<div dir="ltr">Dear Professor Dan Gezelter,<div><br></div><div>Thank you very much for your kind reply. This the first time that Sri Lankan University is trying to build nano-particle simulation. Therefore we are facing lot of troubles.</div><div><br></div><div>I have some more question regarding the OpenMD input file. </div><div><br></div><div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><ol><li>In <span style="font-size:12.8000001907349px">StuntDouble by using pv or pvqj we can define the position of each atom. As I feel it is very much difficult to hand written position of each atom. Is there any software for this. cant we do this work using PackMole.</span></li><li><span style="font-size:12.8000001907349px">I also confused with the guidelines at the internet. "<a href="http://openmd.org/?cat=4">http://openmd.org/?cat=4</a>"  Building and equilibrating a gold nanooparticle in OpenMD steps from 2 to down. from where do we have to call these commands</span></li><li><span style="font-size:12.8000001907349px">finally I had a problem in Installing the software after running the command "make", It gives me error after installing  97%<br><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></span></li></ol></blockquote><span style="font-size:12.8000001907349px">I am very much thank full to you If you can provide me necessary information on these maters   </span><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Thank you </span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Best Regards</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Kasun</span></div><div hspace="streak-pt-mark" style="max-height:1px"><img style="width:0px; max-height:0px;" src="https://mailfoogae.appspot.com/t?sender=aa2FzdW5qaXRoYW1pbGFAZ21haWwuY29t&type=zerocontent&guid=28b55bbc-1ff4-4402-b527-9ef82a1fbb76"><font color="#ffffff" size="1">ᐧ</font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 8 February 2015 at 22:34, Dan Gezelter <span dir="ltr"><<a href="mailto:gezelter@nd.edu" target="_blank">gezelter@nd.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Kasun,<br>
<br>
  One easy way to visualize what the StuntDoubles are doing is to use the Dump2XYZ program that is built with openmd:<br>
<br>
  Dump2XYZ -i file.dump -o file.xyz -m -b<br>
<br>
The flags that are relevant here are:<br>
<br>
  -i         input dump file<br>
  -o         output file name<br>
  -b         Convert to base atom type  (default=off)<br>
  -m         map to the periodic box  (default=off)<br>
<br>
xyz files can be read in vmd and Jmol, and that's one of the primary ways of visualizing the output of a md, dump or eor file.<br>
<br>
The StuntDouble lines typically have one of two forms:<br>
<br>
  index pv    x y z  vx vy vz<br>
<br>
or<br>
<br>
  index pvqj  x y z  vx vy vz  qw qx qy qz  jx jy jz<br>
<br>
The first form (pv) is for StuntDoubles without internal structure like regular atoms.  It provides the index number of the StuntDouble, followed by a field specifier (pv = positions & velocities).  The next three fields are physical locations (in angstroms) of the StuntDouble, and then the following three fields are velocities (in angstroms/fs).<br>
<br>
The second form (pvqj) is used for StuntDoubles that have orientational degrees of freedom (for example: water, dipoles, or rigid bodies).  In this form, the field specifier (pvqj = positions, velocities, quaternions & angular momenta).<br>
<br>
The quaternions are a compact representation of the rotation matrix (A) that converts between body-fixed and space-frame coordinate systems:<br>
<br>
<br><br>
<br>
The jx, jy, and jz are body-fixed angular momenta for that StuntDouble.<br>
<br>
One of the nice features of Dump2XYZ is the automatic mapping of atoms in a rigid body into atomic positions in 3-D.  This program will probably help you significantly in trying to visualize your results.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
 --Dan Gezelter<br>
<br>
<br>
> On Feb 7, 2015, at 5:05 AM, Amila Kasunjith <<a href="mailto:kasunjithamila@gmail.com">kasunjithamila@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi.<br>
> I'm kasunjith, graduate from faculty of engineering University of Ruhuna. We are interested to model a Water-TiO2 mixture using OpenMD. We encounter some problem in stuntDoubles and visualizing the results.<br>
><br>
> We need clear format of stuntDoubles in order to have develop a clear simulation. we are also interested to know about the method of visualizing the out put results.<br>
><br>
> We are much thank full to you if you can provide me details on above matters<br>
><br>
> thank you<br>
><br>
> Best regards<br>
> Kasun<br>
><br>
> --<br>
> K.A. Amila Kasunjith<br>
> B. Sc in Eng Undergraduate<br>
> Department of Mechanical and Manufacturing Engineering,<br>
> Faculty of Engineering,<br>
> University of Ruhuna.<br>
> Gall<br>
> Sri Lanka<br>
> 0712787343(mobile)<br>
<br>
<br>
<br>
***********************************************<br>
  J. Daniel Gezelter<br>
  Associate Professor<br>
  Department of Chemistry and Biochemistry<br>
  251 Nieuwland Science Hall<br>
  University of Notre Dame<br>
  Notre Dame, IN 46556-5670<br>
<br>
  phone:  <a href="tel:%2B1%20%28574%29%20631-7595" value="+15746317595">+1 (574) 631-7595</a><br>
  e-mail: <a href="mailto:gezelter@nd.edu">gezelter@nd.edu</a><br>
  web:    <a href="http://www.nd.edu/~gezelter" target="_blank">http://www.nd.edu/~gezelter</a><br>
************************************************<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><b>K.A. Amila Kasunjith</b><div><font color="#999999">B. Sc in Eng Undergraduate </font></div><div><font color="#3333ff" face="times new roman, serif">Department of Mechanical and Manufacturing Engineering,</font></div><div><font color="#3333ff" face="times new roman, serif">Faculty of Engineering, </font></div><div><font color="#3333ff" face="times new roman, serif">University of Ruhuna.</font></div><div><font color="#3333ff" face="times new roman, serif">Gall</font></div><div><font color="#3333ff" face="times new roman, serif">Sri Lanka</font></div><div><font color="#3333ff" face="garamond, serif">0712787343(mobile)</font></div></div></div>
</div>