new = pAx;"
900 +            "    #local pAy_new = pAy;"
901 +            "    #local pAz_new = pAz;"
902 +            "\n"
903 +            "    #local pBx_new = pBx;"
904 +            "    #local pBy_new = pBy;"
905 +            "    #local pBz_new = pBz;"
906 +            "\n"
907 +            "    #local pCx_new = pCx;"
908 +            "    #local pCy_new = pCy;"
909 +            "    #local pCz_new = pCz;"
910 +            "\n"
911 +            "    #local pDx_new = pDx;"
912 +            "    #local pDy_new = pDy;"
913 +            "    #local pDz_new = pDz;"
914 +            "\n"
915 +            "    #local pEx_new = pEx;"
916 +            "    #local pEy_new = pEy;"
917 +            "    #local pEz_new = pEz;"
918 +            "\n"
919 +            "    #local pFx_new = pFx;"
920 +            "    #local pFy_new = pFy;"
921 +            "    #local pFz_new = pFz;"
922 +            "\n"
923 +            "    #local pGx_new = pGx;"
924 +            "    #local pGy_new = pGy;"
925 +            "    #local pGz_new = pGz;"
926 +            "\n"
927 +            "    #local pHx_new = pHx;"
928 +            "    #local pHy_new = pHy;"
929 +            "    #local pHz_new = pHz;"
930 +            "\n"
931 +            "  #end\n"
932 +            "  #local pAx = pAx_new;"
933 +            "  #local pAy = pAy_new;"
934 +            "  #local pAz = pAz_new;"
935 +            "\n"                    
936 +            "  #local pBx = pBx_new;"
937 +            "  #local pBy = pBy_new;"
938 +            "  #local pBz = pBz_new;"
939 +            "\n"                    
940 +            "  #local pCx = pCx_new;"
941 +            "  #local pCy = pCy_new;"
942 +            "  #local pCz = pCz_new;"
943 +            "\n"                    
944 +            "  #local pDx = pDx_new;"
945 +            "  #local pDy = pDy_new;"
946 +            "  #local pDz = pDz_new;"
947 +            "\n"                    
948 +            "  #local pEx = pEx_new;"
949 +            "  #local pEy = pEy_new;"
950 +            "  #local pEz = pEz_new;"
951 +            "\n"                    
952 +            "  #local pFx = pFx_new;"
953 +            "  #local pFy = pFy_new;"
954 +            "  #local pFz = pFz_new;"
955 +            "\n"                    
956 +            "  #local pGx = pGx_new;"
957 +            "  #local pGy = pGy_new;"
958 +            "  #local pGz = pGz_new;"
959 +            "\n"                    
960 +            "  #local pHx = pHx_new;"
961 +            "  #local pHy = pHy_new;"
962 +            "  #local pHz = pHz_new;"
963 +            "\n"
964 +            "  #local colorR = 0.90;\n"
965 +            "  #local colorG = 0.91;\n"
966 +            "  #local colorB = 0.98;\n"
967 +            "\n"
968 +            "  #local pipeWidth = 0.4;\n"
969 +            "\n"
970 +            "  // 1\n"
971 +            "  cylinder{\n"
972 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
973 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
974 +            "    pipeWidth\n"
975 +            "    texture{\n"
976 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
977 +            "      finish{\n"
978 +            "        ambient .2\n"
979 +            "        diffuse .6\n"
980 +            "        specular 1\n"
981 +            "        roughness .001\n"
982 +            "        metallic\n"
983 +            "      }\n"
984 +            "    }\n"
985 +            "  }\n"
986 +            "\n"
987 +            "  // 2\n"
988 +            "  cylinder{\n"
989 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
990 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
991 +            "    pipeWidth\n"
992 +            "    texture{\n"
993 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
994 +            "      finish{\n"
995 +            "        ambient .2\n"
996 +            "        diffuse .6\n"
997 +            "        specular 1\n"
998 +            "        roughness .001\n"
999 +            "        metallic\n"
1000 +            "      }\n"
1001 +            "    }\n"
1002 +            "  }\n"
1003 +            "\n"
1004 +            "  // 3\n"
1005 +            "  cylinder{\n"
1006 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
1007 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
1008 +            "    pipeWidth\n"
1009 +            "    texture{\n"
1010 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1011 +            "      finish{\n"
1012 +            "        ambient .2\n"
1013 +            "        diffuse .6\n"
1014 +            "        specular 1\n"
1015 +            "        roughness .001\n"
1016 +            "        metallic\n"
1017 +            "      }\n"
1018 +            "    }\n"
1019 +            "  }\n"
1020 +            "\n"
1021 +            "  // 4\n"
1022 +            "  cylinder{\n"
1023 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
1024 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
1025 +            "    pipeWidth\n"
1026 +            "    texture{\n"
1027 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1028 +            "      finish{\n"
1029 +            "        ambient .2\n"
1030 +            "        diffuse .6\n"
1031 +            "        specular 1\n"
1032 +            "        roughness .001\n"
1033 +            "        metallic\n"
1034 +            "      }\n"
1035 +            "    }\n"
1036 +            "  }\n"
1037 +            "\n"
1038 +            "  // 5\n"
1039 +            "  cylinder{\n"
1040 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
1041 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
1042 +            "    pipeWidth\n"
1043 +            "    texture{\n"
1044 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1045 +            "      finish{\n"
1046 +            "        ambient .2\n"
1047 +            "        diffuse .6\n"
1048 +            "        specular 1\n"
1049 +            "        roughness .001\n"
1050 +            "        metallic\n"
1051 +            "      }\n"
1052 +            "    }\n"
1053 +            "  }\n"
1054 +            "\n"
1055 +            "  // 6\n"
1056 +            "  cylinder{\n"
1057 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
1058 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1059 +            "    pipeWidth\n"
1060 +            "    texture{\n"
1061 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1062 +            "      finish{\n"
1063 +            "        ambient .2\n"
1064 +            "        diffuse .6\n"
1065 +            "        specular 1\n"
1066 +            "        roughness .001\n"
1067 +            "        metallic\n"
1068 +            "      }\n"
1069 +            "    }\n"
1070 +            "  }\n"
1071 +            "\n"
1072 +            "  // 7\n"
1073 +            "  cylinder{\n"
1074 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
1075 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1076 +            "    pipeWidth\n"
1077 +            "    texture{\n"
1078 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1079 +            "      finish{\n"
1080 +            "        ambient .2\n"
1081 +            "        diffuse .6\n"
1082 +            "        specular 1\n"
1083 +            "        roughness .001\n"
1084 +            "        metallic\n"
1085 +            "      }\n"
1086 +            "    }\n"
1087 +            "  }\n"
1088 +            "\n"
1089 +            "  // 8\n"
1090 +            "  cylinder{\n"
1091 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
1092 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1093 +            "    pipeWidth\n"
1094 +            "    texture{\n"
1095 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1096 +            "      finish{\n"
1097 +            "        ambient .2\n"
1098 +            "        diffuse .6\n"
1099 +            "        specular 1\n"
1100 +            "        roughness .001\n"
1101 +            "        metallic\n"
1102 +            "      }\n"
1103 +            "    }\n"
1104 +            "  }\n"
1105 +            "\n"
1106 +            "  // 9\n"
1107 +            "  cylinder{\n"
1108 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
1109 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1110 +            "    pipeWidth\n"
1111 +            "    texture{\n"
1112 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1113 +            "      finish{\n"
1114 +            "        ambient .2\n"
1115 +            "        diffuse .6\n"
1116 +            "        specular 1\n"
1117 +            "        roughness .001\n"
1118 +            "        metallic\n"
1119 +            "      }\n"
1120 +            "    }\n"
1121 +            "  }\n"
1122 +            "\n"
1123 +            "  // 10\n"
1124 +            "  cylinder{\n"
1125 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
1126 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1127 +            "    pipeWidth\n"
1128 +            "    texture{\n"
1129 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1130 +            "      finish{\n"
1131 +            "        ambient .2\n"
1132 +            "        diffuse .6\n"
1133 +            "        specular 1\n"
1134 +            "        roughness .001\n"
1135 +            "        metallic\n"
1136 +            "      }\n"
1137 +            "    }\n"
1138 +            "  }\n"
1139 +            "\n"
1140 +            "  // 11\n"
1141 +            "  cylinder{\n"
1142 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1143 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1144 +            "    pipeWidth\n"
1145 +            "    texture{\n"
1146 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1147 +            "      finish{\n"
1148 +            "        ambient .2\n"
1149 +            "        diffuse .6\n"
1150 +            "        specular 1\n"
1151 +            "        roughness .001\n"
1152 +            "        metallic\n"
1153 +            "      }\n"
1154 +            "    }\n"
1155 +            "  }\n"
1156 +            "\n"
1157 +            "  // 12\n"
1158 +            "  cylinder{\n"
1159 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1160 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1161 +            "    pipeWidth\n"
1162 +            "    texture{\n"
1163 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1164 +            "      finish{\n"
1165 +            "        ambient .2\n"
1166 +            "        diffuse .6\n"
1167 +            "        specular 1\n"
1168 +            "        roughness .001\n"
1169 +            "        metallic\n"
1170 +            "      }\n"
1171 +            "    }\n"
1172 +            "  }\n"
1173 +            "\n"
1174 +            "#end\n"
1175 +            "\n"
1176              "\n");
1177 <    
1178 <    
1177 >
1178 >
1179 >
1180 >
1181      make_header_macros(out_file);
1182  
1183      fclose(out_file);
# Line 536 | Line 1205 | void usage(){
1205                  "   -h            draw hydrogens\n"
1206                  "   -b            draw bonds\n"
1207                  "   -a            draw atoms\n"
1208 +                "   -v            draw vectors\n"
1209 +                "   -p            draw periodic box\n"
1210                  "   -r            regenerate bond\n"
1211 +                "   -f <#>        render frame <#> only\n"
1212 +                "   -s <#>        begin at frame <#> (inclusive)\n"
1213 +                "   -e <#>        end at frame <#> (inclusive)\n"
1214                  "\n",
1215                  program_name);
1216    exit(8);
1217   }
1218 +
1219 + int count_tokens(line, delimiters)
1220 +     /* PURPOSE: RETURN A COUNT OF THE NUMBER OF TOKENS ON THE LINE. */
1221 +     char *line;                /* LINE CONTAINING TOKENS. */
1222 +     char *delimiters;  /* POSSIBLE TOKEN DELIMITERS TO USE. */
1223 + {
1224 +  char *working_line;   /* WORKING COPY OF LINE. */
1225 +  int ntokens;          /* NUMBER OF TOKENS FOUND IN LINE. */
1226 +  char *strtok_ptr;     /* POINTER FOR STRTOK. */
1227 +  
1228 +  strtok_ptr= working_line= strdup(line);
1229 +  
1230 +  ntokens=0;
1231 +  while (strtok(strtok_ptr,delimiters)!=NULL)
1232 +    {
1233 +      ntokens++;
1234 +      strtok_ptr=NULL;
1235 +    }
1236 +  
1237 +  free(working_line);
1238 +  return(ntokens);
1239 + }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines