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root/group/trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c
(Generate patch)

Comparing trunk/xyz2pov/src/xyz2pov.c (file contents):
Revision 508 by mmeineke, Tue Apr 29 15:21:34 2003 UTC vs.
Revision 1095 by mmeineke, Mon Apr 5 19:34:21 2004 UTC

# Line 1 | Line 1
1 + #define _FILE_OFFSET_BITS 64
2 +
3   #include <stdio.h>
4   #include <stdlib.h>
5   #include <string.h>
# Line 16 | Line 18 | struct linked_xyz{
18  
19   struct linked_xyz{
20    struct coords *r;
21 +  double Hmat[3][3];
22    struct linked_xyz *next;
23   };
24  
# Line 23 | Line 26 | int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
26   int draw_bonds = 0; /* boolean to draw bonds or not */
27   int draw_hydrogens = 0; /*boolean to draw hydrogens */
28   int draw_atoms = 0; /*boolean to draw atoms */
29 + int draw_vectors = 0; /*boolean to draw vectors */
30 + int draw_box = 0;  // boolean to draw the periodic Box
31   int regenerateBonds = 0; // boolean to regenearate bonds each frame
32  
33   void usage(void);
34 + int count_tokens(char *line, char *delimiters);
35  
36   int main(argc, argv)
37       int argc;
# Line 35 | Line 41 | int main(argc, argv)
41  
42    struct coords *out_coords;
43  
44 <  int i,j; /* loop counters */
44 >  int i,j,k; /* loop counters */
45    mode_t dir_mode = S_IRWXU;
46  
47    int generate_header = 0; /* boolean for generating the pov ray header */
# Line 45 | Line 51 | int main(argc, argv)
51    double small_x = 0;
52    double small_y = 0; /* lets me know the smallest x, y, z */
53    double small_z = 0;
54 +  int extremaSet = 0;
55    double rsqr; /* the square of the diagonal */
56    double diagonal; /* the diagonal length of the sim box */
57  
58    unsigned int n_atoms; /*the number of atoms in each time step */
59 <  char read_buffer[120]; /*the line buffer for reading */
59 >  char read_buffer[2000]; /*the line buffer for reading */
60    char *eof_test; /*ptr to see when we reach the end of the file */
61    char *foo; /*the pointer to the current string token */
62    FILE *in_file; /* the input file */
# Line 64 | Line 71 | int main(argc, argv)
71    char current_flag;
72    int nFrames;
73    int nZeroes;
74 +  int nTokens;
75    double count;
76  
77 +  int startFrame = 1;
78 +  int endFrame;
79 +  int span = 0;
80 +  int currentCount = 0;
81 +  int haveEnd = 0;
82 +
83    struct linked_xyz *current_frame;
84    struct linked_xyz *temp_frame;
85    
86    unsigned int n_interpolate = 0; /* number of frames to interpolate */
87    double dx, dy, dz; /* temp variables for interpolating distances */
88 +  double dm[3][3];
89 +  
90  
91    char pov_dir[500]; /* the pov_dir */
92  
# Line 121 | Line 137 | int main(argc, argv)
137              done = 1;
138              break;
139  
140 +          case 'f':
141 +            // -f <#> => frame to render
142 +
143 +            i++;
144 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
145 +            endFrame = startFrame;
146 +            haveEnd = 1;
147 +            done = 1;
148 +            break;
149 +
150 +          case 's':
151 +            // -s <#> => frame to start
152 +
153 +            i++;
154 +            startFrame =  atoi( argv[i] );
155 +            done = 1;
156 +            break;
157 +
158 +          case 'e':
159 +            // -e <#> => frame to end
160 +
161 +            i++;
162 +            endFrame =  atoi( argv[i] );
163 +            haveEnd = 1;
164 +            done = 1;
165 +            break;
166 +
167            case 'H':
168              // -h => generate a pov-ray Header
169              
# Line 145 | Line 188 | int main(argc, argv)
188              draw_atoms = 1;
189              break;
190  
191 +          case 'v':
192 +            // -v => draw the vectors
193 +
194 +            draw_vectors = 1;
195 +            break;
196 +
197            case 'r':
198              // -r => regenerate bonds
199  
200              regenerateBonds = 1;
201              break;
202  
203 +          case 'p':
204 +            // -r => draw periodic box
205 +
206 +            draw_box = 1;
207 +            break;
208 +
209            default:
210  
211              (void)fprintf(stderr, "Bad option \"-%c\"\n", current_flag);
# Line 228 | Line 283 | int main(argc, argv)
283      out_prefix = strtok(in_name, ".");
284    }
285  
286 <  sprintf( out_format, "%s%s%%0%dd.pov", pov_dir, out_prefix, nZeroes );
286 >  sprintf( out_format, "%s%s-%%0%dd.pov", pov_dir, out_prefix, nZeroes );
287  
288    // start reading the first frame
289  
# Line 238 | Line 293 | int main(argc, argv)
293    current_frame->next = NULL;
294    
295  
296 <  while(eof_test != NULL){
296 >  if( haveEnd ) span = endFrame - startFrame;
297 >  done = 0;
298 >  if( span < 0 ) done = 1;
299 >  while( (eof_test != NULL) && !done ){
300      
301      (void)sscanf(read_buffer, "%d", &n_atoms);
302      current_frame->r =
# Line 251 | Line 309 | int main(argc, argv)
309        printf("error in reading file\n");
310        exit(8);
311      }
312 <
313 <    for( i=0; i < n_atoms; i++){
312 >    
313 >    // unless we need to get the box size
314 >    
315 >    if( draw_box ){
316 >      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
317 >      if(foo == NULL){
318 >        printf("error in reading file time\n");
319 >        exit(8);
320 >      }
321        
322 <      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
323 <      if(eof_test == NULL){
324 <        printf("error in reading file\n");
322 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
323 >      if(foo == NULL){
324 >        printf("error in reading file h00\n");
325          exit(8);
326        }
327 +      current_frame->Hmat[0][0] = atof( foo );
328  
329 <      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
330 <      (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
329 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
330 >      if(foo == NULL){
331 >        printf("error in reading file h10\n");
332 >        exit(8);
333 >      }
334 >      current_frame->Hmat[1][0] = atof( foo );
335  
266 –      /* next we grab the positions */
267 –      
336        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
337        if(foo == NULL){
338 <        printf("error in reading file\n");
338 >        printf("error in reading file h20\n");
339          exit(8);
340        }
341 <      (void)sscanf(foo, "%lf",&current_frame->r[i].x);
342 <      if(current_frame->r[i].x > big_x) big_x = current_frame->r[i].x;
275 <      if(current_frame->r[i].x < small_x) small_x = current_frame->r[i].x;
276 <            
277 <  
341 >      current_frame->Hmat[2][0] = atof( foo );
342 >
343        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
344        if(foo == NULL){
345 <        printf("error in reading file\n");
345 >        printf("error in reading file h01\n");
346          exit(8);
347        }
348 <      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].y);
284 <      if(current_frame->r[i].y > big_y) big_y = current_frame->r[i].y;
285 <      if(current_frame->r[i].y < small_y) small_y = current_frame->r[i].y;
348 >      current_frame->Hmat[0][1] = atof( foo );
349  
350 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
351 +      if(foo == NULL){
352 +        printf("error in reading file h11\n");
353 +        exit(8);
354 +      }
355 +      current_frame->Hmat[1][1] = atof( foo );
356  
357        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
358        if(foo == NULL){
359 <        printf("error in reading file\n");
359 >        printf("error in reading file h21\n");
360          exit(8);
361        }
362 <      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].z);
294 <      if(current_frame->r[i].z > big_z) big_z = current_frame->r[i].z;
295 <      if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
362 >      current_frame->Hmat[2][1] = atof( foo );
363  
364 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
365 +      if(foo == NULL){
366 +        printf("error in reading file h02\n");
367 +        exit(8);
368 +      }
369 +      current_frame->Hmat[0][2] = atof( foo );
370 +
371 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
372 +      if(foo == NULL){
373 +        printf("error in reading file h12\n");
374 +        exit(8);
375 +      }
376 +      current_frame->Hmat[1][2] = atof( foo );
377 +
378 +      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
379 +      if(foo == NULL){
380 +        printf("error in reading file h22\n");
381 +        exit(8);
382 +      }
383 +      current_frame->Hmat[2][2] = atof( foo );
384 +
385      }
386 <    
387 <    if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
386 >
387 >    for( i=0; i < n_atoms; i++){
388        
389 <      temp_frame = current_frame->next;
390 <      
391 <      for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
392 <        
393 <        /* open the new output file */
306 <        
307 <        sprintf(out_name, out_format, n_out );
308 <        out_file = fopen(out_name, "w");
309 <        n_out++;
310 <        if(out_file == NULL){
311 <          printf("error opening output file: %s\n", out_name);
312 <          exit(8);
313 <        }
314 <        (void)fprintf(out_file,
315 <                      "// The following script was automatically generated by:\n"
316 <                      "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
317 <                      "\n"
318 <                      "#include \"pov_header.pov\"\n"
319 <                      "\n");
389 >      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
390 >      if(eof_test == NULL){
391 >        printf("error in reading file line at atom %d\n", i);
392 >        exit(8);
393 >      }
394  
395 <        out_coords =
322 <          (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
323 <        
324 <        for(j=0; j < n_atoms; j++){
325 <          dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
326 <          dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
327 <          dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
395 >      nTokens = count_tokens(read_buffer, " ,;\t");
396  
397 <          dx /= (double)(n_interpolate + 1);
398 <          dy /= (double)(n_interpolate + 1);
399 <          dz /= (double)(n_interpolate + 1);
332 <    
333 <          strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
334 <          out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
335 <          out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
336 <          out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
337 <        }
338 <        
339 <        pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
340 <                  draw_atoms);
341 <        free(out_coords);
342 <        (void)fclose(out_file);
397 >      if (nTokens < 4) {
398 >        printf("Not enough tokens while parsing file at atom %d\n", i);
399 >        exit(8);
400        }
344 –    }
401  
402 <    /* open the new output file */
403 <    
404 <    sprintf(out_name, out_format, n_out );
405 <    out_file = fopen(out_name, "w");
406 <    n_out++;
407 <    if(out_file == NULL){
408 <      printf("error opening output file: %s\n", out_name);
409 <      exit(8);
410 <    }
411 <    (void)fprintf(out_file,
412 <                  "// The following script was automatically generated by:\n"
413 <                  "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
414 <                  "\n"
415 <                  "#include \"pov_header.pov\"\n"
416 <                  "\n");
417 <    
418 <    out_coords =
419 <      (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
402 >      foo = strtok(read_buffer, " ,;\t");
403 >      (void)strcpy(current_frame->r[i].name, foo); /*copy the atom name */
404 >
405 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
406 >      (void)sscanf(foo, "%lf",&current_frame->r[i].x);
407 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
408 >      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].y);
409 >      foo = strtok(NULL, " ,;\t");
410 >      (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].z);
411 >
412 >      if (extremaSet) {
413 >        if(current_frame->r[i].x > big_x) big_x = current_frame->r[i].x;
414 >        if(current_frame->r[i].x < small_x) small_x = current_frame->r[i].x;
415 >        
416 >        if(current_frame->r[i].y > big_y) big_y = current_frame->r[i].y;
417 >        if(current_frame->r[i].y < small_y) small_y = current_frame->r[i].y;
418 >        
419 >        if(current_frame->r[i].z > big_z) big_z = current_frame->r[i].z;
420 >        if(current_frame->r[i].z < small_z) small_z = current_frame->r[i].z;
421 >      } else {
422 >        big_x = current_frame->r[i].x;
423 >        small_x = current_frame->r[i].x;
424 >        
425 >        big_y = current_frame->r[i].y;
426 >        small_y = current_frame->r[i].y;
427 >        
428 >        big_z = current_frame->r[i].z;
429 >        small_z = current_frame->r[i].z;
430 >
431 >        extremaSet = 1;
432 >
433 >      }
434 >
435 >      if (nTokens == 5 || nTokens > 7) {
436 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
437 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].charge);
438 >        current_frame->r[i].hasCharge = 1;
439 >      } else {
440 >        current_frame->r[i].hasCharge = 0;
441 >      }
442 >
443 >      
444 >      if (nTokens >= 7) {
445 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
446 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].ux);
447 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
448 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].uy);
449 >        foo = strtok(NULL, " ,;\t");
450 >        (void)sscanf(foo, "%lf", &current_frame->r[i].uz);
451 >        current_frame->r[i].hasVector = 1;
452 >      } else {
453 >        current_frame->r[i].hasVector = 0;
454 >      }
455 >    }
456 >    currentCount++;
457      
458 <    for(i = 0; i < n_atoms; i++){
459 <      strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
460 <      out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
461 <      out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
462 <      out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
458 >    
459 >    if( currentCount >= startFrame ){
460 >      if(n_interpolate && current_frame->next != NULL){
461 >        
462 >        temp_frame = current_frame->next;
463 >        
464 >        for(i = 0; i < n_interpolate; i++){
465 >          
466 >          /* open the new output file */
467 >          
468 >          sprintf(out_name, out_format, currentCount );
469 >          out_file = fopen(out_name, "w");
470 >          currentCount++;
471 >          if(out_file == NULL){
472 >            printf("error opening output file: %s\n", out_name);
473 >            exit(8);
474 >          }
475 >          (void)fprintf(out_file,
476 >                        "// The following script was automatically generated by:\n"
477 >                        "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
478 >                        "\n"
479 >                        "#include \"pov_header.pov\"\n"
480 >                        "\n");
481 >          if( draw_box ){
482 >
483 >            for (j = 0; j < 3; j++) {
484 >              for (k = 0; k < 3; k++) {
485 >                dm[j][k] = current_frame->Hmat[j][k] - temp_frame->Hmat[j][k];
486 >                dm[j][k] /= (double)(n_interpolate + 1);
487 >              }
488 >            }
489 >                            
490 >            fprintf( out_file,
491 >                     "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf)\n"
492 >                     "\n",
493 >                     temp_frame->Hmat[0][0] + dm[0][0] * (i+1),
494 >                     temp_frame->Hmat[2][0] + dm[2][0] * (i+1),
495 >                     temp_frame->Hmat[1][0] + dm[1][0] * (i+1),
496 >                     temp_frame->Hmat[0][1] + dm[0][1] * (i+1),
497 >                     temp_frame->Hmat[2][1] + dm[2][1] * (i+1),
498 >                     temp_frame->Hmat[1][1] + dm[1][1] * (i+1),
499 >                     temp_frame->Hmat[0][2] + dm[0][2] * (i+1),
500 >                     temp_frame->Hmat[2][2] + dm[2][2] * (i+1),
501 >                     temp_frame->Hmat[1][2] + dm[1][2] * (i+1) );
502 >          }
503 >          
504 >          
505 >          out_coords =
506 >            (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
507 >          
508 >          for(j=0; j < n_atoms; j++){
509 >            dx = current_frame->r[j].x - temp_frame->r[j].x;
510 >            dy = current_frame->r[j].y - temp_frame->r[j].y;
511 >            dz = current_frame->r[j].z - temp_frame->r[j].z;
512 >            
513 >            dx /= (double)(n_interpolate + 1);
514 >            dy /= (double)(n_interpolate + 1);
515 >            dz /= (double)(n_interpolate + 1);
516 >            
517 >            strcpy(out_coords[j].name, temp_frame->r[j].name);
518 >            out_coords[j].x = temp_frame->r[j].x + dx * (i+1);
519 >            out_coords[j].y = temp_frame->r[j].y + dy * (i+1);
520 >            out_coords[j].z = temp_frame->r[j].z + dz * (i+1);
521 >
522 >            if (current_frame->r[j].hasVector) {              
523 >              dx = current_frame->r[j].ux - temp_frame->r[j].ux;
524 >              dy = current_frame->r[j].uy - temp_frame->r[j].uy;
525 >              dz = current_frame->r[j].uz - temp_frame->r[j].uz;
526 >              
527 >              dx /= (double)(n_interpolate + 1);
528 >              dy /= (double)(n_interpolate + 1);
529 >              dz /= (double)(n_interpolate + 1);
530 >              
531 >              out_coords[j].hasVector = current_frame->r[j].hasVector;
532 >              out_coords[j].ux = temp_frame->r[j].ux + dx * (i+1);
533 >              out_coords[j].uy = temp_frame->r[j].uy + dy * (i+1);
534 >              out_coords[j].uz = temp_frame->r[j].uz + dz * (i+1);
535 >            }
536 >
537 >            if (current_frame->r[j].hasCharge) {              
538 >              dx = current_frame->r[j].charge - temp_frame->r[j].charge;
539 >              
540 >              dx /= (double)(n_interpolate + 1);
541 >              
542 >              out_coords[j].hasCharge = current_frame->r[j].hasCharge;
543 >              out_coords[j].charge = temp_frame->r[j].charge + dx * (i+1);
544 >            }
545 >
546 >          }
547 >          
548 >          pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
549 >                    draw_atoms, draw_vectors);
550 >          free(out_coords);
551 >          (void)fclose(out_file);
552 >        }
553 >      }
554 >      
555 >      /* open the new output file */
556 >      
557 >      sprintf(out_name, out_format, currentCount );
558 >      out_file = fopen(out_name, "w");
559 >      if(out_file == NULL){
560 >        printf("error opening output file: %s\n", out_name);
561 >        exit(8);
562 >      }
563 >      (void)fprintf(out_file,
564 >                    "// The following script was automatically generated by:\n"
565 >                    "// xyz2pov Copyright 2001 by MATTHEW A. MEINEKE\n"
566 >                    "\n"
567 >                    "#include \"pov_header.pov\"\n"
568 >                    "\n");
569 >      
570 >      if( draw_box ){
571 >        
572 >        fprintf( out_file,
573 >                 "makePeriodicBox( %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf, %lf )\n"
574 >                 "\n",
575 >                 current_frame->Hmat[0][0],
576 >                 current_frame->Hmat[2][0],
577 >                 current_frame->Hmat[1][0],
578 >                 current_frame->Hmat[0][1],
579 >                 current_frame->Hmat[2][1],
580 >                 current_frame->Hmat[1][1],
581 >                 current_frame->Hmat[0][2],
582 >                 current_frame->Hmat[2][2],
583 >                 current_frame->Hmat[1][2] );
584 >      }
585 >      
586 >      
587 >      
588 >      out_coords =
589 >        (struct coords *)calloc(n_atoms, sizeof(struct coords));
590 >      
591 >      for(i = 0; i < n_atoms; i++){
592 >        strcpy(out_coords[i].name, current_frame->r[i].name);
593 >        out_coords[i].x = current_frame->r[i].x;
594 >        out_coords[i].y = current_frame->r[i].y;
595 >        out_coords[i].z = current_frame->r[i].z;
596 >
597 >        if (current_frame->r[i].hasVector) {              
598 >          out_coords[i].hasVector = current_frame->r[i].hasVector;
599 >          out_coords[i].ux = current_frame->r[i].ux;
600 >          out_coords[i].uy = current_frame->r[i].uy;
601 >          out_coords[i].uz = current_frame->r[i].uz;
602 >        }
603 >
604 >        if (current_frame->r[i].hasCharge) {              
605 >          out_coords[i].hasCharge = current_frame->r[i].hasCharge;
606 >          out_coords[i].charge = current_frame->r[i].charge;
607 >        }
608 >      }
609 >      pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
610 >                draw_atoms, draw_vectors);
611 >      free(out_coords);
612 >      
613 >      (void)fclose(out_file);
614      }
371 –    pov_write(out_file, out_coords, n_atoms, draw_hydrogens, draw_bonds,
372 –              draw_atoms);
373 –    free(out_coords);
615      
375 –    (void)fclose(out_file);
376 –          
616      /*free up memory */
617  
618      temp_frame = current_frame->next;
# Line 393 | Line 632 | int main(argc, argv)
632      
633      eof_test = fgets(read_buffer, sizeof(read_buffer), in_file);
634  
635 +    if( haveEnd ){
636 +      if( currentCount >= (endFrame + n_interpolate * span) ) done = 1;
637 +    }
638    }
639  
640    (void)fclose(in_file);
# Line 408 | Line 650 | int main(argc, argv)
650      diagonal = sqrt(rsqr);
651      diagonal *= 0.5;
652      
653 +    // calculate the center
654 +
655 +    dx = big_x + small_x;
656 +    dy = big_y + small_y;
657 +    dz = big_z + small_z;
658 +
659      dx /= 2.0;
660      dy /= 2.0;
661      dz /= 2.0;
662 <    
415 <    dx += small_x;
416 <    dy += small_y;
417 <    dz += small_z;
418 <    
662 >        
663  
664      /*note the y and z axis is exchanged for the different coordinate
665        system in pov-ray*/
# Line 446 | Line 690 | int main(argc, argv)
690              "#declare Height = 480.0;\n"
691              "#declare Ratio = Width / Height;\n"
692              "\n"
449 –            "#declare zoom = %lf;\n"
450 –            "\n"
693              "#declare ATOM_SPHERE_FACTOR = 0.2;\n"
694              "#declare BOND_RADIUS = 0.1;\n"
695 <            "\n"
696 <            "camera{\n"
697 <            "  location < %lf, %lf, %lf - zoom>\n"
698 <            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
699 <            "  look_at < %lf, %lf, %lf >\n"
700 <            "}\n"
695 >            "#declare VECTOR_SCALE = 1.0;\n"    
696 >            "#declare STICK_RADIUS = 0.5 * BOND_RADIUS;\n"
697 >            "#declare CONE_RADIUS = 2.0 * STICK_RADIUS;\n"
698 >            "#declare CONE_FRACTION = 0.15;\n"
699 >            "\n"
700 >            "// declare camera, light, and system variables\n"
701 >            "\n"
702 >            "#declare sysCenterX = %lf;\n"
703 >            "#declare sysCenterY = %lf;\n"
704 >            "#declare sysCenterZ = %lf;\n"
705 >            "\n"
706 >            "#declare zoom = %lf;\n"
707              "\n",
460 –            diagonal,
708              dx, dz, dy,
709 <            dx, dz, dy);
710 <
709 >            diagonal );
710 >    
711      fprintf(out_file,
712 +            "#declare cameraLookX = sysCenterX;\n"
713 +            "#declare cameraLookY = sysCenterY;\n"
714 +            "#declare cameraLookZ = sysCenterZ;\n"
715 +            "\n"
716 +            "#declare rotatePointX = cameraLookX;\n"
717 +            "#declare rotatePointY = cameraLookY;\n"
718 +            "#declare rotatePointZ = cameraLookZ;\n"
719 +            "\n"
720 +            "#declare cameraX = cameraLookX;\n"
721 +            "#declare cameraY = cameraLookY;\n"
722 +            "#declare cameraZ = cameraLookZ - zoom;\n"
723 +            "\n"
724 +            "#declare lightAx = cameraX;\n"
725 +            "#declare lightAy = cameraY;\n"
726 +            "#declare lightAz = cameraZ;\n"
727 +            "\n"
728 +            "#declare lightBx = cameraX - zoom;\n"
729 +            "#declare lightBy = cameraY + zoom;\n"
730 +            "#declare lightBz = cameraZ;\n"
731 +            "\n"
732 +            "#declare boxCenterX = cameraLookX;\n"
733 +            "#declare boxCenterY = cameraLookY;\n"
734 +            "#declare boxCenterZ = cameraLookZ;\n"
735 +            "\n"
736 +            "// declare the cameras and the light sources\n"
737 +            "\n"
738 +            "camera{\n"
739 +            "  location < cameraX, cameraY, cameraZ>\n"
740 +            "  right < Ratio , 0, 0>\n"
741 +            "  look_at < cameraLookX, cameraLookY, cameraLookZ >\n"
742 +            "}\n"
743 +            "\n"
744              "light_source{\n"
745 <            "  < %lf, %lf, %lf - zoom >\n"
746 <            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n",
747 <            dx, dz, dy);
469 <        
470 <    fprintf(out_file,
745 >            "  < lightAx, lightAy, lightAz >\n"
746 >            "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
747 >            "\n"
748              "light_source{\n"
749 <            "  < %lf - zoom , %lf + zoom, %lf - zoom >\n"
749 >            "  < lightBx, lightBy, lightBz >\n"
750              "  rgb < 1.0, 1.0, 1.0 > }\n"
751              "\n"
752 <            "\n",
476 <            dx, dz, dy);
477 <
478 <    fprintf(out_file,
752 >            "\n"
753              "//************************************************************\n"
754              "// Set whether or not to rotate the system.\n"
755              "//\n"
# Line 504 | Line 778 | int main(argc, argv)
778              "  #declare A31 = sin(phi_r) * sin(theta_r);\n"
779              "  #declare A32 = -cos(phi_r) * sin(theta_r);\n"
780              "  #declare A33 = cos(theta_r);\n"
781 +            "\n"
782 +            "#end\n"
783 +            "\n"
784 +            "\n"
785 +            "//************************************************************\n"
786 +            "// declare the periodic box macro\n"
787 +            "//************************************************************\n"
788 +            "\n"
789 +            "#macro makePeriodicBox( bx1, by1, bz1, bx2, by2, bz2, bx3, by3, bz3 )\n"
790 +            "\n"
791 +            "  #local bcx = (bx1 + bx2 + bx3) / 2.0;\n"
792 +            "  #local bcy = (by1 + by2 + by3) / 2.0;\n"
793 +            "  #local bcz = (bz1 + bz2 + bz3) / 2.0;\n"
794 +            "\n"
795 +            "  #local pAx = boxCenterX - bcx;\n"
796 +            "  #local pAy = boxCenterY - bcy;\n"
797 +            "  #local pAz = boxCenterZ - bcz;\n"
798 +            "  #local pBx = boxCenterX + bx1 - bcx;\n"
799 +            "  #local pBy = boxCenterY + by1 - bcy;\n"
800 +            "  #local pBz = boxCenterZ + bz1 - bcz;\n"
801 +            "  #local pCx = boxCenterX + bx2 - bcx;\n"
802 +            "  #local pCy = boxCenterY + by2 - bcy;\n"
803 +            "  #local pCz = boxCenterZ + bz2 - bcz;\n"
804 +            "  #local pDx = boxCenterX + bx3 - bcx;\n"
805 +            "  #local pDy = boxCenterY + by3 - bcy;\n"
806 +            "  #local pDz = boxCenterZ + bz3 - bcz;\n"
807 +            "  #local pEx = boxCenterX + bx1 + bx2 - bcx;\n"
808 +            "  #local pEy = boxCenterY + by1 + by2 - bcy;\n"
809 +            "  #local pEz = boxCenterZ + bz1 + bz2 - bcz;\n"
810 +            "  #local pFx = boxCenterX + bx1 + bx3 - bcx;\n"
811 +            "  #local pFy = boxCenterY + by1 + by3 - bcy;\n"
812 +            "  #local pFz = boxCenterZ + bz1 + bz3 - bcz;\n"
813 +            "  #local pGx = boxCenterX + bx2 + bx3 - bcx;\n"
814 +            "  #local pGy = boxCenterY + by2 + by3 - bcy;\n"
815 +            "  #local pGz = boxCenterZ + bz2 + bz3 - bcz;\n"
816 +            "  #local pHx = boxCenterX + bx1 + bx2 + bx3 - bcx;\n"
817 +            "  #local pHy = boxCenterY + by1 + by2 + by3 - bcy;\n"
818 +            "  #local pHz = boxCenterZ + bz1 + bz2 + bz3 - bcz;\n"
819 +            "\n"
820 +            "  #if(ROTATE)\n"
821 +            "    #local pAx_new = rotatePointX + A11 * (pAx-rotatePointX) + A12 * (pAy-rotatePointY) + A13 * (pAz-rotatePointZ);\n"
822 +            "    #local pAy_new = rotatePointY + A21 * (pAx-rotatePointX) + A22 * (pAy-rotatePointY) + A23 * (pAz-rotatePointZ);\n"
823 +            "    #local pAz_new = rotatePointZ + A31 * (pAx-rotatePointX) + A32 * (pAy-rotatePointY) + A33 * (pAz-rotatePointZ);\n"
824 +            "\n"
825 +            "    #local pBx_new = rotatePointX + A11 * (pBx-rotatePointX) + A12 * (pBy-rotatePointY) + A13 * (pBz-rotatePointZ);\n"
826 +            "    #local pBy_new = rotatePointY + A21 * (pBx-rotatePointX) + A22 * (pBy-rotatePointY) + A23 * (pBz-rotatePointZ);\n"
827 +            "    #local pBz_new = rotatePointZ + A31 * (pBx-rotatePointX) + A32 * (pBy-rotatePointY) + A33 * (pBz-rotatePointZ);\n"
828 +            "\n"
829 +            "    #local pCx_new = rotatePointX + A11 * (pCx-rotatePointX) + A12 * (pCy-rotatePointY) + A13 * (pCz-rotatePointZ);\n"
830 +            "    #local pCy_new = rotatePointY + A21 * (pCx-rotatePointX) + A22 * (pCy-rotatePointY) + A23 * (pCz-rotatePointZ);\n"
831 +            "    #local pCz_new = rotatePointZ + A31 * (pCx-rotatePointX) + A32 * (pCy-rotatePointY) + A33 * (pCz-rotatePointZ);\n"
832 +            "\n"
833 +            "    #local pDx_new = rotatePointX + A11 * (pDx-rotatePointX) + A12 * (pDy-rotatePointY) + A13 * (pDz-rotatePointZ);\n"
834 +            "    #local pDy_new = rotatePointY + A21 * (pDx-rotatePointX) + A22 * (pDy-rotatePointY) + A23 * (pDz-rotatePointZ);\n"
835 +            "    #local pDz_new = rotatePointZ + A31 * (pDx-rotatePointX) + A32 * (pDy-rotatePointY) + A33 * (pDz-rotatePointZ);\n"
836 +            "\n"
837 +            "    #local pEx_new = rotatePointX + A11 * (pEx-rotatePointX) + A12 * (pEy-rotatePointY) + A13 * (pEz-rotatePointZ);\n"
838 +            "    #local pEy_new = rotatePointY + A21 * (pEx-rotatePointX) + A22 * (pEy-rotatePointY) + A23 * (pEz-rotatePointZ);\n"
839 +            "    #local pEz_new = rotatePointZ + A31 * (pEx-rotatePointX) + A32 * (pEy-rotatePointY) + A33 * (pEz-rotatePointZ);\n"
840 +            "\n"
841 +            "    #local pFx_new = rotatePointX + A11 * (pFx-rotatePointX) + A12 * (pFy-rotatePointY) + A13 * (pFz-rotatePointZ);\n"
842 +            "    #local pFy_new = rotatePointY + A21 * (pFx-rotatePointX) + A22 * (pFy-rotatePointY) + A23 * (pFz-rotatePointZ);\n"
843 +            "    #local pFz_new = rotatePointZ + A31 * (pFx-rotatePointX) + A32 * (pFy-rotatePointY) + A33 * (pFz-rotatePointZ);\n"
844 +            "\n"
845 +            "    #local pGx_new = rotatePointX + A11 * (pGx-rotatePointX) + A12 * (pGy-rotatePointY) + A13 * (pGz-rotatePointZ);\n"
846 +            "    #local pGy_new = rotatePointY + A21 * (pGx-rotatePointX) + A22 * (pGy-rotatePointY) + A23 * (pGz-rotatePointZ);\n"
847 +            "    #local pGz_new = rotatePointZ + A31 * (pGx-rotatePointX) + A32 * (pGy-rotatePointY) + A33 * (pGz-rotatePointZ);\n"
848 +            "\n"
849 +            "    #local pHx_new = rotatePointX + A11 * (pHx-rotatePointX) + A12 * (pHy-rotatePointY) + A13 * (pHz-rotatePointZ);\n"
850 +            "    #local pHy_new = rotatePointY + A21 * (pHx-rotatePointX) + A22 * (pHy-rotatePointY) + A23 * (pHz-rotatePointZ);\n"
851 +            "    #local pHz_new = rotatePointZ + A31 * (pHx-rotatePointX) + A32 * (pHy-rotatePointY) + A33 * (pHz-rotatePointZ);\n"
852 +            "\n"
853 +            "  #else\n"
854 +            "    #local pAx_new = pAx;"
855 +            "    #local pAy_new = pAy;"
856 +            "    #local pAz_new = pAz;"
857 +            "\n"
858 +            "    #local pBx_new = pBx;"
859 +            "    #local pBy_new = pBy;"
860 +            "    #local pBz_new = pBz;"
861 +            "\n"
862 +            "    #local pCx_new = pCx;"
863 +            "    #local pCy_new = pCy;"
864 +            "    #local pCz_new = pCz;"
865 +            "\n"
866 +            "    #local pDx_new = pDx;"
867 +            "    #local pDy_new = pDy;"
868 +            "    #local pDz_new = pDz;"
869 +            "\n"
870 +            "    #local pEx_new = pEx;"
871 +            "    #local pEy_new = pEy;"
872 +            "    #local pEz_new = pEz;"
873 +            "\n"
874 +            "    #local pFx_new = pFx;"
875 +            "    #local pFy_new = pFy;"
876 +            "    #local pFz_new = pFz;"
877 +            "\n"
878 +            "    #local pGx_new = pGx;"
879 +            "    #local pGy_new = pGy;"
880 +            "    #local pGz_new = pGz;"
881 +            "\n"
882 +            "    #local pHx_new = pHx;"
883 +            "    #local pHy_new = pHy;"
884 +            "    #local pHz_new = pHz;"
885 +            "\n"
886 +            "  #end\n"
887 +            "  #local pAx = pAx_new;"
888 +            "  #local pAy = pAy_new;"
889 +            "  #local pAz = pAz_new;"
890 +            "\n"                    
891 +            "  #local pBx = pBx_new;"
892 +            "  #local pBy = pBy_new;"
893 +            "  #local pBz = pBz_new;"
894 +            "\n"                    
895 +            "  #local pCx = pCx_new;"
896 +            "  #local pCy = pCy_new;"
897 +            "  #local pCz = pCz_new;"
898 +            "\n"                    
899 +            "  #local pDx = pDx_new;"
900 +            "  #local pDy = pDy_new;"
901 +            "  #local pDz = pDz_new;"
902 +            "\n"                    
903 +            "  #local pEx = pEx_new;"
904 +            "  #local pEy = pEy_new;"
905 +            "  #local pEz = pEz_new;"
906 +            "\n"                    
907 +            "  #local pFx = pFx_new;"
908 +            "  #local pFy = pFy_new;"
909 +            "  #local pFz = pFz_new;"
910 +            "\n"                    
911 +            "  #local pGx = pGx_new;"
912 +            "  #local pGy = pGy_new;"
913 +            "  #local pGz = pGz_new;"
914 +            "\n"                    
915 +            "  #local pHx = pHx_new;"
916 +            "  #local pHy = pHy_new;"
917 +            "  #local pHz = pHz_new;"
918 +            "\n"
919 +            "  #local colorR = 0.90;\n"
920 +            "  #local colorG = 0.91;\n"
921 +            "  #local colorB = 0.98;\n"
922 +            "\n"
923 +            "  #local pipeWidth = 0.4;\n"
924 +            "\n"
925 +            "  // 1\n"
926 +            "  cylinder{\n"
927 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
928 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
929 +            "    pipeWidth\n"
930 +            "    texture{\n"
931 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
932 +            "      finish{\n"
933 +            "        ambient .2\n"
934 +            "        diffuse .6\n"
935 +            "        specular 1\n"
936 +            "        roughness .001\n"
937 +            "        metallic\n"
938 +            "      }\n"
939 +            "    }\n"
940 +            "  }\n"
941              "\n"
942 +            "  // 2\n"
943 +            "  cylinder{\n"
944 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
945 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
946 +            "    pipeWidth\n"
947 +            "    texture{\n"
948 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
949 +            "      finish{\n"
950 +            "        ambient .2\n"
951 +            "        diffuse .6\n"
952 +            "        specular 1\n"
953 +            "        roughness .001\n"
954 +            "        metallic\n"
955 +            "      }\n"
956 +            "    }\n"
957 +            "  }\n"
958 +            "\n"
959 +            "  // 3\n"
960 +            "  cylinder{\n"
961 +            "    < pAx, pAy, pAz >,\n"
962 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
963 +            "    pipeWidth\n"
964 +            "    texture{\n"
965 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
966 +            "      finish{\n"
967 +            "        ambient .2\n"
968 +            "        diffuse .6\n"
969 +            "        specular 1\n"
970 +            "        roughness .001\n"
971 +            "        metallic\n"
972 +            "      }\n"
973 +            "    }\n"
974 +            "  }\n"
975 +            "\n"
976 +            "  // 4\n"
977 +            "  cylinder{\n"
978 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
979 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
980 +            "    pipeWidth\n"
981 +            "    texture{\n"
982 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
983 +            "      finish{\n"
984 +            "        ambient .2\n"
985 +            "        diffuse .6\n"
986 +            "        specular 1\n"
987 +            "        roughness .001\n"
988 +            "        metallic\n"
989 +            "      }\n"
990 +            "    }\n"
991 +            "  }\n"
992 +            "\n"
993 +            "  // 5\n"
994 +            "  cylinder{\n"
995 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
996 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
997 +            "    pipeWidth\n"
998 +            "    texture{\n"
999 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1000 +            "      finish{\n"
1001 +            "        ambient .2\n"
1002 +            "        diffuse .6\n"
1003 +            "        specular 1\n"
1004 +            "        roughness .001\n"
1005 +            "        metallic\n"
1006 +            "      }\n"
1007 +            "    }\n"
1008 +            "  }\n"
1009 +            "\n"
1010 +            "  // 6\n"
1011 +            "  cylinder{\n"
1012 +            "    < pBx, pBy, pBz >,\n"
1013 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1014 +            "    pipeWidth\n"
1015 +            "    texture{\n"
1016 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1017 +            "      finish{\n"
1018 +            "        ambient .2\n"
1019 +            "        diffuse .6\n"
1020 +            "        specular 1\n"
1021 +            "        roughness .001\n"
1022 +            "        metallic\n"
1023 +            "      }\n"
1024 +            "    }\n"
1025 +            "  }\n"
1026 +            "\n"
1027 +            "  // 7\n"
1028 +            "  cylinder{\n"
1029 +            "    < pCx, pCy, pCz >,\n"
1030 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1031 +            "    pipeWidth\n"
1032 +            "    texture{\n"
1033 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1034 +            "      finish{\n"
1035 +            "        ambient .2\n"
1036 +            "        diffuse .6\n"
1037 +            "        specular 1\n"
1038 +            "        roughness .001\n"
1039 +            "        metallic\n"
1040 +            "      }\n"
1041 +            "    }\n"
1042 +            "  }\n"
1043 +            "\n"
1044 +            "  // 8\n"
1045 +            "  cylinder{\n"
1046 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
1047 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1048 +            "    pipeWidth\n"
1049 +            "    texture{\n"
1050 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1051 +            "      finish{\n"
1052 +            "        ambient .2\n"
1053 +            "        diffuse .6\n"
1054 +            "        specular 1\n"
1055 +            "        roughness .001\n"
1056 +            "        metallic\n"
1057 +            "      }\n"
1058 +            "    }\n"
1059 +            "  }\n"
1060 +            "\n"
1061 +            "  // 9\n"
1062 +            "  cylinder{\n"
1063 +            "    < pDx, pDy, pDz >,\n"
1064 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1065 +            "    pipeWidth\n"
1066 +            "    texture{\n"
1067 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1068 +            "      finish{\n"
1069 +            "        ambient .2\n"
1070 +            "        diffuse .6\n"
1071 +            "        specular 1\n"
1072 +            "        roughness .001\n"
1073 +            "        metallic\n"
1074 +            "      }\n"
1075 +            "    }\n"
1076 +            "  }\n"
1077 +            "\n"
1078 +            "  // 10\n"
1079 +            "  cylinder{\n"
1080 +            "    < pEx, pEy, pEz >,\n"
1081 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1082 +            "    pipeWidth\n"
1083 +            "    texture{\n"
1084 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1085 +            "      finish{\n"
1086 +            "        ambient .2\n"
1087 +            "        diffuse .6\n"
1088 +            "        specular 1\n"
1089 +            "        roughness .001\n"
1090 +            "        metallic\n"
1091 +            "      }\n"
1092 +            "    }\n"
1093 +            "  }\n"
1094 +            "\n"
1095 +            "  // 11\n"
1096 +            "  cylinder{\n"
1097 +            "    < pFx, pFy, pFz >,\n"
1098 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1099 +            "    pipeWidth\n"
1100 +            "    texture{\n"
1101 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1102 +            "      finish{\n"
1103 +            "        ambient .2\n"
1104 +            "        diffuse .6\n"
1105 +            "        specular 1\n"
1106 +            "        roughness .001\n"
1107 +            "        metallic\n"
1108 +            "      }\n"
1109 +            "    }\n"
1110 +            "  }\n"
1111 +            "\n"
1112 +            "  // 12\n"
1113 +            "  cylinder{\n"
1114 +            "    < pGx, pGy, pGz >,\n"
1115 +            "    < pHx, pHy, pHz >,\n"
1116 +            "    pipeWidth\n"
1117 +            "    texture{\n"
1118 +            "      pigment{ rgb < colorR, colorG, colorB > }\n"
1119 +            "      finish{\n"
1120 +            "        ambient .2\n"
1121 +            "        diffuse .6\n"
1122 +            "        specular 1\n"
1123 +            "        roughness .001\n"
1124 +            "        metallic\n"
1125 +            "      }\n"
1126 +            "    }\n"
1127 +            "  }\n"
1128 +            "\n"
1129              "#end\n"
1130 +            "\n"
1131              "\n");
1132 <    
1133 <    
1132 >
1133 >
1134 >
1135 >
1136      make_header_macros(out_file);
1137  
1138      fclose(out_file);
# Line 536 | Line 1160 | void usage(){
1160                  "   -h            draw hydrogens\n"
1161                  "   -b            draw bonds\n"
1162                  "   -a            draw atoms\n"
1163 +                "   -v            draw vectors\n"
1164 +                "   -p            draw periodic box\n"
1165                  "   -r            regenerate bond\n"
1166 +                "   -f <#>        render frame <#> only\n"
1167 +                "   -s <#>        begin at frame <#> (inclusive)\n"
1168 +                "   -e <#>        end at frame <#> (inclusive)\n"
1169                  "\n",
1170                  program_name);
1171    exit(8);
1172   }
1173 +
1174 + int count_tokens(line, delimiters)
1175 +     /* PURPOSE: RETURN A COUNT OF THE NUMBER OF TOKENS ON THE LINE. */
1176 +     char *line;                /* LINE CONTAINING TOKENS. */
1177 +     char *delimiters;  /* POSSIBLE TOKEN DELIMITERS TO USE. */
1178 + {
1179 +  char *working_line;   /* WORKING COPY OF LINE. */
1180 +  int ntokens;          /* NUMBER OF TOKENS FOUND IN LINE. */
1181 +  char *strtok_ptr;     /* POINTER FOR STRTOK. */
1182 +  
1183 +  strtok_ptr= working_line= strdup(line);
1184 +  
1185 +  ntokens=0;
1186 +  while (strtok(strtok_ptr,delimiters)!=NULL)
1187 +    {
1188 +      ntokens++;
1189 +      strtok_ptr=NULL;
1190 +    }
1191 +  
1192 +  free(working_line);
1193 +  return(ntokens);
1194 + }

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+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines