Dear Dan,<div><br></div><div>I am thrilled by your fast solution.</div><div><span style="font-size:13px">I will try to build the new version; I hope it works.</span></div><div>I am already exited if what I planned will be working. So I t<span style="font-size:13px">hank you very much, also for your explanations about what</span><span style="font-size:13px"> the problem presumably was.</span></div><div><br></div><div><br></div><div>best regards,</div><div>Philipp<br><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Dan Gezelter <<a href="mailto:gezelter@nd.edu">gezelter@nd.edu</a>> schrieb am Mi., 20. Juli 2016 21:55:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Philipp,<br>
<br>
  I think we've got a fix -- it is checked in to the 2.4 development branch on github. We are going to release 2.4 in the next month or two, but if you want to jump ahead and use 2.4 now, you can get a copy on github:<br>
<br>
git clone <a href="https://github.com/OpenMD/OpenMD.git" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/OpenMD/OpenMD.git</a><br>
<br>
If you are interested in the details, the qhull 2015 versions have three distinct ways the qhull routines can be called:<br>
<br>
  1) The "reentrant" method which passes the qh_qh pointer in all the functions<br>
  2) Using a dynamically-allocated pointer to the qh_qh object<br>
  3) Using static libraries<br>
<br>
The package installed on Ubuntu has the headers for reentrant and pointer-based calls, but only the library for the second method.  We had been assuming the static libraries were always present, so we had to be a bit more careful on the build process.<br>
<br>
 --Dan<br>
<br>
<br>
> On Jul 13, 2016, at 5:32 AM, Hans Philipp <<a href="mailto:philipp.hans@tuwien.ac.at" target="_blank">philipp.hans@tuwien.ac.at</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
><br>
> I wanted to use the openmd-program.<br>
> But during compil    ​ation I had to add some options and the program exits with an error.<br>
><br>
> ====================================================================================================<br>
> System: Ubuntu 16.04.<br>
><br>
> At about 82% of compilation process during linking. Had to add the following:<br>
> -lmpi -lmpi_cxx<br>
><br>
> to:<br>
><br>
> /usr/bin/c++   -O3 -DNDEBUG   CMakeFiles/openmd_MPI.dir/src/applications/openmd/openmd.cpp.o  -o bin/openmd_MPI -rdynamic -lqhull -lz -lfftw3 lib/libopenmd_parallel.a lib/libopenmd_core.a lib/libopenmd_parallel.a lib/libopenmd_core.a -lqhull -lz -lfftw3 -lmpi -lmpi_cxx<br>
> ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
> ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
><br>
><br>
> When trying to run one of the examples, calling<br>
><br>
> openmd NP15.md<br>
><br>
> leads to:<br>
> Segmentation fault (core dumped)<br>
><br>
><br>
> The problem seems to lie here:<br>
><br>
> Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.<br>
> 0x00000000004a9eda in OpenMD::ConvexHull::computeHull(std::vector<OpenMD::StuntDouble*, std::allocator<OpenMD::StuntDouble*> >) ()<br>
> (gdb) where<br>
> #0  0x00000000004a9eda in OpenMD::ConvexHull::computeHull(std::vector<OpenMD::StuntDouble*, std::allocator<OpenMD::StuntDouble*> >) ()<br>
> #1  0x0000000000646200 in OpenMD::LangevinHullForceManager::LangevinHullForceManager(OpenMD::SimInfo*) ()<br>
> #2  0x00000000006161ae in OpenMD::LangevinHullDynamics::LangevinHullDynamics(OpenMD::SimInfo*) ()<br>
> #3  0x0000000000515411 in OpenMD::IntegratorBuilder<OpenMD::LangevinHullDynamics>::create(OpenMD::SimInfo*) const ()<br>
> #4  0x00000000004610c4 in main ()<br>
> (gdb) quit<br>
> ====================================================================================================<br>
><br>
> Thank you in advance.<br>
> best regrads,<br>
> Philipp<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Openmd-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Openmd-users@openmd.org" target="_blank">Openmd-users@openmd.org</a><br>
> <a href="http://openmd.org/mailman/listinfo.cgi/openmd-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://openmd.org/mailman/listinfo.cgi/openmd-users</a><br>
<br>
*************************************************************<br>
 J. Daniel Gezelter<br>
 Professor and Director of Undergraduate Studies<br>
 Department of Chemistry and Biochemistry<br>
 251 Nieuwland Science Hall<br>
 University of Notre Dame<br>
 Notre Dame, IN 46556-5670<br>
<br>
 <a href="mailto:gezelter@nd.edu" target="_blank">gezelter@nd.edu</a> | (574) 631-7595 | <a href="http://gezelterlab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://gezelterlab.org</a><br>
*************************************************************<br>
<br>
</blockquote></div></div>